Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000083.3
Sequence Length
3187 nt
GC Content
0.5635
AGACGCCUUGGGGACAGCAAGAGCAGAGGCUUAAGGAGCUACACUGGGGGAAGGACAGGGGCAAGCAGGCCAAGGCCUGGCCGGGGCUCGGGGGGAGGGAAUAUGGAGCAAUCCCGGUCACAGCAGCGUGGGGGUGAACAAAGCUGGUGGGGUAGUGACCCCCAGUACCAGUAUAUGCCCUUUGAACACUGCACCAGCUACGGACUGCCCUCUGAGAAUGGGGGCCUCCAGCACAGGCUCCGGAAGGAUGCAGGCCCCCGCCACAACGUCCACCCCACACAGAUUUAUGGCCAUCACAAAGAACAAUUCUCAGACAGGGAGCAGGACAUAGGGAUGCCCAAGAAGACAGGCUCCAGUUCUACCGUGGACAGCAAGGAUGAGGAUCACUAUUCUAAAUGUCAAGAUUGUAUCCACCGCCUGGGACAGGUGGUGAGAAGAAAAUUAGGGGAAGACGGGAUCUUUCUGGUGCUUCUGGGACUGCUGAUGGCUCUGGUCAGCUGGAGCAUGGACUACGUCAGUGCCAAAAGCCUUCAGGCCUACAAGUGGUCCUACGCGCAGAUGCAGCCCAGCCUUCCUCUGCAGUUCCUGGUCUGGGUCACCUUCCCACUAGUCCUCAUCCUCUUCAGCGCCCUCUUCUGCCACCUCAUCUCUCCCCAGGCUGUUGGCUCUGGAAUCCCCGAAAUGAAGACAAUACUUCGUGGGGUUGUCCUGAAGGAAUACCUCACAAUGAAAGCCUUUGUGGCCAAGGUUGUCGCCCUGACUGCGGGCCUGGGCAGUGGCAUCCCCGUGGGGAAAGAGGGCCCCUUCGUCCACAUUGCCAGCAUCUGUGCUGCUGUCCUCAGCAAAUUCAUGUCUGUGUUCUGCGGGGUAUAUGAGCAGCCAUACUACUACUCUGAUAUCCUGACGGUGGGCUGUGCUGUGGGAGUCGGCUGUUGUUUUGGGACACCACUUGGAGGAGUGCUAUUUAGCAUCGAGGUCACCUCCACCUACUUUGCUGUUCGGAACUACUGGAGAGGAUUCUUUGCAGCCACGUUCAGCGCCUUUGUGUUUCGAGUGCUGGCAGUGUGGAACAAGGAUGCUGUCACCAUCACUGCUCUGUUCAGAACCAAUUUCCGAAUGGAUUUCCCCUUUGACCUGAAGGAACUACCAGCUUUUGCUGCCAUCGGGAUUUGCUGUGGGCUCCUGGGAGCUGUAUUUGUGUAUCUGCAUCGCCAAGUCAUGCUCGGUGUCCGAAAGCACAAGGCCCUCAGCCAGUUUCUUGCUAAGCACCGCCUGCUGUAUCCUGGAAUUGUUACCUUUGUCAUUGCCUCAUUCACCUUCCCACCAGGAAUGGGUCAAUUCAUGGCUGGAGAGUUGAUGCCCCGCGAAGCCAUCAGUACUUUGUUUGACAACAAUACAUGGGUGAAACACGCGGGUGAUCCUGAGAGCCUGGGCCAGUCAGCUGUGUGGAUUCACCCCCGGGUCAACGUUGUCAUCAUCAUCUUUCUCUUCUUCGUCAUGAAGUUCUGGAUGUCCAUCGUGGCCACCACUAUGCCCAUACCCUGCGGAGGCUUCAUGCCUGUGUUUGUGCUAGGAGCUGCAUUUGGAAGGCUGGUAGGAGAAAUCAUGGCCAUGCUCUUUCCUGAUGGUAUUUUGUUUGAUGACAUCAUCUACAAGAUCCUACCUGGGGGCUAUGCAGUAAUUGGAGCAGCAGCGCUGACUGGUGCCGUUUCCCACACAGUCUCCACAGCUGUGAUUUGCUUCGAAUUAACGGGUCAGAUUGCUCACAUCCUGCCCAUGAUGGUGGCUGUUAUCUUGGCCAACAUGGUGGCCCAGAGCCUGCAGCCCUCUCUCUAUGACAGCAUCAUCCAGGUCAAGAAGCUACCCUACUUGCCUGACCUUGGCUGGAACCAGCUCAGCAAAUAUACCAUCUUUGUUGAGGACAUCAUGGUACGUGAUGUGAAGUUUGUUUCAGCUUCUUACACAUAUGGGGAGUUGCGAACCCUGCUCCAGACCACCACAGUCAAGACUUUACCACUGGUUGACUCAAAAGAUUCAAUGAUCCUGCUGGGCUCGGUGGAGCGGUCGGAACUGCAGGCCCUCCUGCAGCGCCACCUGUGUCCUGAGCGCAGGCUGCGCGCAGCCCAAGAGAUGGCGCGGAAGUUGUCGGAGCUGCCUUACGACGGGAAGGCGCGGCUGGCUGGGGAGGGGCUCCCCGGCGCGCCUCCAGGCCGGCCCGAGUCCUUCGCCUUUGUGGAUGAGGAUGAGGACGAAGACCUCUCUGGCAAGAGCGAGCUUCCUCCUUCCCUUGCUCUCCACCCCUCUACUACUGCCCCUCUGUCCCCAGAAGAGCCCAAUGGGCCUCUGCCUGGCCACAAACAGCAGCCGGAAGCACCAGAGCCUGCAGGUCAAAGACCCUCCAUCUUCCAGUCCCUGCUUCACUGCUUGCUGGGCAGAGCUCGCCCCACAAAGAAGAAAACAACCCAGGAUUCCACAGAUUUAGUGGAUAACAUGUCACCUGAAGAGAUUGAGGCCUGGGAGCAGGAGCAGCUGAGCCAGCCUGUCUGUUUUGAUUCCUGCUGUAUUGACCAGUCUCCCUUCCAGCUGGUGGAGCAGACAACCCUGCACAAGACUCAUACCCUGUUUUCACUCCUUGGCCUCCACCUCGCUUACGUGACCAGCAUGGGGAAGCUCAGGGGCGUCCUGGCCCUGGAGGAGCUACAGAAGGCCAUUGAGGGGCACACCAAGUCUGGGGUGCAGCUCCGCCCUCCCCUUGCCAGCUUCCGGAACACGACUUCAACUCGAAAGAGUACCGGGGCACCUCCAUCUUCUGCAGAGAACUGGAACCUGCCUGAGGACAGGCCUGGGGCCACUGGAACAGGGGAUGUGAUUGCUGCCUCCCCAGAGACCCCUGUGCCAUCUCCUUCCCCAGAGCCCCCUCUCUCCCUGGCCCCAGGCAAGGUAGAGGGCGAGUUGGAGGAGCUGGAGCUGGUGGAGAGUCCAGGGCUGGAAGAGGAGCUGGCCGACAUCUUGCAGGGCCCCAGCCUGCGAUCCACAGACGAGGAGGAUGAGGAUGAACUGAUCCUUUGACCCCCUCCCACGACCUCCUCAUAAAGACCGUGGAGAGGCCCAGCCUGAGGGUGAACUUGUGUGGGGCAGGGUGCGUCCUGAAUGUGGCGAGGUCAUGCCAAUGUCGUGGCCUCUUCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1250.10 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1302.33
Frequency: 0.0000
Diversity: 767.49
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
....(((((.(((((.......(((((((((((.((.(((...((((((.....((((((((......))).(((((((..(((((((((((((((((((....((.(((.(((.(((....((((.((((((((.......(((((((((((....)))))....))))))....))))))...)).))))....)))..))).)))))(((((((((((((((((...(((.....(((....))))))))))))))((((....(((...........)))...))))..............))))))))).(((..((((((...((((.(((....((((....(((...((((......))))))).((((((((((.......(((........))).....(((((((((((...))))))))).)).(((...(((((((((.((((.....((((.(((...((((((((((...(((.((((...(((...((((.(((...))).))))....)))..)))))))....)))))))))).))))))).....))).).)))))))))...)))(((((..(((.......)))))))))))))))))))))).))))))).))))))..)))..)))))))(((((((...))).))))...))))))...((((......))))(((((((..(((....)))..)))))))...((.((((((.......)))))).))))))))....)))))))(((((((((.......(((((((..(((((...(((((((((((..((((((.((((((((((((....)))))....(((.(((.....(((((((((((..(((.((........)).)))..)))))))).)))((((((((((.(((((((((((((((.((..(((....)))..((((((.