Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_000689.5

Sequence Length

2096 nt

GC Content

0.4198

AUCAGAACCAAAUUGCUGAGCCAGUCACCUGUGUUCCAGGAGCCGAAUCAGAAAUGUCAUCCUCAGGCACGCCAGACUUACCUGUCCUACUCACCGAUUUGAAGAUUCAAUAUACUAAGAUCUUCAUAAACAAUGAAUGGCAUGAUUCAGUGAGUGGCAAGAAAUUUCCUGUCUUUAAUCCUGCAACUGAGGAGGAGCUCUGCCAGGUAGAAGAAGGAGAUAAGGAGGAUGUUGACAAGGCAGUGAAGGCCGCAAGACAGGCUUUUCAGAUUGGAUCCCCGUGGCGUACUAUGGAUGCUUCCGAGAGGGGGCGACUAUUAUACAAGUUGGCUGAUUUAAUCGAAAGAGAUCGUCUGCUGCUGGCGACAAUGGAGUCAAUGAAUGGUGGAAAACUCUAUUCCAAUGCAUAUCUGAAUGAUUUAGCAGGCUGCAUCAAAACAUUGCGCUACUGUGCAGGUUGGGCUGACAAGAUCCAGGGCCGUACAAUACCAAUUGAUGGAAAUUUUUUUACAUAUACAAGACAUGAACCUAUUGGUGUAUGUGGCCAAAUCAUUCCUUGGAAUUUCCCGUUGGUUAUGCUCAUUUGGAAGAUAGGGCCUGCACUGAGCUGUGGAAACACAGUGGUUGUCAAACCAGCAGAGCAAACUCCUCUCACUGCUCUCCACGUGGCAUCUUUAAUAAAAGAGGCAGGGUUUCCUCCUGGAGUAGUGAAUAUUGUUCCUGGUUAUGGGCCUACAGCAGGGGCAGCCAUUUCUUCUCACAUGGAUAUAGACAAAGUAGCCUUCACAGGAUCAACAGAGGUUGGCAAGUUGAUCAAAGAAGCUGCCGGGAAAAGCAAUCUGAAGAGGGUGACCCUGGAGCUUGGAGGAAAGAGCCCUUGCAUUGUGUUAGCUGAUGCCGACUUGGACAAUGCUGUUGAAUUUGCACACCAUGGGGUAUUCUACCACCAGGGCCAGUGUUGUAUAGCCGCAUCCAGGAUUUUUGUGGAAGAAUCAAUUUAUGAUGAGUUUGUUCGAAGGAGUGUUGAGCGGGCUAAGAAGUAUAUCCUUGGAAAUCCUCUGACCCCAGGAGUCACUCAAGGCCCUCAGAUUGACAAGGAACAAUAUGAUAAAAUACUUGACCUCAUUGAGAGUGGGAAGAAAGAAGGGGCCAAACUGGAAUGUGGAGGAGGCCCGUGGGGGAAUAAAGGCUACUUUGUCCAGCCCACAGUGUUCUCUAAUGUUACAGAUGAGAUGCGCAUUGCCAAAGAGGAGAUUUUUGGACCAGUGCAGCAAAUCAUGAAGUUUAAAUCUUUAGAUGACGUGAUCAAAAGAGCAAACAAUACUUUCUAUGGCUUAUCAGCAGGAGUGUUUACCAAAGACAUUGAUAAAGCCAUAACAAUCUCCUCUGCUCUGCAGGCAGGAACAGUGUGGGUGAAUUGCUAUGGCGUGGUAAGUGCCCAGUGCCCCUUUGGUGGAUUCAAGAUGUCUGGAAAUGGAAGAGAACUGGGAGAGUACGGUUUCCAUGAAUAUACAGAGGUCAAAACAGUCACAGUGAAAAUCUCUCAGAAGAACUCAUAAAGAAAAUACAAGAGUGGAGAGAAGCUCUUCAAUAGCUAAGCAUCUCCUUACAGUCACUAAUAUAGUAGAUUUUAAAGACAAAAUUUUUCUUUUCUUGAUUUUUUUAAACAUAAGCUAAAUCAUAUUAGUAUUAAUACUACCCAUAGAAAACUUGACAUGUAGCUUCUUCUGAAAGAAUUAUUUGCCUUCUGAAAUGUGACCCCCAAGUCCUAUCCUAAAUAAAAAAAGACAAAUUCGGAUGUAUGAUCUCUCUAGCUUUGUCAUAGUUAUGUGAUUUUCCUUUGUAGCUACUUUUGCAGGAUAAUAAUUUUAUAGAAAAGGAACAGUUGCAUUUAGCUUCUUUCCCUUAGUGACUCUUGAAGUACUUAACAUACACGUUAACUGCAGAGUAAAUUGCUCUGUUCCCAGUAGUUAUAAAGUCCUUGGACUGUUUUGAAAAGUUUCCUAGGAUGUCAUGUCUGCUUGUCAAAAGAAAUAAUCCCUGUAAUAUUUAGCUGUAAACUGAAUAUAAAGCUUAAUAAAAACAACCUUGCAUGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-578.70 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -620.64

