Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001042572.3

Sequence Length

2232 nt

GC Content

0.4337

AGAGCUGGGAAGGAGGCUCUAGAUGGCGGCUGUGCCUUAGAGAGAGCGCGCUCUGCUCCCUGCCUUUGCCUCACUUUACGCAACUUUCCCUAACUUUCGGGCAGCCUCAGGGGGCCCCCGUAGCCCCCUGCCUUUCCUAGGGACUUACUGGGGUCGAUUCGAACCUUUUUUUGGGAGAAAAGCAGCUUUUAGGAGCUUUCUUUUCGUGCCUUGUUGGAAAGAAGCAGCCGUACUGAGAGCCCAGGUCGUUGUUUUUUCCAGCUUAGAAGCCAUGGCGCACCUCCAUUUUUGUGCGCUCUCCUAAUGAGGUUUUUUUUCUUUCGGACCUGUUUUAGUAUUAAUUAUUGCUUUAUUUUUUUGACCAGUUAACAUAUUUGAGGGUUAUUUUAUUUAUUUUUCGUUUUUUAACGGAGGAUUUUGCCUUUAUUUUUAAUUAUUUGGGAUCUGAUAUUUUUCUACUAGUAGAUAGGACUCUUGGUUUGGACAUACUACAUGGAUCAGUAAAUACCUGGGCACAGGACUUCAAAGCAAACACAGAUUCCCCCUCCCCCUUAAUAUUUAAGAAUUAAAAGAUGAUGAGAAAUAAGGACAAAAGCCAAGAGGAGGACAGUUCGCUACACAGCAAUGCAUCGAGUCACUCAGCCUCUGAAGAAGCUUCGGGUUCAGACUCAGGCAGUCAGUCGGAAAGUGAGCAGGGAAGUGAUCCAGGAAGUGGACAUGGCAGCGAGUCGAACAGCAGCUCUGAAUCUUCUGAGAGUCAGUCGGAAUCUGAGAGCGAAUCAGCAGGUUCCAAAUCCCAGCCAGUCCUCCCAGAAGCCAAAGAGAAGCCAGCCUCUAAGAAGGAACGGAUAGCUGAUGUGAAGAAGAUGUGGGAAGAAUAUCCUGAUGUUUAUGGGGUCAGGCGGUCAAACCGAAGCAGACAAGAACCAUCGCGAUUUAAUAUUAAGGAAGAGGCAAGUAGCGGGUCUGAGAGUGGGAGCCCAAAAAGAAGAGGCCAGAGGCAGCUGAAAAAACAAGAAAAAUGGAAACAGGAACCCUCAGAAGAUGAACAGGAACAAGGCACCAGUGCAGAGAGUGAGCCAGAACAAAAAAAAGUAAAAGCCAGAAGACCUGUCCCCAGAAGAACAGUGCCCAAACCUCGUGUUAAAAAGCAGCCGAAGACUCAGCGUGGAAAGAGAAAAAAGCAAGAUUCUUCUGAUGAGGAUGAUGAUGAUGACGAAGCUCCCAAAAGGCAGACUCGUCGAAGAGCGGCUAAAAACGUUAGUUACAAAGAAGAUGAUGACUUUGAGACUGACUCAGAUGAUCUCAUUGAAAUGACUGGAGAAGGAGUUGAUGAACAGCAAGAUAAUAGUGAAACUAUUGAAAAGGUCUUAGAUUCAAGACUGGGAAAGAAAGGAGCCACUGGAGCAUCUACUACUGUAUAUGCGAUUGAAGCUAAUGGCGACCCUAGUGGUGACUUUGACACUGAAAAGGAUGAAGGUGAAAUCCAGUACCUCAUCAAGUGGAAGGGUUGGUCUUACAUCCACAGCACAUGGGAGAGUGAAGAAUCCUUACAGCAACAGAAAGUGAAGGGCCUAAAAAAACUAGAGAACUUCAAGAAAAAAGAGGACGAAAUCAAACAAUGGUUAGGGAAAGUUUCUCCUGAAGAUGUAGAAUAUUUCAAUUGCCAACAGGAGCUGGCUUCAGAGUUGAAUAAACAGUAUCAGAUAGUAGAAAGAGUAAUAGCUGUGAAGACAAGUAAAUCUACAUUGGGUCAAACAGAUUUUCCAGCUCAUAGUCGGAAGCCGGCACCCUCAAAUGAGCCCGAAUAUCUAUGUAAAUGGAUGGGACUCCCCUAUUCAGAGUGUAGCUGGGAAGAUGAAGCCCUCAUUGGAAAGAAAUUCCAGAAUUGCAUUGACAGCUUCCACAGUAGGAACAACUCAAAAACCAUCCCAACAAGAGAAUGCAAGGCCCUGAAGCAGAGACCACGAUUUGUAGCUUUAAAGAAACAACCUGCAUAUUUAGGAGGGGAGAAUCUGGAACUUCGAGAUUAUCAGCUAGAAGGUCUAAACUGGCUAGCUCAUUCCUGGUGCAAGUAGGUAGAAAAAUAUGAGUGCAAUUUUCCUUACUGUUUCUGGCUUCUUUAUUGUUAGAUGUCAAGAAUUUUUUUUUUCUUUUUUCACACCCUUAUUGUAUCUCAACCAAGAAAUCUUUAUGCUGCAUAUUACAGAAAUAAAAGAUGAUUGAGAGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-601.40 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -642.54

