Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001009566.3
Sequence Length
4760 nt
GC Content
0.5664
AUCUUAGUUGCUGCCGCUGCCUUCAGCAAGACGCUGCUCUGAGGCGGGGAGGGCGCCGCGUCCUGAGCGCGCGGCCCAGCGUCACGGCGGCGGCGGCGGCGGCUCCUCCUUGGACCCCCGGAGCUCCCCGCGCCGCGGAGCAGCUAGCCCCAGGCCCCUAGAGCCCCGAGAGCUCCGAGAGCUCCGCUCGGCGUCCCGCGCGCCUCCCUGCCGCUCCCGCCCCGGGCUGGCGAUGCUGCGCCGCCCCGCUCCCGCGCUGGCCCCGGCCGCCCGGCUGCUGCUGGCCGGGCUGCUGUGCGGCGGCGGGGUCUGGGCCGCGCGAGUUAACAAGCACAAGCCCUGGCUGGAGCCCACCUACCACGGCAUAGUCACAGAGAACGACAACACCGUGCUCCUCGACCCCCCACUGAUCGCGCUGGAUAAAGAUGCGCCUCUGCGAUUUGCAGAGAGUUUUGAGGUGACAGUCACCAAAGAAGGUGAGAUUUGUGGAUUUAAAAUUCACGGGCAGAAUGUCCCCUUUGAUGCAGUGGUAGUGGAUAAAUCCACUGGUGAGGGAGUCAUUCGCUCCAAAGAGAAACUGGACUGUGAGCUGCAGAAAGACUAUUCAUUCACCAUCCAGGCCUAUGAUUGUGGGAAGGGACCUGAUGGCACCAACGUGAAAAAGUCUCAUAAAGCAACUGUUCAUAUUCAGGUGAACGACGUGAAUGAGUACGCGCCCGUGUUCAAGGAGAAGUCCUACAAAGCCACGGUCAUCGAGGGGAAGCAGUACGACAGCAUUUUGAGGGUGGAGGCCGUGGAUGCCGACUGCUCCCCUCAGUUCAGCCAGAUUUGCAGCUACGAAAUCAUCACUCCAGACGUGCCCUUUACUGUUGACAAAGAUGGUUAUAUAAAAAACACAGAGAAAUUAAACUACGGGAAAGAACAUCAAUAUAAGCUGACCGUCACUGCCUAUGACUGUGGGAAGAAAAGAGCCACAGAAGAUGUUUUGGUGAAGAUCAGCAUUAAGCCCACCUGCACCCCUGGGUGGCAAGGAUGGAACAACAGGAUUGAGUAUGAGCCGGGCACCGGCGCGUUGGCCGUCUUUCCAAAUAUCCACCUGGAGACAUGUGACGAGCCAGUCGCCUCAGUACAGGCCACAGUGGAGCUAGAAACCAGCCACAUAGGGAAAGGCUGCGACCGAGACACCUACUCAGAGAAGUCCCUCCACCGGCUCUGUGGUGCGGCCGCGGGCACUGCCGAGCUGCUGCCAUCCCCGAGUGGAUCCCUCAACUGGACCAUGGGCCUGCCCACCGACAAUGGCCACGACAGCGACCAGGUGUUUGAGUUCAACGGCACCCAGGCAGUGAGGAUCCCGGAUGGCGUCGUGUCGGUCAGCCCCAAAGAGCCGUUCACCAUCUCGGUGUGGAUGAGACAUGGGCCAUUCGGCAGGAAGAAGGAGACAAUUCUUUGCAGUUCUGAUAAAACAGAUAUGAAUCGGCACCACUACUCCCUCUAUGUCCACGGGUGCCGGCUGAUCUUCCUCUUCCGUCAGGAUCCUUCUGAGGAGAAGAAAUACAGACCUGCAGAGUUCCACUGGAAGUUGAAUCAGGUCUGUGAUGAGGAAUGGCACCACUACGUCCUCAAUGUAGAAUUCCCGAGUGUGACUCUCUAUGUGGAUGGCACGUCCCACGAGCCCUUCUCUGUGACUGAGGAUUACCCGCUCCAUCCAUCCAAGAUAGAAACUCAGCUCGUGGUGGGGGCUUGCUGGCAAGAGUUUUCAGGAGUUGAAAAUGACAAUGAAACUGAGCCUGUGACUGUGGCCUCUGCAGGUGGCGACCUGCACAUGACCCAGUUUUUCCGAGGCAAUCUGGCUGGCUUAACUCUCCGUUCCGGGAAACUCGCGGAUAAGAAGGUGAUCGACUGUCUGUAUACCUGCAAGGAGGGGCUGGACCUGCAGGUCCUCGAAGACAGUGGCAGAGGCGUGCAGAUCCAAGCACACCCCAGCCAGUUGGUAUUGACCUUGGAGGGAGAAGACCUCGGGGAAUUGGAUAAGGCCAUGCAGCACAUCUCGUACCUGAACUCCCGGCAGUUCCCCACGCCCGGAAUUCGCAGACUCAAAAUCACCAGCACAAUCAAGUGUUUUAACGAGGCCACCUGCAUUUCGGUCCCCCCGGUAGAUGGCUACGUGAUGGUUUUACAGCCCGAGGAGCCCAAGAUCAGCCUGAGUGGCGUCCACCAUUUUGCCCGAGCAGCUUCUGAAUUUGAAAGCUCAGAAGGGGUGUUCCUUUUCCCUGAGCUUCGCAUCAUCAGCACCAUCACGAGAGAAGUGGAGCCUGAAGGGGACGGGGCUGAGGACCCCACAGUUCAAGAAUCACUGGUGUCCGAGGAGAUCGUGCACGACCUGGAUACCUGUGAGGUCACGGUGGAGGGAGAGGAGCUGAACCACGAGCAGGAGAGCCUGGAGGUGGACAUGGCCCGCCUGCAGCAGAAGGGCAUUGAAGUGAGCAGCUCUGAACUGGGCAUGACCUUCACAGGCGUGGACACCAUGGCCAGCUACGAGGAGGUUUUGCACCUGCUGCGCUAUCGGAACUGGCAUGCCAGGUCCUUGCUUGACCGGAAGUUUAAGCUCAUCUGCUCAGAGCUGAAUGGCCGCUACAUCAGCAACGAAUUUAAGGUGGAGGUGAAUGUAAUCCACACGGCCAACCCCAUGGAACACGCCAACCACAUGGCUGCCCAGCCACAGUUCGUGCACCCGGAACACCGCUCCUUUGUUGACCUGUCAGGCCACAACCUGGCCAACCCCCACCCGUUCGCAGUCGUCCCCAGCACUGCGACAGUUGUGAUCGUGGUGUGCGUCAGCUUCCUGGUGUUCAUGAUUAUCCUGGGGGUAUUUCGGAUCCGGGCCGCACAUCGGCGGACCAUGCGGGAUCAGGACACCGGGAAGGAGAACGAGAUGGACUGGGACGACUCUGCCCUGACCAUCACCGUCAACCCCAUGGAGACCUAUGAGGACCAGCACAGCAGUGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAAGAGGAAGAGGAAAGCGAGGACGGCGAAGAAGAGGAUGACAUCACCAGCGCCGAGUCGGAGAGCAGCGAGGAGGAGGAGGGGGAGCAGGGCGACCCCCAGAACGCAACCCGGCAGCAGCAGCUGGAGUGGGAUGACUCCACCCUCAGCUACUGACCCGUGCCCCCGGCCACCUCGGUUUCUGCUUUCGAAGACUCUGCUGCCAUCCGUUCUCCCAGUCCCAAGGGUCCACGAUGUACAAAGUCAUUUCGGCCAGUAGGUGUGCAGACCCCUCCCCGCCACGAUCGUCGCUGUGCUUGGUGUGUAGGACCCUAGGCUCCCCGCCCACCCUCUGCCUGGUCGCGCUCUUCAGUCCCACGAGGAGCUGACACGUCCUCUCUGGCCGCCAUCCGGCUCGCACAGGGGCCUCCCAGCGCCUCAGGCCCCGCGUUUGUGUCUGGAGUCUCCCCCCGGGGAGAGGACACUGGCCCCUCGCACUCCAGAAAAGCCAUGCCAGCUGGGCUCGUUGACAAAGGGUAAAACAUGCUCACUCCCACCCGGUAAUCAUUUUUUUCUUUUUUUAAAAAAAGUUUUUAUUUUUUCCAAACUAGUGCAUGUAUAAAUAAUGGCAGGAUGGGGGGUACUGUGUAGAUGAUUAACUGACUUUUUAAUAUUUUGUAAAUAAAUCGGAUUCCUUGUGUCCUUUGUGCUAGUGUAACCCGGGACUGGAAUGUAAAGUGAAGUUCGGAGCUCUGAGCACGGGCUCUUCCCGCCGGGUCCUCCCUCCCCAGACCCCAGAGGGAGAGGCCCACCCCGCCCAGCCCCGCCCCAGCCCCUGCUCAGGUCUGAGUAUGGCUGGGAGUCGGGGGCCACAGGCCUCUAGCUGUGCUGCUCAAGAGACUGGAUCAGGGUAGCUACAAGUGGCCGGGCCUUGCCUUUGGGAUUCUACCUGUUCCUAAUUUGGUGUGGGGUGCGGGGUCCCUGGCCCCUUUUCCACACUCCUCCUCCGACAGCAGCUCCCUGGGCAGUGGCCUGGUCUCACCGUGUGCAGCCUUGUGGUUUAUGCUUAAAUGUACAUUUUCCUGCUGGUAAAAGGAGAAACUGAGAGGUGUCCUGCAGACCGGCUGACCACUCCUUUUGGAGACGGCAGGAGGCCUGAGCGAUCCGUACUCAGAACGUCCAGGAGAGACGCAUGGCCCGAAGUCAAAGUGCUGGAAUUUUCCAAAACAGCCUGUUCUCUCCUCUCUCCUCCCCAGAGCACCCCCUGCCAUCAGGGGGGUUGAAAUCCCUCUCCCCCAGGAGCCCUGCUGCUUUGCUUGGUGGUAGGGCAGGAGAGCAAACAAACAGUCAUGGUCUAAAACCCACAUAGCACUUUGCUCUUAGUUACAUGUAAAAUUUUAGAUUUCUAAAACAGGUGGGCAAUCAUUUUGAAUACUGUUCUGUGACCCUGACUGCUAGUUCUGAGGACACUGGUGGCUGUGCUAUGUGUGGCCAUCCUCCAUGUCCCGUCCCUGUAGCUGCUCUGUUUAGACAGCGGACAGACGCUCACGCCCAGGGGAUGUCCUCACGCUGUCGCCGCGCGGUUUCCCUUCGCAGAUGUGUAUACUCAUGAUAGGUCAGAAAGUGUAUCCGCUACAAUAAAGUUCUGGUUCUAACUAACUCCAGCCGGAGCGGGGUUUGUCUUCUCUCCUGUUUUGGUUUUAAACCUACACUCCCUUGUUUCUUUUUGAGCCGAGAACAUAAAAGAACAUAAAAAGGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1819.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1906.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 1061.06
