Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000676.4
Sequence Length
1522 nt
GC Content
0.5256
AGAAGCGGCAGGCGGAGGCGCGGUCCGGGCGCUAUGGCCAUGCCCGGCGGGUCUCACGCGGCUGCCCCUCGCCCGGCGCGCCUUCGGUAGGGGGCGCCCGGGGCCCAGCUGGCCCGGCCAUGCUGCUGGAGACACAGGACGCGCUGUACGUGGCGCUGGAGCUGGUCAUCGCCGCGCUUUCGGUGGCGGGCAACGUGCUGGUGUGCGCCGCGGUGGGCACGGCGAACACUCUGCAGACGCCCACCAACUACUUCCUGGUGUCCCUGGCUGCGGCCGACGUGGCCGUGGGGCUCUUCGCCAUCCCCUUUGCCAUCACCAUCAGCCUGGGCUUCUGCACUGACUUCUACGGCUGCCUCUUCCUCGCCUGCUUCGUGCUGGUGCUCACGCAGAGCUCCAUCUUCAGCCUUCUGGCCGUGGCAGUCGACAGAUACCUGGCCAUCUGUGUCCCGCUCAGGUAUAAAAGUUUGGUCACGGGGACCCGAGCAAGAGGGGUCAUUGCUGUCCUCUGGGUCCUUGCCUUUGGCAUCGGAUUGACUCCAUUCCUGGGGUGGAACAGUAAAGACAGUGCCACCAACAACUGCACAGAACCCUGGGAUGGAACCACGAAUGAAAGCUGCUGCCUUGUGAAGUGUCUCUUUGAGAAUGUGGUCCCCAUGAGCUACAUGGUAUAUUUCAAUUUCUUUGGGUGUGUUCUGCCCCCACUGCUUAUAAUGCUGGUGAUCUACAUUAAGAUCUUCCUGGUGGCCUGCAGGCAGCUUCAGCGCACUGAGCUGAUGGACCACUCGAGGACCACCCUCCAGCGGGAGAUCCAUGCAGCCAAGUCACUGGCCAUGAUUGUGGGGAUUUUUGCCCUGUGCUGGUUACCUGUGCAUGCUGUUAACUGUGUCACUCUUUUCCAGCCAGCUCAGGGUAAAAAUAAGCCCAAGUGGGCAAUGAAUAUGGCCAUUCUUCUGUCACAUGCCAAUUCAGUUGUCAAUCCCAUUGUCUAUGCUUACCGGAACCGAGACUUCCGCUACACUUUUCACAAAAUUAUCUCCAGGUAUCUUCUCUGCCAAGCAGAUGUCAAGAGUGGGAAUGGUCAGGCUGGGGUACAGCCUGCUCUCGGUGUGGGCCUAUGAUCUAGGCUCUCGCCUCUUCCAGGAGAAGAUACAAAUCCACAAGAAACAAAGAGGACACGGCUGGUUUUCAUUGUGAAAGAUAGCUACACCUCACAAGGAAAUGGACUGCCUCUCUUGAGCACUUCCCUGGAGCUACCACGUAUCUAGCUAAUAUGUAUGUGUCAGUAGUAGGCUCCAAGGAUUGACAAAUAUAUUUAUGAUCUAUUCAGCUGCUUUUACUGUGUGGAUUAUGCCAACAGCUUGAAUGGAUUCUAACAGACUCUUUUGUUUUUAAAAGUCUGCCUUGUUUAUGGUGGAAAAUUACUGAAACUAUUUUACUGUGAAACAGUGUGAACUAUUAUAAUGCAAAUACUUUUUAACUUAGAGGCAAUGGAAAAAUAAAAGUUGACUGUACUAAAAAUGUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-556.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -583.26
Frequency: 0.0000
Diversity: 364.87
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((((((((.((((((((((...((((.(((((((((((.((((((((((.(.((.(((.((((((.(((.((....))...))).))))))))))))))))).)))))..(((((..((.(((((.(((((((((...(..((..(((((((((.((..(((..((((((.((((.(.((((((.(((.(......)))).)))))).).)))).))))))..))))).))).)).))))..))..).)))).))))).))))).))))))).))))))))))).)))).))))......................((((((((..((......))..)))).)))))))))).))).))).)))))(((((((.((((.....)))).)))......(((....)))..(((((((.((((((....((((((((..((.((((((..(((......((((.(((.(((((.(((........)))(((.(((((((((....(((((.((((...))))..))))).((((((....)))))))).))))))).))).((((...........))))....))))).))).))))(((.....((.((....)).)).....)))