Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000698.5
Sequence Length
2519 nt
GC Content
0.5558
AGAUGCGGACACCUGGACCGCCGCGCCGAGGCUCCCGGCGCUCGCUGCUCCCGCGGCCCGCGCCAUGCCCUCCUACACGGUCACCGUGGCCACUGGCAGCCAGUGGUUCGCCGGCACUGACGACUACAUCUACCUCAGCCUCGUGGGCUCGGCGGGCUGCAGCGAGAAGCACCUGCUGGACAAGCCCUUCUACAACGACUUCGAGCGUGGCGCGGUGGAUUCAUACGACGUGACUGUGGACGAGGAACUGGGCGAGAUCCAGCUGGUCAGAAUCGAGAAGCGCAAGUACUGGCUGAAUGACGACUGGUACCUGAAGUACAUCACGCUGAAGACGCCCCACGGGGACUACAUCGAGUUCCCCUGCUACCGCUGGAUCACCGGCGAUGUCGAGGUUGUCCUGAGGGAUGGACGCGCAAAGUUGGCCCGAGAUGACCAAAUUCACAUUCUCAAGCAACACCGACGUAAAGAACUGGAAACACGGCAAAAACAAUAUCGAUGGAUGGAGUGGAACCCUGGCUUCCCCUUGAGCAUCGAUGCCAAAUGCCACAAGGAUUUACCCCGUGAUAUCCAGUUUGAUAGUGAAAAAGGAGUGGACUUUGUUCUGAAUUACUCCAAAGCGAUGGAGAACCUGUUCAUCAACCGCUUCAUGCACAUGUUCCAGUCUUCUUGGAAUGACUUCGCCGACUUUGAGAAAAUCUUUGUCAAGAUCAGCAACACUAUUUCUGAGCGGGUCAUGAAUCACUGGCAGGAAGACCUGAUGUUUGGCUACCAGUUCCUGAAUGGCUGCAACCCUGUGUUGAUCCGGCGCUGCACAGAGCUGCCCGAGAAGCUCCCGGUGACCACGGAGAUGGUAGAGUGCAGCCUGGAGCGGCAGCUCAGCUUGGAGCAGGAGGUCCAGCAAGGGAACAUUUUCAUCGUGGACUUUGAGCUGCUGGAUGGCAUCGAUGCCAACAAAACAGACCCCUGCACACUCCAGUUCCUGGCCGCUCCCAUCUGCUUGCUGUAUAAGAACCUGGCCAACAAGAUUGUCCCCAUUGCCAUCCAGCUCAACCAAAUCCCGGGAGAUGAGAACCCUAUUUUCCUCCCUUCGGAUGCAAAAUACGACUGGCUUUUGGCCAAAAUCUGGGUGCGUUCCAGUGACUUCCACGUCCACCAGACCAUCACCCACCUUCUGCGAACACAUCUGGUGUCUGAGGUUUUUGGCAUUGCAAUGUACCGCCAGCUGCCUGCUGUGCACCCCAUUUUCAAGCUGCUGGUGGCACACGUGAGAUUCACCAUUGCAAUCAACACCAAGGCCCGUGAGCAGCUCAUCUGCGAGUGUGGCCUCUUUGACAAGGCCAACGCCACAGGGGGCGGUGGGCACGUGCAGAUGGUGCAGAGGGCCAUGAAGGACCUGACCUAUGCCUCCCUGUGCUUUCCCGAGGCCAUCAAGGCCCGGGGCAUGGAGAGCAAAGAAGACAUCCCCUACUACUUCUACCGGGACGACGGGCUCCUGGUGUGGGAAGCCAUCAGGACGUUCACGGCCGAGGUGGUAGACAUCUACUACGAGGGCGACCAGGUGGUGGAGGAGGACCCGGAGCUGCAGGACUUCGUGAACGAUGUCUACGUGUACGGCAUGCGGGGCCGCAAGUCCUCAGGCUUCCCCAAGUCGGUCAAGAGCCGGGAGCAGCUGUCGGAGUACCUGACCGUGGUGAUCUUCACCGCCUCCGCCCAGCACGCCGCGGUCAACUUCGGCCAGUACGACUGGUGCUCCUGGAUCCCCAAUGCGCCCCCAACCAUGCGAGCCCCGCCACCGACUGCCAAGGGCGUGGUGACCAUUGAGCAGAUCGUGGACACGCUGCCCGACCGCGGCCGCUCCUGCUGGCAUCUGGGUGCAGUGUGGGCGCUGAGCCAGUUCCAGGAAAACGAGCUGUUCCUGGGCAUGUACCCAGAAGAGCAUUUUAUCGAGAAGCCUGUGAAGGAAGCCAUGGCCCGAUUCCGCAAGAACCUCGAGGCCAUUGUCAGCGUGAUUGCUGAGCGCAACAAGAAGAAGCAGCUGCCAUAUUACUACUUGUCCCCAGACCGGAUUCCGAACAGUGUGGCCAUCUGAGCACACUGCCAGUCUCACUGUGGGAAGGCCAGCUGCCCCAGCCAGAUGGACUCCAGCCUGCCUGGCAGGCUGUCUGGCCAGGCCUCUUGGCAGUCACAUCUCUUCCUCCGAGGCCAGUACCUUUCCAUUUAUUCUUUGAUCUUCAGGGAACUGCAUAGAUUGAUCAAAGUGUAAACACCAUAGGGACCCAUUCUACACAGAGCAGGACUGCACAGCGUCCUGUCCACACCCAGCUCAGCAUUUCCACACCAAGCAGCAACAGCAAAUCACGACCACUGAUAGAUGUCUAUUCUUGUUGGAGACAUGGGAUGAUUAUUUUCUGUUCUAUUUGUGCUUAGUCCAAUUCCUUGCACAUAGUAGGUACCCAAUUCAAUUACUAUUGAAUGAAUUAAGAAUUGGUUGCCAUAAAAAUAAAUCAGUUCAUUUAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-915.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -959.31
