Basic Information

Symbol
CELF5
RNA class
mRNA
Alias
CUGBP Elav-Like Family Member 5 BRUNOL5 RNA-Binding Protein BRUNOL-5 CELF-5 Bruno (Drosophila) -Like 5, RNA Binding Protein Bruno-Like 5, RNA Binding Protein (Drosophila) CUGBP, Elav-Like Family Member 5 Bruno-Like 5 RNA Binding Protein CUG-BP- And ETR-3-Like Factor 5 CUG-BP And ETR-3 Like Factor 5 Bruno-Like Protein 5 BRUNOL-5
Location (GRCh38)
19:3224650-3297076
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_021938.4
Sequence length
1896.0 nt
GC content
0.6081

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-732.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -761.69 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 646.42
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001172673.2 NCBI
GGGAGGCGCGGCCGCCGCUCCAGCUGCGAGUCCGCCCGCCGCCCGCCGC… 5051 nt 0.5621
NM_021938.4 NCBI
GGGAGGCGCGGCCGCCGCUCCAGCUGCGAGUCCGCCCGCCGCCCGCCGC… 1896 nt 0.6081
Summary

This gene encodes a member of the the CELF/BRUNOL protein family, which contain two N-terminal RNA recognition motif (RRM) domains, one C-terminal RRM domain, and a divergent segment of 160-230 aa between the second and third RRM domains. Members of this protein family regulate pre-mRNA alternative splicing and may also be involved in mRNA editing and translation. Alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jan 2012]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CELF5 was one of the most significantly upregulated genes with a linear trend across increasing doses of whole-body irradiation in lung tissue [Aryankalayil et al. DOI:10.1080/09553002.2023.2214205].