Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001256567.3
Sequence Length
1617 nt
GC Content
0.5584
ACUCGACCGCGCGGCUCACGGGUGCCCUGUGACCCCACAGCGGAGCUCGCGGCGGCUGCCACCCGGCCCCGCCGGCCAUGAGGCGCGCGCCUUCCCUGGUCCUUUUCUUCCUGGUCGCCCUUUGCGGGCGCGGGAACUGCCGCGUGGCCAAUGCGGAGGAAAAGCUGAUGGACGACCUUCUGAACAAAACCCGUUACAAUAACCUGAUCCGCCCAGCCACCAGCUCCUCACAGCUCAUCUCCAUCAAGCUGCAGCUCUCCCUGGCCCAGCUUAUCAGCGUGAAUGAGCGAGAGCAGAUCAUGACCACCAAUGUCUGGCUGAAACAGGAAUGGACUGAUUACCGCCUGACCUGGAACAGCUCCCGCUACGAGGGUGUGAACAUCCUGAGGAUCCCUGCAAAGCGCAUCUGGUUGCCUGACAUCGUGCUUUACAACAAGUCGUUGAGGACUGGAAGUACGUGGCUAUGGUGGUGGACCGGCUGUUCCUGUGGGUGUUCAUGUUUGUGUGCGUCCUGGGCACUGUGGGGCUCUUCCUACCGCCCCUCUUCCAGACCCAUGCAGCUUCUGAGGGGCCCUACGCUGCCCAGCGUGACUGAGGGCCCCCUGGGUUGUGGGGUGAGAGGAUGUGAGUGGCCGGGUGGGCACUUUGCUGCUUCUUUCUGGGUUGUGGCUGAUGAGGCCCUAAGUAAAUAUGUGAGCAUUGGCCAUCAACCCCAUCAAACCAGCCACAGCCGUGGAACAGGCAAGGAUGGGGGCCUGGGCUGUCCUCUCUGAAUGCCUUGGAGGGAUCCCAGGAAGCCCCAGUAGGAGGGAGCUUCAGACAGUUCAAUUCUGGCCUGUCUUCCUUCCCUGCACCGGGCAAUGGGGAUAAAGAUGACUUCGUAGCAGCACCUACUAUGCUUCAGGCAUGGUGCCGGCCUGCCUCUCCAUCACCAUCUCUCUCCACUUCCCCUUGUCCAGUUCCUCACACACUUCUAGAUUCUUCCCAGCUCAGAGGCUUGGCAUUUGCCAUAUCAUCAUCUUUUUUUUUUUCUUUUAAACGGAGUCUUGCUAUAUCGCCCAGGCUCAAGUGAUUCUCCUGCCUCAACCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGAAAGCCGCCACCGUGCCCAGCUAAUUUUUGUAUUUUUGUUGGCCAGGCUGAUUUCGAACUCCUGACCUCAAAUGACCCACCUGCCUCGGCCUCCCAAAGUGCUAGGAUUACAAGUGUGAGCCACUAUGCCUGGCCUUCCCUAUCUUCUACCUGAACCUUCUUCCUCUUCCCCCAGGGCUUCCCAAGCUCUUUCCACAGCCACAUCAGUCAGGGCAUGGCUCCAAUCCAUUCUUUGCUCCAAUGUCACCUCCUCUGAGAGGCCUUCCCUAACCACCCAAUCAUUCUAAAGCAGCCUCCCUACAGUCACGUUACCCUGCCUCCUUCCUCGAGCACUCCUGUGUACCUGUCGCUCUUAUCUGGUGGCAUGUAUGUCAUCCACAGCUCACCCACUAGAGUGUGAGCUCCAUGAGAACAGGGACCUGCUCCUUCACAUUCGUGGUAGUAUCCCCAGGGCCUAGGACAGAGCUUGGCACACAGUAGGUGCUCAAUAAAUGUUUGUUGAAUGAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-569.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -599.14
Frequency: 0.0000
Diversity: 303.46
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.(((((.(((((((((.(((((((....))))).)).)))))((((((..(((....))).))))))....)))).)))))(((((((..((((((..........(.(((((.....))))))(((((((((((((.(((((..(.(((((...((((((((((.((.....(((((.......))).)).....(((.......))).....((((......))))..)))))))).))))....).))))))))))..(((....)))(((((.((((.....((((.(((........)))))))((((...((((...((.(........)))...))))...))))..........((((((....)))))).(((.((((((.(((((((.....(((....)))...)))))))...((((((..(((((((..(((.((((((((((...((((.(((..(((((((....((((((.(((...(((((((.(((.((((......(((((..........)))))...))))))).)))))))....)))(((((((((((((....))))).....))))))))...(((((((((((.((((((((.(((.((((((((((((((..((..((..