Frequency: 0.0000
Diversity: 781.26
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
......((..(((((((((((((((((..((((.((((((((((((((.(((((((((((((...((((......(((((...)))))((((((((...)))))))).....))))((((.(..........).))))...))))))))..)))))..)))))))).......))))))...))))........(((........))))))))))))).)))..........((((((..(((((((.((((((((.((((((.((((((...............(((((((.((.....)).)))))))..(((((......(((((..((((((((..(((((((......)))))))(((((((((.(((.(((((((..((((((..(((((.....(((.(.(((.......))).))))(((((((......)))...))))..)))))..))))))...((((((((..(((((.........((((((((..(.(((.((((.......)))).))).).))))))))..((((.((....))))))...)))))...))))))))....(((.....(((((((...(((...(((((..(((((......))))).....))))).))))))))))...)))..(((((((.....)))))))..(..(((((...((((.(((...))).))))((((((((.((.........(((.(.(((.((...(((((.((..((((.....))))..)).))))))).))).).))).......)))))))))))))))..)....(((((........))))))))))))))))))...))))))(((((((...((((((((((...((((.((((((((.((((((((.((((..(((.......)))..))))..)))).((..(((((....))))).)).....)))))))))....))))))).)).))))))))...))))..))).....(((...(((((((.(((...(((....((((.((((................(((((..(((((.....))))))))))...)))))))).....)))...))))))))))...)))))).))))).))))))))))...((((.(((((((.(((..((((...((......))...))))..)))))))..))).(((((((((..((((((((.((.((..(((.....)))...)).)).)))))))).....((((...)))))))))))))......((.(((((.(..(((.(.((((((((.(((((((((........)))))..((((......))))....)))).)))))))))))).).))))).))..))))))))))..(((((((..((((...((((.((((.....)))))))))))))))).)))(((((((((((..((((((((((..((((((((......((((((((.(.....)))))))))))))).)))..))))))))))...((((((((..((....))..)))))))).((((((.(((..(((((.....(((((.(((.......))).)))))..)))))..)))...)))))).(((((((......((((.....))))(((((.((((.(((((.........(((((((...))))))))))))..))))..(((((((((......(((.(((.((...(((((...(((....)))..))))).........(((.....)))...))))))))..(((((..(((.((((.((.....)))))).)))..)))))))))))))).))))).((((((.((.(.((.((...)).)).).))))))))((((((....((((((.(((.((((......))))))).)))......))).....)))).)).)))))))((((((((((((.....)))..))).))))))((((((((((((((((((((.............(((((((((.............(((((((...(((((.....(((((((..(....)..)))))))..)))))..))).)))).)).)))))))....((((((.......((((((((...))))))))))))))..((((((..((.((........)).))...)))))).((.(((.....(((((.((((((((..(((....)))........)))))))).)))))......))).))....(((....)))(((((((.((...))))))))).........)))))))................((....)).)))))))....)))))))))))))..))))))))))...(((((((((......)).))))))).....))).))))).)))))))..))))))))))..)).(((((((....))))))).......(((((((((............)))))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
