Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_197949.3
Sequence Length
2285 nt
GC Content
0.3965
AGUACCUAGCCCACAUGAUUUGACUCAGAGAUUCUCUUUUGUCCACAGACAGUCAUCUCAGGAGCAGAAAGAAAAGAGCUCCCAAAUGCUAUAUCUAUUCAGGGGCUCUCAAGAACAAUGGAAUAUCAUCCUGAUUUAGAAAAUUUGGAUGAAGAUGGAUAUACUCAAUUACACUUCGACUCUCAAAGCAAUACCAGGAUAGCUGUUGUUUCAGAGAAAGGAUCGUGUGCUGCAUCUCCUCCUUGGCGCCUCAUUGCUGUAAUUUUGGGAAUCCUAUGCUUGGUAAUACUGGUGAUAGCUGUGGUCCUGGGUACCAUGGGGGUUCUUUCCAGCCCUUGUCCUCCUAAUUGGAUUAUAUAUGAGAAGAGCUGUUAUCUAUUCAGCAUGUCACUAAAUUCCUGGGAUGGAAGUAAAAGACAAUGCUGGCAACUGGGCUCUAAUCUCCUAAAGAUAGACAGCUCAAAUGAAUUGAUUUCAGAUCAGAACCACAGCUACCCAAGAAAACCCAUCUCCAAAUUGUGUAUGGAUUCACGUGUCAGUCAUUUAUGACCAACUGUGUAGUGUGCCCUCAUAUAGUAUUUGUGAGAAGAAGUUUUCAAUGUAAGAGGAAGGGUGGAGAAGGAGAGAGAAAUAUGUGAGGUAGUAAGGAGGACAGAAAACAGAACAGAAAAGAGUAACAGCUGAGGUCAAGAUAAAUGCAGAAAAUGUUUAGAGAGCUUGGCCAACUGUAAUCUUAACCAAGAAAUUGAAGGGAGAGGCUGUGAUUUCUGUAUUUGUCGACCUACAGGUAGGCUAGUAUUAUUUUUCUAGUUAGUAGAUCCCUAGACAUGGAAUCAGGGCAGCCAAGCUUGAGUUUUUAUUUUUUAUUUAUUUAUUUUUUUGAGAUAGGGUCUCACUUUGUUACCCAGGCUGGAGUGCAGUGGCACAAUCUCGACUCACUGCAGCUAUCUCUCGCCUCAGCCCCUCAAGUAGCUGGGACUACAGGUGCAUGCCACCAUGCCAGGCUAAUUUUUGGUGUUUUUUGUAGAGACUGGGUUUUGCCAUGUUGACCAAGCUGGUCUCUAACUCCUGGGCUUAAGUGAUCUGCCCGCCUUGGCCUCCCAAAGUGCUGGGAUUACAGAUGUGAGCCACCACACCUGGCCCCAAGCUUGAAUUUUCAUUCUGCCAUUGACUUGGCAUUUACCUUGGGUAAGCCAUAAGCGAAUCUUAAUUUCUGGCUCUAUCAGAGUUGUUUCAUGCUCAACAAUGCCAUUGAAGUGCACGGUGUGUUGCCACGAUUUGACCCUCAACUUCUAGCAGUAUAUCAGUUAUGAACUGAGGGUGAAAUAUAUUUCUGAAUAGCUAAAUGAAGAAAUGGGAAAAAAUCUUCACCACAGUCAGAGCAAUUUUAUUAUUUUCAUCAGUAUGAUCAUAAUUAUGAUUAUCAUCUUAGUAAAAAGCAGGAACUCCUACUUUUUCUUUAUCAAUUAAAUAGCUCAGAGAGUACAUCUGCCAUAUCUCUAAUAGAAUCUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUUGAGACAGAGUUUCGCUCUUGUUGCCCAGGCUGGAGUGCAACGGCACGAUCUCGGCUCACCGCAACCUCCGCCCCCUGGGUUCAAGCAAUUCUCCUGCCUCAGCCUCCCAAGUAGCUGGGAUUACAGUCAGGCACCACCACACCCGGCUAAUUUUGUAUUUUUUUAGUAGAGACAGGGUUUCUCCAUGUCGGUCAGGGUAGUCCCGAACUCCUGACCUCAAGUGAUCUGCCUGCCUCGGCCUCCCAAGUGCUGGGAUUACAGGCGUGAGCCACUGCACCCAGCCUAGAAUCUUGUAUAAUAUGUAAUUGUAGGGAAACUGCUCUCAUAGGAAAGUUUUCUGCUUUUUAAAUACAAAAAUACAUAAAAAUACAUAAAAUCUGAUGAUGAAUAUAAAAAAGUAACCAACCUCAUUGGAACAAGUAUUAACAUUUUGGAAUAUGUUUUAUUAGUUUUGUGAUGUACUGUUUUACAAUUUUUACCAUUUUUUUCAGUAAUUACUGUAAAAUGGUAUUAUUGGAAUGAAACUAUAUUUCCUCAUGUGCUGAUUUGUCUUAUUUUUUUCAUACUUUCCCACUGGUGCUAUUUUUAUUUCCAAUGGAUAUUUCUGUAUUACUAGGGAGGCAUUUACAGUCCUCUAAUGUUGAUUAAUAUGUGAAAAGAAAUUGUACCAAUUUUACUAAAUUAUGCAGUUUAAAAUGGAUGAUUUUAUGUUAUGUGGAUUUCAUUUCAAUAAAAAAAAACUCUUAUCAAAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-611.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -656.46
