Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000700.3
Sequence Length
1401 nt
GC Content
0.4083
AGUGUGAAAUCUUCAGAGAAGAAUUUCUCUUUAGUUCUUUGCAAGAAGGUAGAGAUAAAGACACUUUUUCAAAAAUGGCAAUGGUAUCAGAAUUCCUCAAGCAGGCCUGGUUUAUUGAAAAUGAAGAGCAGGAAUAUGUUCAAACUGUGAAGUCAUCCAAAGGUGGUCCCGGAUCAGCGGUGAGCCCCUAUCCUACCUUCAAUCCAUCCUCGGAUGUCGCUGCCUUGCAUAAGGCCAUAAUGGUUAAAGGUGUGGAUGAAGCAACCAUCAUUGACAUUCUAACUAAGCGAAACAAUGCACAGCGUCAACAGAUCAAAGCAGCAUAUCUCCAGGAAACAGGAAAGCCCCUGGAUGAAACACUGAAGAAAGCCCUUACAGGUCACCUUGAGGAGGUUGUUUUAGCUCUGCUAAAAACUCCAGCGCAAUUUGAUGCUGAUGAACUUCGUGCUGCCAUGAAGGGCCUUGGAACUGAUGAAGAUACUCUAAUUGAGAUUUUGGCAUCAAGAACUAACAAAGAAAUCAGAGACAUUAACAGGGUCUACAGAGAGGAACUGAAGAGAGAUCUGGCCAAAGACAUAACCUCAGACACAUCUGGAGAUUUUCGGAACGCUUUGCUUUCUCUUGCUAAGGGUGACCGAUCUGAGGACUUUGGUGUGAAUGAAGACUUGGCUGAUUCAGAUGCCAGGGCCUUGUAUGAAGCAGGAGAAAGGAGAAAGGGGACAGACGUAAACGUGUUCAAUACCAUCCUUACCACCAGAAGCUAUCCACAACUUCGCAGAGUGUUUCAGAAAUACACCAAGUACAGUAAGCAUGACAUGAACAAAGUUCUGGACCUGGAGUUGAAAGGUGACAUUGAGAAAUGCCUCACAGCUAUCGUGAAGUGCGCCACAAGCAAACCAGCUUUCUUUGCAGAGAAGCUUCAUCAAGCCAUGAAAGGUGUUGGAACUCGCCAUAAGGCAUUGAUCAGGAUUAUGGUUUCCCGUUCUGAAAUUGACAUGAAUGAUAUCAAAGCAUUCUAUCAGAAGAUGUAUGGUAUCUCCCUUUGCCAAGCCAUCCUGGAUGAAACCAAAGGAGAUUAUGAGAAAAUCCUGGUGGCUCUUUGUGGAGGAAACUAAACAUUCCCUUGAUGGUCUCAAGCUAUGAUCAGAAGACUUUAAUUAUAUAUUUUCAUCCUAUAAGCUUAAAUAGGAAAGUUUCUUCAACAGGAUUACAGUGUAGCUACCUACAUGCUGAAAAAUAUAGCCUUUAAAUCAUUUUUAUAUUAUAACUCUGUAUAAUAGAGAUAAGUCCAUUUUUUAAAAAUGUUUUCCCCAAACCAUAAAACCCUAUACAAGUUGUUCUAGUAACAAUACAUGAGAAAGAUGUCUAUGUAGCUGAAAAUAAAAUGACGUCACAAGACAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-345.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -377.54
Frequency: 0.0000
Diversity: 422.33
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
..(((((.((((((...((((((((.......))))))))....))))))((..(((.(((((((((((((....((((((.((...(((..(((((((((..((((((.((((((...))))))(((((......)))))......(((((........(((.(((((((......))).)).))))).......)))))...((((....))))((((((((((....))))).....((((((..(((((.(((((........))))).))))).)))))))))))....((((...(((((....)))....)).)))).((((((((.....((....)))))))).)).......(((......))).))))))..))))))))).)))(((((((...)))))))..((((((((..(((.(((((((((((((((.((((((((((.((((((((((...((((((((((.(((.....))))))))..))))).................((((....((..(((..(((......)))..)))..))....))))(((((((......(((((((...............((((.((.(((.((........)).))).))..))))))))))).))))))).(((((..((......)).)))))....)))))))))).))))..)))((((((((..(...(((..((((.....((.((((((....(((.(((((.....(((((..((..(......)..))..))))).....(((.....)))..))))).)))...))))))..))))))..)))..(((((..(((...((((....)))))))..))))).........(((.......)))...)..)))))))))))..)))).)))))).)).))).))).))))))))....(((....))).....(((((((...((....))))))))).............(((((((..((((.((......)))))).)))))))..)).))))))(((((((..((((........................)))).))))))).(((((((.((.....(((((((.....(((((.((.....((((((..(((((.(((((...((((((((((((((((........))))))..((.((((....))))..)).((((((....))))))..)).))))))))....)))))...)))))..)))))).((((((...))))))...)).))))).......)))))))...))...)))))))...........((((((.....))))))...)))))))).))))).)))..))...............)))))......
Thermodynamic Ensemble Prediction
..(((((..((,,,{(((((....}))))|{{{{{{((((((......))))))|{{.(((((((((((((....((((((.((...{{{,.(((((((((..((((((.{(({{,...,}}}}}(((((......)))))...,.{((...{{{{{{{.,(({,,(((,({{{..,,||.},.}}}}}.,,},,,},},.,,,|.(({,.{||||({((((({((,...,}}||.....{(((((..(((((.(((((........))))).))))).)))))},||},....{|||...||{{{....}}},...))})))),||||{|||,....||}..})),,))))}))..}}}.,{{{......}}}.))))))..))))))))}.},|(((((((...))))))),,((((((((..(((.(((((((((({{(((.((((..((((.((((((((((...(((((,{(({.(((.....)))}}}))..))))).,......,,,{{...{(({{..,.,...{{({{(((.{{{{..||..|||,.{|,{,.||||{,,,,||,.....|{||||,....}))},,},,,,{{((.((.(({,((..,,,,,,}}.,}},))..)),,))))}}},)))))||,{{{{{.|,,......}}.})))).,,.)))))))))).}))).))))}))}.{((((......(((((.{{,....},}}))).....,.)))}|.,.....({{(,..,,....,||||||.|}{{||||}.,,},|||.,,,.||.,,|,,}|,,}}...}},,},..}))))).,)})}}{((((..((({,.{(((....}}}))))..))))).,,|||,,}|{|......,}}.....|||||{{{|..,,)}))))}))))))},)},)).))).))))))))....(((....))).....(((((({.,,((...,),)))))))...,......,,,(((((((..((({{((......}))))).)))))))..)).))))))((((({(,.((((....,{{.{,....}}.}}.....)))).))))))).{{((({({(((({{{.,,{{{,...,,{((((,{|...,.,{{|||,,(((({.,{,,,...{|,,|||||.((((((........)))))).}}}}|||}}.,})))}...{,((((((....)))))},|}),,,,,}}})}...,}|||.,.|||||,.}||||,.((((((...)))))).,.}}.}}|||.....,,))))}}},.......,,}}},,...........((((((.....))))))...)))))))).))))).}}}.,))},.........}}..))))}......
Back