Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001349560.2
Sequence Length
4683 nt
GC Content
0.4015
GAGUCUGGGCUUUCCGAGGACGGCGAGCAGCUGUGCCCAGAGCUCUGGGAAAGUCCCCUCUCUUUGCUUCUUAUAAAUUAAGUUCCUUUCCACCAGUUAGGGCAAGUCCGCCAAGACUGAAGAGGAGCAAGAACAGAAACAGGGAGCCAGUUACAGAUCUAUCCCAAGAAUUCUGGGGAGAGAUGAUGGUGUCUGCAGCAGAGUGACAGCAGUGGAGAUUGAGAGAAAAGGUUGAAAAUGGUUGCUUGUGUUCAACUACUGUGAAGAGUUGGAAUCAGACAACUACGGCUUUGAUUUUCCAAGUGGUUCAGAAUGUAAAUAUGAUCUGACCUUUCCCUGAUGGACAGUUAAAUCAUGGACACGCUAAACAAUUUACUUUGGACUGUCCUUCCUAAAGAUGCUCUGGCUUCUCUCUUGAAUGCUCACUAAGCUUUCGUAGCUGACAAGGAAAGGAAGGAAAACUGUGAACUGGAAAGUUAUCUUACAAUGAAAAUUACUAGCACAUCUUGCAUCUGUCCAGUCCUAGUGUGUCUCUGUUUUGUGCAGAGGUGUUAUGGAACUGCUCACCACAGCUCCAUCAAGGUGAUGAGAAACCAAACCAAACACAUUGAAGGUGAAACCGAAGUCCAUCAUCGUCCCAAAAGGGGAUGGGUAUGGAAUCAGUUCUUUGUUUUAGAAGAACAUAUGGGACCAGAUCCUCAGUAUGUUGGAAAGCUGCACUCCAAUUCUGACAAAGGUGAUGGAUCUGUCAAGUACAUCCUUACUGGAGAGGGUGCUGGGACUAUAUUUAUCAUUGACGAUACCACGGGUGAUAUCCACUCAACAAAAAGCCUAGACAGAGAGCAGAAGACCCACUAUGUGCUUCAUGCUCAAGCUAUUGAUAGACGUACAAACAAACCUCUUGAGCCUGAAUCCGAGUUCAUCAUCAAAGUGCAAGACAUCAAUGACAACGCUCCAAAAUUCACAGAUGGACCAUACAUUGUUACUGUGCCUGAAAUGUCAGAUAUGGGUACCUCUGUUCUACAGGUGACAGCUACUGAUGCAGAUGACCCUACCUAUGGAAACAGCGCUCGGGUGGUUUACAGCAUUCUCCAAGGACAACCCUACUUCUCCGUCGACCCUAAAACAGGAGUUAUUAGAACGGCCUUACAUAACAUGGACAGAGAAGCCAGAGAACAUUACUCCGUAGUCAUUCAAGCCAAAGACAUGGCUGGGCAAGUUGGAGGGCUUUCAGGAUCUACAACAGUCAACAUCACCUUAACCGAUGUCAAUGACAACCCACCACGCUUUCCUCAAAAACACUAUCAGCUAUAUGUUCCUGAGUCAGCUCAAGUUGGUUCAGCUGUUGGGAAAAUCAAGGCAAAUGAUGCUGACACUGGCUCAAAUGCUGACAUGACCUACUCCAUCAUAAAUGGUGAUGGCAUGGGAAUAUUCUCAAUCUCCACUGACAAAGAGACCAGAGAAGGAAUCCUUUCUUUAAAGAAGCCACUGAACUAUGAGAAAAAGAAGUCAUAUACCCUCAACAUAGAAGGAGCAAAUACACAUCUUGAUUUUCGCUUUUCUCACUUGGGUCCUUUUAAAGAUGCUACUAUGCUGAAGAUCAUUGUUGGGGAUGUAGAUGAACCACCACUAUUUUCCAUGCCUUCCUACCUCAUGGAAGUCUACGAAAAUGCCAAGAUUGGGACCGUCGUUGGUACAGUUUUGGCACAAGAUCCUGACAGUACUAACAGCUUAGUAAGAUACUUCAUCAACUACAAUGUUGAAGACGACAGAUUUUUCAACAUUGAUGCCAAUACUGGGACCAUUAGGACUACAAAGGUUCUCGACAGAGAAGAAACUCCAUGGUACAACAUCACAGUCACUGCUUCAGAAAUUGAUAAUCCUGAUUUGCUGAGCCAUGUCACAGUGGGUAUUAGAGUUCUGGAUGUCAAUGACAAUCCACCCGAACUUGCCAGGGAAUAUGAUAUUAUUGUAUGUGAAAAUUCUAAGCCUGGCCAGGUUAUUCAUACCAUCAGUGCCACUGAUAAAGAUGAUUUUGCCAAUGGACCAAGGUUUAACUUCUUUCUUGAUGAACGCCUGCCUGUAAAUCCAAACUUCACUCUGAAGGACAAUGAAGCAGCAGCAGCACCCUCACCAUCAGGGUUUGUGCAUGCGAGAGAGAUGGGCGUGUGCGGACCUGCCAUGCAGAAGCCUUCCUGUCCUCGGCUGGUUUGAGUACAGGAGCCUUAAUCGCUAUUCUUCUCUGUGUUCUCAUUCUCCUGGCAAUUGUGGUACUUUUUAUCACCCUGAGGCGCAGCAAAAAAGAGCCCUUGAUCAUUUCAGAAGAGGAUGUACGGGAGAACGUGGUCACCUAUGAUGAUGAAGGAGGCGGAGAGGAAGACACAGAGGCCUUUGACAUCACAGCCUUGAGGAAUCCUUCUGCUGCUGAGGAGCUCAAGUACCGGAGGGAUAUCAGACCUGAAGUGAAGCUCACUCCCAGACACCAGACAUCAUCCACCCUGGAAAGCAUAGAUGUUCAGGAAUUUAUUAAGCAAAGACUGGCAGAAGCAGACCUAGACCCUAGCGUUCCCCCUUAUGACUCUCUUCAGACUUAUGCCUAUGAGGGUCAGAGAUCAGAAGCUGGGUCUAUCAGCUCGCUGGAUUCAGCAACGACACAAUCAGACCAGGAUUAUCACUACCUUGGAGACUGGGGACCCGAGUUUAAAAAGUUAGCUGAACUCUAUGGAGAAAUAGAAUCUGAAAGAACAACUUAGGGGGUCAGUUCUUGCAACCUUGUGGAAUUUGCUUCCUGAGUAAGUGGAUAUACAACCUCAGCAAUGACAAGGAAGAAGUGUGGAAACAGUACUUGGAACUGAGGAAGCUGGACACAGCUCCUGUAGAAACAAGUGCCCUUUUCAUGAUCGAAACUGGGUUAUUUAAUUGGAAGAAAGUAAAAAAAAAAAAAAAAAGACAAUACAAAGAAAAAGUUAUUGUUCCUUGUGUAUAUUUUCAAUUGCUCAAUAAAGUCUGUGGUACUGUUUAUUAAGAAUACCUGAAUUAAGCCAAACAAUGAUAUUUGUUUCAAUAUAUUGUGAUUUAUUUUUUUCAAAAGCAAAACUAAACAGAAAGGCUCAAGAUCACUGGUGGUUAUGACUUAUAGGGGUGGUAACACUAAUACAGGAAACUUGUGAAGGUAAUCACAACCUCUUUUAUCACUUUUCUGGGUGAAACCUUGAGAACCACACUCUGUUAUUAUAACAGAUCUCAUUAGCCUUGUCUUGUGUUUAUAUUACAUGAGGUAUUUCCACUCUAUCAUGGACUUGUAUGUACCAUUUCCCUUUGCCCUCCCCAGUUCUUUUCUCCAUACAAAACUGAUGGAGCAUGGGGAUUUGCUGCCUGCACUAUAAUGUAUGCAACUUCAGUGCACCAGUUGUGUGCUGUACUGAGCACGAGACUAUUGUCUCUAUCCCGUACACCCCCUUUUAUUUUAAUGGGAUACUCCUAUUUUUAAAUGGACAGAAAGAAUAGUUUAAGGUAUGUUAUGAAAAUCUGAUAUGUCAGGGAAUAAUUUAAUUUUAAAAAUAGCCACACACCUUAUCUUCUACCAAAUGUUGGGGAACUUUUUUUUUCCUUUUUUCCACUUGUUUUAUUAUAUUUAAAUCAGCAAUUUUGGUCAUUUCUCUAUUUAAAAUUAAUUGUCAAAUAUUUUGCUGGCUGGUUUGUACUUCAGUCUAAUUCACUUAUUUUCAACACGAGCAGUAAUUAAAAAUAAGUACCUCACACAAUAACAAUGUAGUCUGAAAGACUAUCCUCCAAUGAACGUAAAUGUCAUAGAAUCAUAGUUGACUUACAUUUAUUCCUUACACAGUUUCAGAUUUUUUCCAUCUCACUGAUAAUUAGUUUGGUAUCAACAGGAAAAUGUGUAGGACUAGGAGCAAAAAAGGAGAUUCACAGUUAUUAUCCUCAGAUAUGUUUCCGAAAGUCUCUGUGUUCAGGGUCCAAACCACAAAGUAGAGAUGGCAAUGACUUCCCUGCCCACCUCACAGGGUUGUUGUGAGGAUUAAAUGAGCAUCUGUAAAAUGCUUUGCCAACUGCAAAGUAUUCAAUUGCAUAAAAGCUUGCAGACGCUUAUCUAAUUUUCUAGUUUCAUUAGCUUAUAAAUAUAUAUUUACAUGCAUCUGGCAUAAAAUAUUAUCACAGGAGAAUUUCAUGAAAUCUUCAACAGUGAAGCUACUGUUUAAAUAUAUGUACACAAUUCCAAUUAUUUUAAUAUUUUCAUAAGCUAAUUUCUGAGAAUUUGGGUGGGGCUUUUUUUUUCAAAUUGUUUUAGAUAAUGUUUUGUUGUUGUUGCUAUUGGCCUUGAAGUAAGAAUUCAUACCAUAAUGGUCCUAUUUUCUAAAACUGGCCACAUCUAUAUAUUUCAGAAAUAUUGAAAUUCUUAAAUACAUGAAAUAGGAAUUAGUUGACACCGGAGUUUUUCCUUUGCUCUUUAAAUUUAUCAUUAUCAGUGUCCCCAAAAGUUAUAUGACAUUUUCUGUCUGUUUCUACCCAUGUGCAAAAUUUUGGAUUUUACCUCUGUUUGCAAUUGCCCUGUGCUAUCAUAUUAUAAUUUGAGGUAUGGGAAGUAAGUAAGCUUAAUUUGAAUAAUUCUCAAUUUGUGUUUUAAGCCUGAGGAAUAAAAUGUAAUUUAAGCUUUUUACGACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1265.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1359.29
