Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_000757.6
Sequence Length
3994 nt
GC Content
0.5919
GAGGCUCGGCCCGGGGAAAGUGAAAGUUUGCCUGGGUCCUCUCGGCGCCAGAGCCGCUCUCCGCAUCCCAGGACAGCGGUGCGGCCCUCGGCCGGGGCGCCCACUCCGCAGCAGCCAGCGAGCGAGCGAGCGAGCGAGGGCGGCCGACGCGCCCGGCCGGGACCCAGCUGCCCGUAUGACCGCGCCGGGCGCCGCCGGGCGCUGCCCUCCCACGACAUGGCUGGGCUCCCUGCUGUUGUUGGUCUGUCUCCUGGCGAGCAGGAGUAUCACCGAGGAGGUGUCGGAGUACUGUAGCCACAUGAUUGGGAGUGGACACCUGCAGUCUCUGCAGCGGCUGAUUGACAGUCAGAUGGAGACCUCGUGCCAAAUUACAUUUGAGUUUGUAGACCAGGAACAGUUGAAAGAUCCAGUGUGCUACCUUAAGAAGGCAUUUCUCCUGGUACAAGACAUAAUGGAGGACACCAUGCGCUUCAGAGAUAACACCCCCAAUGCCAUCGCCAUUGUGCAGCUGCAGGAACUCUCUUUGAGGCUGAAGAGCUGCUUCACCAAGGAUUAUGAAGAGCAUGACAAGGCCUGCGUCCGAACUUUCUAUGAGACACCUCUCCAGUUGCUGGAGAAGGUCAAGAAUGUCUUUAAUGAAACAAAGAAUCUCCUUGACAAGGACUGGAAUAUUUUCAGCAAGAACUGCAACAACAGCUUUGCUGAAUGCUCCAGCCAAGAUGUGGUGACCAAGCCUGAUUGCAACUGCCUGUACCCCAAAGCCAUCCCUAGCAGUGACCCGGCCUCUGUCUCCCCUCAUCAGCCCCUCGCCCCCUCCAUGGCCCCUGUGGCUGGCUUGACCUGGGAGGACUCUGAGGGAACUGAGGGCAGCUCCCUCUUGCCUGGUGAGCAGCCCCUGCACACAGUGGAUCCAGGCAGUGCCAAGCAGCGGCCACCCAGGAGCACCUGCCAGAGCUUUGAGCCGCCAGAGACCCCAGUUGUCAAGGACAGCACCAUCGGUGGCUCACCACAGCCUCGCCCCUCUGUCGGGGCCUUCAACCCCGGGAUGGAGGAUAUUCUUGACUCUGCAAUGGGCACUAAUUGGGUCCCAGAAGAAGCCUCUGGAGAGGCCAGUGAGAUUCCCGUACCCCAAGGGACAGAGCUUUCCCCCUCCAGGCCAGGAGGGGGCAGCAUGCAGACAGAGCCCGCCAGACCCAGCAACUUCCUCUCAGCAUCUUCUCCACUCCCUGCAUCAGCAAAGGGCCAACAGCCGGCAGAUGUAACUGGUACCGCCUUGCCCAGGGUGGGCCCCGUGAGGCCCACUGGCCAGGACUGGAAUCACACCCCCCAGAAGACAGACCAUCCAUCUGCCCUGCUCAGAGACCCCCCGGAGCCAGGCUCUCCCAGGAUCUCAUCACUGCGCCCCCAGGGCCUCAGCAACCCCUCCACCCUCUCUGCUCAGCCACAGCUUUCCAGAAGCCACUCCUCGGGCAGCGUGCUGCCCCUUGGGGAGCUGGAGGGCAGGAGGAGCACCAGGGAUCGGAGGAGCCCCGCAGAGCCAGAAGGAGGACCAGCAAGUGAAGGGGCAGCCAGGCCCCUGCCCCGUUUUAACUCCGUUCCUUUGACUGACACAGGCCAUGAGAGGCAGUCCGAGGGAUCCUUCAGCCCGCAGCUCCAGGAGUCUGUCUUCCACCUGCUGGUGCCCAGUGUCAUCCUGGUCUUGCUGGCCGUCGGAGGCCUCUUGUUCUACAGGUGGAGGCGGCGGAGCCAUCAAGAGCCUCAGAGAGCGGAUUCUCCCUUGGAGCAACCAGAGGGCAGCCCCCUGACUCAGGAUGACAGACAGGUGGAACUGCCAGUGUAGAGGGAAUUCUAAGCUGGACGCACAGAACAGUCUCUCCGUGGGAGGAGACAUUAUGGGGCGUCCACCACCACCCCUCCCUGGCCAUCCUCCUGGAAUGUGGUCUGCCCUCCACCAGAGCUCCUGCCUGCCAGGACUGGACCAGAGCAGCCAGGCUGGGGCCCCUCUGUCUCAACCCGCAGACCCUUGACUGAAUGAGAGAGGCCAGAGGAUGCUCCCCAUGCUGCCACUAUUUAUUGUGAGCCCUGGAGGCUCCCAUGUGCUUGAGGAAGGCUGGUGAGCCCGGCUCAGGACCCUCUUCCCUCAGGGGCUGCACCCUCCUCUCACUCCCUUCCAUGCCGGAACCCAGGCCAGGGACCCACCGGCCUGUGGUUUGUGGGAAAGCAGGGUGGACGCUGAGGAGUGAAAGAACCCUGCACCCAGAGGGCCUGCCUGGUGCCAAGGUAUCCCAGCCUGGACAGGCAUGGACCUGUCUCCAGAGAGAGGAGCCUGAAGUUCGUGGGGCGGGACAGCGUCGGCCUGAUUUCCCGUAAAGGUGUGCAGCCUGAGAGACGGGAAGAGGAGGCCUCUGGACCUGCUGGUCUGCACUGACAGCCUGAAGGGUCUACACCCUCGGCUCACCUAAGUGCCCUGUGCUGGUUGCCAGGCGCAGAGGGGAGGCCAGCCCUGCCCUCAGGACCUGCCUGACCUGCCAGUGAUGCCAAGAGGGGGAUCAAGCACUGGCCUCUGCCCCUCCUCCUUCCAGCACCUGCCAGAGCUUCUCCAGGAGGCCAAGCAGAGGCUCCCCUCAUGAAGGAAGCCAUUGCACUGUGAACACUGUACCUGCCUGCUGAACAGCCUGCCCCCGUCCAUCCAUGAGCCAGCAUCCGUCCGUCCUCCACUCUCCAGCCUCUCCCCAGCCUCCUGCACUGAGCUGGCCUCACCAGUCGACUGAGGGAGCCCCUCAGCCCUGACCUUCUCCUGACCUGGCCUUUGACUCCCCGGAGUGGAGUGGGGUGGGAGAACCUCCUGGGCCGCCAGCCAGAGCCGGUCUUUAGGCUGUGUUGUUCGCCCAGGUUUCUGCAUCUUGCACUUUGACAUUCCCAAGAGGGAAGGGACUAGUGGGAGAGAGCAAGGGAGGGGAGGGCACAGACAGAGAGGCUACAGGGCGAGCUCUGACUGAAGAUGGGCCUUUGAAAUAUAGGUAUGCACCUGAGGUUGGGGGAGGGUCUGCACUCCCAAACCCCAGCGCAGUGUCCUUUCCCUGCUGCCGACAGGAACCUGGGGCUGAACAGGUUAUCCCUGUCAGGAGCCCUGGACUGGGCUGCAUCUCAGCCCCACCUGCAUGGUAUCCAGCUCCCAUCCACUUCUCACCCUUCUUUCCUCCUGACCUUGGUCAGCAGUGAUGACCUCCAACUCUCACCCACCCCCUCUACCAUCACCUCUAACCAGGCAAGCCAGGGUGGGAGAGCAAUCAGGAGAGCCAGGCCUCAGCUUCCAAUGCCUGGAGGGCCUCCACUUUGUGGCCAGCCUGUGGUGGUGGCUCUGAGGCCUAGGCAACGAGCGACAGGGCUGCCAGUUGCCCCUGGGUUCCUUUGUGCUGCUGUGUGCCUCCUCUCCUGCCGCCCUUUGUCCUCCGCUAAGAGACCCUGCCCUACCUGGCCGCUGGGCCCCGUGACUUUCCCUUCCUGCCCAGGAAAGUGAGGGUCGGCUGGCCCCACCUUCCCUGUCCUGAUGCCGACAGCUUAGGGAAGGGCAGUGAACUUGCAUAUGGGGCUUAGCCUUCUAGUCACAGCCUCUAUAUUUGAUGCUAGAAAACACAUAUUUUUAAAUGGAAGAAAAAUAAAAAGGCAUUCCCCCUUCAUCCCCCUACCUUAAACAUAUAAUAUUUUAAAGGUCAAAAAAGCAAUCCAACCCACUGCAGAAGCUCUUUUUGAGCACUUGGUGGCAUCAGAGCAGGAGGAGCCCCAGAGCCACCUCUGGUGUCCCCCCAGGCUACCUGCUCAGGAACCCCUUCUGUUCUCUGAGAAGUCAAGAGAGGACAUUGGCUCACGCACUGUGAGAUUUUGUUUUUAUACUUGGAAGUGGUGAAUUAUUUUAUAUAAAGUCAUUUAAAUAUCUAUUUAAAAGAUAGGAAGCUGCUUAUAUAUUUAAUAAUAAAAGAAGUGCACAAGCUGC

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-1614.50 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -1682.19
Frequency: 0.0000
Diversity: 1245.38
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((((((.((((((((.(((.......))).)))))))).....((((((...((((((.(((........))).)))))).(((((...))))).))))))....((((((..((((..(((.(.(((((.(.(((((((((((......(((((((.((..(((.((.((..........)))).)))..))))))))))))))))))....((((.(((((((.((.((((((...(((((....((((((.....))))))....)))))((((((...((.((((.((((......(((((((..(((.((((.(((.(((((.(((((((((...((.((((.((((.((.(((((((((((((...))))).((((....((((((((((.(.((....)).).)))....((((...))))......)))))))...))))...((((......))))..((((((((((.....((..((.(((((.......)).)))..))..)).....))))))))))(((((.....)))))................))))))...)).)).)))).).))).))...((((....))))))))))))).)))..