Basic Information

Symbol
CHRNA1
RNA class
mRNA
Alias
Cholinergic Receptor Nicotinic Alpha 1 Subunit Cholinergic Receptor, Nicotinic, Alpha Polypeptide 1 (Muscle) Acetylcholine Receptor, Nicotinic, Alpha 1 (Muscle) Cholinergic Receptor, Nicotinic, Alpha 1 (Muscle) Cholinergic Receptor, Nicotinic Alpha 1 Acetylcholine Receptor Subunit Alpha ACHRA CHRNA Nicotinic Acetylcholine Receptor Alpha Subunit Muscle Nicotinic Acetylcholine Receptor Nicotinic Cholinergic Receptor Alpha 1 ACHRD CMS1A CMS1B CMS2A FCCMS SCCMS CHNRA
Location (GRCh38)
2:174747592-174787935
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Wound age identification
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000079.4
Sequence length
1984.0 nt
GC content
0.4814

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-594.90 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -633.82 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 493.22
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000079.4 NCBI
AGACAAGCACCCAGCCAGAGUGCCAGUGAGAAGCACAGGCCACCACUCU… 1984 nt 0.4814
NM_001039523.3 NCBI
AGACAAGCACCCAGCCAGAGUGCCAGUGAGAAGCACAGGCCACCACUCU… 2059 nt 0.4828
Summary

The muscle acetylcholine receptor consiststs of 5 subunits of 4 different types: 2 alpha subunits and 1 each of the beta, gamma, and delta subunits. This gene encodes an alpha subunit that plays a role in acetlycholine binding/channel gating. Alternatively spliced transcript variants encoding different isoforms have been identified. [provided by RefSeq, Nov 2012]

Forensic Context

A study in Sprague-Dawley rats demonstrated that the CHRNA1 mRNA, as one of four original genes in an "up, no change, or down" model for wound age estimation, had its relative expression level simplified to a directional vector for analysis [Dang et al. DOI:10.1007/s00414-020-02411-z].