Frequency: 0.0000
Diversity: 1225.35
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((.(((((((((.((((((((.....)))))((.....))))).)))))))))((..(((((((((...(((((((..((((((((....(((((..(((......)))..))))).)))))))).....(((((...((((...((........)).)))).....))))).(((..((((.(((((((((.....((((((...(((((((((((((((....(((......(((((((...((((((((((.((....)))))))..........(((((((.(((((((.((((((.((.(((((.(((....))).))))).....))))..)))).)))))))....(((((..(((((........)))))..)))))........(((((((((((((((((...(((((((.....((((.....))))....((((..(((.(((((..((((..((((..((((.((.......)).)))).))))))))..))...))).)))..))))((((.(((((((((((.((...((((...(((((.(((.......))).)))))...(((........))).................(((...)))....(((((..(((((((.....)))))))..)))))....(((((((......)))))))((((((..((((((((((.....((((((.........))))))..(((((..(((.....))))))))......(((.....))))))))).))))..)))))).((((......))))....(((((.....)))))........))))...)).))))))).)))).)))).(((((.((.((.((((....)))))))).)))))...(((((.((((((((((..(((((((...((((....((.....))....))))....)))).......(((((...(((........))).))))).((((....))))....((((.(.(((((....(((..........)))..))))).))))).......)))..))).))))))).)))))..)))))))....(((.....)))......(((((((((((.....))).)))....).))))((...........))..)))))))))))))..))))...)))))))......(((((......)))))(((.(((((((.(((......(......)....(((((((((.........)))))...))))..))).))).)))).)))....)))))...))))))).....)))..((((((...((((((((((((((((..((...))..))))......))))).))))))).....))))))....((((..(((((((.....)))))))..)))).....)))))))))))))))..((((.((((((((((((....))))))))..................((((((((.(((((((....((.((......)).))...............)))))))...))))))))....))))))))......((((....(((((....((((((((.((((.((((.((......)))))).))))....(((((........)))))...((((...(.(((....))).)...))))((((.((((.((((((........(((.((((((.((......)).)).))))))).......((((((((((((........)))))))))))).)))))).))))..))))...(((.((((.((((((((((.((((((((((((((((((((.((((((.(((((((((.(((((((((((.......)))))).)))))((((......))))......((((((((((((((...))).)))))...))))))((((((((((.(.((((......)))).)..))))....))))))..(((.......)))..)))))..)))).....)))).)).)))).))))).....))))..))))))).)))).))..))))...))))..)))...(((((...)))))))))))))..)))))..))))...((((..(((((((((((((((((...........))))))))))))((((...))))...........((((((((((...(((((.((((.(((((........(((((((((((.((((..((((((((((....