Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000080.4
Sequence Length
2482 nt
GC Content
0.5898
AGAGCUCAGAAUAACCCUGAGAACCACGCAGCAGGAUGGCAAGGGCUCCGCUUGGGGUCCUGCUCCUCUUGGGGCUUCUCGGCAGGGGUGUGGGGAAGAACGAGGAACUGCGUCUUUAUCACCAUCUCUUCAACAACUAUGACCCAGGAAGCCGGCCAGUGCGGGAGCCUGAGGAUACUGUCACCAUCAGCCUCAAGGUCACCCUGACGAAUCUCAUCUCACUGAAUGAAAAAGAGGAGACUCUCACCACUAGCGUCUGGAUUGGAAUCGAUUGGCAGGAUUACCGACUCAACUACAGCAAGGACGACUUUGGGGGUAUAGAAACCCUGCGAGUCCCUUCAGAACUCGUGUGGCUGCCAGAGAUUGUGCUGGAAAACAAUAUUGAUGGCCAGUUCGGAGUGGCCUACGACGCCAACGUGCUCGUCUACGAGGGCGGCUCCGUGACGUGGCUGCCUCCGGCCAUCUACCGCAGCGUCUGCGCAGUGGAGGUCACCUACUUCCCCUUCGAUUGGCAGAACUGUUCGCUUAUUUUCCGCUCUCAGACGUACAAUGCCGAAGAGGUGGAGUUCACUUUUGCCGUAGACAACGACGGCAAGACCAUCAACAAGAUCGACAUCGACACAGAGGCCUAUACUGAGAACGGCGAGUGGGCCAUCGACUUCUGCCCGGGGGUGAUCCGCCGCCACCACGGUGGCGCCACCGACGGCCCAGGGGAGACUGACGUCAUCUACUCGCUCAUCAUCCGCCGGAAGCCGCUCUUCUACGUCAUUAACAUCAUCGUGCCCUGUGUGCUCAUCUCGGGCCUGGUGCUGCUCGCCUACUUCCUGCCGGCGCAGGCCGGCGGCCAGAAAUGCACGGUCUCCAUCAACGUCCUGCUCGCCCAGACCGUCUUCUUGUUCCUCAUUGCCCAGAAAAUCCCAGAGACUUCUCUGAGCGUGCCGCUCCUGGGCAGGUUCCUUAUUUUCGUCAUGGUGGUCGCCACGCUCAUUGUCAUGAAUUGCGUCAUCGUGCUCAACGUGUCCCAGCGGACGCCCACCACCCACGCCAUGUCCCCGCGGCUGCGCCACGUUCUCCUGGAGCUGCUGCCGCGCCUCCUGGGCUCCCCGCCGCCGCCCGAGGCCCCCCGGGCCGCCUCGCCCCCAAGGCGGGCGUCGUCGGUGGGCUUAUUGCUCCGCGCGGAGGAGCUGAUACUGAAAAAGCCACGGAGCGAGCUCGUGUUUGAGGGGCAGAGGCACCGGCAGGGGACCUGGACGGCUGCCUUCUGCCAGAGCCUGGGCGCCGCCGCCCCCGAGGUCCGCUGCUGUGUGGAUGCCGUGAACUUCGUGGCCGAGAGCACGAGAGAUCAGGAGGCCACCGGCGAGGAAGUGUCCGACUGGGUGCGCAUGGGGAAUGCCCUUGACAACAUCUGCUUCUGGGCCGCUCUGGUGCUCUUCAGCGUGGGCUCCAGCCUCAUCUUCCUCGGGGCCUACUUCAACCGAGUGCCUGAUCUCCCCUACGCGCCGUGUAUCCAGCCUUAGCUCGCACCGACUUCAAUUUCCCACCCAUCUCCAGUAGGAAAUUGAUUUUGAAAAAGUAGGCUGCCGCCACCACGGCAUUAUGAUCCCUUCCCCCUGCUGAUCAAUCUGCAGUUUGUGAACUUCACAAGAAUGGUGUGUGCCCGUUCCCUGGCGUGUGUAGGCCUGGCCGCAGUCCAGGGGUCAGCAGGAGGAAAGGGUUCACAUAGGCUCUCAGGUGCCAGUCUUCCAGAAAGCAAGGACUGCCCUUCAUUCAGCCUUGCUGACCUCCCAGCCUUUCUAAGGCUCAGCCCCACGGGACUCUGGUGGCUGCCAGCUUGUGAGCUAUCUAUCUAUAUUCAUUUCAUAGCCAAACAGGAGACCCCUUUGCAGGACUUGCACACAGGGAGGCUGUAGCCAGGAAACCCUCUUCUUCCCUGGUCUGGCUCUGCUGGAGCGGGUGGGAACCAAACACCUUCAGUGCUGGUGGCCCUCAGGCCCACAGGUUUAAGGCUGAGGCUGCCCUGACCCUUCCACAGUCAUUUCUUCUAGGUUUUCUUGGCCCAGCACUGCCCAUCCCACCCCAUGAGGCUCACUCAUUGCAGAUCCCAGCCCACCCUGCCCCUUUCUUCCCCACCCUGGAGGCUCUCUCUGCCUAGUCUACAGUACUGACAGAAAGCAAGGACAUGCGGCCUGCAUGGUGGGAGCUGGUUGAAUUGUCUUUAUUAACAAACAGGAUAUCCAAGGCCACUACAUUGAGGAGGGGUGGGGGGGGAGGGAGAAGGGUUACUUGCUGCUCACACUAUAUACAGAUGCAAGCAAGGGGCGUGGAGAGUGAGGGCUCCCUGCUCCCUCCCUCCACCGGGGAAGGGCAUGGGCUAGAAGAGGAGAGGGGGGUCGGGAAUGGGGGGAAUGUUUUGGCUGGCGGGGUCCCCCCUCCAUUCCCUGGAGUUUGGGGGAAGGGGAAUCAUUAAAGUGCUUUCAGAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-995.80 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1039.13
