Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_033018.4
Sequence Length
3088 nt
GC Content
0.5693
CUCUCCUCGAAAAGUCAUCUUCUCGCGAACCUUUAAAAUGCCUUCCUCCCCAAGCACCUCAAGGGACUAGAACUGAGUGCUUCAUUUGUCUUUUUUCCUCCUUGCAAAAGUCCCGUUUGCCACCAUGGGGAUGUACCAAGUGAGACCGAGUAGGGGGAACGAGUGGUGAUUGACGCGCCAGGUUACUGGCCACUGCUCACCUAGGCGCUAGCAAACUUCUGCCAAGAUCGGAACUGAGUACUAAACAGCCUCCACAGUUCUCCCUGGUGCCGUCUCCGGCUUGGCGCCGCAUCCUCCUCUGGGCUCGCGAUGGCCGCGUCCCCUCCCGCUGCGGACGGGUCCUUUGGUACAUGCAGUCCGAGAUCGCCAUGGAUCGGAUGAAGAAGAUCAAACGGCAGCUGUCAAUGACACUCCGAGGUGGCCGAGGCAUAGACAAGACCAAUGGUGCCCCUGAGCAGAUAGGCCUGGAUGAGAGUGGUGGUGGUGGCGGCAGUGACCCUGGAGAGGCCCCCACACGUGCUGCUCCUGGGGAACUUCGUUCUGCACGGGGCCCACUCAGCUCUGCACCAGAGAUUGUGCACGAGGACUUGAAGAUGGGGUCUGAUGGGGAGAGUGACCAGGCUUCAGCCACGUCCUCGGAUGAGGUGCAGUCUCCAGUGAGAGUGCGUAUGCGCAACCAUCCCCCACGCAAGAUCUCCACUGAGGACAUCAACAAGCGCCUAUCACUACCAGCUGACAUCCGGCUGCCUGAGGGCUACCUGGAGAAGCUGACCCUCAAUAGCCCCAUCUUUGACAAGCCCCUCAGCCGCCGCCUCCGUCGUGUCAGCCUAUCUGAGAUUGGCUUUGGGAAACUGGAGACCUACAUUAAGCUGGACAAACUGGGCGAGGGUACCUAUGCCACCGUCUACAAAGGCAAAAGCAAGCUCACAGACAACCUUGUGGCACUCAAGGAGAUCAGACUGGAACAUGAAGAGGGGGCACCCUGCACCGCCAUCCGGGAAGUGUCCCUGCUCAAGGACCUCAAACACGCCAACAUCGUUACGCUACAUGACAUUAUCCACACGGAGAAGUCCCUCACCCUUGUCUUUGAGUACCUGGACAAGGACCUGAAGCAGUACCUGGAUGACUGUGGGAACAUCAUCAACAUGCACAACGUGAAACUGUUCCUGUUCCAGCUGCUCCGUGGCCUGGCCUACUGCCACCGGCAGAAGGUGCUACACCGAGACCUCAAGCCCCAGAACCUGCUCAUCAACGAGAGGGGAGAGCUCAAGCUGGCUGACUUUGGCCUGGCCCGAGCCAAGUCAAUCCCAACAAAGACAUACUCCAAUGAGGUGGUGACACUGUGGUACCGGCCCCCUGACAUCCUGCUUGGGUCCACGGACUACUCCACUCAGAUUGACAUGUGGGGUGUGGGCUGCAUCUUCUAUGAGAUGGCCACAGGCCGUCCCCUCUUUCCGGGCUCCACGGUGGAGGAACAGCUACACUUCAUCUUCCGUAUCUUAGGAACCCCAACUGAGGAGACGUGGCCAGGCAUCCUGUCCAACGAGGAGUUCAAGACAUACAACUACCCCAAGUACCGAGCCGAGGCCCUUUUGAGCCACGCACCCCGACUUGAUAGCGACGGGGCCGACCUCCUCACCAAGCUGUUGCAGUUUGAGGGUCGAAAUCGGAUCUCCGCAGAGGAUGCCAUGAAACAUCCAUUCUUCCUCAGUCUGGGGGAGCGGAUCCACAAACUUCCUGACACUACUUCCAUAUUUGCACUAAAGGAGAUUCAGCUACAAAAGGAGGCCAGCCUUCGGUCUUCGUCGAUGCCUGACUCAGGCAGGCCAGCUUUCCGCGUGGUGGACACCGAGUUCUAAGCCACAGACCGAGGCCCCAGCAGGCAGCGGCUGGAGGGAUGCCACACCCCUCACAGGGCAGCCCCCAACUACAUCUUCCCUGCUUACUCUCUGCCUACCUGCCUGAGCCAUGUUCACCUGCCCACUUGUCCCCUGCUGCCUGCCCAAACACCCCACCAUUGGCCUGUCAACCCACCCAUUGGCCUGUCUGCUGGGUGCUAACAAAGCUCUCAUCACUCCUUCACUUGGUCUGUCUGUCUCUGUCUUGGUAGUUGCCGGUGGACAGCAUGGCCGUGCCAGCCUCCCACACUGAGGCCAGGUCUACCCCCCAUCAUACCAGCCCCCAGGACCACUACCCCACGGCCAGCCAGGGGUCCAGAGCUAGCCCAGGCUGGGGAUCUCGACUCAGACAAGAUGGUGACAAUGCCUUGAGUCUGAGGCAUCCUCUGCCUGCUUUCCUGCCUGCCCCACCUGCCUCAUAUUGUGUGGGCCUUUUUUUGUUUGUUUCAUUCAUUGUUUUUUUUUUUUUAAUUAUUUUAAAUGAGAUUUUUGUUUUUUUUAAAUGCAAUAUCUCUGUAUACAGACUGGCUGGGCCCCACCCCCUGCGUGUGGCCCUCCCACAGUAUUUUGUGCAAUGAAGCCCUGCUCCCAGCCUUUCAGAGACAGGGACACAGCCCCUAUUUGGAACCCUGAUCAUCACCAGACCCUGGGAUUGGCUAUGGGAAAGCAUGCCACAGCCACUCGCCUUCCUACCCCCGCCCGCCAUCCCCAGUUGCAGGGGGAUCUGGGGACUACCAGAGACUCUGGGAAAUGGACAAGGUGGGGGGCCCCACUCUUUCUCUCCUGCAGUCCCGUAGCUGGGGCCUCCUUCCUUCUCAGGGUCUCCCCAGCCCAGUCCCCUUGCUCCCAUCCCACUCGGUGCUGUUGGGUAGGGGCCCUGCCAGGAACUGACCAGCUCAGCGAGGAGCCAUAAUGUGCAUAUGUGCACAAGCAGGGUUGGGGGAGGGGGGUGUGAGGGGUUGUGCCCAGGUGUUGCCCCCUAUCUCCUGGGGAGGGUGAGGCAGGGCAGGGACAGUCUCCAGGGUCAGUCCCUGGAUGGGUGGUUACCUCCCCUUCCUCCACCCUAAGCCCUGGGGCCCUGAAAUGGGGUGGGAGGGCAGGGGUGGGAGCCCUCCUAGUGGGUUUGGGGGGUUGGGUUCCUGAAUGCACCAUAAUCGCUGUAUGAAAUAUUAAAAAGUCUAAAGUGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1174.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1230.90
