Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001371570.1
Sequence Length
4987 nt
GC Content
0.4139
AGUCGCGCGCACCUUCUCUCGCGGCCGGGGGACCGCAGCGCGGGGCUAGCCCGGAGACCCGGCCACCGGCCUGGGGCGCCUUCACGCCGUCUCGGAGCGGAUAAUGCGGUUUGUCCUGGUUGUGGUCAAGACUGGAUGAUGUAACUGGCUCUCUAGGAAGCCUCACUUGGCCGUAACCUCAGGAAGGUUCUCUUUGACCCCAUCUCAUUUCGAAGCCACUUCUGAAGCCACUUGAGAAAAAUGAUGUGACAGUUCCUAUCAAAAAGGAUUCAGAAACAUAUACCAUCUGUGAAGAAAGUGGCCCUUUCUCCCGCUUGCAAAAUAGACAUUCUCAAAUUCCAAAAUGCCAGCCAAGACCCCAAUUUACCUGAAAGCAGCCAAUAACAAGAAAGGAAAGAAAUUUAAACUGAGGGACAUUCUGUCUCCUGAUAUGAUCAGUCCCCCGCUUGGAGACUUUCGCCACACCAUCCACAUUGGCAAAGAGGGCCAGCACGAUGUCUUUGGAGAUAUUUCCUUUCUUCAAGGGAACUACGAGCUUUUACCUGGAAACCAGGAGAAAGCACACCUGGGCCAGUUCCCUGGGCAUAAUGAGUUCUUCCGGGCCAACAGCACCUCGGACUCUGUGUUCACAGAAACGCCCUCCCCGGUGCUCAAAAAUGCCAUCUCCCUCCCGACCAUUGGAGGAUCCCAAGCUCUCAUGUUGCCCUUAUUGUCACCAGUGACAUUUAAUUCCAAACAGGAGUCCUUCGGGCCAGCAAAGCUGCCCAGGCUUAGCUGCGAGCCCGUCAUGGAGGAAAAAGCUCAGGAGAAAAGCAGUCUGUUGGAGAAUGGGACAGUCCACCAGGGAGACACCUCGUGGGGCUCCAGCGGUUCUGCAUCUCAGUCCAGCCAAGGCAGAGACAGCCACUCCUCCAGCCUGUCCGAACAGUACCCCGACUGGCCAGCCGAGGACAUGUUUGACCAUCCCACCCCAUGCGAGCUCAUCAAGGGAAAGACUAAGUCAGAGGAGUCCCUCUCUGACCUUACAGGUUCCCUCCUCUCCCUGCAGCUUGAUCUUGGGCCCUCACUUUUGGAUGAGGUGCUGAAUGUAAUGGAUAAAAAUAAGUAACAAGAUGCCAACUUUUUUCCUUUGGGGUAAAAGGUACAAAAACAAACUAACCACAGUUGAAGAGAAGGGCUUCCGGAGCUGUAUUUGCAGUUUUGUGUUGGGUUUUCUAAAAUAAUAUUCUUACAAAGUAUUUUUUUACCUGUUAUGCCCUGUUUGCAAAAACAAUUUAGAAAAAAACAACAAAGCAAAACCUAUCUUGGCAAAAAAAGGAAGUGAGUCAGAGCCCAUUUUCAGGAGGCAUUGGUGAUGUUCGGCUCACAUAUUGUUUGCAGACACACAAGAAAUCUGGCUUGGCCAGGAUUGGCACUAGCUAUGAAGGGCUGAGCGAGUCACAUUAAGGAACUUCACGGAACUUUAUAGCACUCCGACAUUUUCUGAGCAAGAGGAAGUCAAAAUUUAUUUAACACCUAAGCCUUUUUGUAGACUCUUUUCUAUAUAUUGCUUAGGCUCACCAUAGCGAAUUCUCCAGUGUUAAAACUUUUCUGUUUUCACAUUUGAACUUUAUGGGUUUUGGGGAUUUUCUUGUAGUUCUUAUAUAUCCCUAUAUAUUAUAUCUAUAUUGCAAAAUUUUGACUGUCAGCUACAUGUUGGUAAGACACAGGCAAAGUAUUACUGUAACUAAGUUAUUUUUAAAGUUAAAAUAUAUUUUUACGUGCCUUUGGCUUUUUAUUGCAGAGUCUACAUUUUAUAGAUUCUACAUCAGAUGUUGUCACUUAUUUCCAUUGGGAUUCCAUUGUAAGCUGUGUAUGUGCGUGUUUGGAAAAGUGUAUUCAUACUUAGUUUUUUUUUCUUCAUCUGUUAUCAUACUUUUAACAGCAACCAAUAACGGAUUGUAAAGUGUAAAGGCACAGGUUACUCAUGAUGCUUCUGCAGAGACUGUGGGCUACACCACAUAUGUUAUUUGGAAAUAUAGGUAUUUUAGUACAGUACAUACUUGCAUUACAUAGGUACUUCAAGCAACACAAUAAAAAGUAAAUGAUAAAGUGAACUUGCUUGUUUAUAGUAAUAAACAAGACCAUAAGAGAAUAAGUAUAGCUAGAGAAAUUGCUUCUCUGAAAUGUACAUGAGCCCUUAAGGUAAGAGAUGAUUUCCAUCUACUCUCAUUUUGAUUACUUCCUUAUGGUUUGAGAGGCUAGAAACUGAGCCUCUCUACUUUUGGAAAAAUGAACAUGUGAGGUCAGAUUUUUUUUUUUUUUUUUAAGUCAGCACUGAUGCCACCCUCUCAGUGGUCAUUUCUGAGCAUCUUCCUGACUUGAACACCUUCUACAGCAAACUCUUGCAAGUCCAGUUUCAUCCCUGUAAGGCAAAUGUCUUUUCACGCAGAAAGUGCCAUAUAGACGAGAUAAAGGCAGCUAAAACGAGGGCAGUAGAGAGCACUUACCCGACCCCAAGGUGCCAGAGAUGCCCUGAGGAUGGUGGUUAAGGAAACAGGAGCAGGAAAUGUACACACAGAUUCCUGUCCCUUUGCCAACUACUCCUUCCCCAUCAAAGAAAAACACUUGCACACAGUAACUACCAGCUCCUUCUCUCAAACUUGUAUUUCUCCUGGAAAUGUAUCUCAGAAAUGACCUCCUCUCCCAACCACUUCAACGAUUCUUUCUUUGGGUUUGGGGUUCUUGCAGUUCUAUCAUCUAAAAUAACCUUUGGACUGCAGGUAAAAUGCAAUUAGGACAACUAACCAAGUAGACGAAACAAGUUCCCCUAGGCAGGGGUGUCCAAUAUUUUAGCUUCCCUGGACCGCAUUGGAAGAAUUUUCUUGGGCCACAUGUAAAACACACUAACACUAACCAUAGUUGAUGAGCUUAAAAAAAUAAAAAUAGAAAAUUGCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAUCUCAGACUGUUUUAAGAAAGUUUAAAAAUUUGUGUUGGACUUCAUGCGGGCCACAGGUUGGACAAGCUUGCCCUAGGGCAUUGUGUGCUUUCCGUAACUUCUCAGUUGUAUUUCGUUAUCCAUGACUCUCCAGUGUUUUUUCUGUUGGACCACACCCGUCACAGUUCACAGUUCCAAAGAGAAAUUUCCCAGCCUAUUCUAAAUCUUGUUAAUGACGAAGAGUCCAAUGUAUCUCAUUAUUUGUAGCCAAUUUUAGACUCUUUUCAAUACCUCCCCCCCAUUUUAAUUAGUAUUGAUCAUAUUCAGUCUUUCAUUUUACUCUUCAUCUGUAGCGUGACCUCAAGGUAAAGAUGAAACUAUUUCAUGAAAAGGGGAGGAGUAUGGCUGUGCAUUAGCUCUACUCCCUCUCUGGUAAGUACUGGGGAGAGAACAGCCCUGCCAGUACUGGGUUUGAUAGAUUCUAAAUAUUAAUCACACAUCCUGCCUACAGUUAGCCAUUUUAGUUUCUGGGAGUUCUUUCAUGUACAUUUUCUUCCAUUAAUUGAAUUAGGUAUAAUUGAGAUGGCAAUAAAUAUGCCCGUAUUAGAAAGAGGAAACAAAGCUACAUGCGGCUUAUGAUUUUGUUGAGUCACUUCUCCCGAGGCAGCCUUUCCAAUGCCUGGUCCCUUCCCCUGAGAGCAGGUGGACUGCUGGUGGUGGCUUUCUUUCCUGCAGAGAGGCACUUUAGACCCAUACCUGCUGUGAGCUGAAUUGAUGUUCUCAUCCUGUGAACCUUCUCCCACUUUAACCUAAUUUAUCUUUACUUGUUUAAAGAUAAGGAAACCCAAGAUGUACUUUAUUUGCAAACUCAAAGCAAAUGGCGAGCCACCUGUGACCCAGUAACCAGAAAAGAAACCAUGCCAUUUGUAUAAGUAGAGACACUUCUUGUUGAGGUAGGCAAGGCUCUUGUGAGCGAUUUUUUUCCCCUAGUGAGACCUAACAAAAGACAAGCUAUAUCAUUUCUGCCUGAAAUUAUCUGCUUGAAAAGAUCAAAAUAUCAGGAUACUUAGCUCUUCACAAAUAUGAAGUCAUUAUCACAUUUCACUGAGCCAGAAAUCACUGUUAACAGCACACACAAAAGACUACACUGGUUGAACAGCAAAGAGAAACCCGGGUCUCCAGAAUCACAGUUUAGUCCUUCUAUAUUACUGCAAGUGACCUGUUUUUUCUGAAGGCUCCCCGCAAAUGAAGUCCUGGAAUGGAAAAAAUCCAUAAGUCCAUAAAUUAACUUGAUAAAUAUUUUAGAACAGACAAAAGAAAAUAUUGAGUGAUGUAGUUCUAAUCCUCCUAAUAUGGAACCUGGCAAGACUGAAUCAUUUUACUGUGAAAUAUAUAAACACAAUAGAAUGAGCCAACAUGAUGGUUUCUCUCCAGUAAGAGUUUUUCUUUUGGAAAUGAGGUUAACCUAGCCCCAAAUCUAGCAAUUCUCAUAAAAUCCGAUUUUAGAAUUAGCCUCCCAGAUUAAUCUGAAUGAUUGACUUAUUUUUUCUUAGGCAAGUCAGUAAGCCACCCACUAGACAGCCAUAUCCAGCAAAAUAAGAGAAGUUUCCAGAUGCCAAAUGAUAAGCCACCAUCAACCCAGCGGGGAAGCCUUCUGGUUGGUUUGGCUGUAUGAGAUUCAGGAAGGCCAGAAUACCCAAAAUUAUUCACACGACGUUAACUUAUUGGUACUGGCUAAGCAAUACAUGUAUUUCCUAAAGGAGGAGAUGGUCUUUUGGUUGAUUUAUGGACACACUUGUUUCAUCUGACUGUAAAUAUAUUGCAUGCUUUAUUCUGAUGGUGCACUAUUUCAUCCAGCAAGCUUUUCAUCUGAGAAUGUUUAAUGUUGACCUUAUUCUUAGAGCAAGUAGAUCUAAAUAUUUUUCAGCUGAGUUAUUAGGGAGUCAUUAUUCUGUGGUACAAUGCUGCAAAAAGCAUCAUGUGGAAGAAUGGGAACUAUGCUUACUUUAUGAAGUGAUGUAUAACACAAUGAAAUCUGUUUUACAACUAC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1327.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1419.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 1477.75
