Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001001547.3
Sequence Length
2048 nt
GC Content
0.3828
AGAUGUCAGGAUAACCUUAAGGAUAGAUGAAGGGUUGAGAGCCUGUGCCUCAUUUCUGAGUUCUCAGCUGCUAUGCCGUGGAAAUCCUGUUUACUUUCUGCAUCUGCUCCUGCAAGACUCUGGAGCCAGUCUUGAGGUCCUACAUCUCCGAAAGCAAGCUCUUCUAGAAGUUGAUAGCUUUCCAAUGAUUAGACGAAUUGAUUCUUUCUGUGACUCAUCAGUUCAUUUCCUGUAAAAUUCAUGUCUUGCUGUUGAUUUGUGAAUAAGAACCAGAGCUUGUAGAAACCACUUUAAUCAUAUCCAGGAGUUUGCAAGAAACAGGUGCUUAACACUAAUUCACCUCCUGAACAAGAAAAAUGGGCUGUGACCGGAACUGUGGGCUCAUCGCUGGGGCUGUCAUUGGUGCUGUCCUGGCUGUGUUUGGAGGUAUUCUAAUGCCAGUUGGAGACCUGCUUAUCCAGAAGACAAUUAAAAAGCAAGUUGUCCUCGAAGAAGGUACAAUUGCUUUUAAAAAUUGGGUUAAAACAGGCACAGAAGUUUACAGACAGUUUUGGAUCUUUGAUGUGCAAAAUCCACAGGAAGUGAUGAUGAACAGCAGCAACAUUCAAGUUAAGCAAAGAGGUCCUUAUACGUACAGAGUUCGUUUUCUAGCCAAGGAAAAUGUAACCCAGGACGCUGAGGACAACACAGUCUCUUUCCUGCAGCCCAAUGGUGCCAUCUUCGAACCUUCACUAUCAGUUGGAACAGAGGCUGACAACUUCACAGUUCUCAAUCUGGCUGUGGCAGCUGCAUCCCAUAUCUAUCAAAAUCAAUUUGUUCAAAUGAUCCUCAAUUCACUUAUUAACAAGUCAAAAUCUUCUAUGUUCCAAGUCAGAACUUUGAGAGAACUGUUAUGGGGCUAUAGGGAUCCAUUUUUGAGUUUGGUUCCGUACCCUGUUACUACCACAGUUGGUCUGUUUUAUCCUUACAACAAUACUGCAGAUGGAGUUUAUAAAGUUUUCAAUGGAAAAGAUAACAUAAGUAAAGUUGCCAUAAUCGACACAUAUAAAGGUAAAAGGAAUCUGUCCUAUUGGGAAAGUCACUGCGACAUGAUUAAUGGUACAGAUGCAGCCUCAUUUCCACCUUUUGUUGAGAAAAGCCAGGUAUUGCAGUUCUUUUCUUCUGAUAUUUGCAGGUCAAUCUAUGCUGUAUUUGAAUCCGACGUUAAUCUGAAAGGAAUCCCUGUGUAUAGAUUUGUUCUUCCAUCCAAGGCCUUUGCCUCUCCAGUUGAAAACCCAGACAACUAUUGUUUCUGCACAGAAAAAAUUAUCUCAAAAAAUUGUACAUCAUAUGGUGUGCUAGACAUCAGCAAAUGCAAAGAAGGGAGACCUGUGUACAUUUCACUUCCUCAUUUUCUGUAUGCAAGUCCUGAUGUUUCAGAACCUAUUGAUGGAUUAAACCCAAAUGAAGAAGAACAUAGGACAUACUUGGAUAUUGAACCUAUAACUGGAUUCACUUUACAAUUUGCAAAACGGCUGCAGGUCAACCUAUUGGUCAAGCCAUCAGAAAAAAUUCAAGUAUUAAAGAAUCUGAAGAGGAACUAUAUUGUGCCUAUUCUUUGGCUUAAUGAGACUGGGACCAUUGGUGAUGAGAAGGCAAACAUGUUCAGAAGUCAAGUAACUGGAAAAAUAAACCUCCUUGGCCUGAUAGAAAUGAUCUUACUCAGUGUUGGUGUGGUGAUGUUUGUUGCUUUUAUGAUUUCAUAUUGUGCAUGCAGAUCGAAAACAAUAAAAUAAGUAAGUAUGUACCAAAAAAUAUUGCUUCAAUAAUAUUAGCUUAUAUAUUACUUGUUUUCACUUUAUCAAAGAGAAGUUACAUAUUAGGCCAUAUAUAUUUCUAGACAUGUCUAGCCACUGAUCAUUUUUAAAUAUAGGUAAAUAAACCUAUAAAUAUUAUCACGCAGAUCACUAAAGUAUAUCUUUAAUUCUGGGAGAAAUGAGAUAAAAGAUGUACUUGUGACCAUUGUAACAAUAGCACAAAUAAAGCACUUGUGCCAAAGUUGUCCAAAA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-508.00 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -547.83
Frequency: 0.0000
Diversity: 612.91
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
........(((((((......((((((((..(((.((((.((....))))))............((((((((((((((((..((.(((((((.((...((((...((((((((((((((........))))))).((..........))....(((((((((((((.(((((((((((......((((....((((((((((((.......))...)))))))).......)).....)))).....))))))))))).).....)))...))))))))).....................))))))).)))))))))))))...))..)))....((((..(((.............)))..))))..(((((((((((((((....))))((((((((((.((((.(((((.(((((((((.((((.(((((((....))))))))))).(((......))).(((((.((((((((.(((((((......))).))))))))))))...)))))........)))))))))..(((....))).....(((((.((((.....)))))))))))))))))).))))).))))).(((((......)))..))...(..(((((((..(((...(.(((((((((((......)))))))).))).)...))).)))))))..).((((((((((((.((.(....((((((...............))))))).)).)))).)))))))).....)))))))))))......))).))))))))))...))).))))))))...............((((((((((((..(((((........((((............(((((...(((((.(((((((((((((((.