Frequency: 0.0000
Diversity: 662.72
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....(.(((.(((....))).))).)............((((..((((((((((.((...(((((...(((..(((.((.......)))))..))).)))))......(.(((((((((......((((((((.(((.(((((.((.((.(((((((..((((((((........(((((....))))))))))))).....((((((((.........((((.(...(((((((..................))))))).).))))((((....))))))))))))...))))))))).)))))))..)))..)))))))).......))))))))).)..((((.((.....))))))((((......))))((((((((.(((.(((((((.((.((((...)))))))))((((((...(((((..((.(((.....(((.(((((((..(((((((((.....(((.(.((((((.((((((((((((..(((.((((.(((.(......).))).)))).)))..)))...........(((((........((((((((........))))).)))...((((((((((((.(((.(((((.(((.(((..(((....)))..)))))).(((.((((((.((((.(((((.(((..(...((((.............)))).)..)))))))).))))........))))))))).....(((((....(((((..(((....)))..)).)))..)))))..))))).)))))))))))))))...)))))...))))))))).))))))).))))))))))))...((((((.((((....(((...(((.......(((((......((((...((((((((.(((....((((....))))....))).((.(((((......)))))))......((((..(((.((((((((.....((((....)))).(((.(.((((((((........(((((..(((...........((.(((...)))..)).....(((....(((....)))...)))......((((((((..........)))))))).)))..)))))..)))))))).).)))((((((.......((((.....))))....))))))))))))))))))))).((((.(((((..((((((((((((......(((..((((((((....((...((((.(((.(((......))).)))(((((((.....((((((((((.((((......).)))))))))..((((....(((((....((((((.((((((((((((((((..(((((.............)).)))..))))))......................(((((((((((((.(((((......))(((((((...))))))).((((.....(((.(((((((.(((.(((.........))).))).))))......))).))).....)))).((((((((((((((((.((((.(((.....)))...))))....(((......)))..(((((((((((((((((((((......(((((.(........).))))).(((((..((((...(((((...)))))))))))))).....((((((((((((((((((........)))))...((((((((...)))))))).(((..........)))................)))))......)))))))).))).)))))))......))).)))))..)))..))))))))..(((((((((...((((...((.((((....)))).))...))))..(((.(((..(((......)))..))))))(((((.((...)).))))).(((((.((.............)).)))))...............)))))))))))))))))......................)))..))))..)))))))))........)))))..)))))))))))..)))))..)))).))))....)))))))..((..((.......))..))))))...)))))))))))))))))))))).)))...))))).))))(((((.......))))).))))..)))))))).....)))))....))).)))....)))).)))))).)))))))))).........(((((.((((((.....(((((((..((.(((......)))))..)))))))..)))))).)))))))))).)))))...))))))(((.((((...))))))).....))))))).))))))))..............(((((.....))))).(((((..((((...........)))).))))).........(((((..((((((((((((.........((((((((((.((((...)))).......((((((((...........))).))))).((((((((((..((((....))))..(((.((((...)))))))(((((.(((.(.....).))).)))))(.(((((((((.(((((((((((...........(((((((((.(((((........((((((((((((........(((.(((((((((((...........((((......)))).))))))))))).))))))))))))))).....))))))))))))))..........((((.((..(((((...((..((......))..))..))))).)).)))).........((((((....)))))).)).))).))))))))))))))).)))))))))))((((((.(((..((((........))))(((((((((.((((.(((..((.(((((((((.....))))))).)).))....))).)))).))).)))))).))))))))).(((......))))))))))))).)))))))).))))..)))))))))))))))))