Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001195536.2
Sequence Length
1788 nt
GC Content
0.3809
AGUGUUUGGGUUUCUUCGCGGCUGCUCAAGAUGAACCGACUCUUCGGGAAAGCGAAACCCAAGGCUCCGCCGCCCAGCCUGACUGACUGCAUUGGCACGGUGGACAGUAGAGCAGAAUCCAUUGACAAGAAGAUUUCUCGAUUGGAUGCUGAGCUAGUGAAGUAUAAGGAUCAGAUCAAGAAGAUGAGAGAGGGUCCUGCAAAGAAUAUGGUCAAGCAGAAAGCCUUGCGAGUUUUAAAGCAAAAGAGGAUGUAUGAGCAGCAGCGGGACAAUCUUGCCCAACAGUCAUUCAACAUGGAACAAGCCAAUUAUACCAUCCAGUCUUUGAAGGACACCAAGACCACGGUUGAUGCUAUGAAACUGGGAGUAAAGGAAAUGAAGAAGGCAUACAAGCAAGUGAAGAUCGACCAGAUUGAGGAUUUACAAGACCAGCUAGAGGAUAUGAUGGAAGAUGCAAAUGAAAUCCAAGAAGCACUGAGUCGCAGUUAUGGCACCCCAGAACUGGAUGAAGAUGAUUUAGAAGCAGGAUGGAGUUCUGGUGGAUGAAUUUGGAUUGCCACAGAUCCCUGCUUCAUAGAUUUGCAUCAUUCAAGCAUAUCUUGUAAAACAAACACAUAUUAUGGGACUAGGAAAUAUUUAUCUUUCCAAAUUUGCCAUAACAGAUUUAGGUUUCUUUCCUUUCUUUGAAGGAAAGUUUAAUUACAUUGCUCUUUUAUUUUUUCCAUUAAGAGACUCAUUGCUUGGGAAAUGCUUUCUUCGUACUAAAAUUUGAUUCCUUUUUUUCUUAUGAAAAACGAACUCAGUUUAAAAGUAUUUUUAGCUCGUAUGACUUGUUUUCAUUCAUUAAUAAUAAUUUGAAAUAAAACUAAGGAAAUGGAAUCUUAAAAGUCUAUGACAGUGUAACUCUACAGUCUCAAAAUGACCUGAUAAAUUGAUAAGACAAAGAUGAGAUUAUUGGGGCUGUUCAUAUUAUGAUUCAGAAUCAUUUUCUAUUGUGGUAUUAUAGGUUGGUUAAAGUGAUGGCCUUUUUGAUGGGUUUUGUUGUGUCUUGUGAACAAGUCGUUACUGUGUCCAUUAUUGGAAUGGAAUUAUCACUACUGUAUCAUGAGUGGGUAUUUUGAUUCUAUGGUUCCCUCAGUAUUACAUCUUGACUUGUAAUCAAUUAUGAAUAUUUCUUGAUAUUUAAUGUAUAGGACAUUUAUUUAUACUCAAUAAAUAUUUUUCAAAAGGAUAUAAUUUUAAUAAUAUCACUUCAGCUUAAAACCUCUACUGCGGAAACCAAAUUUAAUAGAAUUUUAAUGUCAUUUCAGCCUAUAACUCCACUACAGAAACCAAAUUAACCAGUAGCAUUGUGAGGAAAGAGCAAGGAACAAUCUGGGCUUGGGCCCUGGGUCUACCAUUUACUAACUACUGAGUAGUCUAUUCAACCUCUCUAACCUUCUGUUUCCUUAUUAGUAAAAUCAUGCUUAACUCACAGAGCUUUUGUGAGGAAUAAUUGAGGUAAUGGUCAUAAGUACCUUGUUAACUGCAAGGGGCUAUUCUUAUAUGAGGGAUUGUUAACAAUAAAAAAGAAACUGCUUCAUUCUUUUCUUGGAAGGUGCCUGGAGUACUACAGCAAGUUCAAACUCCUGCCCAAUUUCAGGGUCUUUAAUGAUCCUGUCCUCCCUUCCUCAUUCAACUUGUUGCCAACAGCAUGGCCCCUCCAGCCUAGCUGGGUGCCUCACAGUGCUAUGUGCACCUGACUCUCAUGUGUCUGCAGAUCAAACCAAUAAACAUUUAGGAACACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-454.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -493.80
Frequency: 0.0000
Diversity: 508.06
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((((......(((..((..((.((......)).))..)).)))))))))).(((((.........)))))...((((((((..((((((.((..((.(((..(((.(((((((((.((......)).)))).))))).)))..))).))........(((((((..((((..((((((.(((((..((((...((......))..))))...(((((.((((...........(((((((((...((((((..((((((...))))))..(((((((.((((....((((..((((..............(((((...)))))((((..(((.(((((((((((...((((((((...((((((((((((((((((((.((((((((((((..((((.....))))...))))).........(((.(((...(((((((((.((((.((.......((((((.(((((((...(((((((((.((((....(((((((.(..((((((((((((((...((..((((.(((..............))))))))))))))))).))))))..).))))))).(((.....))).................))))....(((((........))))).....))))))))).)))))))))))))(((((((....)))))))..........)))))))))))))))...))).))).........)))))))....)))))))))))))