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((....(((((..(.(((.(((((((((((((.((((((.(((((.(((((((((((...)))).))((((......))))))))).).(((.....))))))).)))))))))))))))....(((((.((.((.....)))))))))...(((......)))...(((((.....)))))........)))).......(((((((...)))).)))))).)..)))))...)).))))))...((((.......))))....((((((.((..(((.((((.....(((..(((.((((.((((.((.....((((((((((((...((((((((..(((((((((((........((((((.((((((((((((.((((.((.................((((((...))))))(((((...)))))..(((((((((((((((((.((((............))))...(((((((((.((.((((((((((......(((((((....)))))))......((((((.(((((...))))).)))))).......((((((((....(((((..(((((..(((..(((.....((((((..(((....(((((......)))))..)))..))))))...............(((((........)))))..))))))..)))))..)))))....(((((....)))))....(((((.....)))))....(((((((((.(((((.....))))).))))...)))))...(((((((....(((...((((...((((.(((((((((..........(((((.(((......))).))))).)))))))))..)))).)))).((((.((....)).).))))))...)))))))..((((....))))......))))))))..)))))))))))))))...........(((..((((((.....(((((........((((((((......)))))))).....(((......))).)))))..))))))....)))))))))....(((((((.((((((((.(((...(((.((((((((((......................((((((((...((((............(((((.((.((.(((((((((((((.(((((((((....)))))))))(((((..(((((((((...........(((..(((......))).))).......(((((....))))).)))))))))...))))).(((((..........(((.......((((((((((((((((((((.((((((((((..((((((((((..((..(((...)))..)).))))..((((........))))((((....))))....(((((((((..(((.(.((((..(.....)..))))).)))..))))))))).....(((.((((((.....)))))).)))...............(((((((.....((((((......))))))....))))))).))))))..)).....))))(((((.(((((......))))).)))))))))....))))))))))(((((((((.(((((.....((((((....)))))).....)))))..).))))))))......((((.....))))((((.....((.(((((...(((.((((..((..((((((.......))))))..)).))))))).))))).)).....))))((((((((.......))))))))(((........))).))))))))))..(((((((((.(((..(((((((..((((((.((.(((..((((((....))))))............(((((...(((((((((((((....((((((......)).))))...((((....))))......(((....(((....))))))..(((((......)))))..((((.(((((.......(((((((..(((..(((......)))..)))..)))))))))))).)))).....)))))))..)))))).)))))....(((((((((....))))))))).(((..((((((.((((((((((.(((((.((((......((((.(((((((((((((...(((((((((((.....))))).(((.(((.((.(((..((((....(((..((((((((........)))))))).)))...)))).))).)).))).)))(((((((((((((((((((((((..(((((((((((..........)))))