Basic Information

Symbol
CHEK1
RNA class
mRNA
Alias
Checkpoint Kinase 1 CHK1 Serine/Threonine-Protein Kinase Chk1 Cell Cycle Checkpoint Kinase CHK1 Checkpoint Homolog EC 2.7.11.1 Checkpoint, S. Pombe, Homolog Of, 1 CHK1 (Checkpoint, S.Pombe) Homolog CHK1 Checkpoint Homolog (S. Pombe) Checkpoint Kinase-1 EC 2.7.11 OZEMA21 Chk1-S
Location (GRCh38)
11:125625163-125676255
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Mechanical injury analysis Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001114122.3
Sequence length
4128.0 nt
GC content
0.4157

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1151.40 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1234.13 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 883.67
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001114121.2 NCBI
CUUUUAAAUUUGCGUUGUAAGAUUUAUUUUGGCUCUCCCCGCCUGUUCU… 2699 nt 0.4802
NM_001114122.3 NCBI
UUUGGCUCUCCCCGCCUGUUCUUUGCACAUUAAAAAUGAAAAAGUUUGU… 4128 nt 0.4157
NM_001244846.1 NCBI
CUUUUAAAUUUGCGUUGUAAGAUUUAUUUUGGCUCUCCCCGCCUGUUCU… 4072 nt 0.4153
NM_001274.5 NCBI
CGCUGCCGCAGGCGUUUUCUGCCCCAUACCGCUCCCUAUAUCCUCUUCC… 3517 nt 0.3799
NM_001330427.2 NCBI
UUUGGCUCUCCCCGCCUGUUCUUUGCACAUUAAAAAUGAAAAAGUUUGU… 2432 nt 0.4971
NM_001330428.1 NCBI
UAGCUAAGAACCCCAAGGAAGAGUCCCAGCCCUUCCUUUCGCCUCUGGG… 3480 nt 0.3922
Summary

The protein encoded by this gene belongs to the Ser/Thr protein kinase family. It is required for checkpoint mediated cell cycle arrest in response to DNA damage or the presence of unreplicated DNA. This protein acts to integrate signals from ATM and ATR, two cell cycle proteins involved in DNA damage responses, that also associate with chromatin in meiotic prophase I. Phosphorylation of CDC25A protein phosphatase by this protein is required for cells to delay cell cycle progression in response to double-strand DNA breaks. Several alternatively spliced transcript variants have been found for this gene. [provided by RefSeq, Oct 2011] CIViC Summary for CHEK1 Gene

Forensic Context

A study in mice demonstrated that the CHEK1 was down-regulated in brain tissue at 8 hours (0.538-fold) and 24 hours (0.512-fold) after whole-body irradiation with 10 Gy γ-rays [Zhao et al. DOI:10.1158/1078-0432.CCR-05-2418]. In rats exposed to blast wave trauma, mRNA expression of the CHEK1 was increased at 24 hours after a 10–11 psi overpressure exposure [Balaban et al. DOI:10.1016/j.jneumeth.2016.02.001].