(((((....)))))........))))))((.((......))..)).....(((((((((....((((((((......((((((..(((.....)))))))))(((((((((....((....))....))).))))))(((((((.(((.....))).)))))))..(((((.....((....)).....((((((..(((((.(((.((((...(((((((((((.((((((((((..((((((....((..(((((.((((((((.(.(((((((..((.((.(((((((((.((((((((.(((((((((...((((....((((((............((.........))............))))))((((((...((((((((.((((((..((((....((((((.........)))))).(((((((...((..(((((((.(((((((.(((((((........)))...)))).)))))))..)))))))....))....)))))))....))))...))))))...))))))))....(((....)))..((((...))))...)))))).....))))((((.....))))))))))).)).))))))))((((.(((((((((((..((....))...)))).)))..)))).))))..(((((((..((((....)))).))))))).....))))))))).))..))..))))).)).))))).)))))))))..)).....)))))).....))))))((((((((.((((......)))).))))))))...........((((.(((.((((((......)))))).))).)))))))))))))))))))....)))).))).))))).....((((.((((.((.....)).)))))))).....))))))......(((((((((.........))))))))).((((((((...))))))))((((((......))))))..........))))))))))))).))).))))))...)).))))))..)))))..))))(.(((((.((....)).))))).).(((((...((((((.((.(((((.((..(((((((....)))))))..))))).)).)))))))))))))....))))))))))))).))))))))))((((.....))))((((..(....)..))))...)))))).((.(((((((((...(((..(((....)))..))).))))))))).))..)))))))))))..(((((.((((..(.((((....)))).)..)))).))))))))))..))))))).......))))))))).)))))))))))...)))))..)))))))))))(((((..(.....)..)))))..(((((.((((((((.((((...)))).........(((((....((......))..))))))))).))))(((((((......................(((((.......)))))..(((.(((((((..((.(.(((.(((((.(.((((((((((((((...))).))))..........))))))).).(((.((((.(((((((((((((..((((((((......))))......(((.((((.........((((....((((((.(((((...........((.(((((((((((.(((((......))))).)))..(((......)))....((((((((((.....(((((((.(((((..(((..((((((..((((....((.....))......((((....))))...((((...))))...((((....)))).(((..((.(((((....)))))..))..)))))))...)))))).)))...)))))..)))))))......)))))).))))))))))))..))..(((((...(((.(((...))).))).)))))))))).))))))....))))..)))))))..)))).))))))))).)))))))).)))....(((((((.......))))))).........((((.((..((((((......))))))...)).))))(((((..((........))..)))))..)))))))))))..))))).)).))))))))))..)))))))))).))...)))((((((((((....).))))))))).....
