Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000638.4
Sequence Length
1626 nt
GC Content
0.5947
CUCCUUCCCUGUCUCUGCCUCUCCCUCCCUUCCUCAGGCAUCAGAGCGGAGACUUCAGGGAGACCAGAGCCCAGCUUGCCAGGCACUGAGCUAGAAGCCCUGCCAUGGCACCCCUGAGACCCCUUCUCAUACUGGCCCUGCUGGCAUGGGUUGCUCUGGCUGACCAAGAGUCAUGCAAGGGCCGCUGCACUGAGGGCUUCAACGUGGACAAGAAGUGCCAGUGUGACGAGCUCUGCUCUUACUACCAGAGCUGCUGCACAGACUAUACGGCUGAGUGCAAGCCCCAAGUGACUCGCGGGGAUGUGUUCACUAUGCCGGAGGAUGAGUACACGGUCUAUGACGAUGGCGAGGAGAAAAACAAUGCCACUGUCCAUGAACAGGUGGGGGGCCCCUCCCUGACCUCUGACCUCCAGGCCCAGUCCAAAGGGAAUCCUGAGCAGACACCUGUUCUGAAACCUGAGGAAGAGGCCCCUGCGCCUGAGGUGGGCGCCUCUAAGCCUGAGGGGAUAGACUCAAGGCCUGAGACCCUUCAUCCAGGGAGACCUCAGCCCCCAGCAGAGGAGGAGCUGUGCAGUGGGAAGCCCUUCGACGCCUUCACCGACCUCAAGAACGGUUCCCUCUUUGCCUUCCGAGGGCAGUACUGCUAUGAACUGGACGAAAAGGCAGUGAGGCCUGGGUACCCCAAGCUCAUCCGAGAUGUCUGGGGCAUCGAGGGCCCCAUCGAUGCCGCCUUCACCCGCAUCAACUGUCAGGGGAAGACCUACCUCUUCAAGGGUAGUCAGUACUGGCGCUUUGAGGAUGGUGUCCUGGACCCUGAUUACCCCCGAAAUAUCUCUGACGGCUUCGAUGGCAUCCCGGACAACGUGGAUGCAGCCUUGGCCCUCCCUGCCCAUAGCUACAGUGGCCGGGAGCGGGUCUACUUCUUCAAGGGGAAACAGUACUGGGAGUACCAGUUCCAGCACCAGCCCAGUCAGGAGGAGUGUGAAGGCAGCUCCCUGUCGGCUGUGUUUGAACACUUUGCCAUGAUGCAGCGGGACAGCUGGGAGGACAUCUUCGAGCUUCUCUUCUGGGGCAGAACCUCUGCUGGUACCAGACAGCCCCAGUUCAUUAGCCGGGACUGGCACGGUGUGCCAGGGCAAGUGGACGCAGCCAUGGCUGGCCGCAUCUACAUCUCAGGCAUGGCACCCCGCCCCUCCUUGGCCAAGAAACAAAGGUUUAGGCAUCGCAACCGCAAAGGCUACCGUUCACAACGAGGCCACAGCCGUGGCCGCAACCAGAACUCCCGCCGGCCAUCCCGCGCCACGUGGCUGUCCUUGUUCUCCAGUGAGGAGAGCAACUUGGGAGCCAACAACUAUGAUGACUACAGGAUGGACUGGCUUGUGCCUGCCACCUGUGAACCCAUCCAGAGUGUCUUCUUCUUCUCUGGAGACAAGUACUACCGAGUCAAUCUUCGCACACGGCGAGUGGACACUGUGGACCCUCCCUACCCACGCUCCAUCGCUCAGUACUGGCUGGGCUGCCCAGCUCCUGGCCAUCUGUAGGAGUCAGAGCCCACAUGGCCGGGCCCUCUGUAGCUCCCUCCUCCCAUCUCCUUCCCCCAGCCCAAUAAAGGUCCCUUAGCCCCGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-646.2 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -676.23
Frequency: 0.0000
Diversity: 421.66
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((....((((((((.(((.....(((.....)))....)))))))))))...))))))..(((.(((..........))).)))(((((((((((((((((.(((.....(((((.....))))).....)))....))))).)))))..)))))))((((..(((((((....((((((.(((((((.(.(((((...........))))).)))))))).))(((((((..........)))))))..(((((((.((....))))..))))).))))...)))))))((((((..((((..(((...((...))...))))))).(((...)))(((((.((((((............(((((((.((........((((((..(((((((..........((((((((.((((...(((....)))((((((....)))))).....(((.(((.((((((.(((((.......))))).))))))...))).))).....))))...)))))).)).........)))))))......)))))).(((((((.((((((((....((((((((........).)))).))).........)))))))).)))))))....)).)))))))...((((((..(((((((....((..(((((.(.