Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001168389.3
Sequence Length
2228 nt
GC Content
0.4704
CAAAGGGGGUGUGGGCUCGGGUCCCCCCGCCCGAUCGCAGGGGAAGGGGCUGUUUGUGCAGCGUCCGGCUGUGUUAUGAGUGGACUGGAAAUGGCAGACCAUAUGAUGGCCAUGAACCACGGGCGCUUCCCCGACGGCACCAAUGGGCUGCACCAUCACCCUGCCCACCGCAUGGGCAUGGGGCAGUUCCCGAGCCCCCAUCACCACCAGCAGCAGCAGCCCCAGCACGCCUUCAACGCCCUAAUGGGCGAGCACAUACACUACGGCGCGGGCAACAUGAAUGCCACGAGCGGCAUCAGGCAUGCGAUGGGGCCGGGGACUGUGAACGGAGGGCACCCCCCGAGCGCGCUGGCCCCCGCGGCCAGGUUUAACAACUCCCAGUUCAUGGGUCCCCCGGUGGCCAGCCAGGGAGGCUCCCUGCCGGCCAGCAUGCAGCUGCAGAAGCUCAACAACCAGUAUUUCAACCAUCACCCCUACCCCCACAACCACUACAUGCCGGAUUUGCACCCUGCUGCAGGCCACCAGAUGAACGGGACAAACCAGCACUUCCGAGAUUGCAACCCCAAGCACAGCGGCGGCAGCAGCACCCCCGGCGGCUCGGGCGGCAGCAGCACCCCCGGCGGCUCUGGCAGCAGCUCGGGCGGCGGCGCGGGCAGCAGCAACAGCGGCGGCGGCAGCGGCAGCGGCAACAUGCCCGCCUCCGUGGCCCACGUCCCCGCUGCAAUGCUGCCGCCCAAUGUCAUAGACACUGAUUUCAUCGACGAGGAAGUUCUUAUGUCCUUGGUGAUAGAAAUGGGUUUGGACCGCAUCAAGGAGCUGCCCGAACUCUGGCUGGGGCAAAACGAGUUUGAUUUUAUGACGGACUUCGUGUGCAAACAGCAGCCCAGCAGAGUGAGCUGUUGACUCGAUCGAAACCCCGGCGAAAGAAAUCAAACCCCCAACUUCUUCGGCGUGAAUUAAAAGAAACAUUCCCUUAGACACAGUAUCUCACUUUUCAGAUCUUGAAAGGUUUGAGAACUUGGAAACAAAGUAAACUAUAAACUUGUACAAAUUGGUUUUAAAAAAAAUUGCUGCCACUUUUUUUUCCUGUUUUUGUUUCGUUUUUGUAGCCUUGACAUUCACCCACCUCCCUUAUGUAGUUGAAAUAUCUAGCUAACUUGGUCUUUUUCGUUGUUUGUUUUUACUCCUUUCCCUCACUUUCUCCAGUGCUCAACUGUUAGAUAUUAAUCUUGGCAAACUGCUUAAUCUUGUGGAUUUUGUAGAUGGUUUCAAAUGACUGAACUGCAUUCAGAUUUACGAGUGAAAGGAAAAAUUGCAUUAGUUGGUUGCAUGAACUUCGAAGGGCAGAUAUUACUGCACAAACUGCCAUCUCGCUUCAUUUUUUUAACUAUGCAUUUGAGUACAGACUAAUUUUUAAAAUAUGCUAAACUGGAAGAUUAAACAGAUGUGGGCCAAACUGUUCUGGAUCAGGAAAGUCAUACUGUUCACUUUCAAGUUGGCUGUCCCCCCCGCCGCCCCCCCCACCCCCAUAUGUACAGAUGAUAAUAGGGUGUGGAAUGUCGUCAGUGGCAAACAUUUCACAGAUUUUUAUUUUGUUUCUGUCUUCAACAUUUUUGACACUGUGCUAAUAGUUAUAUUCAGUACAUGAAAAGAUACUACUGUGUUGAAAGCUUUUUAGGAAAUUUUGACAGUAUUUUUGUACAAAACAUUUUUUUGAAAAAAUACUUGUUAAUUUAUUCUAUUUUAAUUUGCCAAUGUCAAUAAAAAGUUAAGAAAUAACUUGUUUUCUAGAAGUCAUUUGGGGGUGGUUGUUCCCUUUGGUGGCUUUUUUCCCCCCGUCUUUGAGUUGAACACUAUUGAUGAGAGUAAGCAUUCCAAAGGAUAAAUUACAGGACACUAAAACAGGUCAUGAUGAGCUUAAGCGGAGAGCAGGAUUUAACAUAAUUGGCAUAAUGCUUCAUUGUUAUCAUUGUAACAUGCCUCUUGGUGUGCUUUAAUCAAAAGCUGCAAAGUUGUCACUGCUUUUUUUUUUUUCUUAAUUGCCAUCAUAUCAAGUGUACUCCAGAGUUAGAAAGGUUUGCAAUACUCAACAUUAUCUUUUUCAAUGGGCAGGAGGCAAAAAAAAUCAAGUGUUUCUGUUUAUACCUGAUUCAACUACUUAAAUAGAGGUAGAUUGGAAUAAUACACUGAUUGAUUGAUGGGUGGCAUUAAAUAUAAAUCUACCUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-691.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -737.05
Frequency: 0.0000
Diversity: 545.06
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((((.(((((((((..((((.(((((...((.((((..((((.((...(((((((....((((..(((((..((((.(((.......))).))))))))))))).....(((..((.(((........))).))..))))))))))...))))))..)).)))).)))))..)))).....)))))))))............(((((.((((((((((((.((((....(((((....))))).............(.((.((((((.......)))).)).)).)....)))).)))..)))))).((((((((((..(((.(((...))))))..))))((((((.....))))))............(((.....))))))))).(.(((((.((.(((((...))))))).))))).).))).))))).((((((........)))..)))............)))))))...................(((((..((((((..(((((((((((.((((((......)).........(((.((((....((((((.(..(((.((..((.((.((((((......)))).))..)).))..)))))..)))).)))..)))))))(((((((((.(.(((((((..((((...((((((((((...(((((((..((.((...(((.....))).)).))..)))))))..))))))))))((.((((...)))).))((((((((..((((((.((....)).))))))..))).)))))((((((.((.((..((((..((((.(....((((((.((((((((..(((((((((.((....))))))).)))).))).........)))))))))))))))).))))..)).)).))))))((.((((.(((..............))))))).))........................((.