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
............(((((((....)))).(((.(((((((.(.(((((((.(((((((((.((((((.((((((((((((.(((.(((.(((((.((((((((.(((.....))).)).(((.((((...(.(((..((.((.....)).)).))).)...)))).))).((((((...)))))).....(((((.....))))).....)))))).))))))))))).((((......))))((((((((.((((((.((((((((((....(((....))))))))))..))))))))).)))))))))))))))))))).(((....)))....(((.(((..((......))..))).)))...(((.........)))......(.((((((((......(((((((.(.(((((..........((((((((.....)))))).)).....(((((...)))))...((...((((.(((((((((((........(((((.(((((.((((((.....((((((............))))))..))))).).))))).(((....)))....((((.(((((((((((((..(..(((((((((((........(((((....)))))..((..((....))..))...((((.......))))........(((((((......)))))))..)))))))))))..)..(((((....((((....)))).......))))).....(((((((.(((((.((...((((((....(((....)))..))))))))))))))))))))............)))))))).......))).)).))))((((((((.(((((((((......))))))..........(((.(((((..(((.(((.((((((((((((((..((((.((...........)).)))).((((((...........))))))..))))))))...((((((((((.......(((((((((((....))).)).))).))).................(((((((((((((((((((((((((((.((((((..........))))))...(((((......))))).((.((.((((((.((.(((..((((.......((((.(.((((..(((.((....(((.......))).(((......)))....(((((.(((((((........))))))).))))))).))).)))).).)))).........)))).)))))))))))...)).))..)))))))..)).))).)).)))))))).))))).((((((((.((((..((((...(((((((((.(((((((..(((.((.((..(((...........)))..)).)).)))))))))))))))))))...((((((........)))))).((..((((......))))..)).................))))..))))...)))))))))))))))))).((((((.((((((...)))))).).)))))..((((((((((..((.((((...)))).))....)))))))))).((((((.((.........))))))))........))))))))).))).))))).)))))).)))))))).(((((((.....(((((....((((((..........)))).))....)))))......)))))))(((((((.(((((((...((((..(((((((((..............))))(((..((((.(((((((((.(((((((....)))))))......(((((((((((((((((((((((((((((...((((((..((((.((...)).))))..(((.(((.....))).)))(((....)))..))))))((((((.(((((.(.((((.............))))).))))).))).))).......)))))))))).)))).)))))((((.......))))))))))))))...)))))..)))))))).)))...)))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))))))...)).))))).).))).)))).....(((.(((((.((((....(((.....))))))).))))).)))...((((....)))))))))))).)....))))...))))))))))).))