Basic Information

Symbol
CITED2
RNA class
mRNA
Alias
Cbp/P300 Interacting Transactivator With Glu/Asp Rich Carboxy-Terminal Domain 2 MRG1 Cbp/P300-Interacting Transactivator 2 MSG-Related Protein 1 MRG-1 Cbp/P300-Interacting Transactivator, With Glu/Asp Rich Carboxy-Terminal Domain, 2 Melanocyte-Specific Gene 1-Related Gene 1 MSG1-Related Gene 1 P35SRJ P35srj ASD8 VSD2
Location (GRCh38)
6:139371807-139375909
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_006079.5
Sequence length
2382.0 nt
GC content
0.4807

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-750.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -798.94 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 510.05
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..((((..(((((((.((((((((((.(((((..(((((((((..(((....((((((((........((..((((.((((.(((....((((....))))..)))..)))).)))).....((((.((((...))))))))...)).......))))))))..(((((((((.(((((((.(((..((..((((.(((....))).).)))..)).......((((...((((((..((((..((((....)))).((((((.......(((..((.(((........))).))..)))......))))))(((((((((.....)))))).)))((((((((((.(((((.(((.......((....)).......(((.((((....(((((....))))).............(.((.((((((.......)))).)).)).)....)))).)))))))))))))))))))))(..(((.(((...))))))..)((.((((((.....))))))))........((((.(((((((((...)))(((((((.(((((((..((......(((((((((.....))))..((((((........)))..)))................................)))))....)).)))))..)).)))))))..))))))))))....))))..))))))...))))....))).).))..))))..))))))))))))..)))))))))..)).......)))))))))))))))))))).)))).(((((((((.(.(((((((..((((...((((((((((...(((((((..((.((...(((.....))).)).))..)))))))..))))))))))((.((((...)))).))((((((((..((((((.((....)).))))))..))).)))))((((((.((.((..((((..((((.(....((((((.((((((((..(((((((((.((....))))))).)))).))).........)))))))))))))))).))))..)).)).))))))((.((((.(((..............))))))).))........................((.(((((((...(((((((.(((((.(((.((((((...((((.......))))...(((((((..((.(((((..((....((((((((.((....)).))))))))))....)))))..))..)))))))............(((((.((.......((((((.......))))))..((((((((((..(((((((((.((((.(((((((.(((........((((.....))))..((((....)))).((((...)))).......(((((((((((((.(((((......)))))..)))))...))))))))))).))))))).....(((((.((((((....(((((...(((..(((((...............)))))...))).)))))....)))))))))))..)))).))))))...................))).))))))))))...)).))))).)))))).))).))))).))))))).)))))))))........))))))))))).).)))))))))...((((.(((.(((............)))))).))))..((..(((((.(..(((((...(((.(((((((..(((((((((((((((((.....))))...((((((((((....)))).)))))).(((((((((.....(((((((((.((((((((((((..((((((((((((((...(((((.....))))).)))))))).))))))..).))))....((((((...............))))))(((((........)))))((((((((((.(((((........))))).))))))))))..........((((((((...(((((..((((....((((....(((...)))....))))..(((.((.....)))))((((((.(((((((.((((((((((((.(((((.....((((...))))....))))).........((((((....))))))...........((((....))))))).))))))))).......)))))..)))))))))))))))))))).))))).))))))).))).)))))).......)))))))))....))))).)))))))))))))))..)))....)))))...)))))).))..........((((((((((((....((((.((((.(((....))).))))..))))......))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