Frequency: 0.0000
Diversity: 605.42
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((.......)))))....((((((..(((..(((.(((((((....)))))))))))))((((.(..((((((.(((....))).))))))..).)))).))))))(((((......(((((((.........(((((.....(((((((((.(((((.((((((((...(((.......))))))).))))..)))(((.((.((((.(((.............))).)))).)))))......((((.(((.((((((((.........)))).)))).)))...)).)).(((..(((((..(((((......)))))..))))))))((((.(((((.((.((((..(((((((((((.(((..........(((((((.....(((((((((.(((.(((...(((.((((....)))).))).....))).)))))))).)))))))))))..........))))))))))((((((.....))))))((((((...(((((((.((...((((((((.(((.((((((..(((....(((.....(((((.......(((((((((........)))))))))))))).......(((....)))......))).))).)))))).))).))))))))...))..))))))))))))).....(((((((.....))))))).((((((((((((((((((((.((.((.((((((.(((..(((..((((((((..(((.((..((((((.............)))((((.(((....)))...))))((.(((((.(((...........((((((....))))))((((((((...((((((.(((((....(((((((((.(.(((((((....((((((((....(((((((.......(((((....)))))((((...)))).)))))))((((.....(((((((((((((((.((.(.((((....(.((((....(((......)))....)))).)..))))).)).))))))......(((.(....((((((.(((....(((((...)))))))).))))))...).)))(((((((((((..((...((((((.(((((.((((.((((.....)))))))).).)))).))))))...))..)).)))).)))))))))...)))))))))..))))))))..)).))))).))))))).)))..((((((.((((((((.(((((((((...((....))..)))))..))))...)).)))))).)))))).))))).))))))...))).))))))))))))).)))))..))..)))..)))))).))..)))..))).))))))))((.(((.....))).))....))))).))))))))))).)).)))))))).))))(((((((((...............)))))))))....)))))))..))))((((((((((((...)))))..(((((((((((...(((..........((((((((..((((((((((((((.(((...((...((..((((((((......))))....(((.(((((((.((((((((((..........((((((...))))))((((((.......))))))(((((..(((...(((...))))))..))))))))))))))).)).))))).)))((((((((..(((.((((((..((((....(((((((.(((.........))))))))))........((((((...)))))).........))))..)))))).)))..))))))))))))..)).))...))).)))))..(((((..((((.((.((((.((((.....))))...)))).(((....)))(((....))).....))))))...)))))))))))))).))))))))((((..(((.....))).))))((((....))))....)))....))))))))))).(((((((((((.....((.((((((((((........(((((..((((..(((((((((((.(((((.....)))))......((((..(((.(((((((((..(((((((((((.((.(((((.(((.(((((.(((.........)))))...))).))).....))))).)).))))))((.(((((....((((((...........)))))).....))))))).....)))))))))))))))))..))))...))))..((((((((((............)).)).))))))))).))))..)))).)))))((((((.((.(((((.....))))).))))).))))))))))))).)))))))))))))...)))))))..)).))))))))).)))))