Frequency: 0.0000
Diversity: 800.37
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........(((((((((.(((.(((((((((((.((((((((..(((......)))..))).))))))))..((((((((..((((.......))))..))))))))................((((((.(((((...))))).))))))...(((..((((.(.....(((((((((((((((((.((((((((((((((((..((.((((.((..(((..((((...)))).))))).)))).))..))..))))).....((((...)))).((((((((....(((((.((.((((((((((((.(((..(((((((((((((......((((((((((.((((..((((((((.....((((((((((((..((((((((((......((((......))))......))).)))))))....((((.........)))).)))).))))))))........(((((...)))))...((....((((((..((((((...(((((((((..((((((((((((((.((..((((....))))..)))))).)))......)))))))..))))).))))....)))))).............))))))....))........))))))))..)))).))))))))))......))).))))..........((((((((.((((((((((.((((((((......(((((((((..........(((..((...........))..)))(((.(((((((.(((((.(((.(((....))).))).)))))......(((((...........)))))...))))))).))).))))))))).......))))))))...))))))))))...(((((.((((..((...))..)))).(((((.((((.(((.(........).))))))).))))))))))..)))))))))))))).))).)))))))))))).)).....))))))))))))).....)))))))))))))).))))(((((......))).)).(((((...)))))..........((((...........))))((..((((..(((((.((((((((....(((.((((......)))).)))..))).)))..((((....))))(((((......)))))...)).)))))...))))...))(((.......)))((((.......((((........))))......))))))))))))....).))))..)))..((((.(((((((..(((((((.........)))).))).))))))).))))..))))))))........((((((((((((((..(((((..(((.(((((((..((((((((((.(((((((((((.((((((((....))))))))......((.((((((.(((....))).))))))))..............((...((((((((.((((.....((((.((.((((...............)))).)).))))))))))...))))))...))..(((((((.(((((..(((.......(((....)))........((((...))))...........((.(((((.....(((((.(((..(((((...(((.((((((....(((.....(((((............)))))...((((.((.....)).))))(((((((((........)).)))))))....)))...)))))).)).)...)))))..))))))))....))))).)))))..)))))))))))).......(((((..((((((.(((((((((((((..(((....))).))))))))..........)))))...))))))...)))))......))))))).))))))))))......((((.....))))(((.((((..(((((........))))).)))).)))))))..)).)))))...........(((((((((...((((....)))).))))))))).....((((...........))))....)))..))))).))))).)))))))))..........((((((.((((((.(((((((((((....))))).....(((((.(((.......)))))))).............)).)))))))))).)))))).........((((((.((........)).))))))))).)))))))))....................................