..((((..(((((((.((((((((((.(((,((((((((((((..(((....((((((((.......,{,..((((.((((.(((....((((....)))).,)))..)))).))))...||(({,.,|||,.,|}}}}}))...||.....,,))))))))..(((((((((.((((,(,{(((..((..((((.(((....))).}}}))..)).......((((...((((((..((((..((((....)))).((((((....,..(((..((.(((.....,..))).))..))).,,,..))))))(((((((((.....)))))).)))((((((((((.(((((((((.......((.,,.}}.((((..{{.,(((.....(((((....))))),{........,,..)))}|))))....{(.,((((......)))))})})}.})})))))))))))))))))){..(((.(((...))))))..}{{.((((((.....))))))}}........((((.(((((((((...)))(((((((.(((((((..((......(((((((((.....))))..{{{{{{........,)}..}}}................................)))))....)).)))))..)).)))))))..))))))))))....))))..))))))...))))....))}.)..,,.))))..))))))))))))..))))))))}..}}..,,,}.)))))))))))))))))))).)))).(((((((((.(.((({{(({((,,(.,,((((((((((...(((((((..((.((.,,(({...,,))).)).))..)))))))..))))))))))((.((((...)))).))((((((((,.((((((.((....)).)))))).,))).)))))((((((.((.((..((((..((((.{....(((((,{((((((({..(((((((((.{{....}})))))}}))).|||.....,,,,)))))))))))))))).))))..)).)).))))))((.(({{{(((..............))))))).)).,,.......{,....,}}.....({.(((((((...(((((((.(((((.(({.((((((.,.{(,,({..,|{|||,.,,({(,(((,..{.{,(((.,(({...{({{{{{{.{{..,,)).)))))))}}}.},})}})),,,}.,}))))}},,..|,...,,.(((((.((......,((((((,....,},)))))..((((((((((..{({((,((({({,,.(((((((.(((....{{{.{(((,,...}}||,,((({....}))}.||||..,|||,.{,,{{.{{|||||{{||||.,((((......})})},.))))),,.)))}}}}}))).)))))))..,,.((((,,((((((....(((((...(((..(((((...............)))))...))).)))))....))))))))))).}}}|||,,}})),.......,}}}}}.}}..}}}.))))))))))...)).))))).)))))).})).))))).))))))).)))))))))........)))))))))})}),))))))))),,.(((({(({.{((,..,....,},|}},))),)}))..,(,.(((((.{..(((((...(((.(((((({.{(((((((((((((((((.....}))}...((((((((((....)))).)))))){(((((((((.....((((((,{(((((((((((({{..((((((((((((((...(((((.....))))).))))))))}})))))..}.)))).,,{({{{({..........,,...}}}}}}||{{{,,,,,,..}}}}}|(((((((({.(((((.,......))))}.})))))))}}..........((((((((...(((({..{{(((.{{{,||||,..,,|{{||{.,{{...(((((((((....{{(,|..((((({((....((.((((((({{{,.{((((.....((({...})))....))))}....,},,.},}}||}})},)),.)})}..})}}..),)))...})}}))).))),,,}}},}}}}},,,,...})),,)),)}})}))))))))}}))))..,)))))}))}.)))))).......)))))))))}}..)))))))))))))))))))))..)))....))))).,.,))))).,,..........{(((((((((((....((({.((((.(((....))).))))..))))......)))))))))))}

Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001168388.3 NCBI
GAGGGCAGGGUUUGCCCGGAGGAAGAGCGUGAGGCGAAGCUGGGGAAUA… 2245 nt 0.4664
NM_001168389.3 NCBI
CAAAGGGGGUGUGGGCUCGGGUCCCCCCGCCCGAUCGCAGGGGAAGGGG… 2228 nt 0.4704
NM_006079.5 NCBI
ACAGCUCAUUGUUGGCAGCUGCCGGGCGGUCCUGCCGAGCUGUGAGGGC… 2382 nt 0.4807
Summary

The protein encoded by this gene inhibits transactivation of HIF1A-induced genes by competing with binding of hypoxia-inducible factor 1-alpha to p300-CH1. Mutations in this gene are a cause of cardiac septal defects. Alternatively spliced transcript variants encoding multiple isoforms have been observed for this gene. [provided by RefSeq, May 2012]

Forensic Context

A study in rats demonstrated that acute ethanol exposure induces anxiolysis through epigenomic and transcriptomic changes in the amygdala, including increased chromatin accessibility and altered expression of genes such as Hif3a, where its knockdown in the central nucleus of the amygdala blocked the anxiolytic effect [Krishnan et al. DOI:10.1038/S41380-022-01732-2].