Basic Information
Symbol
CLEC7A
RNA class
mRNA
Alias
C-Type Lectin Domain Containing 7A
C-Type Lectin Domain Family 7 Member A
DECTIN-1
CLECSF12
SCARE2
CD369
C-Type (Calcium Dependent, Carbohydrate-Recognition Domain) Lectin, Superfamily Member 12
C-Type Lectin Superfamily Member 12
DC-Associated C-Type Lectin 1
Beta-Glucan Receptor
HDectin-1
DECTIN1
BGR
Dendritic Cell-Associated C-Type Lectin-1
Dendritic Cell-Associated C-Type Lectin 1
C-Type Lectin Domain Family 7, Member A
Lectin-Like Receptor 1
CD369 Antigen
Dectin-1
CANDF4
Location (GRCh38)
12:10116777-10130258
Forensic tag(s)
Other applications
MANE select
Transcript ID
NM_197947.3
Sequence length
2542.0 nt
GC content
0.3989
Secondary Structure
Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-682.20 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy:
-730.50 kcal/mol
Frequency:
0.0000
Diversity:
822.00
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts
| ID | Sequence | Length | GC content |
|---|---|---|---|
| AGUACCUAGCCCACAUGAUUUGACUCAGAGAUUCUCUUUUGUCCACAGA… | 2404 nt | 0.3985 | |
| AGUACCUAGCCCACAUGAUUUGACUCAGAGAUUCUCUUUUGUCCACAGA… | 2542 nt | 0.3989 | |
| AGUACCUAGCCCACAUGAUUUGACUCAGAGAUUCUCUUUUGUCCACAGA… | 2423 nt | 0.3970 | |
| AGUACCUAGCCCACAUGAUUUGACUCAGAGAUUCUCUUUUGUCCACAGA… | 2285 nt | 0.3965 | |
| AGUACCUAGCCCACAUGAUUUGACUCAGAGAUUCUCUUUUGUCCACAGA… | 2305 nt | 0.3939 | |
| AGUACCUAGCCCACAUGAUUUGACUCAGAGAUUCUCUUUUGUCCACAGA… | 439 nt | 0.4032 |
Summary
This gene encodes a member of the C-type lectin/C-type lectin-like domain (CTL/CTLD) superfamily. The encoded glycoprotein is a small type II membrane receptor with an extracellular C-type lectin-like domain fold and a cytoplasmic domain with an immunoreceptor tyrosine-based activation motif. It functions as a pattern-recognition receptor that recognizes a variety of beta-1,3-linked and beta-1,6-linked glucans from fungi and plants, and in this way plays a role in innate immune response. Alternate transcriptional splice variants, encoding different isoforms, have been characterized. This gene is closely linked to other CTL/CTLD superfamily members on chromosome 12p13 in the natural killer gene complex region. [provided by RefSeq, Jul 2008]
Forensic Context
A study in mice demonstrated that the CLEC7A transcript, a marker for inflammatory response, was upregulated 7.0-fold in the injured ipsilateral neocortex three days after mild traumatic brain injury in a closed head weight-drop model [Israelsson et al. DOI:10.1089/neu.2008.0676]. In a rat model of acute right heart failure induced by pulmonary artery banding, RNA-sequencing analysis identified the CLEC7A gene as significantly upregulated in the right ventricle of the experimental group compared to sham controls [Cao et al. DOI:10.1177/2045894019879396].