((((...)))).))))))))....)))))))((((..(((((((.((((((.(((((........)).......((((((((((((......)))))..((((((((((..(.((((((........)))).)).)....)))))))))).........)))))))))).))))))((((((((.....)).))))))......)))))))..))))))))))(((((((((((((((((((....(((((...))))).....((.((((((.......)))))).))((((((((((((((((((((((((.((((((.......)))))).))..........((((((..((.((((((..(((((..(((..(((..(((...)))...((((((........(((((....))).))))))))(((((((.(((....(((((((...)))))))))).)))))))((.(((((((((((((..............)))..(((.....)))...(((.((((..........)))).)))....((....))...((((..((((...)))).)))).)))))))))).))....)))..)))..)))))..))))))))..)))))).....(((((((((.....)))))))))...(((((.((.((....)).))..((((((.(((.(.(((....))).))))))))))......((((.((((((((((((......)))))...........((.....))(((((.....))))).))))))).))))..)))))....)))))))).))........))))))))))))))).))))))))))).)))))(((((((((((((........))))..))))..))))))))))))))))......)))).))........))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.,,,{(((((((((((({{(((.....({{.....}))....)))))))))))...)))))).{((({(({.,{{,{{{,,|||,,}}|||{,{,{(((((((({.{((.....(((((.....)))))....,)}}.,,,))))).))))}}})))))}}({{{..(((((((....((((((.{((((((.(.(((((...........))))).)))))))}.))(((((((..........)))))))..((((({{.({....)))),.))))).))))...))))))){{((((,,((({.,({(...{{,..)}.,,}}}})})}({{...)))(((((.((((((............(((((((.{{...,{{{,((((({..(((((((...,,,{.,{((((((((.{{((,..(((....|}}((((((....)))))).,...|||.{||.((((((,(({((......,))))).))))))..,))),})),,.,.))}}...)))}))|}..,,......}))))))......)))))}.(((((((.((((((((...(((((((((........),}))).))}.,,,.....)))))))).))))))),,..}}.)))))))...((((((...,.........(((((.(((((({(((...)))).(((((((((.(.(((((((((((((((((,{{.,.,,(({((,{.........))}}}..,{((((((((((((......)))))..((((((((((..(.((((((........))))})}.),...)))))))))).........))))))))))))))))),|.|}))))))).).)))))).)))...))))))).)))))))))))(((((((((((((((((((,.,.((({{...,},))}....{{,((((((.....}.)))))).,,((((((((((((..{(((((((((.((((((.......)))))).))}..)))))},((((((..((.((((((..(((((..(((..{{{.,(,({,.,,,..(((((((,{....,|||||{....))),,,))))))|{{,.{,,((({{{{,{(((,{{{,|||||}|{{,..{((({.((.(((({{,{||||,},.}}},,..,,,.)))..|||,,,..)))..,|||,|||,...,,,,...|}|,..|||...((....))...||||..{(((...,})}.||||{|,,,,)))))}})..,,}))..)))..)))))..))))))))..)))))).{(.(((({{((((((.((((((({|,{(({,(({,.{{.{,....}}.}}..((((((.(((.(.(((....))).))))))))))......})}.})))|,,}})}}))}}.))))))))))).}}...{(({......}}||,,,..{||{|,((((...(((((...........))))).)))))))))..},.))))))))))))))).))))))))))).)))))(((((((((((((........))))..))))..))))))))))))))))....}})))}.}}........))))......,.....
Back