Basic Information

Symbol
CLDN12
RNA class
mRNA
Alias
Claudin 12 Claudin-12
Location (GRCh38)
7:90383721-90513402
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001185072.3
Sequence length
3533.0 nt
GC content
0.3770

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-906.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -976.56 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 913.04
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001185072.3 NCBI
GGGAACGCACUUCCUGGGACGCUGAGAGGGAGACGCUCCAAGAGGCUCC… 3533 nt 0.3770
NM_001185073.3 NCBI
GGGAACGCACUUCCUGGGACGCUGAGAGGGAGACGCUCCAAGAGGCUCC… 3494 nt 0.3755
NM_012129.5 NCBI
GGGAACGCACUUCCUGGGACGCUGAGAGGGAGACGCUCCAAGAGGCUCC… 3490 nt 0.3756
Summary

This gene encodes a member of the claudin family. Claudins are integral membrane proteins and components of tight junction strands. Tight junction strands serve as a physical barrier to prevent solutes and water from passing freely through the paracellular space between epithelial or endothelial cell sheets, and also play critical roles in maintaining cell polarity and signal transductions. This gene is expressed in the inner ear and bladder epithelium, and it is over-expressed in colorectal carcinomas. This protein and claudin 2 are critical for vitamin D-dependent Ca2+ absorption between enterocytes. Multiple alternatively spliced transcript variants encoding the same protein have been found.[provided by RefSeq, Sep 2011]

Forensic Context

A study in mice demonstrated that chronic alcohol exposure induces significant hippocampal alterations, including decreased mitochondrial ATPase activity, increased H2S levels, and impaired learning ability, alongside widespread differential expression of miRNAs and mRNAs [Du et al. DOI:10.3389/Fphar.2024.1377501].