Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001039523.3
Sequence Length
2059 nt
GC Content
0.4828
AGACAAGCACCCAGCCAGAGUGCCAGUGAGAAGCACAGGCCACCACUCUGCCCUGGUCCACACAAGCUCCGGUAGCCCAUGGAGCCCUGGCCUCUCCUCCUGCUCUUUAGCCUUUGCUCAGCUGGCCUCGUCCUGGGCUCCGAACAUGAGACCCGUCUGGUGGCAAAGCUAUUUAAAGACUACAGCAGCGUGGUGCGGCCAGUGGAAGACCACCGCCAGGUCGUGGAGGUCACCGUGGGCCUGCAGCUGAUACAGCUCAUCAAUGUGGAUGAAGUAAAUCAGAUCGUGACAACCAAUGUGCGUCUGAAACAGGGUGACAUGGUAGAUCUGCCACGCCCCAGCUGCGUGACUUUGGGAGUUCCUUUGUUUUCUCAUCUGCAGAAUGAGCAAUGGGUGGAUUACAACCUAAAAUGGAAUCCAGAUGACUAUGGCGGUGUGAAAAAAAUUCACAUUCCUUCAGAAAAGAUCUGGCGCCCAGACCUUGUUCUCUAUAACAAUGCAGAUGGUGACUUUGCUAUUGUCAAGUUCACCAAAGUGCUCCUGCAGUACACUGGCCACAUCACGUGGACACCUCCAGCCAUCUUUAAAAGCUACUGUGAGAUCAUCGUCACCCACUUUCCCUUUGAUGAACAGAACUGCAGCAUGAAGCUGGGCACCUGGACCUACGACGGCUCUGUCGUGGCCAUCAACCCGGAAAGCGACCAGCCAGACCUGAGCAACUUCAUGGAGAGCGGGGAGUGGGUGAUCAAGGAGUCCCGGGGCUGGAAGCACUCCGUGACCUAUUCCUGCUGCCCCGACACCCCCUACCUGGACAUCACCUACCACUUCGUCAUGCAGCGCCUGCCCCUCUACUUCAUCGUCAACGUCAUCAUCCCCUGCCUGCUCUUCUCCUUCUUAACUGGCCUGGUAUUCUACCUGCCCACAGACUCAGGGGAGAAGAUGACUCUGAGCAUCUCUGUCUUACUGUCUUUGACUGUGUUCCUUCUGGUCAUCGUGGAGCUGAUCCCCUCCACGUCCAGUGCUGUGCCCUUGAUUGGAAAAUACAUGCUGUUCACCAUGGUGUUCGUCAUUGCCUCCAUCAUCAUCACUGUCAUCGUCAUCAACACACACCACCGCUCACCCAGCACCCAUGUCAUGCCCAACUGGGUGCGGAAGGUUUUUAUCGACACUAUCCCAAAUAUCAUGUUUUUCUCCACAAUGAAAAGACCAUCCAGAGAAAAGCAAGACAAAAAGAUUUUUACAGAAGACAUUGAUAUCUCUGACAUUUCUGGAAAGCCAGGGCCUCCACCCAUGGGCUUCCACUCUCCCCUGAUCAAACACCCCGAGGUGAAAAGUGCCAUCGAGGGCAUCAAGUACAUCGCAGAGACCAUGAAGUCAGACCAGGAGUCUAACAAUGCGGCGGCAGAGUGGAAGUACGUUGCAAUGGUGAUGGACCACAUACUCCUCGGAGUCUUCAUGCUUGUUUGCAUCAUCGGAACCCUAGCCGUGUUUGCAGGUCGACUCAUUGAAUUAAAUCAGCAAGGAUGAGCAGAAAAUGAGCUGAGCUUAGCUCUGCCCUGGAACCUACCAGAGCAGAGAAGGGCAGGAGAGGAAGAUUUGUCUACUUGCUCCACUCGCACUUAUCAAACGUGUUAUAUUCCAUACUUAUUAUUGAUGAUAAGAUUUACCUUUAUGUAAGUUUAUGGCCUUGAAGUGUUUUCAUAUUGCUUCUCCCUUUAGUUCUGCUGUCUCCCUGAAGAGUGAACCCUCUUUAGUAAAUGAAACUAAUCACUAAAAAAAGUGUUCAUUUCCAGUGUCUGGAAGAGUUUUUGCCAGGAUAACCGAGGUUUUCUGUUGCAUUGUCAUUGCUGUUAUAUUUAUAUAUUUACUUAUUUUGUCUAACCACGAGACCACUAGGGAGUUGCUGAUGUUCUAAAUGAAGUGUAUUCUUUGCUUAAGAGUCAGUUUUGUACCUACUAAGAAAACCCCAUCUACCAGUCCUAAAGAGAUAAGGCAUUUGAUUUGGAGAGAGAGGAAGCAGUAGAAAUGAAAUAAACUAAAAUGCAAACUGCAUCAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-625.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -664.98
Frequency: 0.0000
Diversity: 553.89
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((((.((((((((((((.((((.((.(((..((((((((........))))........((((((........))))))...))))(((.(((((((((((....((..((((((((.(.((((((((((((((.......))).)))(.(((((.((..((((.((((((((.....((.((((((((.((((((((......((((((..((.((((((((((((((((..((((..((((...))))(((((......)))))......(((((.(((.(((.....)))))))))))..))))....)))))).))))).))))).))..)).).)))(((.(((((((..(((((......(((((((((((((((...((((((........((......))...((((((.....(((.((((((((.....))))))..)).)))......))))))))))))...)))))))..........))))))))(((((((.((....)).))).))))))))).))))))).))).)))))))).))))))))(((....))).))..)))))))))))).((((.((.((.((((((.............))))))...)).)))))).......(((((....(((.((.((((((....)))))))))))....)))))...)).))))).).(((((((((((...((((((((.(((((((((.(((.((..((.((..((((((.((((((((...))).)...))))....))))))..))))((.....)).(((((((.............(((((((..(((...(((((((..(((((...((((((.(((((((.(((..................