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,((,((.(((((.......(((((((((((.((.(((...(((((((.,({,.{((((({.,(((((....))))),},((((...((((,(((((((...(((({.{((((,,,{,,....|.|||}}|||,......{{((((((((..((({||||,{(.(((((.,..{{|,,,..,,||.||||..},,{((.(..(((((((((((((((((((((((...{{{...,,(((....)))}))))))))))((((.,,.(((...........))),,.)))).........,....))))))))}..,)).))))..).}})(((.(((..........)))))).|}}}....,,|(({(,,,(((({{((,....}}}}})}...}}}}..||,,...(((((((((((...))))))))).)).,,,...|((((((((.((((.....((({{(((...((((((((((...(((.((((...(((...((((.(((...))).))))....)))..)))))))....)))))))))).))))))).....))).).)))))))))}}.,),))))))})))))))..})))))))|(((((((((((..((((.((..(((((((...,,((((((((((((((((((.((((((((...,,,,.....((((......))))(((((((..(((....)))..))))))).......(((..((((((((((((.((((((...((((({(((((,{{{{{,{{,,,{,((((.(((((((((((((..{({.(((....(((((((.(((((((.((,.{(((.{(((,{,.((,{{.{{.,{((((((((((({.,(,({(,........||,|...(((((((.,(((((((((.((((({{(((((.,(((((.((((((.(((((((.{{,(((({,(((((....))))}.((((...)))),,{{{,{...{{{({,{{{{,...(((.((((....)))}.)))...,,..((((((..{,{.....})}))))))(((((((((.{{,{(....))}}..))).)))))){{{||||,||,.{{{.|||{||||||......(((((.....)))))......((((....))))))})))))}.}}}}})}))))}}},}}(((({{.{{({({({....,,,.,}))))))}}.))))))))))).))))))....,....))))).}.}})))})..))))).))))))))).....((,.......,,......{{((.({(((((.,..........}))))))).)))|(((((((.((((((.,((((....((((((.........)))))).(((((((...{(..(((((((.(((((((.(((((((,.,...,}}))...)))).)))))))..)))))))....))....))))))).,,.))})...))))))...)))))))},..}.))))))),|..||||...,,,,..))}.})))))))))))}|{|..}}.)),)),)}}}})}},)))))).))))..)))..))))))))))}}}.....))))...))))))))).)))).{((((((..((((....)))).)))))))|},.,}}}}))))).})))))..(((((((((((((,..((((((((........))).)))))......)))))....)))))))),,,...(((.(((..((....))..)))))).,.,.))))))....)))))))))},)).,}.))})))))))).))))))...,,.....},{{{{......((((.((((.((.....)).)))))))).....,)}}).......(((((((((.........))))))))).((((((((...))))))))((((({......)))))).........)))))|(((.(((..,{{((((({..{{.((.(((,{{.((.........{.(((((.((....)).))))).))).)))))))...}}))))))))))).)))|(((((....)))))}(((({{(((((((.....))))))).}).))))......)))))))).))))))).....)).)))).,,(((((.((((((((,{((((((((..(((((.((.,....,.)).))))).))))))))}).}.))))).)).)))))),.)))))))))))}((((..(.((((....)))).)..))))))))))))))).))))}},))))........))))))))).)))))))...)))))..)))))))))))(((((..{.....}..)))))..(((((.((((((((.((((...)))).........(((((....((......))..))))))))).))))((((((((.,,..,.......{{{{{{..(((((.......)))))...,..,{{,(((.,{..,.|{,|{{||{|{|((((((((((((((...)))},))),.........))))))),,.{((.((((.(((((((((((({,{((({((((......))))....{{{,,.,,,,.,||,}}}}|{((,.{{(((((({({{(({....,..,,,((.{((((((((((.(((((......))))).}}),.(({......)))}...((((((((((.....(((((((.(((((..{((..((((({..((((..,((((....|...,{{.{(((,...)})).}}}||{{...{{{{..((((....)))}.|||}.{{,(((({.,,.)}}}),,})}})}.))))...)))))).)))...)))))..)))))))......)))))).)))))))))))),.}},{{{{(({,.(((.(((...))).})).))))))}))),)))))).}},))))}.)))))}),)})}),))))))))).)))))))).)))....{((((((.,....,))))))),{{......{,|{{(({{,((,,,...}}.)))))),..,},{((((((((..((........))..))))).))))}}}}))))..))))},.))).))))))))..)))))))))).)).}})}}((((((((({....).))))))))).....
Back