Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_014863.4
Sequence Length
3547 nt
GC Content
0.5264
AGUUGCCGGCGCUUCCCGGCGGUGGCGGCGUCUCUGGCCGGCCUUGGUGCGGCGAGCCGAGCGAGGCAGCUCUGAGCCGCGCGGAAAUCUGGCAUUUUUUAAAGUUUGCGCCCCACAAAGAGGAAAUAUUCCAAAGGUACUCAGGAUGUAAAAGGGGAGAUCUUCACAGAUGCCUCCGUGGAUGGCAUGGCAAUCCAUCCAUCAAUGAGAAGACCAUGAUUUCUUUUAAUUUUCUGUGUGUUUCCACAUUCCCCAGUGAGAAUUCUUCCACCUUUUUUUGUGCCAUGGGAAAAACCUGAAGGGCAGGCAGAGCUGCUCCCGAACUUGUGACCUUCUCUGAGGUUGCAGCGGCUCUUGUAGAACAUGACUCUGGGACAUCACUUCCUUUUGUUUUCUUUCGGAGCUGAACCAAAGAAUGUGCACCCUCUUUCUCUAGUGCUGUGGUGUCUGCUUAUUUUUGUAUUUGUGCUUUCCAUCCAUCUUCUGUGAUCACAAGGCAUUCUUAAGGUUUUCUAGCACGACUUGCGGACAUCCAGACUCGUGGGGGGCCCACCCAUGGCUCGGUAAGCCAGCAGCCCAGGGCACUGGCACUACCAUGAGGCACUGCAUUAAUUGCUGCAUACAGCUGUUACCCGACGGCGCACACAAGCAGCAGGUCAACUGCCAAGGGGGCCCCCAUCACGGUCACCAGGCGUGCCCCACGUGCAAAGGAGAAAACAAAAUUCUGUUUCGUGUGGACAGUAAGCAGAUGAACUUGCUUGCUGUUCUCGAAGUGAGGACUGAAGGGAACGAAAACUGGGGUGGGUUUUUGCGCUUCAAAAAGGGGAAGCGAUGUAGCCUCGUUUUUGGACUGAUAAUAAUGACCUUGGUAAUGGCUUCUUACAUCCUUUCUGGGGCCCACCAAGAGCUUCUGAUCUCAUCACCUUUCCAUUACGGAGGCUUCCCCAGCAACCCCAGCUUGAUGGACAGCGAAAACCCAAGUGACACAAAGGAGCAUCACCACCAAUCCUCUGUAAAUAAUAUUUCAUACAUGAAGGACUAUCCAAGCAUUAAAUUAAUUAUCAACAGCAUCACAACUAGGAUUGAGUUCACGACCAGACAGCUCCCAGACUUAGAAGACCUUAAGAAGCAGGAGUUGCAUAUGUUUUCAGUCAUCCCCAACAAAUUCCUUCCAAACAGUAAGAGCCCCUGUUGGUACGAGGAGUUCUCGGGGCAGAACACCACCGACCCCUACCUCACCAACUCCUACGUGCUCUACUCCAAGCGCUUCCGCUCCACCUUCGACGCCCUGCGCAAGGCCUUCUGGGGCCACCUGGCGCACGCGCACGGGAAGCACUUCCGCCUGCGCUGCCUGCCGCACUUCUACAUCAUAGGGCAGCCCAAGUGCGGGACCACAGACCUCUAUGACCGCCUGCGGCUGCACCCUGAGGUCAAGUUCUCCGCCAUCAAGGAGCCACACUGGUGGACCCGGAAGCGCUUUGGAAUCGUCCGCCUAAGAGAUGGGCUGCGAGACCGCUAUCCCGUGGAAGAUUAUCUGGACCUCUUUGACCUGGCCGCACACCAGAUCCAUCAAGGACUGCAGGCCAGCUCUGCAAAGGAGCAGAGCAAGAUGAAUACAAUCAUUAUCGGGGAGGCCAGUGCCUCCACGAUGUGGGAUAAUAAUGCCUGGACGUUCUUCUACGACAACAGCACGGAUGGCGAGCCACCGUUUCUGACGCAGGACUUCAUCCACGCCUUUCAGCCAAAUGCCAGACUGAUUGUCAUGCUCAGGGACCCUGUGGAGAGGUUGUACUCAGACUAUCUCUACUUUGCAAGUUCGAAUAAAUCCGCGGACGACUUCCAUGAGAAAGUGACAGAAGCACUGCAGCUGUUUGAAAAUUGCAUGCUUGAUUAUUCACUGCGCGCCUGCGUCUACAACAACACCCUCAACAACGCCAUGCCUGUGUGUACCCCCCCCCCCCGUACCCCCCGAGCUGGCCCCUGGCAGAAGGAGCUGGUUUGUUGUUAUUAUGCAAGCGGCAUUGUGGGUUUGCGUUUCAGCAUAGGAACAGAGAGAAGCGUUUUAAUGUGCAAAUGCUGUUCCCCAUUAUUCAUGGAUGUAAAAGCUGAAAACUGAUGGGCUCUUGGUCUGGCUCCUGCCUUCCUCCCUGCUGGUCACCUGCCACCUCCCCCUCCUCCCUCAGCAGGAGGAUGAGGGUGCCUUUAGGAAGAUUACCAUUUAGCAAGACACCCAGCAAUUAGAAUCGGCAGACAUGAGGACACCCAACUCUCAAAUUGUCUUAAGAGCAUUCUCUUGAGCGGUGGAUUGUUUUGUUGGUUUAAAAAACUACCCAUCAAUGAUUUUCAAUGCUUCUUUGACAGAGUCUCAAUUGAAAAACAUUUUCUGUUGAUUCCUCAAUCGUAUCUCUUGUUCUUCCUUCAGAACUAUGUCUGUAAAUUUCUAGCCUUUUUGAAUGCAAAAAGCUGUUAUUGGUGAAUUCAGCACCUUUUAGCCCCGGGAUAGUUUUCCAUGCUGGGCUCCCUGGGCUGGCUGUGUACUUCAACAGCAGGGCUUAUGCAGCGAGCAUUGCCGCUGCGUGUUCCAGAGUGGCUUUACAAGCCUUGCUCUGCUCAGCGUCUCGCAUAGCAAGGCACCAACAGGCCUGCUGUGGAGUCUUGGAAGCCCCCAGGUGGUGGGACUUCAGGCCAAGAGGCUCUGCCCCCUCUUUCUUACUACAGAGGCCGUGGGAUCUGGGAGGCAGCAUGCAGGGGCAGCAGGUGGGAUUCCAGGCUGCCCUGUUGGACUUUGUAGUUUGGCAAGGAAGAUGCCACAGGGACACAGGUAACCCCAGAGCCUGCUCUGGUGCCAGGUAGGAGGAGUACACUUUGGAACCAGCCAUUGGUGUGGGUCAGGUUUCCAGCUUGGCCAUUUGCUGGCUCUGUGACUCUAGGCAGUUGUCUCAGCCUUUCUGAGACUCAGUUGCUUUGUCAUACAAUGGGGUAAUAAUGCUGCUGUACCAGGCUGUUGUGAUGGGUCUGUCUUGCAUUCCUGCGUUCAUUCUUGCCACUAUGUCCCCUGCAUGACGCUGGGUCCUGGGGCCACAGCAAUGCCAGGACAGGUGUGGUCCUUGCCUUCCUGUGCAGCUGGCGGGGAGAGAAGAUGGAGGCUGGGCAGGGAGCUCUGGCCACCAGAGAACCACCUGAGAACGGGGCUUCAGGCAGGUUCUUAGGAGAGGGAAUGUCUGUGCUGAGGCCUGAAGGAGAGUUGGCCAGGGAACUGAGAGCAGCGUGUGCAGAGGCCCAGUGGUCAGCACCACCUACCAUACAGAACGCAGCCAGCCGCCUGGUGUGGGAGAUGGGGGGCACUGAGGCAGGGGGCUUGGGUGCGUGGCACAUGGGGCCGCACCACCUGGUCUAGCCUCAGAAGAAGUCUAGACAUCACCCUGAGAGAGAUGGGACCCCUCAGAGGGUUUUAAGCAGAAGAUAGUGUAGGAGUGGAAAAGGAAUAUCUCACUACUGUGUUCAUGGCUGAGGCACCUAUAAUAAAAGACUAACGCGAGAAAGCACA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1284.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1347.24
Frequency: 0.0000
Diversity: 801.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
(((((((((......))))).((((.(((((.....(((((..((.(((((((.....((((......))))...))))))).))...)))))..............))))))))).....((((...))))..((((.(((((.(((.....(((((((....((((((......(((.(((((.((((....))))))))).)))((((((........)))))).....))))))....)).....)))))((((((((((((((((((((....(((.(((.(((.....((((.....)))).(((((((((.........((((((((....)))))))))))))))))............)))))).))).((((..((((((((((((((.((.......))))))).......(((((((((((.((.(..((((((((((...((((((.....((((((...((((((.(((((((.........((.(((((((((((((((((((((.((((..(((.........((((((((((((.((..((((..((((.(((((..(((...))).)))))..))))....(((.((((......((((.......((((((....)))))).......)))))))))))....)))).))))))))))..)))))))..))))))))).(((((((..(((.((((.......)))).))))))))))(((((((((((......)))))))))))((((..(((....)))...)))).......((((((((((((((((((((((((...((((..((.....((((((..(..((((.((((......(((((((((...((((((.............)))))).)))))).)..)).......))))....))))..)..))))))......))..))))...)))).)).).))))))))))).((((..(......)..))))...(((((((((((..(((((..((((....))))(((...))).............)))))..))))..........))))))).(((........)))...))))))...))))))))))))))))))((((((((...(((........)))...))))....)))).....)))).)))(((((((((.(((((((((((((...((((..(........)..)))).........))))))).))))))..))...(((((((((((.((((((.....(((..(((((..(((((....))))).....))))).)))..(((((.....)))))((((((((..(((((.................)))))....))))))))......((((((..((.(.(((...))).)))....))))))..((.((((........))))..))...))))))..)))))))))))(((((((((((((........(((((((((((..(((((((((((((((((...(((((..........((((((((((..((...........))..))).)))))(((((((......)))))))..(((((......)))))((((.((((((....)))))).))))