((((...))))(((((((........)))))))((.(((((((((.....))))).)))).))..((((((...((((...(((((((((((.(((...((((((((.(((((((......(((((.(((....))))))))..)).))))).((((.....))))....)))))))).))).))....))))))))).))))..))))))((((((((((((.(((((((....(((.((((........)))))))........))))))).))))))))))))..)))..))))))))..))...))))))....)))))))).)))))........((((((.(((((((((........(((((.......))))).(((((((((((((((((......((((((((((((((.(((..(.........)..)))((..((.(((((((.....))))))))).))((((.(((((((.....))))))).)))).......)))))))))))...(((((...((((((.((((....(((((.((((((...)))))).)))))...)))).(((((....((....))..)))))..((..(((.((((((((((((((((.((.....)).)))))))......))).)))))).))).))..........(((.((((((((((((((...........(((......))).)))).)))))))))).)))((((((.((........)).))))))..))))))...)))))......))).....))))...))))))).))))))................................)))))))))..........)))))).))))..........
Thermodynamic Ensemble Prediction
.(((((((((((.((((((((((,{{((((,{,{(((({{,({(({(((({,{,{.|{,((|.|{|{{,,||{|{{.,||}},,,|||.)))))))))}}}}||||.||}||{.(((((..((.(((((.(((((((((...{..((..(((((((((.((..(((..((((((.((((.(.((((((.(({,(......)))).)))))).).)))).))))))..))})).))).))}}}))..))..).))))}})))).))))).))))))).}}}))))))})}))))..,)),..,,,,...}}}........,((((((({..((......))..}))).)))))))))).))).))).)))))(((((((.((((.....)))).)))......(((....)))..(((((((.((((((....((((((((..((.((((((..(((......{{,,({(({,((((((((,..,.,{(((({.{,..,,}||))))},|||||.((((...))))..))))}.,,(((({{({,{{(((||.,{,{{....}}.||,}}}},.....,,},,|...,})),)})))})},{((({..,.{{,({.,,.}}.,,,,,.,))){{{|}}}})},.})})))}}||,||,.}..}}}||,{{{,,{{{{.....}})))}}}}}.,,,.((((((.,.{(((...(((((((((((.(((...((((((((.(((((((,..,,.{{((,{(((....}})})))),.)}.}}})}.{|||.,,,,)}}}....)))))))).))).))....))))))))).)))}..))))))((((((((((((.(((((((....(((.((((........)))))))........))))))).))))))))))))..)))..))))))))..)}..,))))))....)))))))).)))))........((((((.(((((((((........(((((.......))))).((((((((((((({((,......(((((((((((((({(.,.||,,.......,..,||{{..{(.(((((((.....)))))))))}},((((.(((((((.....))))))).)))).,},...}))))))))))...(((((...((((({.((((....(((((.((((({...}))))}.)))))...)))).||{{|,...{{..||}}||,,,,),}||..(((.((((((((((((((((.((.....)).)))))))......))}})))))).))).,,..........,{{.((((((((((((((........,..{{{......)}}.))))}}))))))))).}},((((((.{({{{....,))}))))))..))))))...)))))......))).....},)),..))))))).))))))...,,.........................,,)))))))))..........)))))).))))..........
Back