Basic Information

Symbol
CDH18
RNA class
mRNA
Alias
Cadherin 18 CDH14 EY-CADHERIN Cadherin 18, Type 2 Cadherin-18 Cadherin-14 Cadherin-Like 24 CDH14L CDH24
Location (GRCh38)
5:19471296-20575873
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004934.5
Sequence length
4793.0 nt
GC content
0.4027

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1304.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1399.27 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1070.64
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001167667.3 NCBI
GAGUCUGGGCUUUCCGAGGACGGCGAGCAGCUGUGCCCAGAGCUCUGGG… 4684 nt 0.4012
NM_001291956.3 NCBI
AUCACUACUGUGACUGCUUGUACCCGAUAAUCUUGCUCUGCAGCUCCCU… 5134 nt 0.4067
NM_001291957.2 NCBI
UUUAAGUACUGCAGUCAUCUAAUGUACUUCACCAGCAGAAUCUAAAUUC… 4709 nt 0.3946
NM_001349556.2 NCBI
AUCACUACUGUGACUGCUUGUACCCGAUAAUCUUGCUCUGCAGCUCCCU… 4988 nt 0.4008
NM_001349558.2 NCBI
AUCACUACUGUGACUGCUUGUACCCGAUAAUCUUGCUCUGCAGCUCCCU… 5282 nt 0.4074
NM_001349559.2 NCBI
GAGUCUGGGCUUUCCGAGGACGGCGAGCAGCUGUGCCCAGAGCUCUGGG… 4789 nt 0.4028
NM_001349560.2 NCBI
GAGUCUGGGCUUUCCGAGGACGGCGAGCAGCUGUGCCCAGAGCUCUGGG… 4683 nt 0.4015
NM_001349561.2 NCBI
GAGUCUGGGCUUUCCGAGGACGGCGAGCAGCUGUGCCCAGAGCUCUGGG… 4680 nt 0.4013
NM_001349562.2 NCBI
AUCACUACUGUGACUGCUUGUACCCGAUAAUCUUGCUCUGCAGCUCCCU… 4962 nt 0.4000
NM_001349563.2 NCBI
GAGUCUGGGCUUUCCGAGGACGGCGAGCAGCUGUGCCCAGAGCUCUGGG… 4882 nt 0.4037
Showing 1 to 10 of 11 entries
Summary

This gene encodes a type II classical cadherin from the cadherin superfamily of integral membrane proteins that mediate calcium-dependent cell-cell adhesion. Mature cadherin proteins are composed of a large N-terminal extracellular domain, a single membrane-spanning domain, and a small, highly conserved C-terminal cytoplasmic domain. Type II (atypical) cadherins are defined based on their lack of a HAV cell adhesion recognition sequence specific to type I cadherins. This particular cadherin is expressed specifically in the central nervous system and is putatively involved in synaptic adhesion, axon outgrowth and guidance. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, May 2014]

Forensic Context

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