((((((((((((((((((.(((((((....((..........))...)))).)))............)))))))))))(.(((((.(((((((..(((((((((((..((((.((((((.....))))))))))))))))..((((..((((((((((.....((((((.(((....))).))))))))))).)))))...))))..((((((...(((((.....(..(((((...(((((((((...)))))))))...).))))..)........))))).)))))))))))))))).)).))))).).................((((((((..(((((.((((....))))..............................((((..(((((.....((....))...)))))..)))).)))))............))))))))...)))))))..))))..))))))...(((((((.(((((((.(..(((((((((((..(((......)))..)))............)))).))))..).))))))).)))))))..((((.....))))..)))))))))))..)))))))))))......................(((((((...)))))))..))))))))((((.((.(((((.((((.......)))).)))))))...))))..((((......))))...........))))))..........))))))))))))))))))))))......)).))).)))))))..)))..)))((((.((((((.(......))))))).)))).((((....(((((((.(......).)))))))..))))...))))))))))))).)))))...))))))))).)))).))))))..))).)).))(((((((.......)))).))).........))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(({.((((((({(,,.(((((.(((((((....))))).)).))))){(((((..(((....))).)))))|{{{{.|||{|,,,,)}}}}...}))}|,.....{(((((..(((((.....))))))))))|..}))))}})),,...,.{((((,..,((((,(((,.,......,{,,,.......|||.....,,,,{{.......))))}}.}}}))}}}}.{{(({.......,,..))))}.((((((,({{(((((.((({{{,|,,,||||}||||.....((((.(((........)))))))((((...((((...((.(........)))...))))...))))....{{{{{.(((((({{{{,,,,,,.(((.((((((.{((((((....,{.,.},.}}|,..))))))},,,,,,(((..(((((((..(((.((((((((((...((((.(((..(((((((...,((((((.,,,.{.{((((((.((,{((((....{.(((((..........))))).}.))))))).)))))))}...}}}(((((((((((((....))))).....)))))))).,{(((((((((({{(((((({(.(((.((((((((((((((..{(..((..((((((((((((((((((.(((((((....{{..........}}...)))).}}}......,,,...)))))))))))(.(((((.(((((((..(((({((((((..((((.((((((.....))))))))))))))))..{|||,.((((((((((.....((((((.(((....))).)))))))))))))))))...}||}..((((((...(((((.....(..(((({.,,(((((((((...)))))))))..,).))))..}........))))).))))))}))))))))),)}.))))).}.................((((((((..(((((.((((....))))..............................{(((,,({(({.....||..,,)),,.}))))..}}}}.)))))..........}.))))))))...)))))))..))}}..))))))...(((((((.(((((((.(..(((((((((((..(({......}))..)))............)))).))))..).))))))).))))))),.((((.....))))..))))))))}}}..,}}}}}}}}}}.||,......}},,,,,.,,..(((((((...)))))))..}))))))),||{.{(.,((((,((((...,,,.,}},.,,))),,,..})))..{{{{....,,))))...........))))))..........))))))))))))))))))))))......)).))).)))))))..)))..}))||((.(((((({{......))))))).)))},{|{{..,.(((((((.(......).)))))))..,))},,.))))))))),,,,.)))))}}}),)})))))....,..))))).})),.)))))}.|((((.{....})))){((((({....}))))))..}}.
Back