Basic Information

Symbol
CHD2
RNA class
mRNA
Alias
Chromodomain Helicase DNA Binding Protein 2 Chromodomain-Helicase-DNA-Binding Protein 2 ATP-Dependent Helicase CHD2 DKFZp686E01200 DKFZp547I1315 DKFZp781D1727 FLJ38614 CHD-2 EC 3.6.4.- EC 3.6.1 DEE94 EEOC
Location (GRCh38)
15:92886203-93027996
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
-
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001271.4
Sequence length
9350.0 nt
GC content
0.4676

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-2892.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -3058.80 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 2766.12
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001042572.3 NCBI
AGAGCUGGGAAGGAGGCUCUAGAUGGCGGCUGUGCCUUAGAGAGAGCGC… 2232 nt 0.4337
NM_001271.4 NCBI
AGAGCUGGGAAGGAGGCUCUAGAUGGCGGCUGUGCCUUAGAGAGAGCGC… 9350 nt 0.4676
Summary

The CHD family of proteins is characterized by the presence of chromo (chromatin organization modifier) domains and SNF2-related helicase/ATPase domains. CHD genes alter gene expression possibly by modification of chromatin structure thus altering access of the transcriptional apparatus to its chromosomal DNA template. Alternatively spliced transcript variants encoding distinct isoforms have been found for this gene. [provided by RefSeq, Jul 2008]

Forensic Context

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