..))..........)).)))...)))))))))..........))))))))..((((.((((((((.(((.(((.(((((...((.(((.....))).))..)).)))..))).)))))))))))...))))((((((.((......)).))))))..))))).)))))).........)))))))).)))))((((..(((((...(((((.(((((.(........)))))))))))......)))))((((....)))).............)))).........(((((..(((..((((((..(((((((((...(((((((((.(((......))).)))))))))((((......))))(((((....(((..((((((((((((...(((((((......((((....)))).......)))))))((((.....))))........)))))...(((((((.....((((((((((.(((((((...((((((((((..(((((((.(((.((...((((..(((((((....((..((((((((.(((((((..........((((((.............(((((((((((..(((((.........)))))....(.((((((((....)))))))))(((((...(((((..........)))))...)))))((((.((((((((((((........))))....)))))))).)))).)))))))))))............))))))))))))).((((......))))........((((.((((((....)))))))))).....((((.......))))...((((((.((((((((.......))))...)))).))))))(((((........))))).(((..(((((((((.((...))))))))))).)))((((((((((...)))))..)))))(((..(((...)))..)))))))))))..))..))))))).)))).((((.(((((((((((((((....((...(((((.(((.(((((((((((((.((((.((.....((((.((((((((....(((..((((((((((((((...(((....))).)))))).....((((...(((((..((((((((.((...(.((((((..((((((((((((.(((..((.(((((((..(((((.((((((.(((...(((.((((((((....)))(((((((((...)))))))))....))))).)))))))))))........(((((((.....)))))))...((((((((((......))))))))))..).)))))))))))))).))).))..)))).)).))))..)))))).).)).)))))))))))))))))))))))))..))))))))))).)))).((((..((((((((.(((((.......)))))))))).)))))))........)))))).)))))..))))))))..))))))))...))...)))))))).....)))))))))))(((((.(((((.(.(((.....))).).))))))))))..)).))).))).))))..)))...))))).).)....)))))..)).)))))).))))....)))).))))))))))))))))))..)))))))).)..)))))))))..))))))))))))))))))...))))))((((((...(((....)))...))))))..)))))).))))))))))))))))))))).)))((((......))))...)))))))))..)))).))).)))))...))))).)))))))........)))..)))))..)))).........))))...((......))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
,((((((((......))))),((((.(((((.....(((((..((.(((((((.....((((......))))...))))))).))...))))).........,,...))))))))).....((({...})))..((((.(((((.{{{.....((((({({,,.{{{|||,..,,,|(({(((((.(({,..,,))))))))}.,,,{(((((........)))))}.....}}}|||,{..,,}}}},}}}}}((((((((((((((((((({....(((.(({.(((.....||{{...,,))}).(((((((({........{((((((((....))))))))))))))))},|,.........}))))}.))}.((((..((((((((((((((.((.......))))))),.....,(((((({{{((,(({({{(,((((((((((..,....,,....{(((({{.,{{{{{,{,,,{|{|||,,.,||||,{((((((((((((((((((((.((((.{(,,..,,.{{{.((((((((((((.(({.((((..((((.(((((..(((...))).)))))..))))..,.(((.((((......((((.......((((((....)))))).......)))))))))))....)))).))))))))))..)))))))..))))))))).(((((,(..{((.((((.......)))).))}))))))),{(((((((((......)))))))))||((((..(((....)))...)))),,.....