((((((.....))))))......))...((........))((((..((......)).)))).....))))))))(((.((((....)))).))).)))).)))))))))))......))))).)))))).))))))))..)))))(((((((((.(((((((...))).)))).)))))))))......))))).))))...)))))).)))))))))..)))).)))..((((((...........))))))))))))).)))))))))..)).((((((((((.(((((((.(((.(((...(((.((((((((...((........))..)))))))))))....))))))))))))).......((((....))))...............(((((...........)))))....(((((((..(((((((..........))))))).(((((((....((((((((((.....(((((((((((.((((((.(((....))))))))).))))))))))).....((..(((((((((((((((((((((((.((((((((((((..(((((((...(((((((.((((....)))))))).)))...)))))))..)))))))((((((((((((.(((..((((((((((((((.(((((((((............((((((.(((.((....)).))).)))))).................((((.((.(((((..((((((.((((((.....(((((((..((((((((......)))))).((((((((.(((.((((((((((....(((....((....))....)))....((.(((((((....(((.....((((((((((.((....((((((....((((((......)))))).........((((((....)))))).....(((((.......(((((((...))))))))))))...((((((...((((.......))))))))))...((((........))))))))))))))))))..))))..((..((((((........((((((.((....))))))))..))))))...))(((.((((......)))).)))...)))...))))))).))(((((......)))))(((((....)))))((((((((..................)))))))).(((...........)))..)))))))))).))).))))))))........((((....))))))..))))))).))))))))))))))))).)).)))).((((.((((...)))))))).))))))))).))))))))))........))))....))).))))...))))))))))))))))............))))))......)))))))..)).)))))..))..........(((((((((....((.....)).....)))))))))..................(((((((...))))))).....((((((.((((..((((............)))))))).))))))..........)))))))))))))))))...(((((((((......(((.(((((.......((((..(((((..(((((.....(((((((..(.(..((((((....)))).))..).)..))))))).)))))..)))))....))))..(((((((((((((((((..(((((((((((((((((.....)))))))).....((((((.(((((((((((((((((.....)))))))))).....((......))))))))).))))))..(((((((.((....((((((((((..(((((((((((.((((.....))))..............(((((.(((...))).)))))(((((((....))))))))))))))))))...........((((...))))......))))))))))..))))))))))))))))))..........((((.((((......)))).))))..))))))))))))((((....(((.((((.....((((...))))......))))...)))))))...))))).....((((.....))))((((((((...........)))))))).))))).)))(((((.........)))))...........))))))))))))))))...(((....))).......))))))))))...((..((((((.....((......))....))))))..)).((((((((.(((..........)))))))))))..(((((.((((((((.(((..((.((((((.((((.....))))..)))))).)).....))).)))))))))))))))).
