Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001185073.3
Sequence Length
3494 nt
GC Content
0.3755
GGGAACGCACUUCCUGGGACGCUGAGAGGGAGACGCUCCAAGAGGCUCCUCAGUGUGGGCGAGUAAAAUGCCCUGCGUGUGAGAAGCAGGCUCAGAUUAUUGCUACUCUGUAUUCAGAUCUUCAUGUGUCUCUUCUAAGCUGAAUAAAGCUGUUUUGGAACUGUCAGGUACCUCAAAGCGUAAUCUGACUGACAGUACUCCACAAGCUUGCCUGCCAUGGGCUGUCGGGAUGUCCACGCAGCCACAGUCCUUUCCUUCCUGUGUGGAAUCGCCUCAGUAGCAGGCCUCUUUGCAGGGACUCUGCUUCCCAACUGGAGAAAAUUACGAUUGAUCACAUUCAACAGAAACGAGAAGAACCUGACUGUUUACACAGGCCUGUGGGUGAAAUGUGCCCGGUAUGACGGGAGCAGUGACUGCCUGAUGUACGACACUACUUGGUACUCAUCAGUUGACCAGCUGGACCUGCGUGUCCUCCAGUUUGCCCUACCCCUCAGCAUGCUGAUCGCCAUGGGUGCCCUGCUGCUCUGCCUGAUUGGAAUGUGCAACACUGCCUUCAGGUCCUCGGUGCCCAACAUCAAACUGGCCAAGUGUCUGGUCAAUAGUGCAGGUUGCCACCUGGUGGCUGGGCUGCUAUUUUUCCUGGCAGGUACUGUGAGCCUCUCCCCAUCUAUCUGGGUCAUCUUUUAUAACAUCCAUCUGAACAAGAAGUUUGAGCCAGUCUUUUCAUUUGACUAUGCAGUGUAUGUCACUAUUGCUAGUGCUGGGGGCCUGUUUAUGACUUCCCUUAUACUAUUUAUUUGGUAUUGUACAUGCAAAUCUUUGCCUUCUCCUUUCUGGCAACCAUUGUACUCCCAUCCACCCAGUAUGCAUACUUACUCACAGCCCUAUUCAGCACGCUCUCGCCUCUCUGCCAUUGAAAUUGACAUUCCAGUAGUUUCACACACCACUUAAUGGGGAAAUAGUUAAUUGUUAAAGAAAACUUCUUGUAGCCUCACAUUCCCCUUGUGCAAAGAGCUCUUUUGGACCUACAUACAUUUUCCUUUGUUUUUGACCAAUCAAUGAAGCCAAAUUUAUAUGUCCUAGUAGAAUGAAGUGCUGCUAGUUUUUAUGAGAAGUAUAUUAUAUUAAAUGUGAAUUUUUUAAAUUUUGCUUCUUAUACUGGAAGGAAUUUUAGCCUUCAUAUUGAUAUCUAAUUAAUUAUUUAAGUGGAAGAGGCCUGCAUCACAAUUGAGGUAAUGUAGAGCAACAUGUUAAAGAAUGAUGGUUAGCAGAAGCUGUUGUAUACAAUCUUCAUGAAAAUUUCAGUGUGUAUUUUUCUUUUUCUAUAAUACCUUUAACUGCAAAGAAAAGGCAGUUUCAAAUAUAAGAAAUUUAUUUCAGGUAAGGGUAAUAUUUUAAUAGUAGUCAAUAAUCUAGCUUAAGGCUGUAACUCUUCUAUCGGGGCUAAUUGUAUGAAUAGGUGUCAGUAUGUUGAAGAUUACUUUCUUUUGUGACUUUCUUCUACCUCAUGCCACUGUUUAAAAGUAAAACGUAUUUUAACGAUGUUAGAAUAAGACUACCAUUCUAAAUAUCACCUACUUAUGAAUAACAUGUAAUAAUUUUUAACAUUAAUGAUUCCAUAAAUUGUAUUAUUGGGAUUAGAAUGUGCUUUAUGACAGGUUAGUGUUUCCUCUGAGGCAGAAAACUCUUUUUUGGAGAUAUCUUCCAUCAAGCAGUACUCGUGCCCAUAUACAAUCUCUUAGUGGCUAGGAGAAAUAAAUAAAAGGGCCAUAAUGGUUUGUUCUCUUUCAGACAUAAUUUAGUAGGGGACAAGAAGUCUGUUCUUCAGUGAGUACACUAGAGAUUUACUCUGGUGACUGCCUUUUGAGUUAUGGGUGAAGUAAGGUAUGGCUUUACCAUAACCUUGAUUCAUUCACCCUUGAUUCAUUUCUCGCCCCCGUCACUGAUUAUUUCCUUGAGCAUAUAUCUCUGCCUAACACUUUAGUAGGUGCUAUAGAGGAUACAUGAAAAGUAUGAGAUCUGGUUCCAUCCAGUAAGACAUUUUAAUAGAGAAGAUCAAAAUGUUACCUGGCAGUUGGGGAAUAAUCUGACUUCGUUGGCAGUUGGCCUUAACUUCUUAAUCAUUGAUCCAGGAAUAUUUCAACCAGAGACACAACUUUCUGGCAGACAGACAAAUUGUACAACACCAACAAUAUCCUGGACCUUGAAAUUCUGUUUACUUCAGUCCAUUGUAUCCUUUAAGGCACCUGUGCUAGCCUAGAUUUUGUAAUAACACUGAUUUAUGAGAAUGGACAAAAGUGGUAGGGAAAUUGUUCCCUCUCCACUUCUGAAAGUAUGAUGAUGUAUUAAGGAUGGAGGAGUUAUUAAAAAUGUCUCUUCUGAUGAGGUAACAAUUAGAUGAAACCAUGUUAAAGCUGAGAUGAACACUUAGAAAUUCAGGGAUAUUGGGUCUUUAGCCUUAUGAAUUUGAGCUGCUUAUUUAAUUGGUGUAAUUUACUACAUAUUAGUACUAUAUUCGUAAGGAUUUUUUAUUAACCAUUACAGAUUUUACAAACAGCUAGUUAUAUGGUAAACAGAUUAUUAUGCCUUUUUGCAAUUCUGAAUAUGAUUCUAGUAUUUGUGUAGAUGUAUUUGGUACUUUUUCCCCUAAUUCCAACACUAGUUUAUAUAUAUAGCGAAUAAAUCUAGUUGUAUAAAUUUUUAAAUGCCGUCAGUAGAAAGCACACAAGGUUAUGAUUUUUUUAAUUACUGGCUUCUGAUUUCUUUCACUUCUGAUCCUUUUCCUUUUUCUCAGAUGUAGCUGAGUCUUGAUCAUUUUAAGACAACGAUGGGUAGAAUUUUGAGAUUAAUGUUAAUUUUCCCUUUUUGUUAAUUUCAGUCCCCUCUCACUAUGCUUUUGUCCAGAAGGAUCAAGAAUUCUACCAUCCCUUGGGUCUUUGUGUAUAAACAAUGUUAAAUAAAGGUAGACUCAGUCUUUAAGAUAUUAGACAGUUUUUUUAGUCCAUGGGAUUGUAAAUAUAAACAUUAACUUUCCUAUAAGAAUAUUUUGGCUUUGUAAUCUAUAGCCUCAAAUUGGUAUUUAUUAUGGAUUCACUAGACAAACAGCUGUUUCCUUAUUGUCUUUUUUCUUUAGUGUUUCUGAUUUGCUAUCAGUAGCUGUUUUUAAAGCCGUCCAAGGAAAAUAAUUAUUUACAGUUUUUGAAGUCACUUUUGAGCCCUCAUCAAGCUCUCAUUGUGAUGGGAGGGAUACCUUUUUGUUGUUAAAAGCCUAUUAUUGUUAAAGGCCUUUUAUGGAAACCAACUUGGAAAACAACCUUAAAUGUGGAUGUAUCAGAUUUGGUUUAUCCAGCCAUGGGAGAGAAAACAAACCUAAGUUUACUUUACUUGUACAUAUACACUACAAUGGAUAGUAUAUUUGCUGUAAACUACAAUGUAAAACCUCAAUAAAAGUGCGCUGUACUUCUUAAUGUUUAUUAAAAGAUGUAUUUUUACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-885.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -957.38
Frequency: 0.0000
Diversity: 940.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.....((((((((((((..(((((((((((((.(.(((...))))))))...(((((((((((((....((((((.(((.((((((((((((.(((((((((((((((((....)))).....((((..(((((...(.(((((((((.((..((((((((((((((((((((...)).)).))))))((((((((...(((...((......))..)))))))))))(((.(((((((((.................))))))))))))((((((((.(((((((((((.((((.....))))((((.....)))).(((((((((.((.(((..(((((((((..(((((.(....((.(((..(....(((.((((((((((..(((((..(((..((.((((((((((((((..(((.((((...........))))))).)))).((.((((.(((((((.(.((....((((.(((...........))).))))...))).))))).))..)))).))((((.((..(((((((((((...((((..((((((((((((((......((((((((((((......))))).(((((((...((((((...((((((......)))))).....)))))))))))))(((...)))((((......))))...................(((.....))))))))))...((((.........))))..((((((........))))))..))))))))))))))..(((((......)))))..........))))))))))))((((....))))....)))..)).))))..)))))..))))).)).)))......))))).)))))))))).))))..)))))..))))))....))))...)))))..))))).))..)))))))......((((((((.((((((...((.....(((((((((...))))).))))...)).))))))..((.(((((.....))))).))..(((((.((((..(((((((..(.....)..)))))))..))))...))))).(((((((.........)))))))....(((((((((((.....((..((((....))))..)).....)))))))))))...(((((........)))))..((((((.....))))))...)))))))))))))))))))......))))))))..(((.((.((.(((........))).)).)).)))((((..((((....))))))))..(((((...((...))...))))).............(((((..((....)).)))))))))))))))....))...)))).))))).))))))..)))).......)))).))))))))))))))...))).....)))).))))))))).....((((((.((((.(..(((.....(((((......)))))....)))..).))))..))))))...((((((.(((((....((((((....((((.(((.......))).))))..))))))....))))).)))))).................(((((..