Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001426402.1
Sequence Length
1699 nt
GC Content
0.6751
GUCUCUCCUGUCUGAAGGCCAGAGCAGGCUGCUAGGCCUGGGGCCACCACUGCCCCUGGGUGCUACACCCAGUGUGCUGGGUCACUGGGAACUUCCUGAAGUGGUGUCACCUGAACUGGGCCCCCAAGGAUGGGGUGCGGGCAGUACCGCAGGAAGAGGAGCAGCCCCUGUGAAGAUUGAGAGCUGCCAGAGGCUCUGUGAUUGGCUGCGGCACGAUGACCCGCGCACGGAUUGGCUGCUUCGGGCCGGGGGGCCGGGCCCGGGGGACAGAAUCCGCCCCCGAACCUUCAAAGAGGGUACCCCCCGGCAGGAGCUGGCAGACCUAGGAGGUGCGACAGACCCGCGGGGCAAACGGACUGGGGCCAAGAGCCGGGAGCGCGGGCGCAAAGGCACCAGGGCCCGCCCAGGGCGCCGCGCAGCACGGCCUUGGGGGUUCUGCGGGCCUUCGGGUGCGCGUCUCGCCUCUAGCCAUGGGGUCCGCAGCGUUGGAGAUCCUGGGCCUGGUGCUGUGCCUGGUGGGCUGGGGGGGUCUGAUCCUGGCGUGCGGGCUGCCCAUGUGGCAGGUGACCGCCUUCCUGGACCACAACAUCGUGACGGCGCAGACCACCUGGAAGGGGCUGUGGAUGUCGUGCGUGGUGCAGAGCACCGGGCACAUGCAGUGCAAAGUGUACGACUCGGUGCUGGCUCUGAGCACCGAGGUGCAGGCGGCGCGGGCGCUCACCGUGAGCGCCGUGCUGCUGGCGUUCGUUGCGCUCUUCGUGACCCUGGCGGGCGCGCAGUGCACCACCUGCGUGGCCCCGGGCCCGGCCAAGGCGCGUGUGGCCCUCACGGGAGGCGUGCUCUACCUGUUUUGCGGGCUGCUGGCGCUCGUGCCACUCUGCUGGUUCGCCAACAUUGUCGUCCGCGAGUUUUACGACCCGUCUGUGCCCGUGUCGCAGAAGUACGAGCUGGGCGCAGCGCUGUACAUCGGCUGGGCGGCCACCGCGCUGCUCAUGGUAGGCGGCUGCCUCUUGUGCUGCGGCGCCUGGGUCUGCACCGGCCGUCCCGACCUCAGCUUCCCCGUGAAGUACUCAGCGCCGCGGCGGCCCACGGCCACCGGCGACUACGACAAGAAGAACUACGUCUGAGGGCGCUGGGCACGGCCGGGCCCCUCCUGCCAGCCACGCCUGCGAGGCGUUGGAUAAGCCUGGGGAGCCCCGCAUGGACCGCGGCUUCCGCCGGGUAGCGCGGCGCGCAGGCUCCUCGGAACGUCCGGCUCUGCGCCCCGACGCGGCUCCUGGAUCCGCUCCUGCCUGCGCCCGCAGCUGACCUUCUCCUGCCACUAGCCCGGCCCUGCCCUUAACAGACGGAAUGAAGUUUCCUUUUCUGUGCGCGGCGCUGUUUCCAUAGGCAGAGCGGGUGUCAGACUGAGGAUUUCGCUUCCCCUCCAAGACGCUGGGGGUCUUGGCUGCUGCCUUACUUCCCAGAGGCUCCUGCUGACUUCGGAGGGGCGGAUGCAGAGCCCAGGGCCCCCACCGGAAGAUGUGUACAGCUGGUCUUUACUCCAUCGGCAGGGCCCGAGCCCAGGGACCAGUGACUUGGCCUGGACCUCCCGGUCUCACUCCAGCAUCUCCCCAGGCAAGGCUUGUGGGCACCGGAGCUUGAGAGAGGGCGGGAGUGGGAAGGCUAAGAAUCUGCUUAGUAAAUGGUUUGAACUCUC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-847.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -874.27
Frequency: 0.0000
Diversity: 583.65
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((.(((((((((((.(((((..((((...)))).)))))(((((.....((((((((((((.(....(((((((........)))))))..(((((((..(((.((((.((......))(((((((....))))).)).)))).)))..))))))).(((((((((.(((((.......((((((......))))))((.((((((....)).)))).)).....)))))...))))))))).((((....))))).))))))))).))).....)))))...((((((...)))))).....(((((....))))))))))..)))))).))..((((((.((.(((((..((((((..(((..((((.(((((.((((.((.(.(((((.(((((((((..(((((((...((...))...))))))))))))))).).))))).).)).))))))))).)))).)))....))))))...((((((...((((((((.(((.(((.((((.((((((((((((........)))))))((((.(((.((((.((.((((((((((((((((((.((.(((((.......((((.(((((.((.(((...))))))))))..))))((((.((((((...)))))).)))).....(((((...)))))..(((((((((.......)))))))))..((.((((((((((.