Frequency: 0.0000

Diversity: 356.45

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

...(((((((.....(((((((((..((((((.((((((((((((((((..((.((((.(((((..((.(.((((((.....(((((((((.((((((.(((.....((((((((.......))))))))(((.....)))((((..(((((...((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((((.........((((.((((((((((((((.((((.(..(((......)))..))))))))))))))))....))).))))((((((..........)))))).))))))..)))))).)))))))))))..........((((........)))).........(((((..((((.....)))).)))))............((((((....))))))((.(((((.((((((((((.(((((((((((((((.((((..((((.(((((....(((((...))))).....)))))..))))..))))....((((....))))...............))))))))........(((((...))))).......))))))).)))))))))).))))).)).(((((..((..(((((...((......))...)))).)..))..)))))))))))).))))))))....)))))..)))).))).)))))).))..))))))).......))))))).)).))))).)))).))...)).))))).....))))))).))))))))..)))).)))))(((((....)))))....)))))))((((..(((..........((((........))))..........)))..)))).((((((((((....(((((((((.((.(((((((((((((.((..((..(((.(((...((..((.....((.((....((((....))))...))))...)).)).))).)))..))..)).))))....(((((((((((((((((.(((...............(((((...(....((((..............((...(((((((......((((((((....((........))...((((((.(((((((((((((((((((...(((......(((.((((....))))((.((....)).)).......)))......)))...))))))))..).))))..(((((((..(((((.((......(((.(.(((......)))).)))......(((((((.(((((..........))))).))))))).(((((..((((....(((((..((.((.....((((.....))))....(((((((...)))))))....((((((..((((.....((((....((((..((((((((.((((.(((....))).)))).......(((...)))....))))))))..))))....((....))(((((.((((........)))))))))..((((..((((((.((((((.(((.(((((((((((.((((......(((((..............(((((..((((.......))).)..)))))........))))).............((((....((((..((((.(.......).))))..))))....))))...((.(((((((((...(((.....)))..................((.((..(((((.(((((...((..(((((...)))))...))...))))))))))..)).)).))))))))).))(((....)))(((....((((((....))))))))))))))))........)))).)))))))....(((((..(((((((((.....))))))........)))..)))))....)))))).)))))).....))))))))......))))..)))))).(((((((.(((......))).).))))))..........)).))))))).....))))..))))))).)))))..)))))))......))))))...)))))).)))))))))))))))..)).............))))..)...))))))))))))))))))))))))).....))))))))).)))))))))))...))))))))))...........((((...(((...((((((((.(((.......)))..)).))))))..))).))))..

Thermodynamic Ensemble Prediction

...(((((((.,,..(((((((((..((((((.((((((((((((((((,.((.((((.(((((..((.{.((((((.....(((((((((.((((((.(((.....((((((((.......))))))))(((.....)))((((..((((({((((((((((.((((((((((((((((((.((((((((((((.........{(((.(({((((((((((((((({,(..(((......)))..))))))))))))))))..,,}}).})}|((((((..........)))))),)))))),.}))))).))))))))))}|{,{{.....((((,.....,,||}}..,......{||{|,,|{{{.,,,,)}}},)))),............((((((....))))))((.{((((,((((((((((.(((((((((((((((.{(((..((((.(((((....(((({...})))).....)))))..))))..))))....((((....))))...............)))))))),.......(((({...})))).......))))))).)))))))))).))))}.)).(((((..((..{((((.,.,,......})...)))).)..))..)))))})))))).))))))))..)))))))..)))).))).)))))).,}..))))))).......))))))).)).))))).)))).))...)).)))))....,))))))).))))))))..)))),})))){((((....))))),...)))))))((((..(((......,...((((........)))).....,,...)))..)))).(((((((((((...(((((((((.((.(((((((((((((.((..((..(((.{((...((..((.....((.((....(({,....},}}...}}}),..)).)).))).)))..))..)).))))....(((((((((((((((((,{{...............,{....,,,....||(((.....})}..,||.,....(((((((......((((((((....{(........))...((((((.(((((((((({((((((((...(((......(((.,,{,.....||,((.({....)).)).,.....)))......)))...))))))))..).)))),.(((((((..(((((.(((.....(((.(.(((......)))).)))......(((((((.(((((..........))))).))))))){{{((((.,,,|}}}}}....((((..((((..(((((((..........{((((((...))))))}....{(((((......}))))),,,....((((..((((((((.((((.(((....))).))))....,..(((...)))..,.))))))))..))))..,,{{....,,((((,,((((........))))))))).,|||,.{(((((.((((....(((.(((((((((((.((((.,....{{{{|....,.........(((((..((((.......))).)..)))))........||}},.....,}......{(((.{..((((..((((,{.......).))))..))))..}.)))}...((.(((((((((...{((,....}}}....||............((.((..(((((.(((((...{{..(((({...}))))...,,...))))))))))..)).)).))))))))).))(((....)))(((,...{(((((....)))))))))}))))))........)))).))))))))))).,))))))},|(((((.....))))),.....)))))))..))))..)))).{,.....,}.......,.((((..(..(({.(((({,((,..(((((((.(({......})).).))))))..}......))))))).)))..)..)))),....,))).)))))..))))))).,....))))))...)))))).)))))))))))))))..,{,.{,,......,.}|.,,})..,}))))),,))))))))))))))))).....))))))))).))))))))))).))))))))))))...........((((...(((...((((((((.(((.......)))..))}))))))..))).)))}..