Basic Information

Symbol
CHST15
RNA class
mRNA
Alias
Carbohydrate Sulfotransferase 15 BRAG GALNAC4S-6ST KIAA0598 Carbohydrate (N-Acetylgalactosamine 4-Sulfate 6-O) Sulfotransferase 15 N-Acetylgalactosamine 4-Sulfate 6-O-Sulfotransferase B-Cell RAG-Associated Gene Protein HBRAG B Cell RAG Associated Protein (GALNAC4S-6ST) B Cell RAG Associated Protein GalNAc4S-6ST GALNAC4S6ST EC 2.8.2.33
Location (GRCh38)
10:124007668-124093698
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Time since deposition estimation
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001270764.2
Sequence length
4809.0 nt
GC content
0.5001

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1603.70 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1687.44 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1424.93
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001270764.2 NCBI
AAACUUUUCCUCCCAGCGCUCGGGGAGUCAGGUUGACGCGCCCUGGAUG… 4809 nt 0.5001
NM_001270765.2 NCBI
AAACUUUUCCUCCCAGCGCUCGGGGAGUCAGGUUGACGCGCCCUGGAUG… 3594 nt 0.5273
NM_014863.4 NCBI
AGUUGCCGGCGCUUCCCGGCGGUGGCGGCGUCUCUGGCCGGCCUUGGUG… 3547 nt 0.5264
NM_015892.5 NCBI
AGUUGCCGGCGCUUCCCGGCGGUGGCGGCGUCUCUGGCCGGCCUUGGUG… 4762 nt 0.4992
Summary

Chondroitin sulfate (CS) is a glycosaminoglycan which is an important structural component of the extracellular matrix and which links to proteins to form proteoglycans. Chondroitin sulfate E (CS-E) is an isomer of chondroitin sulfate in which the C-4 and C-6 hydroxyl groups are sulfated. This gene encodes a type II transmembrane glycoprotein that acts as a sulfotransferase to transfer sulfate to the C-6 hydroxal group of chondroitin sulfate. This gene has also been identified as being co-expressed with RAG1 in B-cells and as potentially acting as a B-cell surface signaling receptor. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding distinct isoforms. [provided by RefSeq, Jul 2012]

Forensic Context

A study in humans established a targeted RNA sequencing protocol for predicting the time-of-day of bloodstain deposition using 69 candidate mRNA markers, where the CHST15 was included as a time-of-day prediction candidate but its coefficient was zero in the final penalised regression model, which achieved a root mean squared error of 3 hours and 44 minutes with 78% of predictions correct within ±4 hours [Gosch et al. DOI:10.1101/2025.02.03.636230][Gosch et al. DOI:10.1016/J.Fsigen.2025.103287].