((((((((.............)))))))).)))))(((...(((..((...((((((((...((((.((....))))))...))))))))...)).))))))..)))))..)))))))).....))))))))).))))))..........(((((.(((..(((((..((((((((((.((((.....(((((((((((..((((......))))((..(((.((((((((.....)))))))))))..))..(((((((.((((((((((((((((((.....)))).))))))...).))))))).)))))))....((...((((((..........(((((((((((.((((..(((........((((((((((((.(((((((((((.((.(((((..(((.((((......))))...((((((((....((.....))))))))))....((.((((((((..(((.(((.((.....)))))))).)))))))).))...(((..(.(((((((.....((..(((((((......)))))))..)).......(((((.........))))).))))))))..)))...)))...)))))...))...))))))))))).)))))))..))))).(((..((((((((..........)))))))).))).((.((((((.((((((....))))))..)))))).))...))).)))))))).))))))).(((((((.((((...)))).)))))))((.((((.....((((((((((..(((.(((....))).))).......((((((.((((((.((((((.......((((((((((...((.((((....((..(((((.....)))))..))..))))))..))))))))))...........((((.((((.....((((((..(((((....((.(((..((((......(((......)))..))))..))).)).))))).))))))....))))..)))).........)))))))))......((((((((((..(((.........)))..))))))))))......(((..((....))..)))....(((((((((((.....))))).)))))))))))))))))))..))))))......))))..))((((......))))(((((((.....)))))))...))))))..))....(((((((((((...............))))))))))))))))))...))))......))))..))))))....))))...)))))....))).)))))(((((((.....(((..((..((((((((((..((((..........)))).((((((((..((((((((((((((((((.....((((..((((((............((((((((......(((((((((((((((....(((((.(((......((((((..((.......))..))))))....))).)))))...)))))))).....))..)))))...))))))))....)))))).)))))))))))))))......(((((....((((.........)))).....)))))((((((....))))))......(((((((((.(((....)))))).))))))((((((((((.((.((..(((.((........)).))).)).)).))))))..)))).))))))).)))))))).......))))))))))..))..))))))))))((((.(((((((((....))))))...)))...)))).............))))))..((((.((((............)))).))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....((((((({{(((,.{(((((((((({(,({(({...||||,,,}{{{((({(((((((,(....((((((.{{(.((({,(((((((.(((((((((((((((((....)))}....,((((..(((({,..({((,,,,,,|}||,,{{(((((((((((({{{{,,...,,.}}..}}}},||||||||..}|||..,||...,,,}}..}))||||}}|}(((.(((((((((.....{...........)))))))))))){|{{{{{{.(((((((((((.((((,...,)))),(((,....))}||{((((((((.((.(((..(((((((((..(((({,(...,((,{((..,....{((.((((((((((..(((((..(({..((.((((((((((,,((.{(((,((((.{.......,.)))}})),)))|.((.((((.(((((({,({(,....((((.(((...........))).))))..,)}},})))).})..)))).)){(((.((..(((((((((({...{{{{..((((((((((((((.,....,,,,{{((((((,,,,,{||||||,,{{{(({{.{{(((({..,))))).,}.}}))||,,.....}))))}}}}}}}}|,}}}....((({......|||},,,.,,,,,....,......,|,....)))})}}))},}}|||,.........}|||,.((((((.....,},}}}))),,))))))))))))))..,,,{,......,,|||{{{......