...))))))))))))).))).....(((....)))(((((((....)))))))(((.((((((((.((.(((((.((((..(....)..)))).).)))).)).).))))))).)))...((((.((....((.((((.(((((((.(((...(((....))))))))))))).))))..)))).))))(((((((((....((((((.(((((((((((.(((.((((((.......)))))).)))..((((((...((((..(((((((((.(.((.(((((((........(((.((((.((((((((((((((((.((.((((.....))))((...))..((((((((((((.(((((((....((((((((((..(((((.((((.........)))))))))..))).....(((((((((((((....((((.((((..(((..((((...((....))...)))))))))))..)))).(((((....))))).))))))).....(((....)))......))))))...)))))))....))))))).....((((((.(((...(((((((((..(((((((((((....)).))))))))).((((..(((((((((((((.(((...(((((.((((.......)))).((((((......)))).))...)))))))))))))))))))))..).))).........)))))))))((((((((.((((((........(((((((....))))).))...((((.((((((.(((.((.((((((((((((.(((((..(((...((((((..(((.(......((.((....))))((((((((((((((..((.((.(((((((((((((((.((.(((.(((....((((((......((((((((.((((((.(((((.....))))).).)))))(((((...(((((...)).))).))))).(((........)))..))))))))...))))))....)))((.((((((((((...(((.(((.(((..((((..((.((((.(.((....)).).))))))....))))..)))))).)))))).))))))).))..))).)))).)))))).....((((.(((((((........)))))))))))...))))).)).)).))..)))))))))....(((((((...........)))))))))))).((((((....((((((....))))))))))))).)))))))))...((((....((...))...))))((.(.(((((...((((....(((((((.((((..(((((.......................(((((((....)))))))....(((((((((...............((((((((((((.(((((((((..(((((........)))))..)))))).......))))))))))..))))).))))))))).....)))))....((((..........))))((((.((((((.(((((.((........((((((((((((...........))))))).)))))...........(((((((((((((..((((((....)))))).))))))).).)))))((..(((((((((.((((((((((((..((.......)).))))))).....(.(((((((((((((((..((((..((..(((((........(((((((((...((((((...))))))..)))))))))........))))).)).)))).)))))).))))))))).)...((((((((((....)))...........)))))))......((((((...((((...(((....))).))))....))))))......((((....))))))))).))))))))).))))))))).)))))).).))).)))).)).)))))))))...))))).).))((((....))))......))).))))))))))).))))))))..(((.(((((((....)))))))))).........((((....)))).))))))))).))))))))))))))))))(((((((((...........(((.....)))..........)))))))))................((((....))))))).))))))...((((...((((...)))).)))).......)))))))))))).....)).))))))).)))))).))).))))))).))))))).)).)..).))))))))..))))(((((((((((..(.((.......)).)..)))))....))))))(((....)))..))))))..((.((.(((((((..(((....)))...))))))).))))((((....(((((((((............))))))))).....))))