((((((...((.(((.(((..........))).))).)))))))).))......(.((.((((((....................)))))).)).)......))))))).(((..........)))..(((((((........((((((.....((((((....(((((((((.(((((((....(((.....)))....))))))).))))))...........)))))))))))))))......((((((((....(((((.(((((((..((((((..(((.(((((((((.......((.(((...............))).)).....)))))))))......((((((..((((....))))....(((((..........)))))....(((((....)))))..................(((((((....))))))).(((((((((....((((.(((((((((....(((.......)))...))).))))))...))))....)))))))))...........))))))....))))))))).)))))))...))))))))))))).....(((((.......)).)))))))))).(((((........(((..(((..(((....)))...)))..)))........))))).))))))..)))))...)))))..(((((.(((........))).))))).)))).........)))))))))..(((..(((((((.((((((.........(((..........))).((((((((((....(((.(((.(((....((((((.(((((.(((((((((...((((....))))....))).))))))...........((((((((((.((((((......(((((((......)))))))....))))))))))))))))))))).)))))).)))))))))..)))))))))).....)))))).)))))))...)))...)))))))).....(((((((......)))))))...........((((.((((..((((((((((((...(((.(......).)))..))))))))))))))))...)))).......((((((.........))))))....)))))))....
Thermodynamic Ensemble Prediction
........(((((((.,,.,(((((((((,((((((((((({,.{.{,{{{{...,||,}|||}|||}},{,..||.{{(({,..,,.,,,,.,,,,}}|)}}}}|,}|}|,{{{{{{{..,,,,,,))}}})),|||{{,,.,||||.,,,,(({(((((({{,{.{{|{{{{{{||,,,,..{{{{,,,,{,{{{((((,,,...{,{,,,.,,||||}}||{{{|{,{||...,,||}|{,,..}}}}}})))}},}|,.,,||,,,,}}}}|||||,{,..||.,,,,..,,.,,,,||}},||||}}},},,,,,|||{}||,.},},.,,||||}||||}.....,.....{{((({{{{,,,{{,,{{{{{||{|||,.|||||{(({((({,{{.,|{{||||{{.((({(({{(.((((.(((((((....))))))})))).}..,}.}}},|..(((((.(((((((({(((((((......))).))))))))))))...})))),,},....))))|)))}.,{,|,,,,}}},}}}}||{{{,||{{.,...)}}}))))))))))))))})))))}.,,))}|,||,..,,,.}}}..}}...{,,(((((((..(((.{.(.(((((((((((......)))))))).))).}.,.))).)))))))..},|||||||},,{{{||||||,,{{(((.{{,,,,,...,,|,,{{.{{,,((.{((((.,(((((((.,,,,,...{||||.,,.,,{{|{{((((((((((,,......{{{{{..........(((((((.{{.(((........))).}}...)))))))........,....,((({{....{||{{{{{|.,,{{{{{{{.((((((.,,({,(((.(((..........))).))).)))))))).}}..{{{...,|,|{{(((..,{,..........,,,..)}})}},})})}}.}}}}}}}}|,..}}))}.))))}......}}..})))))))),.{{{,{,.....,,,|||...,{{.((((((.(((((((....(((.....))).,..))))))).)))))).}}})))}..))))),)),,})}))),..,||||||||{{.,,|{{{||.|||{{||||||{{((,{({{.,,,{{,{{{,{{{..{(({(((,..{{,,...,,...||},||{..{{||}}}}}},{{{({{((,{({..((((....))))....{{{{{......,,{,}|||,...}|||||}...|||,.......,,,.........(((((((....))))))).{((((((((....((((.(((((((((....(((.......)))...))).))))))...))))..,.))))))))},|,.......,))))|,.....,})},}}).,))))))}}.}}}}}}}})}}))}}..|{{{|{..,,,,,))}))))..,},,,|||||}|....}}|))))||,..{((....))}..,||||.|||,.....|||},},....,,},}}}})}},|||.||......)),))}.,,},.)))))),,.)))).))),)))},,|(((((.((..(((..(((((((.((((((.........(((..........))).((((((((((....(((.(((.(((....((((((.(((((.{((((((((,..((((....))))....))).)))))),.........,((((((((({{((((((......{((((((......)))))))....))))))))))))))))))))).)))))).))))))))}..)))))))))).....)))))).))))))).,.))).)).))))),......(((((((......)))))))...........{{{{.((((..((((((((((((...(((.(......).)))..))))))))))))))))...}})}....,,.((((((.........))))))....)))))))....
Back