}))))))))))))((((....))))....}))..)).))))..)))))..))))).)).}}),.)...))))}.)))))))))).)))}.,)))}}..})))))....))))...)))))..))))).))..))))))),.....((((((((.((((((...((.....(((((((({...})))).))))...)).))))))..((.(((((....,))))).))..(((((.(({(..(((((({.,({{....,}))}))))..)))}...))))).(((((((.,,...,..)))))))....(((((((((((.....((..((((....))))..)).,...)))))))))))...(((((........)))))..{(((((.....)))))}...)))))))))))))))))))......,})))))}..{{{||||{,|||||...,,|||||{||,||{{{{{.,|}}}}}|,,{|||.,},,}.{(({,,.,,}}.,,}},},,,}}},,,,,},}||.||||||{{,(({,..,,.,,,.})))||||........)}},}}},}})))).}))))),,}}}}......,)))).)))))))))}))},...}))},..,))}}.}}}))))))...,,,{{(({,{{(({(.,{{{{,{..((((({{{{..,,,,,.}}}).,.})}}},|...}}))}|||{{{{{,,{{{{{.....|||||},|,(((((((((({.........)))))}}}))))...},,||||||||..,|{|{,,.......,.{{{{{..(({{{{{{||{.,.,.,|},.|}|}}}}}.}}}}|((({.{((,.{((...((((((((...((({.{{....)))}}}...))))))))}}.})}),))))},)}}))..}))))})),,,.,||||})))).))))))},......,,|{{|{{(({..,||||,{((((((({{{.(({,.....{{{{|||||||},((((......)))){(..(((.((((((((.....)))))))))))..)}..(((((((.((((((({((((((((((.....)))),}))))}...,.))))))).))))))).||||}}}}|,,{,|}}}}}.....|||||||||,,.,{{{((((({({.,...,(((((((((((.((((((((((({({.{((((..(((.((((......))))...((((((((.,,.,,.....),))))))))....{(.((((((((..{{{.(((.({.....)))))})).)))))))).),...(((..(.(((((({.{{{,{{..(((((((......)))))))..}}.......,{|||.........,,))),)))))))}..)))...}))...)))))...}},,.))))))))))).)))))))..))))}.,(({{((.(((....}}}..}}}))),||||,.||,((.((((((.((((((....))))))..)))))).))..,|||,},.,,}))}))|||||{{((((((,,{{{...,}||,}||}|||{{,{|{{..,|,|||||||||.,,|{{,{{{...,|||,}}|.....,,(((((,{{{((((.,{{(((.......((((((((((...((.((((.,..,...(((((.....)))))..,},.))))))..))))))))))...........((((.((((..,,.((((((..(((((...,((.(({..((((......(((......))),.))))..))).},.))))).)))))).},.))))..))))........,))}})))))......{(((((({((..(((.........))),.)))))))))}......,,..{(({{{{({(({,,..,,,,{{,,||,||,}},,,,}))})))),,}))}}}}))}))}},)))}))}}}}.})).},}))((((......))))(((((((.....)))))))...},))))})))....(((((((((({..,,........,..})))))))))))))))))}},)}}}.,,,,.||}},.}}}))}.,,})),,...}|}|}...,}}),}}}}}(((((({....{{((..{,..((((((((((..((((..........)))).((((((((..((((((((((((((((((.....((((..((((((....,,......((((((((.,{...(((((..,..,,(((((...,,{,,(((..(((((((,((,.{(,.,........}}))}}..,...,,}))))..)))}}|.,},))}}}),.))))).,.)))))))),,..)))))).)))))))))))))))......(((((....((((.........))))..,..))))){(((((....)))))}......(((((((((.(((....))))))},)))))((((((((((.((,(,..(((.((........)).))).)),},.))))))..)))).))))))).)))))))).......)))))))))),.))},)))))))))){{{{.{||{(((({....}}}})),..}}},,.})))....,.,.....}))))))..((((.((((,,,....,,,,.}))).))))........
Back