(((..((((...)))).)))..)))...)))))))...))))))...((((((....(((...........))).))))))(((((((((..(((((((........)))))))....((((((((((((((((.((........((((.((((((..((((((.((((............(((....(((((..(((.((......................(((((((.((........)))))))))((((((((......))).)).)))......((.((((((((((....(((.......)))...)))))))))).))................)).)))..)))))....)))......(((((..((((((......))).)))..)))))........))))..))))))....)))))).)))))))))))))))))..)))))........(((......))).)))))))))...........)))))..))))))).))))))))))..))))))))).))).)))))))))...)))))))).))))))(((.((.(((........)))))..))))))))......((((......))))..)))))))).......).))))))))..))((((((.((((......)))).))))))))))))))))).)))(((....)))...))))))))).)))))).......(((........))).(((((((....)))))))((((((......))))))...))))..))..))))((((.((((((((((((((((((.(((((((((((.((((((((......))))))))...(((((......((((......)))))))))((((((...))))))...........(((((....((((((((((...(((.......))).((.((((....))))..)).......((((.......))))...((((.....((((((..(((.(((((((......))))).)).)))))))))......))))...))))))))...)).....)))))...)))))..))))...)).)))))).).)).)))))))))))))..............(((((...)))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
....,{((((.{{((((((((((.((((.(,,(({,{(({({{{{.,,,|..,))},........((((((........))))))..}))}}|((.(((((((((((,...{(..((((((((.{.((((((((((((((.......))).))){{{,((((({..((((.((((((((.....{{.{(((((((.((((((((,,,{..{{(((({{{({(((((((,((.(((.({.{,((((((((.....{{(((((......))))}.}}...(((((.(((.(((.....)))))))))))....(((((...(((({....)))))))))))))))))).}.||.}||||,|}}|,,,,....{{(((,(((,,,,,{{|}}}||||(({{{..{,.{{.....,)}.}}}||,||}}}}.}||}|||(((((.....)))))}..,),})|{{,{{{.|||||,,,)))}}.))),)))}.........,}|}}}||(((((((.((....)).))),}))))),|,,||,,}})}),).)))))))).)))))))}(((....))).}}..))))))))))))...((((.....,,,))))},.|{,,,,.,(((((({.,,(,.{({(((({{{..||||{{...|||,..{,{(((({....})))||||{|||||,,{,}},,||{|{||{|||||...{(((,{,...,,,((((({((((,((,(((((((...(({((..,(((((.(({,,{{{...}}).,...,}}},{{{||,,,|{{.,..,,.....||..,,|,|}.........}}}.,||||||.,,}}}}}..,||||}.,{{,,..,|,.|||,|||{||,}|||}}}}}}...,,,,,,.}}|||,}|||{,{{||||{|||{{,||{{.,||||}|{,,|||{,|,.,,||||}}}}}|}}}}...||}}.|}.{,{(({{.(((((((((..(((((((........)))))))....(((((((((((((((,{((........((((.((((((.,((((((.((((..............{,,,.((((,,,({,.,,.............,.....,,.(((((((.({........}))))))))||{,|{{,......})}.}}.}}}......((.((((((((((....(((.......)))...)))))))))).))................)).))),.)))).....}},......(((((,{(({(((......))).}})}})))))........)))}..))))))....)))))).))))))))))))))))}..)))))........(((......))).)))))))))...,}}}..}})),))))).))))),},}))))}}..,)))))))).})}}..{{{{....)))),,,,|{|{,,,,,,|||},,.|||...}},,}))))),,))))).}}...}}}}}}},.....,,,,..)))))))).......}.))))))))..))((((((.((((......)))).))))))))))))))))),)}.{{,....})}...))))))))).)))))}.,,,...{{{{........}}}|,{{{{,..,,)))}}||((((((......))))))}}.))))..}}..))))|{((,((((((((((((((((((.(((((((((((.((((((((......))))))))..,(((((......((((......)))))))))|(((((...)))))},.{{....,,.(((({....(,((((((((...(((.......))).{,,{,{,....|}}........,...((,{.....,}))))...((((.....((((((..((({(.{((((......))))}.)),})}))))))......))))...))))))))...)).....)))))...)))))..})))...)).)))))).).))))))))))))},..,,,...........(((({...}))))......
Back