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((.(((((((((,((((((((.....))))).||{{{...,))}))}}}}}}}{{,.{{(((({(({{{{{{,,{{..((((((((....(((((..(((......)))..))))).}))))))),,|||||||,..||||{,,,{,......,{{{.||||.,{..,,})|||||,|{{|{.{{{{{((((.{{{,{{(((({.,(((((((((((((((,....{{{{{....((((((.{((..(((((((.((....)))))))))..))).)))))),,|||((((((((((....(({{((((.{{,....}}|.)))))))..,.({,,,.|||,||||..,,,,.(((((..(((((........)))))..)))))........{{{{(((((((((((((...(((((((.....((((.....))))....,(((..(((.(((....((((..((((..((((.((.......)).}))).))))}}))..,}...))).)))..)))|((((.(((((((((((.((,..((((.{{{((((.(((.......))).))))}...(((,.,,....,}}...,|...,,,.,,,..{({...}}},,..(((((..(((((((.....)))))))..))))).,,.(((((((......)))))))((((((..((((((((((..,..((((((.........}}))}),}|||||..{{{,,.,,))))))),.},.,.{((,,...}},)))))).))))..)))))).((((......))))....(((((.....)))))........)))).,.)).)))))))}}))).)))),(((((.((.((.((((....)))))))).)))))...(((((.((((((((((..(((((((...((((....((,....}).,..})))....)))).......(((((.||{{{....,,,,)}}.))))).((((....))))....((((.(.(((((....{{({{....,},.}))..))))).))))).......)))..))).))))))).)))))..))))))),,,{(((.....}||....,,(({{,{,,{{{.....})),)}}..,,)..}})}|,.........}))}.)))))))))))))..}}}}.({{{{.,,|,.,{{.{((((......)))))|||..,,{|||}|{{||.||||},....{,,,,(((((((((.........)))))...))))..||.,|,,.|||...|{{,..{{{{.,,,.,,,.,,,}))).,))}|.,|||....}}})))}}})}))}}}))))))))))}|},..{{{.(({|....})))))}..|}},..,,,..((((..(((((((.....)))))))..))))....,))))))))))))))).,,{{(.{{({{(((((((....)))))))}..,,..,...,,......((((((((.(((((((....{({((......)},)).,.............)))))))}..)))))))},,,,)))}}))}...,{{{{,(((((.((((.,,...((((((((((,,((((.({......}}}}}|{(((,..(.(((((........))))).}...}}},.{((((((((((..((((....)))).))))))))))}.....}))))))))).||..)))).))))).||}.,,},,,,.....((((((((((((........)))))))))))).,.(({....))).|{{,,..({{.,.....||(((((,,.,|||||,...{||||||||,...|,|{...|||||||||,||||.,,((({{{{{{{|,|||{||||,,...|{{.{{{{{{{{....{(((((((((((((...))),,))))...)))))|((((({((((.{.((((......)))).,..})))|{((((((((({(((...((((...((((((...))))))....))))....)))..))).)),,))))),.,.|{|{{{{{||{||{.,{((({{((({..,,|,,,(({{,..,||}}|{{{{..||,||}||,|{||}{,,,{.......||||{((((((((((...........)))))))))}}}||||..,))}}..},}}}},}}|||||||{{|,,,||{{|,||||.(((((....,,,.{((((((((((.((((,.(((((((({(,...((((((.....))))))..,{,{(,,{...........))||||,,,{...