((((((((((((((((.((((.((((((........................))))))...........(((((.((((....(((........)))...)))).)))))..((((..((((.((((......((((((.....(.((((((...........))))))).....))))))(((((..((((((..((....(((.(((((((.(((....)))..))))))).)))...)))))))))))))...................((((.....)))).....)))))))).)))).................)))))))...)))))))))))))......(((((..........(((((((((..(((((((((((..((((((((((....................)))))))))).............((((((((.....))).(((.......)))(((((....)))))))))).............))))))))).))..)))))))))...)))))...............................))))))..((........................))....))))))))))))))))))))..)))..........((((((((.........))))))))..(((.((((...)))).).))..))))))..))))).)))))))))))).)))).))))))))))))))).((((....))))...........))))))..))).))).)).)).))))...))))))).))).).)))...))))))))...........)))))..(((.((((((((.(((....((((.....)).))...)))...)))))))))))....((((((...............(((((......))))).((((((.......(((((((.((.(.((....)).).)).)))))))........)))))).))))))(((((.(((((.....))))).)))))((.....))....((((((((((((..(((.(.((((((....((((.((((.(((.......))).))))...))))((((..((((((((((.(((((((..((((((..................))))))..))))))).).))).))))))....))))..........(((((((((...(((((.....((((((((...(((((..(((((.((..(((..((((.((.(((((..........)))))))....(((..((.(.((((((((.....((((.((((.((((((.......)))))).)))))))).....)))))))).).))..)))..((((....))))..(((..........)))...........(((((((((......)))))))))((....)).......(((((((((((...............((.(((((..(((.....)))....(((((((((...((.(.(((((((((((((((((......((((((......))))))((((....))))(((((((..(...((((((((..............(((((...........(((((.(((((((........))))...))).))))).....)))))(((((......)))))...........)))))))).)..))))))).(((....)))...........(((((.((((..(((........((((........)))).....))))))).))))).)))))).))).)))))))).).)))))))))))..))))).)))))))))))))..(((((((((.....)))))...)))).......................))))..)))..)).)))))..))))).))))))))....))))))))))))))...)))))).).)))..((((((((.((((...........)))).))))))))((((......)))))))))))))))).))))))))))))).))..)).))))))))).))))))))....((((((((...(((((...))))))))))).))....((((....))))........)))))))))))))...)))..))))).................))).)))))))..........))))))))))((((................)))).....)))))))...)))))).))))..))))))))......))))))..((((((..((((.............................))))))))))..(((.....)))(((((((.....))))))))))))..)))))))))).)))).......((((...(((..((.(((((...(((((..((......))..))))).)))))))..))).))))........))))))))))))..(((((....((..(((((.........)))))..))...))))).....(((((.(((((....))))).)))))