Basic Information

Symbol
CHMP5
RNA class
mRNA
Alias
Charged Multivesicular Body Protein 5 Vps60 HSPC177 C9orf83 SNF7DC2 CGI-34 Spike Vacuolar Protein Sorting-Associated Protein 60 Small Protein With Inherent Killing Effect SNF7 Domain-Containing Protein 2 Chromatin-Modifying Protein 5 HVps60 Chromosome 9 Open Reading Frame 83 Apoptosis-Related Protein PNAS-2 Chromatin Modifying Protein 5 SNF7 Domain Containing 2 PNAS-2
Location (GRCh38)
9:33264017-33282071
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Cause of death analysis
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_016410.6
Sequence length
1901.0 nt
GC content
0.3851

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-483.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -523.07 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 596.84
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001195536.2 NCBI
AGUGUUUGGGUUUCUUCGCGGCUGCUCAAGAUGAACCGACUCUUCGGGA… 1788 nt 0.3809
NM_016410.6 NCBI
AGUGUUUGGGUUUCUUCGCGGCUGCUCAAGAUGAACCGACUCUUCGGGA… 1901 nt 0.3851
Summary

CHMP5 belongs to the chromatin-modifying protein/charged multivesicular body protein (CHMP) family. These proteins are components of ESCRT-III (endosomal sorting complex required for transport III), a complex involved in degradation of surface receptor proteins and formation of endocytic multivesicular bodies (MVBs). Some CHMPs have both nuclear and cytoplasmic/vesicular distributions, and one such CHMP, CHMP1A (MIM 164010), is required for both MVB formation and regulation of cell cycle progression (Tsang et al., 2006 [PubMed 16730941]).[supplied by OMIM, Mar 2008]

Forensic Context

A study in humans and mice demonstrated that the CHMP5 was identified as an apoptosis-related diagnostic marker for sepsis, being upregulated in sepsis in the GSE65682 dataset [Sun et al. DOI:10.3389/fgene.2024.1389630].