Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000675.6
Sequence Length
2529 nt
GC Content
0.6054
GAAGCUCUGCCUGGGCCUCAGGGACUGUGACAUGGAGCAGGAGCCGCCCCCAGCCAAGCUGCUUUCAGCACAGCGUGGGCCCCCAGCACCUUGGUGCGGGGUGCGGCCCCUCGGAGGAGGGCUGUCAGGUGAAGCCUCGUGUGAGGGGGUGCCUCAGGAACCCUGAAGCUGGGCUGAGCCAUGAUGCUGCUGCCAGAACCCCUGCAGAGGGCCUGGUUUCAGGAGACUCAGAGUCCUCUGUGAAAAAGCCCUUGGAGAGCGCCCCAGCAGGGCUGCACUUGGCUCCUGUGAGGAAGGGGCUCAGGGGUCUGGGCCCCUCCGCCUGGGCCGGGCUGGGAGCCAGGCGGGCGGCUGGGCUGCAGCAAUGGACCGUGAGCUGGCCCAGCCCGCGUCCGUGCUGAGCCUGCCUGUCGUCUGUGGCCAUGCCCAUCAUGGGCUCCUCGGUGUACAUCACGGUGGAGCUGGCCAUUGCUGUGCUGGCCAUCCUGGGCAAUGUGCUGGUGUGCUGGGCCGUGUGGCUCAACAGCAACCUGCAGAACGUCACCAACUACUUUGUGGUGUCACUGGCGGCGGCCGACAUCGCAGUGGGUGUGCUCGCCAUCCCCUUUGCCAUCACCAUCAGCACCGGGUUCUGCGCUGCCUGCCACGGCUGCCUCUUCAUUGCCUGCUUCGUCCUGGUCCUCACGCAGAGCUCCAUCUUCAGUCUCCUGGCCAUCGCCAUUGACCGCUACAUUGCCAUCCGCAUCCCGCUCCGGUACAAUGGCUUGGUGACCGGCACGAGGGCUAAGGGCAUCAUUGCCAUCUGCUGGGUGCUGUCGUUUGCCAUCGGCCUGACUCCCAUGCUAGGUUGGAACAACUGCGGUCAGCCAAAGGAGGGCAAGAACCACUCCCAGGGCUGCGGGGAGGGCCAAGUGGCCUGUCUCUUUGAGGAUGUGGUCCCCAUGAACUACAUGGUGUACUUCAACUUCUUUGCCUGUGUGCUGGUGCCCCUGCUGCUCAUGCUGGGUGUCUAUUUGCGGAUCUUCCUGGCGGCGCGACGACAGCUGAAGCAGAUGGAGAGCCAGCCUCUGCCGGGGGAGCGGGCACGGUCCACACUGCAGAAGGAGGUCCAUGCUGCCAAGUCACUGGCCAUCAUUGUGGGGCUCUUUGCCCUCUGCUGGCUGCCCCUACACAUCAUCAACUGCUUCACUUUCUUCUGCCCCGACUGCAGCCACGCCCCUCUCUGGCUCAUGUACCUGGCCAUCGUCCUCUCCCACACCAAUUCGGUUGUGAAUCCCUUCAUCUACGCCUACCGUAUCCGCGAGUUCCGCCAGACCUUCCGCAAGAUCAUUCGCAGCCACGUCCUGAGGCAGCAAGAACCUUUCAAGGCAGCUGGCACCAGUGCCCGGGUCUUGGCAGCUCAUGGCAGUGACGGAGAGCAGGUCAGCCUCCGUCUCAACGGCCACCCGCCAGGAGUGUGGGCCAACGGCAGUGCUCCCCACCCUGAGCGGAGGCCCAAUGGCUAUGCCCUGGGGCUGGUGAGUGGAGGGAGUGCCCAAGAGUCCCAGGGGAACACGGGCCUCCCAGACGUGGAGCUCCUUAGCCAUGAGCUCAAGGGAGUGUGCCCAGAGCCCCCUGGCCUAGAUGACCCCCUGGCCCAGGAUGGAGCAGGAGUGUCCUGAUGAUUCAUGGAGUUUGCCCCUUCCUAAGGGAAGGAGAUCUUUAUCUUUCUGGUUGGCUUGACCAGUCACGUUGGGAGAAGAGAGAGAGUGCCAGGAGACCCUGAGGGCAGCCGGUUCCUACUUUGGACUGAGAGAAGGGAGCCCCAGGCUGGAGCAGCAUGAGGCCCAGCAAGAAGGGCUUGGGUUCUGAGGAAGCAGAUGUUUCAUGCUGUGAGGCCUUGCACCAGGUGGGGGCCACAGCACCAGCAGCAUCUUUGCUGGGCAGGGCCCAGCCCUCCACUGCAGAAGCAUCUGGAAGCACCACCUUGUCUCCACAGAGCAGCUUGGGCACAGCAGACUGGCCUGGCCCUGAGACUGGGGAGUGGCUCCAACAGCCUCCUGCCACCCACACACCACUCUCCCUAGACUCUCCUAGGGUUCAGGAGCUGCUGGGCCCAGAGGUGACAUUUGACUUUUUUCCAGGAAAAAUGUAAGUGUGAGGAAACCCUUUUUAUUUUAUUACCUUUCACUCUCUGGCUGCUGGGUCUGCCGUCGGUCCUGCUGCUAACCUGGCACCAGAGCCUCUGCCCGGGGAGCCUCAGGCAGUCCUCUCCUGCUGUCACAGCUGCCAUCCACUUCUCAGUCCCAGGGCCAUCUCUUGGAGUGACAAAGCUGGGAUCAAGGACAGGGAGUUGUAACAGAGCAGUGCCAGAGCAUGGGCCCAGGUCCCAGGGGAGAGGUUGGGGCUGGCAGGCCACUGGCAUGUGCUGAGUAGCGCAGAGCUACCCAGUGAGAGGCCUUGUCUAACUGCCUUUCCUUCUAAAGGGAAUGUUUUUUUCUGAGAUAAAAUAAAAACGAGCCACAUCGUGUUUUAAGCUUGUCCAAAUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1111.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1152.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 786.59