..(((((......))))))).)))).)))).))).)))((((((((((....)))))).))))..)))))))..)).))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((({(,.,,{((((,,(,{{{|(((|(((((((((.{(((((.{((((.(((((((((((...)))).))((((......))))))))).).{|(,....}}}}}}).))))}||}}}}}}}}.,,.({{{{.{{.{{....,|||||}}})|.,|||,..}}})))}}}.,||,.,}|,}))}|,.,..,||}},,...{{,,{{{{{{{...}|||{}|||,,.},|}))},...,|,||}}}}...{{{{.......}))},,,,|{,|||,,,..{{{{({{{.||.,||||}(((.((((.((((.{(.....((((((((((((...((((,{(,..(((((((((((........((((((.((((((({,,{{,{{{.(((((((...{{{{,{{{(.((((,({(({((({{((((.{,{,..{|{{{({,,,..||,}}}|,{,((((............))))...{.(((((..((((((((((((((.(((..((((.((((((((.(({,((.,..((((((.(((((...))))).))))))...(((((((...((((..(((((..(((((..(((..(((.....((((((..(((....(((((......}))))..)))..))))))...............(((((........)))))..))))))..)))))..)))))....(((({....)))))....{((((.....))))|((..(((((((((.(((((.....))))).))))...)))))....))}))))...)))))))......|.})))).)))))))).))))..)))..))},,})}))}..))))).)))))}.,.(((((((...((((.(((.(((((((((((.{((({...(((...(((((,(((({{(({{.{{.{{.||,...}).)).)))).)))))){((.....((((((..((((((...,.(((((..,..{{{((((((((......)))))))},}}}.{{{...,},,)}.)))))}.))))))...{(.((((((((,,...}}.))))).))).)}.|,...(((.{(({....(((......}))....}))}.)))..})))))....))).........{{{(......}))),....}}.}))))...)))))))}.})))).(((((((((((..(((((((((...........,,,..({{,.....}},.,|,.,}}}..{{{{{,...})))}.}))))))))...)))),..}))))))....)))))).......))},.)))),)))))))}||..}}}}}}}}}}.{{((({((({,.((..(({...}))..)).))}},,{{{{...,{{{{|}},||||,...}}}}....(((((((((..(((.{.((((..(.....)..))))}.)))..))))))))).....(((.((((((.....)))))).)))...............(((((((.....((((((......))))))....))))))).}}}}}}..,.}}}}}))))}||,|}|||,|}}}}}}||}||.},,,..))},.,,|{|({,{{((((((({(({{((({{.....(((((|...,))))),.....}}}},{{{{....,.,{{.((((({(({{{{{||||{{.,,.{{.((((({{(({,.,.,{((({{{{..{{,,{{,..,,}}),,,,)}})),,}}},))))).)){|}|,,...{|,((((((((.......)))))))).,.{{{{.{.{{({{{.....{(((({((({{..,,..,{{{{,(((((((.(((((.((.((....,,((({{{.||||{{{..{{{,........,.((((((.........)))))},,,((,{{,{{|}.}|||...{{(({.,,||{|{|,,,.{{{.,}.|||.},})))}},,}|||||..}}}})})))..)))},}}})))))..})))))),,.}))))).,.}).)).)))))))))))),)}}.|||{{,{{{{{{{....||||..,{......}},,|}}}.(((((((((....))))))))){((,((((.(,.,{.(((((..(((((((.....})))))}...))))).||,,|,|}}}.|||.{{(((((.....))))).{{(,(((.{(.{((..((((....(((..((((((((.,......)))))))).)))...)))).})).)}.)}),)))(((((((((((((((((((((((..,,...{(((((.,........)))))((((((((((((({{{.,{,(,({{{{({,....,,,....(({{....})))}})}}.,|........(((((.((((....(((........)))