Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_000594.4

Sequence Length

1678 nt

GC Content

0.5429

AGCAGACGCUCCCUCAGCAAGGACAGCAGAGGACCAGCUAAGAGGGAGAGAAGCAACUACAGACCCCCCCUGAAAACAACCCUCAGACGCCACAUCCCCUGACAAGCUGCCAGGCAGGUUCUCUUCCUCUCACAUACUGACCCACGGCUCCACCCUCUCUCCCCUGGAAAGGACACCAUGAGCACUGAAAGCAUGAUCCGGGACGUGGAGCUGGCCGAGGAGGCGCUCCCCAAGAAGACAGGGGGGCCCCAGGGCUCCAGGCGGUGCUUGUUCCUCAGCCUCUUCUCCUUCCUGAUCGUGGCAGGCGCCACCACGCUCUUCUGCCUGCUGCACUUUGGAGUGAUCGGCCCCCAGAGGGAAGAGUUCCCCAGGGACCUCUCUCUAAUCAGCCCUCUGGCCCAGGCAGUCAGAUCAUCUUCUCGAACCCCGAGUGACAAGCCUGUAGCCCAUGUUGUAGCAAACCCUCAAGCUGAGGGGCAGCUCCAGUGGCUGAACCGCCGGGCCAAUGCCCUCCUGGCCAAUGGCGUGGAGCUGAGAGAUAACCAGCUGGUGGUGCCAUCAGAGGGCCUGUACCUCAUCUACUCCCAGGUCCUCUUCAAGGGCCAAGGCUGCCCCUCCACCCAUGUGCUCCUCACCCACACCAUCAGCCGCAUCGCCGUCUCCUACCAGACCAAGGUCAACCUCCUCUCUGCCAUCAAGAGCCCCUGCCAGAGGGAGACCCCAGAGGGGGCUGAGGCCAAGCCCUGGUAUGAGCCCAUCUAUCUGGGAGGGGUCUUCCAGCUGGAGAAGGGUGACCGACUCAGCGCUGAGAUCAAUCGGCCCGACUAUCUCGACUUUGCCGAGUCUGGGCAGGUCUACUUUGGGAUCAUUGCCCUGUGAGGAGGACGAACAUCCAACCUUCCCAAACGCCUCCCCUGCCCCAAUCCCUUUAUUACCCCCUCCUUCAGACACCCUCAACCUCUUCUGGCUCAAAAAGAGAAUUGGGGGCUUAGGGUCGGAACCCAAGCUUAGAACUUUAAGCAACAAGACCACCACUUCGAAACCUGGGAUUCAGGAAUGUGUGGCCUGCACAGUGAAGUGCUGGCAACCACUAAGAAUUCAAACUGGGGCCUCCAGAACUCACUGGGGCCUACAGCUUUGAUCCCUGACAUCUGGAAUCUGGAGACCAGGGAGCCUUUGGUUCUGGCCAGAAUGCUGCAGGACUUGAGAAGACCUCACCUAGAAAUUGACACAAGUGGACCUUAGGCCUUCCUCUCUCCAGAUGUUUCCAGACUUCCUUGAGACACGGAGCCCAGCCCUCCCCAUGGAGCCAGCUCCCUCUAUUUAUGUUUGCACUUGUGAUUAUUUAUUAUUUAUUUAUUAUUUAUUUAUUUACAGAUGAAUGUAUUUAUUUGGGAGACCGGGGUAUCCUGGGGGACCCAAUGUAGGAGCUGCCUUGGCUCAGACAUGUUUUCCGUGAAAACGGAGCUGAACAAUAGGCUGUUCCCAUGUAGCCCCCUGGCCUCUGUGCCUUCUUUUGAUUAUGUUUUUUAAAAUAUUUAUCUGAUUAAGUUGUCUAAACAAUGCUGAUUUGGUGACCAACUGUCACUCAUUGCUGAGCCUCUGCUCCCCAGGGGAGUUGUGUCUGUAAUCGCCCUACUAUUCAGUGGCGAGAAAUAAAGUUUGCUUAGAAAAGAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-600.2 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -630.21