...)))))))))))))))))....)))...))))))((((.(((((..............)))))))))......)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,{{{,,,,,{,,(({{({(((({(({.,{{.(((((((.{.{((({{{.((((({{{{.||{{{{.((((((((((((.(((.(((.(((((.((((((((.(((.....))).},.((({((((.,.{,(((,,((.((..,..|||},.))).....}})).}}}.((((((...))))))}}|,|(((({...,.)))))...,,)))))).))))))))))).((((......))))((((((((.((((((.(((((((((({..,(((....)))))))))),.))})))))).)))))))))))))))))))).{{.....|||.,..(({,(((,,((,,....}}..}}|,||}...(((.........)))....,}|}((((((({.,,,.,(((((((,({(({,,........}}}}((((((,...,)))))).,|{{{..(((((...)))))..,||.{{((((.((((((((({,....,{{.(((((.(((((.((((((.....((((((...,.......,))))))..))))).).))))).(((....)))....((((.{((((((((((((..{..(((((((((((((({{((((((,{....,,,,,..})).)))))))}({{....|||,...,{|.,,.....,...,|((((((......)))))),..}))))))))))..,{.((((({{..((((....))))....,}.))))).,...((((((,,(((((.((...((((((..{.(((....))).}})))))))))))))))))))............))))))))}.......,,.)),))))((((((((.{{,((((((......}}}}))..........,((.(((((..{{{.(((.((((((((((((((..{(((.((,{,...,},..)).)))}.((((((...........))))))..)))))))).{.((((((((((.......(((((((((((....)))}}),})).))).....,.....,,....(((((((((((((((((((((((((((,{(((((..........))))))...(((((......))))).,,.{,.((((((.(,{(((..((((......,((((.,.((({..(((.((....(((.......})).{{{..,,,.)}}....(((((.(((((((........))))))).))))))).))).)})).}.)))).........)))).)))))))))))...,,.}}..,}))))}..)).))).)).)))))))).))))).((((((((.((((..((((...(((((((((.(((((((.,((,.{{,{,..{{{.,{....,,..}}},}}),)),)),))))))))))))))))...{({(((,,,.....)))))).((..((((......))))..))....,............))))..))))...))))))))))))))))))}((((((.((((((...}))))).).)))))..((((((((((..((.((((...)))).))....)))))))))}.((((((.((......,..}}))))))........))))))))).})}.))))).})))}}.)))))))).(((((((.....(((((....((((((..........}))).))....)))))......)))))))(((((((.(((((((...((((..(((((,(((........,..,..,}}|(((..((((.(((((((((.(((((((....)))))))......(((((((((((((((((((((((((((((...((((((..((((.({...}).)))}...|,.{{{...|.|||,}}|}|..,}}}}|..}}}}}}((((((.(((((.(.((((........,....))))).))))).))),,)).,.,,.,)))))))))).)))).))))){{{{.......))))))))))))))...))))),.}))))))).))),..)))))))))))))))).)))))))))))))))))))))))}))}...)),))|||{|.,,,..)))},...(((.(((((.((((....(((.....))))))).))))).)))...((((,,.,||||||||||||,{....}}}}...},}}))))))).))...}|||},}}))))|,|||{{...,{,,,{{|||||||{||...,))))|||{{|}}|||||{{.{{.{{.{{.,,,,..