Basic Information

Symbol
CLSTN1
RNA class
mRNA
Alias
Calsyntenin 1 KIAA0911 CDHR12 CSTN1 Alzheimer-Related Cadherin-Like Protein Cadherin-Related Family Member 12 Non-Classical Cadherin XB31alpha Alcadein-Alpha Calsyntenin-1 ALC-ALPHA XB31alpha Alcalpha1 Alcalpha2 Alc-Alpha PIK3CD CST-1 CS1
Location (GRCh38)
1:9728926-9823993
UCSC Genome Browser Search in Marker Scope
Forensic tag(s)
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External database
HGNC NCBI Ensembl OMIM UniProt GTEx

MANE select

Transcript ID
NM_001009566.3
Sequence length
4760.0 nt
GC content
0.5664

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Minimum free energy (MFE) structure:
Secondary structure that contributes a minimum of free energy.
Ensemble properties:
Thermodynamic properties of the Boltzmann ensemble.
Minimum free energy
-1819.10 kcal/mol
Thermodynamic ensemble
Free energy: -1906.22 kcal/mol
Frequency: 0.0000
Diversity: 1061.06
MFE Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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Transcripts

ID Sequence Length GC content
NM_001009566.3 NCBI
AUCUUAGUUGCUGCCGCUGCCUUCAGCAAGACGCUGCUCUGAGGCGGGG… 4760 nt 0.5664
NM_001302883.1 NCBI
GUCUCCUGGACCCCCUUUCGUGACCCCUCUCAACACCUCUACUGGGGAG… 5186 nt 0.5904
NM_014944.4 NCBI
GUCUCCUGGACCCCCUUUCGUGACCCCUCUCAACACCUCUACUGGGGAG… 5213 nt 0.5899
Summary

This gene is a member of the calsyntenin family, a subset of the cadherin superfamily. The encoded transmembrane protein, also known as alcadein-alpha, is thought to bind to kinesin-1 motors to mediate the axonal anterograde transport of certain types of vesicle. Amyloid precursor protein (APP) is trafficked via these vesicles and so this protein is being investigated to see how it might contribute to the mechanisms underlying Alzheimer's disease. Alternative splicing results in multiple transcript variants. [provided by RefSeq, Nov 2014]

Forensic Context

A study in human primary lung microvascular endothelial cells demonstrated that acute X-ray irradiation (10 Gy) induced a significant increase in PIK3CD mRNA at 20 minutes post-exposure, as measured by RT-qPCR [Bouten et al. DOI:10.1038/s41598-021-03636-7]. This early transcriptional upregulation was part of a broader integrated response involving DNA damage signaling, cell cycle arrest, and the subsequent progression to cellular senescence, pro-inflammatory gene expression, and endothelial-to-mesenchymal transition.