Frequency: 0.0000

Diversity: 728.26

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

..............((((((((((....))).))))((((........((((.(((.((((((..(((((.....(((((((((((....(((......((((((((...........)))))))).......)))((((((..((((((((((....(((((((...(((((......(((((.....(((((((((((((((.((.(((.(.((((((...((((..((((.....(((.......)))...((((.(((((((..(((((((((.(((....(((..((((.(((((((....))))))).))))..)))....)))..)))))))))..))))).)))))).(((((((.((((((.((((((..(((((.(((((.......)))))...))).))....)))))).(((((((..(((..(((.((((((....)))))))))(((((....)).)))....((((.((((....))))))))...........(((((((.........(((....)))))))))).(((((((((.((.(((......)))..))..)))...))))))..)))..))))))).....((((((....)))))).))))))...)))))))))))..)))))))).)).))))))........(((((....)))))))))))).))))))))((((((((....)))))))).((((...))))....))))))))))..)))))))))))).)))))...((((((((((((((..((((.(((((((..((((.(((((((.......(((((.(((((....((..((....))..))...)))))))))).((((.......))))(((((((....)).))))))))))))..)))).))))))).))))....(((((((...((((.((((.....(((((.(((....(((.(.((((.((...)).))))...((((.....)))).(((((((((((.......)))))))))))..........((((((..((...(((((..((..(((...)))..))...)))))))..)))))).((((((......))).)))..((((((...)))))).........).)))))))))))...))))))))..))))))).......))))))))))))))..(((((((.((((((....(((..((((.((((((((((((((((((((.....)))))))..)))))).))..((((((..((((((....))))))..))))))......................((((((((((((......((((((.....)))))))))).))))))))...))))).))))....)))....)))))).)))))))....)))))))))).))))))).....)))))((((((....(((((.......(((((((.(......(((.....))).).))))))))))))...))))))(((((((((((.(((.((...(((.((((((((((((((.((((((((.((((((.(((((((((((.......)))).......((.(((.((((((((...)))).)))).))).)).....))))))).))))))))))))))........(((((......)))))...........................))).)).))))))))).)))......(((..((((((.((((((......)))...................)))..)))))).))).((((.(..(((((.......))))).).))))...(((((((((((((...(((((.((((..............((((.((..((.....))..)))))).......(((((....(((.(((((......))))).))))))))..)))).)))))....))))))))))))))).))))))))))))))..........)))))).))).))))(((.....)))........))))..((((((((.......))))))))..))).......................

Thermodynamic Ensemble Prediction

..,,.........{{({((({(((,..,|||.}|}}||||,{{,...{(((,.{{{.(((((({.((....}}.(((......)}}((((((((.....((((((((...........)))))))).......(((((......))))}))))))))......(((((((.(((((.,.((((((...(((......)))})}}))),.})))}))))))}..,}|}}}|},{||{{{{{{,,{({,(((({{.,{{{.|||||{{,.(((((((((.(((....(((..((((.(((((((....))))))).))))..)))....)))..)))))))))..}||||,|||}}}||,||{{{|{{({,{{,.|||...((((((,(,,...}.}}}))),.,{{{{..{{{{..,|||,},|||||{|||||,...,{.{|||||....|||||||||(((((..,,||.|||{{((((((.((((....}}))}))}..,,,,,,{{,{{{{,,{.,,,{{{,..,{.,,|}})})})))}}}|,.,{{{{{{{||||,.{{(((({{{{.,((((.{(({.{((((((...(({|(((.((..((((((,...|}}}}}{|||,{{.{(((((..((((((..,....((((((((({{{....||{.(((((....)))))||}{((|...,}}))}))))))))))...}))))))))))}.,,}}})}}}}}),,)}))))))...))))).)).)))).)))),.)}}.(((({{(((....(((((((.........,..)))))))...))))))))}))))}}..{,,(({,|.|,|||||{||||||,|}|||{{{{,...,,|})},((({{({|{|,||.,.,)),)})|,,.}}}}}}),||||,,|,,|||{.((,{((((({,,,}))).|}},}}||,|}}},||.||||{|||{{{({{({{{{{.,|||,}||||{.....,,,},|{{{{{(({{{.,,,,,.)))})))))))..,..{|...{||||||...}}}}}}}}.,)}))),}}}))))..}}}}}||}}}|||.}}}}}}.,,}},}}},....,,|||,,,{(({{{|,|,}}||||,,,..{{((((((|...(((..(({(((((((.((..(((((((,{(((((....))))))))..))))).)).)))))),.}})..)))((((..((((((((((((((((.....)))))))..)))))).)))..)))},..((((...(((({.(((......))).}))))..}}}}....,,,..((((((((((((......((((((.....))))))))))}}})))))).,....{{{{((((...))))..})))..,.))|((((,..(((((({...))))))).})))),}.))))))}}{|,{{,||,..(((.((((...((((({...,((((........)))))))))).......)))).))),.....((((((({(({,,(((.((((((((({{{,{.((((((((.((((((.(((((({,(((.......})},.,}}.}}}},{{{.((((((((...)))).)))).}}|{||......,},))),))))))))))))))........((((,......}||||......,|||.....,,......,,..,}),)).))))))))).))).}}.}}}}}.........))))))..,,.,})),,||||............,|||,,,},|||}}.,,}}}}}}},,.}}}}}}}}|.{|||,||||||||||{((((((({{{{{.,,||{{{{{,,.....}},,...,||(({{.((..((.....)),.))))))}}},||||{{,,...}|||.{((((......))))}.,{{{|||{,...))))))))....)))))}}}}}}}|||{|.|||||,}},,,...}},.})),)))))},))),))))}}}}},..,,},......,}}}},.{(((({((,{.....}})}}}}}..}))}.,,,.....,,..,,,)},,,.