Frequency: 0.0000

Diversity: 311.64

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.(((((((((((((......((..((((((((..((((..((((((((((((.(...............((((.........))))...........((((.((...)).))))..).)))))))))))).........((((.(((((((..(((.(((.....))).)))....((((((...((.((((((((....(((.(.(((((((((((((((((.(((((((.........)))))))((((((..((.(((.((((((((((((((((((((((((.......(((.(((((.((((((((((.(((..(((...(((((((...(((.((....((((...((((((.((((.(((....))).))))..........))))))))))(((((.((((.........((((.....))))))))..)))))..)))))...)))))))..((((((...)))))).((((((((..(((......)))((((....)))).....(((...))).))))))))..))).....)))))))))))))...((((((((((...............))))))))))...(((((((.((.((......)).)).)).)).)))..............))))))))(((((((......))))...)))....((((.(((((.((...........)).))))))))).....))))))))))))))..(((((((.(..((((((...........(((((((((....(..((((..((((((..(((((.(((((((......))))).(((.....))).....)).))))).(((((((.....(((((((...(((...(((..(.....)..)))..)))...))))))).......)))))))...........)))))).))))..))))).)))))..........))))))..........).))))))).((((....))))..((((((....))))))))))))..)))).))).))..))))))..(((((...(((..(((.((((......)))).)))...))).......(((((((((((((.((((......))))))))).))).)))))..)))))..(((((((((((((((..(((((((((..(((((..............((((...((((.....))))))).)..............)))))..))).)))))).)))))))))...))))))))))))))......((.((...))))(((....))))))))))))))))..)))))))).))))))))..................................((((((((....)))))))))))).))))))).....(((((.....(((..(((((.((((((..((((...(((((((...)))))))...)))).))..)))).))))))))....))))).(((......))).......(((.((((((....))))))..))).(((((.(((((....)))))..))))).((((((.....))))))....))))..))))))))..)).)))))))...))))))..(((((((.......)).)))))..........................

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((((((({((((,.{,..((..{(((((((.,((((..((((((((((((.(.......,.......((({.........}}}}...........{{{{.,....|}.}})),.).)))))))))))).........((((.(((((((..(((.{{(,,...))).)))....((((((...((.{(((((((....(((.(.((((((((((.{(((((((((((((.........)))))))....(((((((.(((((((({((((.((((({,(({.,{(.{(((.,{..((((((((((,......,,.....,)))))))))..,,.)))).)}..((({.,{((((((.((((.(((....))).))))..........))))))))}}(((((.((((.........((((.....))))))))..))))){((({,,,..{(.(((...((((({...})))))...))).)))})))))...{((({(((((..,......}))))..})))).))))))))).))))}...((((((((((.....((((((((((...............))))))))))...{((((((.((.((......)).)).)).)).)}}......)))))))))).))))))))(((({.....}|}}...((((,.(((.,((({{((....{(((,(((((.((((((((....))){{(,,(((((.{.((((.....)))).}.))))).))).))))).))))))))}...)).)))),,))|}))))(((((.((({(((,,,...|||}}.|||..,,,))).....)).))))).(((((((....,(((((((,{{(......}}}}({,({.....,.}})..,..))))))).,.....)))))))..{{{{{.........{{..{{{{.{|...(((((((.(((((.{......,.}))))..)))))))}}.}|||,.}}.,,,,..((((({....}))))).....,.........,......,,)))}}|((((...({({.(((.((((......)))).))).,,)))...,...(((((((((((((.((((......))))))))).))).)))))..}))}}..(((((((((((((((..(((((((((..(((((,{{,,,,....}},,(((...((((.....))))))).,...,}....,..,,)))))..)))},))))).))))))))}..,))))))..,,...)))}}..))))))).)})))))...}.).)))))))))))))..)))))))}.)))))))).........,,..,,..,,..,..||..,.....((||||||,,..,}))}})))))).))))))).....(((((.,...(((..(((((.((((,,..((((...(((((((...)))))))..,)))).),..)))).)))))))),..,))))).|||,..,,,))).......(((.((((({....))))))..))).{((((.(((((....)))))..))))},((((((.....))))),,,..)))).,))))))))}}|,.))))))}.,}))))))..((((({,,,,....)),))))).............,,...........