{....),.)))),))}}}})))}),}})))))))))}}}{|{{.{{....{{.((((.(((((((.(((...(((....))))))))))))).)))),,))}},)))),|||{||||,,,.((((((.((((((({{{(,{((.((((((.......)))))).))||.((((((...((((..(((((((((.{.{(.(((((((........(((.((((.((((((((((((((((.((.((((.....)))).}},.,|,.((((((((((((.(((((((..,.(((((({(((..((((,{((((.........)))))))))..))).....,,||{{{(((((,....((((.((((..(((..((((...((....}),..)))))))))))..)))).{((((....))))}.}))))))}}...{(({...,,}.,,,..}}}}}}.,.))))||}.,..})))))).....((((((.({,...(((((((((,{(((((((((((....)).))))))))}.((((..(((((((((((((.(((,..(((((.(({{...,,,.,}})|||((((......)))).))...)))))))))))))))))))))..),,)).......}})))))))))(((((((,{((((((.......,({(((((....))))).))...((((.((((((.{((.((.((((((((((({,((((({.(((...((((((..(((,..{..((((,{{...,}..|,{||||{{(({(((,,((.((,({{((({((((((((,((.(((.(((....((((((......((((((((.((((((.(((((.....))))).).))))){((((...(((((...))}})).))))).{({........))}..))))))))...))))))....}}}{{.((((((((({,.,(((.,((.(((..((((..({.((((.{.{(....)).}.})))}}....))))..)))))}.)))))).))))))).)),,)))})))).}))))).}}}.{|||,||||{{{......,,}}))}))))}}.)}))))),)).)),))..}})))))}|{...(((((((...........)))))))}}||,.((((((....((((((....)))))))))))).,)),))))))..,{{{{....((...))...)))){{.,.(((((...((((....(((((((.((((..(((((......,,,,,,..........,|||||||....,,,,,,.....(((((((((.,,..........,,(((((({(((({.((({,((((..(((((........)))))..)))},,.......)))}}})))).,))))}.))))))))).....))))).,{{({{({{....{{,.{|.{(((({(({({(,,((((,....,,,}..((((((((((((...........))))))).))))).....|,...|(((((((((((((..((((((....)))))).))))))).).)))))||..(((((((((.((((((((((((..((.......)).))))))).....{.(((((((((((((((..((((..{{..(((((........(((((((((.,.((((((...))))))..)))))))))........))))).}).)))).)))))).))))))))).|,{,(({(((((((,,..|||,..,||.....})))}}}..,{{,{{{{{{...||||,|,|||..,,))}.}})),,,.)))))},),...((((....))))))))).))))))))),)),.)))),,)))),,})})))})))).)).)))))))))...))))).|.}}((((....))))...,..))).))))))))))).))))))))..(((.(((((((....)))))))))).........((((....)))).))))))))).))))))))))))))))))(((((((((......,,..,(({.....}}).,........)))))))))...............{((((....))))))).)))))),,.{{{{...|{{{...}))).)))}...,}..)))))))))))),,.,.)}.))))))).)))))).))).))))))).))))))).)).,..).))))))))..))))(((((((((,,{{({(({.,.....)})}.)))).,,.)))))))(((....)))..))))))}},{.{(.(((((((..(((....)))...))))))).})),.,,.....|||||||||........,,,,))))))})).,}}})})}...)))}}}|||||||||||....}}}.,,}}}}}}|||,,{{{||,|,}},,,},,)}.,}})))},,......},.
Back