............)))))))(((((....))))).....))))))))...))))))......(((((.((((((((((..((((............))))..)))))(((((........))))).))))))))))((((((.(((..(((((((((..((((.((.((...(((......)))..)).)).))))))))))))).......((((((...))))))(((((...((((..(((((((((((....(((((((((.((.((.(((((...........))))).)).)))))))))))...((((....))))(((((((((...(((((........)))))......)))))))))((((.((.((((((((((........)))))........((((((((.(((((((..(((((.....))))).....))).)))).)))))))).....((((((((..........))))).)))..............))))).)).))))((((((....))))))..........)))))))))))..))))...)))))...........))).))))))((((((((.((.((((........((((....))))(((.....))).......(((((...))))).................)))))).))))))))..((((......))))...((((((((...))))))))....))))).)))..))))........((((((.....)))))))))).))))....)))).)))))))................))))))))))))))))))).)))))((..((((((((......)))....))))).)).......(((((((......)))))))....))))).))))))...)))).(((.....))).(((...((((((...)))))).))).....((((.....)))))))).)))))))))))))))).))).................))))))..
Thermodynamic Ensemble Prediction
.((((((((((({,.{{((.,,{.{(({{{{.,..,,,,.}}})}))}...}))))))))}|{{{({{{(((.{,{{||,,..,,.,,|||..))|.|)))))}((.(((..(((.{((((((((.,{{,....)),)))),})))}.)))..))).)).......,(({,,.{{((.{({{,,{{((((,((({{(({(,,,{{...,,,|,..||},...}|||||{..|,,.....}),...,,||{{({{((({{{{{.{{(((,,,.,}})))}}....{{{.{{{,,..{((,.....},..,.,,,,,})}},,|||})),}}))),{{.,,.,.,,|||{((((((...((((((((...,(((((((((((((((((({.(((((((((((,{{((.....,,}}},,,.}}}.,........,{{(.(((...(((((((((.((((,((.,,...,((((((.(((((((...(((((((((.((((....(((((((.(..((((((((((((((..,({..((({{(((.,........,}}.))))))))))))))))).))))))..).))))))).{{{.....|||.................))))....(((((........))))).....))))))))).)))))))))))))|((((((....))))))}.......,,.)))))))))))))))...))).)),.,....))})))))))....}))))))))))))............))))))|(((((....))))),....))))))))...)))))}..,,}}{|||{.{{((((((((..((((............))))..))))),||{{.,,|||,.,}},,.}}}))}}}}|{{{(({.,,,..{{(((((({..,{{{.((.((...{({......)},..)).)).))))))))))))),,,,,..((((({...}))))){((((...((((..(((((((((((...,(((((((,{{{{,{({({((({.,.((,{((,(((({,.{||||{||,|||{,.,|||{|,,.||||((,(((,(({,.(((((........))))),}}.}}),))))))}||{,.{{.|||||,{{{{....,,,,)))},.......{(((((((....}))}}}}|,,{|}}}}}))),.,,,,,||,.,}})})))})}},.}},,||||{{{{.,,....,,.})))).))}..,,..........,}}}).)).}}}}|{{{{{....))))),....}}},,,}))))))))))..))))...))))}...........,||{||||||{((((...{(((,,((,....}}}{{||},,,|||}{((,....}}}.......,,,,,.,||}}}}.,,,,..,||||,,,.,,|||}}|,||||||||.{{{{......}}}|,..{((((({|...}))))))),,,....,||||||,}|||....,|,.||{(((.....)))}||{|||{,......{((((((({{{....,}},..{{(((((.........})))))).,,|{|,((.((..((((({{{,,....}))....))))).)))).....(((((((......))))))).....,.))))))))......{((((....)))))})))))}|(((((...))))),.,)))))}}||||}}}.,)})}})|.}))}))),)})))}},)})),..||............}},})))..
Back