((((((....(((((........))))).....))))))..((.(((((.....(((((((((..(((......))).)))))))))...)))))))..))))))))).)))..)))))))....))))..)))).))...))).))).)))))).)))))))))..))))...........)).)))))).).)))..))))..))))))..((((.((....(((((((...((.(((.(((.((((.((((((........)).)))).))))..((.((..((((((...(((((.((....((((((.....((((.(((...((.((.(((.(((((((((.((.......((((((...))))))....)))))))))))....))))).)).((((((((((((.......))))..))))))))......((.((..((((((((.........((((.(((((.......)))))(((((((((((.(((((((((.(((...)))))...(((..((((((((......)))))))).)))..((.......))..((........))......((((..(((((.......(((((((..((.((...((((....(((.((((((((....((((....(((.(((...((((((((......))))))))))).))).((((...........)))).......))))..))))))))..)))..((((((....(((((...)))))....)).))))....(((.((((...))))..))).....(((((.((((...(((((..((...(((((((((......((((((((((((....))))))...))))))))))))))).))..)))))..))))...))))).)))).)).))..)))..))))((((((((.((..((((((..((((((((((((((((....(((((.((((((((..((((.((((((((((((((((..(((((.(((....)).(((.((((..((((((..(((.....((((....))))..))).....))))))..)))).)))).))))).)))))))(((((...((((((((..(((((.(((((..(((..((((.(.(.((...(((((((((.....))).)))).)))))))))))))..))))(((..((((.(((...(((((.(..(((((..........(((((((.((.....((((((((...))).)))))....))..))))))).......)))))))))))..))).))))...)))).))))))))))))))))))....((((((((((.(((((((...(((.((((((..((((((.((((.........((((.(((((((..((...((((.((((.(((...((((.(((.(((.((.........((.(((((.....))))).)).........))..)))))).))))....))).)).))))))))..))))))))))).................((((((....(((((((((((.((......)))))))).)))))))))))..(((((((...((((....)))).....)))))))...)))))))))))))))))))...)))...))))))))).))))))))).))))).).)))..))))))))..).))))..)))))))))........)))))...(((((((..((((.....)))).....)))))))..))..))))))..)).)))))))).(((((...((((.((.((((....))))))))))......))))).(((.((.(((((.((((..(.(((((.(((.....))).))))).)..)))).).)))).))))).)))))..)))))))))))...)))))))))))))))....((((((.(((..((((..(.((((((...)))))))..))))..)))........))))))..))))))))..)).))...))).)))).))))))....)))))))...))))))...)).)))))..))).)).)))))))....)).)))).......)))))).((((((..(((((.....)))))...(((((((...)))))))((((..(.(((((((...(((((((((..(((...((((((((((((((((..((((...(((((((...((((.(.((((........)))).)))))...))))))).)))).)))))..)))))...))))))...)))..))))).)))).))))))).)..)))).((((.((((((...(((((.((((.(.(((...(((((..(((..((((((((((((((((((..(((((....((((((.((((((((((.((......)).))))((((((((.(......).)))).(((((.