Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000016.6
Sequence Length
2261 nt
GC Content
0.3591
AGAGGAGUCCCGCGUUCGGGGAGUAUGUCAAGGCCGUGACCCGUGUAUUAUUGUCCGAGUGGCCGGAACGGGAGCCAACAUGGCAGCGGGGUUCGGGCGAUGCUGCAGGGUCCUGAGAAGUAUUUCUCGUUUUCAUUGGAGAUCACAGCAUACAAAAGCCAAUCGACAACGUGAACCAGGAUUAGGAUUUAGUUUUGAGUUCACCGAACAGCAGAAAGAAUUUCAAGCUACUGCUCGUAAAUUUGCCAGAGAGGAAAUCAUCCCAGUGGCUGCAGAAUAUGAUAAAACUGGUGAAUAUCCAGUCCCCCUAAUUAGAAGAGCCUGGGAACUUGGUUUAAUGAACACACACAUUCCAGAGAACUGUGGAGGUCUUGGACUUGGAACUUUUGAUGCUUGUUUAAUUAGUGAAGAAUUGGCUUAUGGAUGUACAGGGGUUCAGACUGCUAUUGAAGGAAAUUCUUUGGGGCAAAUGCCUAUUAUUAUUGCUGGAAAUGAUCAACAAAAGAAGAAGUAUUUGGGGAGAAUGACUGAGGAGCCAUUGAUGUGUGCUUAUUGUGUAACAGAACCUGGAGCAGGCUCUGAUGUAGCUGGUAUAAAGACCAAAGCAGAAAAGAAAGGAGAUGAGUAUAUUAUUAAUGGUCAGAAGAUGUGGAUAACCAACGGAGGAAAAGCUAAUUGGUAUUUUUUAUUGGCACGUUCUGAUCCAGAUCCUAAAGCUCCUGCUAAUAAAGCCUUUACUGGAUUCAUUGUGGAAGCAGAUACCCCAGGAAUUCAGAUUGGGAGAAAGGAAUUAAACAUGGGCCAGCGAUGUUCAGAUACUAGAGGAAUUGUCUUCGAAGAUGUGAAAGUGCCUAAAGAAAAUGUUUUAAUUGGUGACGGAGCUGGUUUCAAAGUUGCAAUGGGAGCUUUUGAUAAAACCAGACCUGUAGUAGCUGCUGGUGCUGUUGGAUUAGCACAAAGAGCUUUGGAUGAAGCUACCAAGUAUGCCCUGGAAAGGAAAACUUUCGGAAAGCUACUUGUAGAGCACCAAGCAAUAUCAUUUAUGCUGGCUGAAAUGGCAAUGAAAGUUGAACUAGCUAGAAUGAGUUACCAGAGAGCAGCUUGGGAGGUUGAUUCUGGUCGUCGAAAUACCUAUUAUGCUUCUAUUGCAAAGGCAUUUGCUGGAGAUAUUGCAAAUCAGUUAGCUACUGAUGCUGUGCAGAUACUUGGAGGCAAUGGAUUUAAUACAGAAUAUCCUGUAGAAAAACUAAUGAGGGAUGCCAAAAUCUAUCAGAUUUAUGAAGGUACUUCACAAAUUCAAAGACUUAUUGUAGCCCGUGAACACAUUGACAAGUACAAAAAUUAAAAAAAUUACUGUAGAAAUAUUGAAUAACUAGAACACAAGCCACUGUUUCAGCUCCAGAAAAAAGAAAGGGCUUUAACGUUUUUUCCAGUGAAAACAAAUCCUCUUAUAUUAAAUCUAAGCAACUGCUUAUUAUAGUAGUUUAUACUUUUGCUUAACUCUGUUAUGUCUCUUAAGCAGGUUUGGUUUUUAUUAAAAUGAUGUGUUUUCUUUAGUACCACUUUACUUGAAUUACAUUAACCUAGAAAACUACAUAGGUUAUUUUGAUCUCUUAAGAUUAAUGUAGCAGAAAUUUCUUGGAAUUUUAUUUUUGUAAUGACAGAAAAGUGGGCUUAGAAAGUAUUCAAGAUGUUACAAAAUUUACAUUUAGAAAAUAUUGUAGUAUUUGAAUACUGUCAACUUGACAGUAACUUUGUAGACUUAAUGGUAUUAUUAAAGUUCUUUUUAUUGCAGUUUGGAAAGCAUUUGUGAAACUUUCUGUUUGGCACAGAAACAGUCAAAAUUUUGACAUUCAUAUUCUCCUAUUUUACAGCUACAAGAACUUUCUUGAAAAUCUUAUUUAAUUCUGAGCCCAUAUUUCACUUACCUUAUUUAAAAUAAAUCAAUAAAGCUUGCCUUAAAUUAUUUUUAUAUGACUGUUGGUCUCUAGGUAGCCUUUGGUCUAUUGUACACAAUCUCAUUUCAUAUGUUUGCAUUUUGGCAAAGAACUUAAUAAAAUUGUUCAGUGCUUAUUAUCAUAUCUUUCUGUAUUUUUUCCAGGAAAUUUCAUUACUUCGUGUAAUAGUGUAUAUUUCUUGUAUUUACUAUGAUGAAAAAAGGUCGUUUUAAUUUUGAAUUGAAUAAAGUUACCUGUUCAUUUUUUAUUAGAUAUUUUAAAGACUUCAGAAAAUAUAAAUAUGAAAUAAUUUAAGAACCCAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-556.70 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -605.28
