Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000591.4
Sequence Length
1356 nt
GC Content
0.6084
ACAAGUGUGAAGCCUGGAAGCCGGCGGGUGCCGCUGUGUAGGAAAGAAGCUAAAGCACUUCCAGAGCCUGUCCGGAGCUCAGAGGUUCGGAAGACUUAUCGACCAUGGAGCGCGCGUCCUGCUUGUUGCUGCUGCUGCUGCCGCUGGUGCACGUCUCUGCGACCACGCCAGAACCUUGUGAGCUGGACGAUGAAGAUUUCCGCUGCGUCUGCAACUUCUCCGAACCUCAGCCCGACUGGUCCGAAGCCUUCCAGUGUGUGUCUGCAGUAGAGGUGGAGAUCCAUGCCGGCGGUCUCAACCUAGAGCCGUUUCUAAAGCGCGUCGAUGCGGACGCCGACCCGCGGCAGUAUGCUGACACGGUCAAGGCUCUCCGCGUGCGGCGGCUCACAGUGGGAGCCGCACAGGUUCCUGCUCAGCUACUGGUAGGCGCCCUGCGUGUGCUAGCGUACUCCCGCCUCAAGGAACUGACGCUCGAGGACCUAAAGAUAACCGGCACCAUGCCUCCGCUGCCUCUGGAAGCCACAGGACUUGCACUUUCCAGCUUGCGCCUACGCAACGUGUCGUGGGCGACAGGGCGUUCUUGGCUCGCCGAGCUGCAGCAGUGGCUCAAGCCAGGCCUCAAGGUACUGAGCAUUGCCCAAGCACACUCGCCUGCCUUUUCCUGCGAACAGGUUCGCGCCUUCCCGGCCCUUACCAGCCUAGACCUGUCUGACAAUCCUGGACUGGGCGAACGCGGACUGAUGGCGGCUCUCUGUCCCCACAAGUUCCCGGCCAUCCAGAAUCUAGCGCUGCGCAACACAGGAAUGGAGACGCCCACAGGCGUGUGCGCCGCACUGGCGGCGGCAGGUGUGCAGCCCCACAGCCUAGACCUCAGCCACAACUCGCUGCGCGCCACCGUAAACCCUAGCGCUCCGAGAUGCAUGUGGUCCAGCGCCCUGAACUCCCUCAAUCUGUCGUUCGCUGGGCUGGAACAGGUGCCUAAAGGACUGCCAGCCAAGCUCAGAGUGCUCGAUCUCAGCUGCAACAGACUGAACAGGGCGCCGCAGCCUGACGAGCUGCCCGAGGUGGAUAACCUGACACUGGACGGGAAUCCCUUCCUGGUCCCUGGAACUGCCCUCCCCCACGAGGGCUCAAUGAACUCCGGCGUGGUCCCAGCCUGUGCACGUUCGACCCUGUCGGUGGGGGUGUCGGGAACCCUGGUGCUGCUCCAAGGGGCCCGGGGCUUUGCCUAAGAUCCAAGACAGAAUAAUGAAUGGACUCAAACUGCCUUGGCUUCAGGGGAGUCCCGUCAGGACGUUGAGGACUUUUCGACCAAUUCAACCCUUUGCCCCACCUUUAUUAAAAUCUUAAACAACG

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-519.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -541.05
Frequency: 0.0000
Diversity: 505.24
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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