(((((((...(((((((.(((((.(((.((((((...((((.......))))...(((((((..((.(((((..((....((((((((.((....)).))))))))))....)))))..))..)))))))............(((((.((.......((((((.......))))))..((((((((((..(((((((((.((((.(((((((.(((........((((.....))))..((((....)))).((((...)))).......(((((((((((((.(((((......)))))..)))))...))))))))))).))))))).....(((((.((((((....(((((...(((..(((((...............)))))...))).)))))....)))))))))))..)))).))))))...................))).))))))))))...)).))))).)))))).))).))))).))))))).)))))))))........))))))))))).).)))))))))...(((((((((.(((.(((((....(((((((((((((((((.(((...)))..))))))))))...))))))).....))))).((((((((((((..((.((((((((((....)))).))))))))..)))).......)))))))).......(((((.(..((((((((((((((...(((((.....))))).)))))))).))))))..).)))))(((((((((...............)))))))))....((((.(.....).))))))).)))))))))..))))..)))))))))))............((((((((...(((((..((((....((((....(((...)))....))))..(((.((.....)))))((((((.(((((((.((((((((((((.(((((.....((((...))))....))))).........((((((....))))))...........((((....))))))).))))))))).......)))))..)))))))))))))))))))).)))))..((((((((.................)))))))).....))))))..)))))...(((((.((((........)))).)))))............((((((((((((....((((.((((.(((....))).))))..))))......))))))))))))
Thermodynamic Ensemble Prediction
....(((((((.(((((((((..{(((,(((({...((.((((..((((.((...(((((((,{{{((((,,,,..,.||({|,|((,..{{{{|,,.}}}}.,||||)))}}...({{.,((.(({.....,..))).))..}))))))))).,.)})))).|)).},)).)))))..))))..,..))))))))).,,.........(((((.(({((((({(((.((((....(((((....))))).,...........{.((.((((((.......)))).)).)),)....)))).)))..)))))),(((({{{(((,,(((.(((...}))))}..}||.((((((.....))))))||.......,.,||{}}}}})}))))))).(.(((((.(,{(((((...))))))).))))).).))).))))).{{{{{{........})}..}}}........,,,,},}}}}}.....,.......,..}}.{((((..((((((.,{((((((((((.{,,,(((({{,..........,{(((.((((...,{,,(((.{..(((.((..((.((.(((((({....})))).))..)).))..)))))..}))).,))..)))))))((({(((((,(.((({{(({((,,(,{,((((((((((...(((((((..((.((.,,(({...,,))).)).))..)))))))..))))))))))((.((((...)))).))((((((((,.((((((.((....)).)))))).,))).)))))((((((.((.((..((((..((((.{....(((((,{((((((({..(((((((((.{{....}})))))}}))).|||.....,,,,)))))))))))))))).))))..)).)).))))))((.(({{{(((..............))))))).)).,,.......{,....,}}.....({.(((((((...(((((((.(((((.(({.((((((.,.{(,,({..,|{|||,.,,({{,(((,..{.{,(((.,(({...{({{{{{,.{{..,,)).)))))))}}}.},})}})),,,}.,}))))}},,..|,...,,.(((((.((......,((((((,....,},)))))..((((((((((..{({((,((({({,,.(((((((.(((....{{{.{(((,,...}}||,,((({....}))}.||||..,|||,.{,,{{.{{|||||{{||||.,((((......})})},.))))),,.)))}}}}}))).)))))))..,,.((((,,((((((....(((((...(((..(((((...............)))))...))).)))))....))))))))))).}}}|||,,}})),.......,}}}}}.}}..}}}.))))))))))...)).))))).)))))).})).))))).))))))).)))))))))........)))))))))}}})}})))))))},..(((((((((.(((.(((((.{{,((((({{((((((((((.(((...)))..))))))))))...}}))))}.,,,,))))).((((((((((((..((.((((((((((....)))).))))))))..)))).......)))))))).{{{(((((((((({.((((((((((((((...(((((.....))))).))))))))}})))))..,.,,.,.,{{{{{{{{......,..,,,...||||||}},..}}}}}}))))))))))))}))).))))))))),}))))},))))))))))}............((((((((...(((({..(((((.{{{{{,{{{....,{{(({.{{{..,(((((((((....(((.(..((((((((....((.((((((({{{,.{((((.....((({...})))....)))))....,,,..},}}|})))).))..)))}..})))..).)))...}),}))).))).,,})}.}}}}},,,,,,.})),.)),))))}))))))))},))))..{(((((((.{{..........,,..)))))))}...,}))))))..))))}...(((((.((((........)))).)))))............((((((((((((....((((.((((.(((....))).))))..))))......))))))))))))
Back