Frequency: 0.0000
Diversity: 628.19
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.......(((((....))))).(((((((.((((((.(((((.((((.((((((((((...(((....(.(..((((...))))..).)))))))))))))).))))))))))((((((....))))))((((((((((.((.((.(((((.((((((((((((.(..((((((((((((((((.....)))))))).))))))(((.(((.((...((...))...)).))).)))........((.....))(((((((((((..((((...............(((((.......)))))...............)))))))))...))))))..............(((((........)))))))..).)).))))..))))))))))))).))..))))))))))...)))))...)))))))..((((((......(((..(((.....)))..)))(((....)))...((((((((((((((((((.........((((((((((..(((((((((((.(((.((((.(((((...((..((((((.((..((((.((((...)))).)))).....((((((......)))..)))...........((((((((........(((((((((((..((.((((..(((((((((((..(((((.((((((...(((((((((((.(..((..............))..).)))))))))))(((...((((((((.(((.((..........)))))))))))))...)))...((((((((.(((((.(.....).)))))..((((..((((((.((((.(((((((((((.(((((.(((.....(((((......((((((((((..((((((((((((((.(....).))).)))))...))))))..))))...((((.((.((((((......))))))..))))))..........((((.(((((.((..(.(((((.....))))).)...)))))))))))..)))))).......)))))...((((((((((((((((((...(((..((..((((.(((((((((((((((..((((((...)))))).))))))).................(((((((((((((..(((..((((..........))))((((((.....))))))))).))))).....)))))))).(((.(((..(((((......)))))..))).))).(((.((((......)))).)))(((((.(((((...))))).)))))....)))))))).))))..)).))).))))).....((((..((((.....))))..)))).............................))))))))))..))).........)))))))).))))))))......))).)))).))))))..)))).....((((((((((((......)))))).........))))))..((((((((((.(((((((.(((((..(((((....)))))((((((..(((...((((......)))).))).))))))((((((..........)))))).....))))))))))))...))))))))))))))))))......(((((((.(((((((..((((.((((((((((((((((((((.((((((((((.((((.(.....).)))).))))))))))))))))))((((...)))).....((((.((((((((((((.................)))))).)))))).))))...((((((((.(((((((.....)))))))..(((((....)))))...............))))))))...(((((....)))))..............)))))))))))).))))..)))..))))..)))))))))))))..))))).)))..................)))))))).)))).))....))))).))))))........))))))))...(.(((((......))))).))).)))))).))...))))))))).))))))).))))))))))))))))).........)))))..)))).)))))))))..((((((..(((((((.(((..(((.....((((..((((((...(((.((((((........)))))).)))..)))))).........)))))))....))))))))))))))))......))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