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.((((.((((((......((((........))))..((((.((((((((..((((((.........((.((((((((((....(((((((((((((.((.(((((((.(.((((.((.((....)))))))).).))))))).))((((((.(((((..(((((..((((.(((.(.((((((((.(((((.(((((((((((((((((((((....)))).))).))))))))......(((((((((........)))..))))))......(((((((.......))))))))))))))))))((((((((((((((((((((..(((.((((((.(((((((.(((((.(((((.(((((.(((.((((...)))).)))))))))))))))))))))........(((((((.((.((.((((((((((.(.(((.....))).).)))))...))).)).)).))))))))).(((((((..((((....)))).((((((.(((((.(.((((((.((.(((((..(.(((((.(......)))))).)..(((((((((((.((......)).))).))).)))))..(((((((((.((((((........((((((((((.((...((((.(((.((..(......)...))...))).))))...))))))))))))........(((....)))....(((((((((((......(((.....)))........)))).))))))).))))))..)))).))))).....((((....)))).))))).)).)))))).)...))))))))))).((((((..((..(((((...))))))).(.(((((...((((((......)).))))...))))))((((((((((....))))).)))))..((((.((.(((.((((((.....))))).).))).)).))))...(((((.(((((((((((...((((((..((..((((.(((..(((((((.....(((((((((((...(((((((((......((((((((((.(...((((((((.((((((.(((((......((((((((((((....((.((((......))))......((((((((.....((.....)).....))))).)))...........))...))))))))))))...)))))..))).))))))))...)))....)...)))))........)))))........)))))))))(((....)))...((((.....))))..))))....)))))))....)))))))((....))((.(((.........))).)).)))))))..)).)))))).))))))))))).))))).(((..((((((((((.(.(((((((.((......))))))))).)...((((..((((((((.(((.(((...((....))...)))))))))).)))).))))....(((...)))..((((((.....((...(((((.((((.....(((....)))....)))))))))..))....))))))...))))))))))))))))))).))))))).))))))))))........)))))))))))))).)))))((((.((.(((((...((((..((......))((((((....))))))...(((((.((((((....(((((.....)))))....))))))..)))))))))..))))).)))))).))))(((((((((((.((((......))))..)))))))...))))..)))))))).)))).))))......)))))))))))))))).((((((....)).)))).....))))))))))))))))))))).))))...)))))).(((((.((((((.(((((((((.((.((((((.......((((...(((.(.((((((((........((((((((((.(((....)))))))(((((((.(((((((((((((((((..((((.(((((..................((((((......))))))..)))))))))((((((..(((((..((((((..(((......)))..)))))).((((.((((....................)))).))))((((((.((((((((..((.((.......)).))..)))))))))))))))))))))))))))))))...((((((.................))))))....))))))))))).)))))))..(((...))).....)))))).......)))))))).).)))..))))))))))..)).)).)))))))..).))))).))))))))))))).))))))))).).))))...((((.(((((.....))))).))))(((((((...........)))))))