(((((((((((((..(((.(((...(((((((.(((((..((((..((((((.....)))))).(((.....))).))))))))).......................(((((((....(((((.......))))).....((((..(((((((...((.((..............))..))...)))))))))))...))))))).((((((((((((((((((.....))))))(((.(((((....((....))...))))).))).))))))))).))).......)))))))..))).)))))))).))))))))))).)).))))..............((((........((.((((.(((((((((((....(((..((((....))))..)))(((((((...........))))))).))))))((((((((((((((((((((..(((.......)))..)))))))))((((.....))))...)))))).)))))(((((((..(((.........)))..))))))).........)))))..)))).))..........))))...........)))))).))))))..))))).))))))))))))))................((((((.((..((((.....)))).))))))))))))....)))..)))))))).)))))..)))))))))))))))..(((((((.(((((((((.......)))).))))).))(((((.(((((((....(((((.....)))))....)))))))...)))))..)))))..((((((..(((((((((........(((((.......))))).......)))).)))))..))))))......))))))........
Thermodynamic Ensemble Prediction
((((((.(((((((((.....,.{{({{{({{((((((.,,,,((((((...((((((.(((........))).)))))).{((((...))))).)))))),.((,{((.((.....}}..)}}|||},|||.{.(((((((((,,..((((((((({((..{{{.((.{{..,.....},)})),)))},)))})))}}))))))))).}.,,...{(((.((((((.(((((((((,.(.((((((((,(((.(,(({(((((,(({({{{{{,(({|,{(((((.(((((((,,((((({(((,.((((.,,..{{..(((((((.((((.(((((,...})))))((((.{.((((.,..,,,,,..,|||}|.{(((({..((((((({((.{.(,....}}.}.)}|{{{.,{,.....,))},....)))))))}}})),}..,,,,)))).}.)))).)))).)))))))..)),.,,},,}|}}}}..)))}))))..)))))))..))))},..,{(((((,..,.(((,(((({....,,....}}}}|}|}.,,.,.,||||},,|||,,..,,|||...|,}}|,||(((((((...))))))}.}((((((,,,,(((({........}}})}...,,})))}}..((.(((((.{{,.{((((((((..(((......))).)))))))))}}.)))))))..,.{{{((({.,,,,{{{({.,{({,{(((((((....,{,..,.........,{(({,.{{{{{,,|,,|{(({((,(({{({{(({{..(((.,,,,...}}}....}.)))))}..})}...}))}}}|,.}}},)),.}}}|.((({.((((((......,,)).)))).))}}{{(....}}),))...)))))))}||,,.{{{{.,{{|.,.,,||.}}.,)))}}}|.|||,{((((((((.((.......((((((...))))))....))))))))))),,,})}}})}|{{((,,,.,,||||},,,,,.||,,,}},})))))})))))))).)}||,,.,((((.,({.,{{{|,|||||{,.{..,{|||}}}.))}|)}}))|}},},))}))...})}.)))))))).)...((((((((......))))))))))))).))))...)))))))))}))))))))))))),((((.((({............,,(((....))}.,|(((.....}}}((((((((....((((....(((.(((...((((((((......))))))))))).))).((((...........)))).......))))..)))))))).}))).)))),..)))))).))).((((((((..(((..((((((((((....((((((..{({{....{(((((,((((,((((((({{(,...|||,{{|||,..{{{((((.,((((((....))))))...((((((,||({((,(((({((((.,.(((((...(((((((({..