Basic Information

Symbol
CLDN5
RNA class
mRNA
Alias
Claudin 5 CPETRL1 TMVCF BEC1 AWAL Transmembrane Protein Deleted In Velocardiofacial Syndrome Transmembrane Protein Deleted In VCFS Claudin-5 TMDVCF
Location (GRCh38)
22:19523024-19527545
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
Drug abuse diagnoses Cause of death analysis Mechanical injury analysis Other applications
External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001363066.2
Sequence length
1384.0 nt
GC content
0.6792

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-688.30 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -711.31 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 389.48
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001130861.1 NCBI
GUCUCUCCUGUCUGAAGGCCAGAGCAGGCUGCUAGGCCUGGGGCCACCA… 2332 nt 0.6724
NM_001363066.2 NCBI
GGCAGACCCAGGAGGUGCGACAGACCCGCGGGGCAAACGGACUGGGGCC… 1384 nt 0.6792
NM_001363067.2 NCBI
GUCUCUCCUGUCUGAAGGCCAGAGCAGGCUGCUAGGCCUGGGGCCACCA… 1800 nt 0.6750
NM_001426402.1 NCBI
GUCUCUCCUGUCUGAAGGCCAGAGCAGGCUGCUAGGCCUGGGGCCACCA… 1699 nt 0.6751
NM_003277.4 NCBI
GUCUCUCCUGUCUGAAGGCCAGAGCAGGCUGCUAGGCCUGGGGCCACCA… 1699 nt 0.6757
Summary

This gene encodes a member of the claudin family. Claudins are integral membrane proteins and components of tight junction strands. Tight junction strands serve as a physical barrier to prevent solutes and water from passing freely through the paracellular space between epithelial or endothelial cell sheets. Mutations in this gene have been found in patients with velocardiofacial syndrome. Alternative splicing results in multiple transcript variants encoding distinct isoforms. [provided by RefSeq, May 2018]

Forensic Context

A study in human forensic autopsy cases demonstrated that methamphetamine intoxication was associated with lower mRNA expression of the CLDN5 compared to other causes of death, suggesting a mechanism for increased blood-brain barrier permeability [Wang et al. DOI:10.1007/S00414-014-0972-6]. In a mouse model of developmental lead exposure, single-cell RNA sequencing identified the CLDN5 as a marker gene for endothelial cell clusters in the hippocampus [Bakulski et al. DOI:10.1093/toxsci/kfaa069]. A study in human forensic autopsy cases demonstrated that the CLDN5 mRNA expression was significantly higher in fatal hyperthermia compared to other causes of death such as acute cardiac death, mechanical asphyxiation, fire fatality, and intoxication [Wang et al. DOI:10.1016/J.Forsciint.2013.03.007]. Another study in human autopsy cases of injury found that the CLDN5 mRNA expression was significantly higher in subacute deaths due to sharp instrument injury compared to acute cardiac death and other injury groups, though its protein immunostaining showed no significant differences among causes of death [Wang et al. DOI:10.1007/S00414-012-0758-7].