{(((((.{((({....}}))),,,........,,.{.(((((.((((.((((((((((...{((....,.{..((({...})))..),)}}))))))))))).))))))))),.(((((....)))))((((((((((((((..((.(((,.((.(((((((((..{,.,((((((((((((((,...,)))))))).)))))).{{{(((((,.{{({.{{{{{{{{|.||}||{|,,.....{{{{..|.{{(,,,,,||||,.}|||,........,,.....(((((.......)))))....{,,,{{,,..,|||}|}|||.,,,|||||,,.{,.|.,.{{{{{((,,..}}}.}})),,},)}})))}))}))}}.)))).,})))}}))),,,,,)))..),,))))))).)).,))).((((((((.,,.,{,{{..,{(((,...,})}}}}((((....)))}...,,,,{{.{{{{,,||,.{{..{{{,........,.}}}},,}}..}}..,|.,,.,{(((((((((((((((((((.,.,..((((.((((...)))).)))).,...((((((......)))}.,)).............)))))))))),,))))))))|(((((..(((.(((((((((...((......))..}))))......)))).)))..))))),}})}}.}}}}..})))))))....((((((((((.((((((((.{((.((.........,)|))})))))))).,,,||{{....,,.....,(({{(((..({({(((((,....,,,,|{.,...(((((.(((..(((({{{((((((....,,....,,,,.,{{({{,((((..((((((((((((((.(....).)))}}}})}...)))))).,))))...{((({((,((((((......))))))....||||{{,,..|,,|||,,((((((.((.,{.(((((.....))))),)...))))))))|},,,}}}}}}||{,{{{{{((((,.(((((((....,,((((....)))}...})))))).})))}}.{((((({..(((((,...}))))).})))))).,}}},,....|,,...,|||||||||||{..{{{{|{{|||,|,|}|}||}},.{(((((.....))))))}}}.))))}.,.,}))},)))}.{{{.(((..(((((......)))))..))}.))}.,,,.{{{{.,,.,,||||.}})}}}}}....))))))))))))..))).))))).}}))}),)}}}})),,,.,.,},.....(({{..{{{{.....}}})..)))}....,..,,................,,}..)))))).})))).,........))))))))))..))..))))))))))))))...))))))...........((((((((((((......)))))).........}))))},.,((({{..,.....}}}))))}|{{(((((({(((((((((((.(.(((((..(((((......(((..(({.{((({({{((((..........))))|||,.(((((((....))))))).}}}},.((((((((((((((.,{(((({{.(({{{{{..((((.(((((((((((({((((((((((((((((((.((((.{.....}.)))).))))))))))))))))||((({...})))}|,{{(((({((((((,,,,||}.,}},,}}}}},,{{,|||,,,.,},,)),))))...,(((((({.{((((((.....))))))}..(((((....)))))...............,}))))}}...(((((....)))))..............)))))))))))).))))..}},..}}}}..}}})))}|,.,,..,,{{{(((({.,,,.......{{,,,(({{,..||}}...}|||||||,}})),}}}}|{,|.,|||,...,..,,,,,}),.|||,....|))}}.((((...........)))).||}}}.......,.........)}},...)))))))))))))),{(((.....))))}})))}}.,,}}}..)))..))))).,,.))))}.}.)))))))))}|...,{|.{{{{{{........)))))},||{,{{{{..{{{((({........,..}}}}}}}.,,})}}})},....})))))}).,..
Back