((((.((..(((((((({.,,.....,,.,(((((((.,((((((((((((((....(((({.((((((((..((({.((((((({,(((((((..(((((.({,.....,.{((.((({..((((((,.,{{..,..((((....))))..})).,.,.))))))..}))).)))).))))).))))))}(((((...((((((({.{(((((.{{{{{..(((..((((.(.{.((...{{(({((((.....))}|}))).}}}})})))}))),,))))(((..((((.(((...(((((.(..(((((........{.(((((((.({.....((((((((...)))}}))))....}}..))))))).......)))))))))))..))).))))...)))),)))))))))))))})))),,,{((((((((((.(((((((...(({,((((((..(((((((((((......{{{(((({((,,,,...{{.,{(((({(({{,{{({..(({{{{{,.{{{,,({{........}}|{||{.,,|,|||}||,,.|.||||{{||.|||||||,||||,..})))}|}.}}}}}}}}},))}}||}}}}},,}}},}}}}}}.,}..{(((.....))}|,,((((((.((......)))))))).)))))))))),..(((((((...((((....)))).....)))))))...)))))))))))))))))))...)))...))))))))).))))))})).))))).},}))..))))))))..}.}))).,))))))))).,,,.,..|||||..,(((((((..((((.....)))).....)))))))},,,}}})),},{({{{.,,,))))}(((((...((((.(,{((((....))))))))))......))))).((({(({((,,,}||||}}|,|((((.(((.....))).)))}}|||.,,}}})})}}}.||}}}((((.((......)).)))}.}},}}))))}))))))))))))))))..))..))))..).))))))))(((((((...{.(((((((...((((((,.(((.,.....(((((((...,,..{|....}}.}}|},.})))..})).....))).}.})))))...|{....,,..|}............))))))).,...)))))))....,|,|((((.....)))))},.(((((((...))))))))))))...},)))))..})}}.))}}}}.))))))))))))),}}))))}))}{(({...(((((((...((({{(.((((........)))).)))))...))))))).)))}{{.((((.((((....,.(((((....))))).}....)))).))))||)),.||||||||||||..{{{.((({(,{({{..,{||},,,}}}}}.}}}..{{{{((,{{,,{.....{||||..,,}}}||..(((((((..(((........)))...))))))){|||,|,,,,,.),))}}{((({.((((....((((((((((((((.....)))))..(.(((((......))))).)...)))))))))))))..})))}.,}}),,)))))),,.,.}}}.))))}}},,}}}|}))|}))}))...))))))))))..)))..{((({.(((((((...,{.{{..............))..})...)))))))})))......)))))))).})))))(((((((...((((((.(((,(.(((,.....}{{{{.,,..})))((((((((((|((|,,.{(({,{,{(({,{{{{|..,||,|,,}}}}))|||||||||}}||||}|||,||||||{{{{{{,{(({{{{.,,.{{,{{{,|,,{{|||,,,{{{{...,{..((((....))))..}}{(((((({,{{{{{....}))))}),}))))))((((((((((((((((((((..(((.......)))..)))))))))((((.....})))...)))))),,))))(((((({,,(({.........})).,)))))))......,.,{{{{...,||,.,},.,,....,,||,......}}}}.........(((((,({.{{,...,}},)),))))).......{,,...........,))}}..{|||,,...)))},,..))})))).}})))})})))),)))|)))))))))).,))).).))).))))))...{{.(((((((((.......)))).))))).,},((((.(((((((....(((((,...,)))))....)))))))...))))},||,||{|{{,|||}}}||,,,..({{.{(({{{(,,,,}}}}}}},))),))))))){(({.,.{{{{,...,}}.....})))},..,,)),..
Back