..(((..((((((.....)))))).))).....(((((((((......)))).))))))))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((.{(((,((((({{,{,..((((.....,..}}}|,,(((({((((((((,,((((((,,..{.,,,(,{(((((((((,,,{({,,{||||||||{{((.(((((((.(.(((({((.{{....}})))))).).))))))).))|(((((((((((..{((((..((((.(((.(.(((((((({(((({{(((,{((((((((((((((({....}))).))).))))))))),....{(((({{((.,.{{,{{|||,,|}||||,|.{,{(((((((,...{{.{(((((((((....))))))))))||((((({,{||||},|||}||||||{(((((((.(((((.(((({,(((({{(((.((((...)))).))))))))))))))))))))).||||.||(({((((.((,((.,{{{((((((.(.(((.....))).).))))),{||||,.},}}.)))))))}},|||||||..{(((.{{{||||((((((,.,,|||}|.,|||||,||.||{{{..(.(((({,(......)))))).)..{((((((|{((.((......)).))}.})).)))))..{{{||{{{,.,,,,{|...}},..||||||||{|}{{{{,({{,.((({(({,,..{,,,.{{{||,{{|||{||||,{.|,,|||||||{|{{{,.,{{(,(,,||||{,,..(((((((((((,.....(((.....)))........}))).))))))).}}||||..||||{,}|||{....((((....)))).|||))|||})))))),|,,.}}}}}|||}}||{(,,,,.,||,,|||||,..}})},)))},||{||...|||{||,,....||{||||{.{|||||{(((({(((((....))))).))))}..((((.((.(((,{(((((.....))))).).))).)).))))...(((((.(((((((((((...((((({,.((..((((.(((..(((((((.....(((((((((((...(((((((((,..{,,((((((((((.,...((((((((.((((((.(((((......((((((((((((....((.((((......))))......((((((((.....((,....}}.}},.))))).)))...........))...))))))))))))...)))))..))).))))))}}.}})))....}...)))))........)))}},,,.,,..}))))))))|{,....})),..{{({.....)))}..))))....)))))))....)))))))|{....,,((.(((.,.....}.))).)).))}))))..)}.)))))).))))))))))).)))))....))}||||,((((.(,(((((((.((......)))))))))...,,,|||,.((((((((.(((.(((...((....))...)))))))))).)))).||||{...(({...))).,||||||}}.}}}|}}.(((((.((((....,(((...,)))....)))))))))...,,}}}})}})|,..||||,}}}|||..|||}}}.}}))),)}))})}})))),,}}....,.,,}})),)))))})))))))))})|,((((({..,.}}}.))).....|,((((((....)))))).,.(((((.((((((,,{,(((({.....)))))....))))))}}))))}))}.,,||||,.,.)))).))))}}||(((((((.((((......))))..))))))).,,)))}},)))))))).)))).))))......))))}))))))))))|.((((({.,,,)).|||},,..,}||}}}}}}}}}))))))))),),)).,{||||}}.{{{{|,||||||.(((({{{||,|{.(({(((....,,,{{||...||{,|,|{||||{|....,,,,|||||||(((.(((,...}}})))|{{{{{{{.{{||||||{||||||||..(((,{(((((..................((((((......))))))..))))))))){|||||,,{((((,.((((((..(,({{{{{..,)}}))),))}||||}((((....,,,,.........,..||||,||||((((((,((((((((..((,({.{,..,,||,)}..})))))))})))}}|||||}|||}||||}||,..((({({.,,,.,{,{{{|,.,|||||,||..,|}}}|||||||},}||}}}},.,||}}}}.,.....}})))),,,....)))}}))},)})))..))})))))})..)),)}.)}))))),,),)))}),)}))))))))))),})))))))).}.))))...|||{,|||||.,,,,)}}}}.})))||||||{...,,...,..)))}|||{{{,,..||||||.,,..|,,,,,,)))}}|,,||{{,((((......)))).}}}},)))))..........
Back