...)))).)))))..((((..((((.((((......((((((.....{.((((((...........))))))).....)))))){{(((.{((((({..((..,.(((.(((((((.(((....)))..))))))).))),,.))})))))))))),,.................{(((.....))},.....)))))))).))))......,,,{{{{,...))))))),..))))))))))))}......(((((......{{{.((,,,,,||.,|||||||||||..((((((((((....................)))))))))).,,,,{{{{{((.(((({,{{.....}}}.{({.......}}}(((((....)))))}))))}}}},}}}}.{{,||,||}}}}.))..))))),|||{{.|||||{,,,,{{{.....,.,.....,,{,....,})}}}.}}.}}}}},.,,,,,...........,}}}},...})))))))))))))))))))..})),.{{{{{{,...,}}}}},}..}}}}})}|(((({{{{(({((,,,,.||}|{|{|{.,|,||||..,,)))},,})}))))}})}}},,.|||||,|||||,,,,.(({,....}))},{.{((({{{.{{{{|{{{{{{{,......,|||,{|{{{||{{{{.....{{{|,,,.,,},{||||,,,,,....,,,,,,,,.{((.((((((((.((,,...{{((.....)).}}...,},,..))))))))))}.,,,(((({(,,,.,.......{{.(((((......))))),|{{{{{.......(((((((.{(.(.({....)}.).)}.)))))))........}))))}.))))}))||||.|||||.,...}}})),},,},(((((((({,...,{{,,((((({({,.(({{{((((((||..((((.((((.(((.......))).))))...))))((((..((((((((({.(((((((..((((((..................))))))..))))))).}.))).))))))....))))........|,|{{||||{{...|{{{,.....{{|||.}}}}|||{||{{((((..,,}}|}},.,,||,{(.(((((..........)))))}).....(({((((....)))).))}.}}||||}||,|}||||||}}}}}.}))))))},,,,.}||.....,..,,)))})}))}})....|||(,{{.||,,.,|,}}}},{{..{(.((((((((.....{((((((((......})))))))}((....,},{{,,{{.(((((((({..........((((((((((.(....(({.....,,,....||,...,|....}.}))))))))).}))))))))},}..,|||)})))))).)).}))((((....))))(((((((..,...((((((((..........,.,.((({(....,,,,,..{((({.|{{{(((........))))...}}}.))))),,...)})}}(((((......)))))...........)))))))).)..))))))).{((....))),....,,,.,}}|,.}}}}}))..}}}}))}...||||}....((((((.((({{..{(((...,({{{{{|||......}).))).)})}))),..))))).})))))}))))}.,)))))))}(((((((((.....)))))...))))........}}}},........|{||||{.,||{..,.,,.....},,,}.,))),)))))}}...))))},.,))))}.,)))))}.})))}.((((((((.((((...........)))).))))))))}}))}}}}}.))))},,,,(((({.{(((|...})))))))))..,({(((({..{|||,,......}}}|,,{{{{{..,{{{{,...}}))})))})),))}}}.((({....})))...,{(({{(((.{{{......})}.})))))}}..,......,,,.)))}),)}......}}}}.,}}})))))))))))))}.,}},..|,|,.,,,,...|||{{,{{((.{((,...))).))))))))}})))))))......))))))..((((((..((((.,,..,,,.,,.......,,,},....,,))))))))))..{({.....}))(((((((.....))))))))))))..)))))),,}}.))))....,,,({{,...{{{..((.{{{{{...{(({(,,({......||,,|}}}}.))))}))..})),)})}........))))))))))))..(((((...,{{..{((((.,.....,.))))),,)}...)))))...{.{((((.(((({....})))).)))))}.(((((......)))))}}.)))).)))).)))..,{{{{{{{{{{|....}))))).))))}.,,.,.}}...},))))}).,,.....
Back