...,,.((,,,{{(((((((((((((({,{(((,((((((((((((((.(((((((((((((...{(({......(((((...)))))((((((((...)))))))).....))},((((.{............))))...)))))))},.)))))..)))))))).......))))))...})))........,{|.,,..}}))}))))))))))).)))|.....,}|,((((((..(((((((.(((((,.{{{{({{,{|{{|.....{.,..{({{{,.{{{||{{||{..,,.}}.}}}||||.,{{{{|,|{{{{(({{({,{{{{{{.{{.(((((((......))))))),||,...((((((....)))))),{{((({{((((({,.,,{{{,(|{{|,,,{,,,|||{||,,(((({({......}},,,,))))..}}}}}..}}}}}}...((((((((.,(((((.........((((((((..{.(((.((((.....,.)))).))).}.))))))))...{{|.({....)),,}}...))))).,.)))))))),,|,(((.....(((((((...(((...(((((..(((((......))))).....))))).))))))))))...},}.,{{{{(({,,.,}})))}))|.,..,|||||,||{((.((,...}}}.))))}.||,|},,,,...,},||{{(({({({{,{....{(({({(({.{{{{.,|,{|},|{{||.}}}}||{{|||,{{|||.{{{{...,,)))),,,(((((({,({{,,,(({{{{{,{{,.{{{{{{({{{{{{||||{{{{{(|||{((((((.,.((((((((((..,((({,((((((((.((((((((,{(((..{{{..,,...})),,)))),.}}))))}|.(((((....))))).,......|}))))))}...,))))))}.))}}))))))),,.))||.,|||{|||,,{,...(((((((.(((...(((....((({,((((.,..............(((((..(((({.....))))))))))...)))))))).....)))...))))))))))...|||{{{{||||{{|,{|{|{,,.,,.|||{||{{|{{{.{{|..{{{(...{{......}}...}))),.}}}|||||,|||.(((((((((..((((((((.((.((..(((.....)))...)).)).)))))))).....((((...)))))))))))))......{{.(((((.{..(({,{,((((((((.(((((((((........)))))..((((.,....))))....)))).)))))))))))).,.))))).}}..||}},}..,|{.(((((((..((((...((((.((((.....)))))))))))))))).))).}|.||,|,||,.((((((((((..((((((((......((((((((.(.....)))))))))))))).)))..))))))))))...((((((((..((....))..))))))))}|||||||||||,{{{{{((({.(((,...|}}.}}}}.},}}}})))},,))||{{|||,,.|||}}}.{||{|},},..}},))}}....})))))))).{{{({((({{,..,||||,((((((,...}}}}}}}...,},.,|}|,||||||||||,,,,},|||||||.{{..,{(|({|,,{((....}},..}|}}}.......,,|||,}}.,})),..}}}}}||}..(((((..(((.((({{((.....)))))).))).,}))))}}}}))))},}|,,,}))}))).}}}}))}))}|||||||}|||||||}},||||}||},...,,({(.(({{((((......))))))}.)))....,.,,},|,.|||||,|.,||,,,,}|{(((((({{{{.....)))..))).))))}}.,||||||}}},||||||{{..........,..(((((((((............|(({{{,|,..||{{({{...((((({({,,...,|.{||}}}))}})))),}})))}}))),)),}))))))....((((((.......((((((((...))))))))))))))..{|{{{{..||.||,,.,..,.)),)),..)))))).||.(((.....(((((.((((((((.,(((....)))....,,..)))))))).)))))......))),,}....|{|....}},(((((((.((...))))))))).........)))))))..,||||,,,,,,{..{,.,,,}}..{{{{.,....,)))}.,,}}}},.,,}}}},}))))},||{||{|{{......)).))))))}}))))))}.))))).)))))))..)))))).|||{.||{(((((((,...,,,,,,,,,,,,..|||||||,|}}}.........,}}},}}})........
Back