Thermodynamic Ensemble Prediction
..........((((((((({((.{((.(((((.,,.,,(((((...,))}}}..})))}.,))}))}}..,...((((((((..((((.......))))..)))))))).........,{,....((((((.(((({...})))).)))))),{{{({,..,.,.,...{{(((,((...((((.((((((({.(,,....},))))))))..)))}..|||..|||}}.,}}}},}|||,|||{{{({{,,{{{|{{{,,.,..{(({...}}}}.,{{{||||,|..{((|{.((((((((((.((((.,,,.,{(((((((,,,,..|}}}}}|{((({{,.....))}|......,.....((((((((((((..{(((((((((......((((......))))......))),,)))))}....{(((........,)),,.))))})}))))))...{(({.....)))}..}))).))))))))))|))}.{{{{{{.|.(((((((((..(((((((,{{((((,({,{((({....}}}}..||||||.|}}},,..,|})))))..})))).)))}.,..}))))).......,.{{{{||||||{{{{{{.{{{{.{{{{{{||||{{,{{|{|||||,|{{{{{{{{{...{{(({{.,(({....((((((((.,{((((((((,((((({((......(((((((((,........,(((..{(,,,,...,...}),.}))(((.(((((((|{{,||,||||{,(|{{,|,|.|||{{{,,.......|}}}|}}.}}}}.}}.,,}})}}.))))))).))).)))}))))).......)))))))}...}})))}}}},...(((({,((((..({...})..)))).{((((.((((.(((.(........).))))))).)))))}})))..)))))))),||},..|||,||}}},},,}}|{||,.,|.}},},}})},}))}..,}}))),)))}}}}))|(((((((((,((..,,,.....}.,.}).))))))))),.)}))}((((...........)))){{.,((({.,((({|.|{{{{{||....(((.((((.,....}}||.}||,,||||||}.,(({,....},,}(((((......)))))...},,)))))...))))...|}{,,.......|||{((({,,...,||||,{{{{{{,}|||,,.,,{||||{||||||,...|||}}||,|}}}),||{{.|||{{{{,,|||,(((,(,,,,,|,}}},.|||,||}}}||{||||,,{{{((|{{{,.{{{...{((||{,,{(({{{....,.})),}}},,,}}}.}||.,{(({{{{{{{{(((((((.((((((((....))))))))......,,,((((((,(((,,,,|||,|}}|||||{{{.,{,{{|.,,|((...((((({,,.((((.....((((.,{.{(((...............}}}}.,..))))))))|,...)))))},..}}{,(((((((.(((({..(({.{{....}|{||,,|.}|,..,,,,|{,,.,,))))...,||.....,..}|||{,,{,,((((,{(((..(((((...(((.((((((.,,,{,,...,.(((((............))))).,.(((({((.....)).))))(((((((((........)).)))))))....)))...)))))).)).)...)))))..))))))))....}))))})))))..)))))))))))).,.....,{{{,..|||{||}|||||||||||,{,.,,,..,}))}.})))))))}}}}}},,..}}},,...,,,,,,...,}}}}.....,))}}))),})}})}})}},,||..((({.....}))),{{.{((,..,{{{{...|||||)))))|)))),))}},,)}}))})))))|{{{{{.,..,((({{,,,,...{{||,,..)})),)))))))))}},)))},}))))))..)))}.))}})))),...}))).)))).)))))))))}.}}}}}|,..((({{,{{{,,,|,{,{{|,.,|||.,,.,,,))},}}}}}}||||||,,,,,,,}}}}}}}.,,},,,},..,,,))}))),,||||{{|}},))}}}}}...{{((({{.{{........)).))))))),,.)))))))))....................................
Back