..)))).................(((((....((............))...)))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....{.(((.(((....))).))).},...{{{,....((((..((((((((((.((.{,(((({..{({,,,((({(,..}}|||||||||||||.|||}||{{{(,(.(((((((((......((((((((.(((.(((((.((.((.(((((((..((((((((........(((((....))))))))))))).....((((((({.........{(({,{...(((((((.(..,,.....,..,...}))))))...))))((((....))))})))))))...))))))))).)))))))..)))..))))))))....,..))))))))).,,))}|{,{{.,,,.|||||.({((......))))|||{{{{|,|||.{{{{(((.((.((((...)))))))))((((((...(((((..,,..{{.....(((.(((((((..(((((((((.{{((((,{{.{((,((((((((((({(((..(((.((((.(((.{......).))).)))).)))..))),}|,,,|{|,,(((({...,,,..((((({{{,},,,...))))).))},.,((((((((((((.(((.(((((.(((.(((..(((....)))..)))))),(((,((((((.((((.(((((,(({{{({{.{({{............,))))...,)))))))).))))........))))))))).,...(((((....(((((..(((....)))..}),)))..)))))..))))).)))))))))))))},...))))).,.))))))))).))})),),))})))))))))...{(((((.((((....(((...(((.......(((((......((((...((((((((.(((,...((({....,)))....}},.((.(((({......}))))))......((((..(((.((((((((.....((((....)))).(((.(.((((((((...,{{,,{((((..{((,,.........{........}|,..},.....(((.{,.(((....))).,,)))......((((((((..,.......)))))))).}}),.})))),.)))))))).}.)))((((((...{{..{,{,.....,)))}...))))))))))))))))))))).((((.(((((..((((((((((((......((({.((((((((....{(...((({.(({.(((......))),})}(((((((...,.(((((((({{(((({,.....}.)))))))))..((((....(((((....((((((.((((((((({{{((((,.(((({.............)),,)),.))})))},,}|,,,..,,....,},,,.((((((((({(((((.(((((((..,.(((((((...))))))),((,,.....||{,{{{.,(({((({|..........}}}}})){(((........)))}{((({((((((((((.((((.((((((((((,(,..,,,.{{{{||,..,,,.....{{{......}}}..,{,({{{.(((.(....}.))).,},.(((((.{{,,....,}.))))).(((({.{{({{.,,(((((...))))))))))))))....}|||,||}||,|.}))))))).}}....,,)))},}}}))))))).))))))))}(((..........)))............,.....,,......))))))).))))).,....{{.((((.,,..{((((({..{{{..{(((((...)))))}||}..((.....}}(((((((({.....)))}...)))))})))))))))}}}.(((((((((((,{((((((.{{...}}.))))).}}((((((....................|,.......,.}}......}}.|||||...)))},.}}))}}.........))))))))))),,..}))))))))...,}...)))))..)))))))))))..)))))..)))).)))).,..)))))))..,...|{.......))},)),,,),,},.)))))))))})))))))))).)))...))))).))))(((((.......))))).)))}..)))))))).....)))))....))).)))....)))).)))))),))))))))))..,,..,..(((((.((((((.....(((((((..((.(((......)))))..)))))))..)))))).)))))}},,,.)))))...))))))(((.((({...))))))).....,,,}}}},,}})}))),.............,{{{{.....}}}}}.(((((..((((.{{....})}.)))).)))))||,,..,,.(((((..((((((((((((,........((((((((((.((({...)))).......((((((((...........))).))))).((((((((((..,,{(...,},},,.,{{.((((...))))}},(((((.(((.{.....}.))).))))),.|((((((((.(((((((((,(,.,,,,{{,..(((((((((.(((((..,,....((((((((((((........(((.(((((((((((,,.........{{{{.,....)})).))))))))))).)))))))))))))))...,,)))))))))))))).{({..(({((.,,.....}||)))..))){((({{{.,||..}},.}}.((((......)))).....((((((....)))))).)),))))})))))}))}))))).}))))))))))((((((.(((..((((........))))(((((((((.((((.(((..((.(((((((((.....))))))).)).))....))).)))).)))},))))).))))))))).(((......))))))))))))),)))))))).))))..)))))))))))))))))..))))...,}}|.,........{((((.,,.{{............}}...)))))...
Back