Basic Information

Symbol
CDK5
RNA class
mRNA
Alias
Cyclin Dependent Kinase 5 PSSALRE Serine/Threonine-Protein Kinase PSSALRE Tau Protein Kinase II Catalytic Subunit Cell Division Protein Kinase 5 Cyclin-Dependent-Like Kinase 5 Cyclin-Dependent Kinase 5 TPKII Catalytic Subunit Epididymis Secretory Sperm Binding Protein Protein Kinase CDK5 Splicing EC 2.7.11.22 EC 2.7.11.1 EC 2.7.11 CDKN5 LIS7
Location (GRCh38)
7:151051517-151057947
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_004935.4
Sequence length
1122.0 nt
GC content
0.5633

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-434.00 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -451.00 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 207.80
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001164410.3 NCBI
GCCAGAGUCUUAAAACCGAGGGCCCGCAGGGGUCCCCGCGGCCGCCGCG… 1026 nt 0.5692
NM_004935.4 NCBI
GCCAGAGUCUUAAAACCGAGGGCCCGCAGGGGUCCCCGCGGCCGCCGCG… 1122 nt 0.5633
Summary

This gene encodes a proline-directed serine/threonine kinase that is a member of the cyclin-dependent kinase family of proteins. Unlike other members of the family, the protein encoded by this gene does not directly control cell cycle regulation. Instead the protein, which is predominantly expressed at high levels in mammalian postmitotic central nervous system neurons, functions in diverse processes such as synaptic plasticity and neuronal migration through phosphorylation of proteins required for cytoskeletal organization, endocytosis and exocytosis, and apoptosis. In humans, an allelic variant of the gene that results in undetectable levels of the protein has been associated with lethal autosomal recessive lissencephaly-7. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, May 2015] CIViC Summary for CDK5 Gene

Forensic Context

A study in humans demonstrated that the CDK5 mRNA was upregulated in both acute emergency department patients and outpatient concussion clinic patients with mild traumatic brain injury compared to healthy controls, with a fold change greater than two [Cheng et al. DOI:10.1002/jcp.28139].