((((({(((((((((((,{(((({...((((..((...,.((((((..{..((((.,({{......(.,((((((...((((((.............)))))).)))))).,,...,,||...))))....))))..)..))))))......))..))))...)))).)).,.))))))))))).((((..{......)..))))...(((((((((((..(((((..{({,....|}},(((...))).............)))))..))))..........))))))).||{........}...,,})))))...)))))))))))))))}|{(((((((.(((..(((((((((..,.,.,,,,....,,,,.......{{{,{(((({,..((((((,,((((((,,.{{((((..,....}}.})}}...)).))))}}}))),,,,.,),)))}}}}|{{(((((((((((.((((((...,.(((..{|||{..(((((....)))))...,{|||||.|||{{{((((.....))))}|,||||||}},,|||,..,,......,,...{|||||{{,.||,||||,..,,.,(,,,,|,.||.|}|||}..)))})).,}.,))))),.,||.((((........)))).......))))))..)))))))))))||||,{(((((((........(((((((((((..(((((((((((((((((.,.(((((.,....{{{.{{((((((({..{(,(.,,,.....)),,))).)))))(((((((......)))))))..(((((......))))}((((.((((((....)))))).)))),.}),.},,....,,)}))).,.)))))))))..........))))))))..((((.((((((((.(((.(((.(((,,,..((.(((.....})).))..),.)))..))).)))))))))))...))))((((((.({......)).)))))).,})))),,))))).........)))))))},,||||{{{{..(((({...(((((.(((((.{.........))))))))))....,,|||||((.(((.(((((..(((((((.((((((......((((.(((.({{.((((...........)))).....,.)).)))...)))).....)))..))))))))))....))))).)))))}..}}||},.{((,,,,..||}..(((((((......((({....}})),....,.)))))))||||..,}}))))}.}.....)))))))))..)})|)))))}},|,,(((....))|,,,{,,{{{{.,((,|{{{{{{{,((((..((((((.,....}.})))))..))))},)}|,.,|||||||.........}||||||}}}}}}}},,}},|((((((((({..{((((........,|)}}}....(.((((((((....))))))))}(((((...(((((..........)))))...))))){(((.(((((((({,,,{{,....}))).....)))))))).)))).))))))))))}.....,......,,,,|||||,,,,.,|||}}.,((((({...(({{(((({{((((((....)))))))))}.....((((.......))))....,(((({,,,...(((((((({{{{{{{{.,,,.,||||{(((((({{{{{{.|||||{((,({{((((((((.((...)))))))))))..,{{{{{{(((({...,}|||,,|||}||{...{.{.,,,}||.|))}})))......}),))))))))))))}|{{|((((((((((((((((....{{...((((,,(((.(((((((((((((.((((.((.,...((((.((((((((....(((..((((((((((((((.,,{((....))}.))))))}....((((...(((({.,((((((((.((,{{,.((((((..(((({{((((((.(((..((.(((((((..(((((.(,,{.({({({.{(({.((((({{,.,,,}}}(((((((({...}))))))))....))))).)}||((((...{(((((,.(((((((.....)))))))..,,)))))}.)))}}},,,.}}}))).,..).)))))))))))))).))).))..)))).}}.))))..)))))),),)).)))))))))))))))))})))))))..))))))))))).)))).((((..((((((((.(((({.......}))))))))).)))))))....,.,}}})))).)))))..))))))))..))))))))...})...)))))))).....))))))))}))((((|,(((((.(.(({.....))).).)))))))))).|||.|.{{{|{{{{||{..||..,.{{{...,})})..)).}))..}))))))).}}.)}}.......,,.)))))))))))))))))))))))))))),,))))),{((((((...(((({,{((((.(((((.|....}))))).,}})),))))).))))))).)))))).))))))),,,.}})))))))),))){,{{,,.,,,))))...,))))))))..)))).})).)))))...))))).)))))))........)))..)))))..)))).........,,},...((......))...
Back