(((((((((.....)))))...)))))))))))......))))).............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.({{({({(.......|||||,.,,,({(((.{(({.{((,{(((((((....)))))))))))))|{||}{||{{|{||,({({{{{|||{|}||||..|{||,..}},)))||||.,}}..}|||||{{.........|{{{{.||,.(((((((((,(((((.((((((((...(((.......)))))))}}))},.))}{({.{{.{{((,(({,......,},...|||{}}}},))}},{{{,,.({{{|{{{,{{({((((..,,{{,,,},}|,||||.},.......,.{(((..(((((..(((((......)))))..))))))))}|,}.,|}}}.}|}||||||||{|{{{({{{{{{...,}}.....{,{((({||,,{((((({((({(((,(((...{{{,{|||,...}}}),))}}}}}})}},)})))))),,))))))})}||,,{{{|{|,,}}}))},)}||||||}.,,..,|{{{(({{{....(((((((.{{.,.((((((((.(((.((((((..{{{....(((...,.{(({(,,.,,,,{((((((((........))))))))},,|||.....|,|{|...,)}},.....))).}}}.)))))).))).))))))))...}}..))))))),|||((,{{{{(((((((,....|))))}}.||}}|,((((((((((((((.((.((.((((((.(((..(((..((((((((..(((.((..(((,{{.............}}}((((.(((....)))...))))((.(((((.(((,..........((((((....))))))|((({(((...((((((.(((({....(((((((((.(.(((((((....((((((((....(((((((.......{((((....))))|((((...)))),)))))))((({.....{{{((({{{((((((.{(,.,((((,{,...,|||}...||}}...,||},....}|||{{{..,,))}))),,}})},...,,|||.|....((((((.((({..,(,,,...,)},)),)).)))))).....}))(((((((((((..((...((((((.(((((.((((.((((.....)))))))).}.)))).))))))...))..}).)))).)))))},}....)))}}))))..))))))))..)).))))).))))))).)))..((((((.((((((((.((((,((((...{(....)}..)))))..)))).},}}.)))))).)))))).))))).))))))...))).))))))))))))).)))))..})}.)))..)))))).))..)))..))).)))))))){{.(((,....))).}}....,,))).))))))))))).||.|||((({....,.((((((((({{..........,}.))))))))).......))))))).)}((((((((((((...)))))..(((((((((((...(({.........,((((((((..((((((((({,,,.,((...{(({...(((({.(((((......)))))...(((.(((((((.((((((((((..........((((((...))))))((((((.,....}))))))(((((..(((...(((...))))))..))))))))))))))).)),))))).))).,,,(((((.((((({.(((((..(((((.(((((((.(((.........))))))))))....,,,,((((((...))))))...,,,...))),.))))).))))).,,))))).)))))..,,.})}},.)))),,)),.(((((..((((.({.((((.((((,...,))))...)))).(((....)))(((,...}}}..,,,}}))))...)))))))))))))).))))))))|{{{..(((.....))).}}}}((((....))))..,.)))....))))))))))).(((((((((((,....,,.{{((((((....,,{{,,((((((....(((((.((((.{(({(((((.....)))))......((((..(((.((((((((({,{(((,((((((.((.(((((,(((.((({(.(((........,)))))...))).)))...,.))))).)).))))))((.(((((....((((((...........)))))).....))))))).....)))))))))))))))))..))))...}}||..(((((((({{............)}.)),}))))),,)}((((((.(.((((({.....},.)))))))))))).,)))).)))))))))))))))))))})))))))))))))...)))))))..}}.,))))))))})))))|||||{{{,..,,,}}}}}...))))))))))),.....,,.,).))}},.......
Back