Basic Information

Symbol
CDK16
RNA class
mRNA
Alias
Cyclin Dependent Kinase 16 PCTAIRE1 PCTGAIRE PCTAIRE PCTK1 Serine/Threonine-Protein Kinase PCTAIRE-1 Cell Division Protein Kinase 16 PCTAIRE-Motif Protein Kinase 1 Cyclin-Dependent Kinase 16 EC 2.7.11.22 FLJ16665 Testis Secretory Sperm-Binding Protein Li 224n Serine/Threonine-Protein Kinase PCTAIRE Protein Kinase 1 EC 2.7.11
Location (GRCh38)
X:47217860-47230000
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis Postmortem interval inference
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006201.5
Sequence length
3151.0 nt
GC content
0.5966

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1291.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1347.02 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 637.74
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001170460.2 NCBI
AGGGAAUAGUCUGCCUUGGCCUUUGAGGGUGGUGCUAGGGGAACUAUGC… 2987 nt 0.5691
NM_006201.5 NCBI
CCACUUCACCCUUCCGAGCGCCUGCGUGCGCAUGCGCGGAGCGCGGCGC… 3151 nt 0.5966
NM_033018.4 NCBI
CUCUCCUCGAAAAGUCAUCUUCUCGCGAACCUUUAAAAUGCCUUCCUCC… 3088 nt 0.5693
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the cdc2/cdkx subfamily of the ser/thr family of protein kinases. It may play a role in signal transduction cascades in terminally differentiated cells; in exocytosis; and in transport of secretory cargo from the endoplasmic reticulum. This gene is thought to escape X inactivation. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Dec 2009]

Forensic Context

A study in humans identified CDK16 as a hub gene and diagnostic biomarker, finding it significantly upregulated in burn injury tissues (p < 0.001) with an area under the curve (AUC) greater than 0.68, indicating promising diagnostic value [Zhou et al. DOI:10.3389/fgene.2022.829841]. A study in zebrafish demonstrated that the CDK16 transcript, a serine/threonine-protein kinase, increased in abundance postmortem [Pozhitkov et al. DOI:10.1098/rsob.160267].