Basic Information

Symbol
CFC1
RNA class
mRNA
Alias
Cryptic, EGF-CFC Family Member 1 CRYPTIC Heterotaxy 2 (Autosomal Dominant) Cripto, FRL-1, Cryptic Family 1 Cryptic Family Protein 1 Cryptic Protein HTX2 CFC1B DTGA2
Location (GRCh38)
2:130592165-130599575
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_032545.4
Sequence length
1672.0 nt
GC content
0.5604

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-609.60 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -641.92 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 444.88
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001270420.2 NCBI
AGUCCCCACCCCCCAGCCAGGUCUCAUAGAGGGAAUUGUUCUUCAGGCU… 1557 nt 0.5485
NM_001270421.2 NCBI
AGUCCCCACCCCCCAGCCAGGUCUCAUAGAGGGAAUUGUUCUUCAGGCU… 1447 nt 0.5363
NM_032545.4 NCBI
AGUCCCCACCCCCCAGCCAGGUCUCAUAGAGGGAAUUGUUCUUCAGGCU… 1672 nt 0.5604
Summary

This gene encodes a member of the epidermal growth factor (EGF)- Cripto, Frl-1, and Cryptic (CFC) family, which are involved in signalling during embryonic development. Proteins in this family share a variant EGF-like motif, a conserved cysteine-rich domain, and a C-terminal hydrophobic region. The protein encoded by this gene is necessary for patterning the left-right embryonic axis. Mutations in this gene are associated with defects in organ development, including autosomal visceral heterotaxy and congenital heart disease. Alternatively spliced transcript variants encoding multiple isoforms have been observed for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2012]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CFC1 was selected from a microarray analysis of heart tissue following methamphetamine administration and restraint, but its mRNA expression change was not statistically significant upon validation with quantitative RT-PCR [Shinone et al. DOI:10.1016/J.Legalmed.2010.01.001].