Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000626.4
Sequence Length
1246 nt
GC Content
0.5979
AGUUACACGUUUUCCUCCAAGGAGCCUCGGACGUUGUCACGGGUUUGGGGUCGGGGACAGAGCGGUGACCAUGGCCAGGCUGGCGUUGUCUCCUGUGCCCAGCCACUGGAUGGUGGCGUUGCUGCUGCUGCUCUCAGCUGAGCCAGUACCAGCAGCCAGAUCGGAGGACCGGUACCGGAAUCCCAAAGGUAGUGCUUGUUCGCGGAUCUGGCAGAGCCCACGUUUCAUAGCCAGGAAACGGGGCUUCACGGUGAAAAUGCACUGCUACAUGAACAGCGCCUCCGGCAAUGUGAGCUGGCUCUGGAAGCAGGAGAUGGACGAGAAUCCCCAGCAGCUGAAGCUGGAAAAGGGCCGCAUGGAAGAGUCCCAGAACGAAUCUCUCGCCACCCUCACCAUCCAAGGCAUCCGGUUUGAGGACAAUGGCAUCUACUUCUGUCAGCAGAAGUGCAACAACACCUCGGAGGUCUACCAGGGCUGCGGCACAGAGCUGCGAGUCAUGGGAUUCAGCACCUUGGCACAGCUGAAGCAGAGGAACACGCUGAAGGAUGGUAUCAUCAUGAUCCAGACGCUGCUGAUCAUCCUCUUCAUCAUCGUGCCUAUCUUCCUGCUGCUGGACAAGGAUGACAGCAAGGCUGGCAUGGAGGAAGAUCACACCUACGAGGGCCUGGACAUUGACCAGACAGCCACCUAUGAGGACAUAGUGACGCUGCGGACAGGGGAAGUGAAGUGGUCUGUAGGUGAGCACCCAGGCCAGGAGUGAGAGCCAGGUCGCCCCAUGACCUGGGUGCAGGCUCCCUGGCCUCAGUGACUGCUUCGGAGCUGCCUGGCUCAUGGCCCAACCCCUUUCCUGGACCCCCCAGCUGGCCUCUGAAGCUGGCCCACCAGAGCUGCCAUUUGUCUCCAGCCCCUGGUCCCCAGCUCUUGCCAAAGGGCCUGGAGUAGAAGGACAACAGGGCAGCAACUUGGAGGGAGUUCUCUGGGGAUGGACGGGACCCAGCCUUCUGGGGGUGCUAUGAGGUGAUCCGUCCCCACACAUGGGAUGGGGGAGGCAGAGACUGGUCCAGAGCCCGCAAAUGGACUCGGAGCCGAGGGCCUCCCAGCAGAGCUUGGGAAGGGCCAUGGACCCAACUGGGCCCCAGAAGAGCCACAGGAACAUCAUUCCUCUCCCGCAACCACUCCCACCCCAGGGAGGCCCUGGCCUCCAGUGCCUUCCCCCGUGGAAUAAACGGUGUGUCCUGAGAAACCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-519.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -541.22
Frequency: 0.0000
Diversity: 259.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..........((((((((((((((((.(((((...))).)))))))((((((.((((.((.(.(((..((((((((((((.((((((((.((.((((....((((((....))))))..(((((.((((((((......))).))))).)))))((((((((.(.((((((.((((((....))...)))).))...)))).).)))))))).((((((.((((((........))))))))))))..(((((......))))).)))).))))))))))..((((.......))))((((((.((((((((((((((.(((......(((((((.....(((((..((((..((..(((.((.((.......)).))))).))..)))).(((((((.((((.(((.....((((......((....(((((((....))))))))).......))))))).)))).(((.(((((((((.....))))).)))).)))..((((((.((((.((.........)).)))).....)))))))))))))..........)))))..)))))))......))))))))).))......((((((((.(((((((....(........)....)))))).).))))))))..(((((((..(((((....((((..((...(((((((.((((....)))))))..)))).......))..))))....))))))))))))..(((..(((((((((((..((.((((((((.....)))))))).).)..))).))))))))..))).)))))))))))).))))))).)))))....)))))).)))).))))))((((((.........)))))).........((((((..((((((...((.((.(((((...((....))....))))).)).))....))))))...))))))..)))))))))))(((((.((((((((((((.((((..((....)))))).)).......).)))))))))((((((.(.(((((((((((....((((((((.(((.((......)).))))))(((.(((((((((((((...)))(((((.(((((..(.......)..))))).....(((....(((((.....))))))))..........))))).....)))))))))))))..)))))))).))))))))........).))))))...)))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
.....,,,..{(((((((((((((((.(((((...))).)))))))((((((.((((.{(,(.(((,.((((((((((((.((((((((.((.((((....((((((....))))))..(((((.((((((((......)))}})))).)))))((((((((.(.((((,({((((,,....},...)))},))}}.)))).).)))))))).((((((.((((((........))))))))))))..(((((......))))).}))).))))))))))..((((.......))))((((({(((((((((((((({.(((.,,...(((((((....,((((,..{(((..{{..{{.,{{|{|,......},.})))),)),,)))).(((((((.((((.(((,....{(((....,,{{...,(((((((....))))))))}.......))))))).)))).(((.(((((((((.....))))).)))).)))..((((((.((((.((.........)).}))).....)))))}))))))).{{....|},))))).,))))))).,,||.}))}}}})).}},,{,..{(((((((.(((((({.,..|.....,,,),.,,)))))).).))))))))..(((((((..{((((....((((..((...(((({{{{((((....)))))})..)))).......))..))))....))))))))))))..(((..(((((((((((..,(.((((((({.....}))))))).).,..)))}}}))))))..))).)))))))))))).))))))).)))))....))),)),)))).))))))((((((.........)))))).........((((((..((((((,{,((,({,((({{...((....))....))))),)).)}....))))))...))))))..))))))))))|{(((({((((((((((((.((((.,((,,.,}|}}}}.}}....,,},.)))))))))|,,{,{||,|{((((((((({....{{(((((,({(.((.....})).)))||}{((,{((((((((((((...))}{||||.|{{||.,{|.,,,..}.}))))).....|,|}...(((({.....)))))})),,,.......))))}.,,,.)))))))}))))}..))))))))))))))|||.......,),)))))}...}}}},....
Back