||,,..}}}},}}}.))))))),(((.({{,.,,.)))).))).)))).))))))))))),.....))))).}}}|}}.}}}})))).,}}}},(((((((((.(((((((...))),,))).))))))))).,},...|||,{||||...))))),.))),,,}}|,.||||.|||..,|}))}..,,...}})))))))),,)))))}))),)))))}}))}|{,,{{,((,.(((((((.(((.(((...{{{.((((((((...{(.,....}.}}..)))))))),})....)))))))))))))...}}}}||||},}})))),..,......,,...,||||}}}}}},...})))))}},.(((((({..(((((((..........))))))).(((((((,...{(((((((({.....(((((((((((.((((({,(((....))))))))).)))))))))))..{{{((..((((((({(((((((((((((({{((((((((((((..(((((((...((((((,{((((....)))))))).)))...)))))))..)))))))(((((((({(({.{{{..{({,((((((((((.(((((((((........{,,,((((,,.,,,.,,,.,,))}))}.|||}||,..,,......}}}.,,{{{(.((.(((((,.{(((((.((((((,{...(((((((..((,{((((......))))}|,((((((((.{((.((((((((((,...,{{{,,..{,,,,{|,{(((((.,{{{{{.,{{{{{{(({(,({{{,.{{{|||{||},|}}}..,,{(((,...{(((((......})))}),}},.....{({{{{....))))))...,,|||||,,,,,..{((((({...)))))))))),,..})}})}.|||{{|||,......}}}}|}|||...{{{{.......,)))}|,}}}},))}}||,.{||||.{{{..((({(({{,.....,,,,,,.,,.,,,))},))))}}})))))..})}|((.((((......}))).))}..,{(((((((.{{.....,}),))))))))),..(((((....)))))((((((((..................)))))))).{{(,{{{....,},))}..)))))))))).))}.))))))),.,},,...((({....))))))..))))))),))))))))))))))))).)).))}}.{(({.(((,...}))))))}.))))))))).)))))))))).,,|....,,.,....})),}))),..))))))))))))))))............))))))......))))))}..))}}})))..)),,,.......(((((((((.,,.((.....))..,,.)))))))))..................(((((((...))))))).....,{((({.((({..(({{..,.........)))))))),)))))}..........})))))))))))))))}...(((((((({.,,,.{(((.{((((.......{{{{|.(((({..(((((.....(((((((..,.{..{,((((....)))}.}}..}.}..})))))).}))))..))))}....}}},..,{{{,{(((((((((((..(((((((((((((((((.....)))))))),,{{.((((((.(((((((((((((((((.....)))))))))).....((......))))))))).)))))).}|||{(((,((....((((((((((,,(((((((((({.((((.....)))).,............(((((.(({...,)).)))))(((((((....)))))))}}}}}}}}}}}.............,,.....}},,,,..))))))))))..)))))))}.)))))))))..........{{{(.{(({...,|,}}},.})))..)))))))))))|((((....{,{.((((.....((({...}))).....,))))...,,,)))),..,}}},.{{{{(((,...,.|}}}|{{{{{{{......,,,..)))))}}}.))))).)))|{{{{...,,,...))))}...........))))))))))))))))..,{,,,,..|||,.....}))))))}})).,}|{..((((((.....((......))....))))))..}}.((((((({.(((.......,,.)))})))))))..(((((.((((((((.(((..{,.((((((.,{{{.....,})}..)))))).},.....))).)))))))))))))))).
Back