Basic Information

Symbol
CHRNB4
RNA class
mRNA
Alias
Cholinergic Receptor Nicotinic Beta 4 Subunit Acetylcholine Receptor, Nicotinic, Beta 4 (Neuronal) Cholinergic Receptor, Nicotinic, Beta Polypeptide 4 Cholinergic Receptor, Nicotinic, Beta 4 (Neuronal) Neuronal Acetylcholine Receptor Subunit Beta-4 Neuronal Nicotinic Receptor Beta 4 Subunit Cholinergic Receptor, Nicotinic Beta 4
Location (GRCh38)
15:78624111-78727754
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_000750.5
Sequence length
2596.0 nt
GC content
0.5682

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-892.50 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -939.29 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 607.97
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_000750.5 NCBI
ACUCGACCGCGCGGCUCACGGGUGCCCUGUGACCCCACAGCGGAGCUCG… 2596 nt 0.5682
NM_001256567.3 NCBI
ACUCGACCGCGCGGCUCACGGGUGCCCUGUGACCCCACAGCGGAGCUCG… 1617 nt 0.5584
Summary

This gene is found within a conserved gene cluster and encodes one of the beta subunits of the nicotinic acetylcholine receptor (nAChRs) superfamily which form ligand-gated ion channels with a central pore that forms a cation channel. Neuronal nAChRs are pentameric structures that can be either homomeric or heteromeric, with heteromeric structures containing both alpha and beta subunits. Each subunit contains an extracellular amino terminus and four transmembrane domains. Nicotine is one of the agonists that binds to the receptor. Variants in this gene have been associated with nicotine dependence and lung cancer. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding different isoforms. [provided by RefSeq, Sep 2017]

Forensic Context

A study in humans identified the CHRNB4 as the most significant candidate gene associated with cocaine dependence in African-Americans (p = 3.199e-05), residing within a validated gene cluster for this disorder [Huggett et al. DOI:10.1523/Jneurosci.2879-19.2020].