((((((...)))))))))))))))).)).......((((.(((.((...(((((.((.(((((((........))))))).)))))))....)).))))))).))))).))....)))))))).).)).))))))).)).)))).))).))))(((((..((((.((.((..((.((....)).)).))))))))..)))))...(.(((((((((..(((........)))..))))))))))((((((((((((.((((.((((...(((((((.(((((.((((....)))).)))))..)))))))((((((((((((((.((.(((.((..(((((..(((.(.((((((...((....(((((((((...((((.((((((.((..((...((((.....((((((((((((((((((.(((((((((.((((..((...((((((((...))))).)))....))..)))).)))).....)).)))((((....))))((((((((((.((((((((....((((...(((((..(((((......)))))...))))))))).....)))))))))))).))).)))..............)))))))...)))))...))))))....((((..(((((.((((.((((.((.((((((....)))))).))..))))))))..))))))))).))))...))..)).)))))).))))..))))))))))))))))).).).)).....)))))..))))).)).))).)))))).))))))))))))))))......)))))))))...........))))))))).)))))).)))))))).)))))).((((((((...(((((((.((((.(((.(((.(((((((((((...))))).)))....)))))).))).)))).)))))).)...))))))))....))))).))....)))))).......
Thermodynamic Ensemble Prediction
{{,{(((((({,{{,,(((({.{((,{,{{|||.|||||((((({,,...,||||(((((((...))))))|.,.{{{((((((({(({,.,,{{{,{,|{|{{,(((,((((..{,{|((((((,....|)))),||{((((((.(((((|(,,|,((({((((((((,,,.......((((((......))))))((.{(((((....}).)))).)){{{{{{,|||.,,({({(((((..(((((((((.((((..{(({((,.....}}},)))))).((((((...)))))).))))))))).}))}}.)})}}.}}..,,,})}}}}.{{{.(({((,((((,..{({{{{{(({({,{(((,(((((,((((.((,(.{((((.(((((((((.{((((((({{,((,,,||,,{||||}}|||||||||,|,||||}.},}|.}|}}}}})),)}}}.}}}..||||||}}||,...|},.))))))))|))}}))|))))))}},)))|})))|}|))},}}}.}))).,}|}|}}|}}}}))).,||,,||||}|}}|||}}}}|||},||||........((((.(((((.((.(({...})))))))))..))))((((.((((((...)))))).)))).,{{.{(({{...})))}..(((((((((.......))))))))).|{|.(((((((({((((((({...}))))))))))))))).|}||.,.,,)}))}}}},))},}}},||}||}|{{((((|{...},,)))))))}))))))))),))),.,)})}),},))))).)))))))}))},|}|}},,||},}},})})}))|}||{|}(((((,(({,{.{(({(((,,{{|,,,|...},.)}.,))))}|.....{{{{.(.(((((((((..(((........)))..))))))))))((((((((((((.((((.((((...(((((((.(((((.((((....)))).)))))..)))))))((((((((((((((.((.({{{((..(((((..,(({{.((((((..{(({{{{((((,((((...||||.||{(((.{{..{{,..{,.,.....,||{(({(((({|{((((.,((({((((,(({{..((...((((((((...)))))},))....))..)))).)))).||..||,,,|((({..,,))))||((((((((.((((((((....((({...(((((..(((((......)))))..})}))))))).....)))))))))))).))),,))...,,,,}}.....))))))),.,))))}...|}}}}|({{,((({..|((((.((((,((|(,{(.(((({,....}})))).)),,)))}))))..)))))}))))}))),,,||{,||.|}}}))}))}),})))}})))}}})))))).,.).)).....)))))..))))).)).))).)))))).)))))))))))))))),.....})))))))).|}}}...,,,)))))))}}))))}))}))))))}),}|||}}.((((((((...(((((((.((((.(((.(((.(((((((((((...))))).)))....)))))).))).)))).)))))).)...))))))))...},}}},,}}....}}}..,.......
Back