Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001002258.5
Sequence Length
2776 nt
GC Content
0.4056
AGUCCCACUCCUUCGACCUCUGCCGCAGCCCGUGCCGCCGCCGCCUCCUGGGAAGGUAAGUGGAGGGCACAGGGAGCCCGGCCUGGCCAGGGCGGAGCGGCGCCCAGUAGGGACCCAUUCAUUGUGCCGGCGCCUCACUGGGCACGGGGCCCAAGCUGACGGCGUGCACGGGAGCCUGCGGGGCCUGGGUGGGAAGAACAGGCCCCUGGAGGGCACUUGACCUUAAGCCUCUUUUCCUCCGCAGAGAGGAAGCGGGAGAGGAGCCCACGUCGCCUGUCACCCAAUAUCUCCAGCCGCGCAGUCCCGAAGAGUGUAAGAUGUUCGCCUGCGCCAAGCUCGCCUGCACCCCCUCUCUGAUCCGAGCUGGAUCCAGAGUUGCAUACAGACCAAUUUCUGCAUCAGUGUUAUCUCGACCAGAGGCUAGUAGGACUGGAGAGGGCUCUACGGUAUUUAAUGGGGCCCAGAAUGGUGUGUCUCAGCUAAUCCAAAGGGAGUUUCAGACCAGUGCAAUCAGCAGAGACAUUGAUACUGCUGCCAAAUUUAUUGGUGCAGGUGCUGCAACAGUAGGAGUGGCUGGUUCUGGUGCUGGUAUUGGAACAGUCUUUGGCAGCCUUAUCAUUGGUUAUGCCAGAAACCCUUCGCUGAAGCAGCAGCUGUUCUCAUAUGCUAUCCUGGGAUUUGCCUUGUCUGAAGCUAUGGGUCUCUUUUGUUUGAUGGUUGCUUUCUUGAUUUUGUUUGCCAUGUAACAAAUUACUGCUUGACAUGUUGGCAUUCAUAUUAAUUACGGAUGUAAUUCUGUGUAUCUUACUGUGACUCCGAAAACUGUAGUAUUGGUGUCAUGGGAAUGUACGUUAUUUCCAAAGUCAUUUCAUUAAAGAUGAAAACUUUAAUUUCUUCUGUGAUUUGUACUUACACUAAGUUUAGAUUAUCACAAAGAAGAACGUGCAUUCAGGCAGAUGCUGUCCCAUUCAGAGGAAGCUACAGCAGUUGCUCCACUGAUGAAAAAUAUUCCAAUGUAAUUUUUAUGGGAAUUCUUUUAUAUAGUGUUCUGCAUAUUGUAAUUCAUAGGGCUUUUGUUUAUUCAUAUAAAGGAUAAAUAUUUGGGUGUUUUGAGCUUCUAUAAAAUAUGAUUAAUUAAAGGUAGUUAAUACUCAAGAUGGUCUUGAGUUUUUAAGGUCUAACAUCAGUUAGAAUACUUCAAAUCAGAAUCACCUUCCAAGACUGACUUGACAGGUGGUUCUAAAAAUAAAUCACGUCAGCUUUUUAGGAAAUGAAGCCUUAAGCUAGGGGGUAAUGUGACUUUUGUUUUUCAGUAAGUCUCACAUUAAGCAAUUGUGUGCCUCUAAUGAAUCUUCCAUGUCUUUUCAGAACAGGCUCAGUCCAACUAGCAGCUAGUUUCUUACUUGAACAAGACUAUUAAAAACCAAAUAUCAAAAAACUGAAUUGGCUAGAUUUUUACAGCCAAAAAUUGCUGUAAGGCAGUGUGUAUCACUGUUGCUAACAUGUUUAUAGUGGGAGUCUUGGGGAUGAUAGCUGGUUCAACAGUAUUUUGCUGCUAAUACUUUAUGUUGCUUCUUGGUCAAACUUUUCCCAUUCAAAGGAAGAAGAUGGUGCUACUAUAGACAGUUUUUCCCCUAGCAAAUAUAUUGUACCAUAAUAUCUAUCAUCCAAGUUUCAGGGUUUUUUGAAAGUUGAUAAUUAGGAAAGUGACAUUUUACUUUUCUUAGUGCCCUUUGCCUGUUUGAUUUCCAUUGAGAAAGAGCAGUCACCAAAGUUCCUCAAGUGUCGGAAGACCACCUCCAUCAGAAUCAGUGCUUGUUUAAAAAAUAAAAAUCCCUAGGUUCCAGACCUACUGAAUUGGACUCUUUGGACAUGAGACUCAGCAAUCUACAUCUUUAAAAAGGCUUCCCAGGUGGUUUUUGUGCAUACUGUUUGAGAGUCACUAAGUUAUAUAUAUAUCCUACCUUCUGUAAAGUGAAAUGAGGCCCCAAAAAGCUAAAGAGGUAGAGCUGCUACCUCGUUUUUAGUUGAUUCAUCAUCUAGUCUAUAUCACCCAAAAGAAUUGGAAAUAGGUAUUCAAACAAAAACCUGUAUACAAGUAUUCAUAGAAGCACUACUUACAAUAGCCGAAAGGUAGAAACAACCAAAUGUCUAUCAGCUGAUGAAUGGAUAAGUAAAAUACAUCCAUAUAAUGGAAUAUUCAGCCAUGAAAAGGAAUGAGGCACUGAUACAUAAUGAAUAGAUGUGAGUGAACCCUAAGAAAGCAUGCUAAGUGGAAGAAGCCAGCCACAUGAUUCCAUUUAUAUGAAAUAUCCAAAAUAGGCAAAUCCACGGUGACAAAGCCAAUUAGUAGUUAUCAGGAACUAGGGAGGGGGUGAAAAGGGAGUGACUGCGUAAUGCGUAUGGGGAUUCCUUUUAGGAUGAUGAAAAUUGGAUGAAUUACAGCUGGUCUGAUGGUAGUGGGUUAUCAGAACUUAUUAACAUUAGUGUCAUUAAAGUUGGUAUAUAGCCCCUCACUGCUAAAUCUGGCUCAAAAAUUAAAAGAUUAUUAAAAUUUGAUGAAUUAGUGGUGAUGGUUGCACAACAUUGUAAAUAUAAUAAAUGUCACUGAAUUGUACACUUUAAGGUGGUUAAAAUGGCAAAUUUUACAUGUCUUACUGAAACUACUAUUUAAUACAAAGUACAUAGUAUAAAAUUUUAAAAGUGAUAGGAAAAUGCUUAGAUUAAUAUUCACCUAUUCCAAGUAUAUUUUAAAUAAAAACAGUCUUGGUAAAGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-783.30 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -837.89
Frequency: 0.0000
Diversity: 758.81
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
...((((((((.((((((...(((((..((((((((.((((.((((.......))))..))))..))))).))).(((((((...))).))))...)))))((((.(((((..(((.......((((..((((((((((((((.....)))).)).))).))))))))))))..))))).)))).((((((......((((((...((..((((.(((..((.....(((((((........)))))))....))..)))..)))).))..))))))))))))..(((((((...((((((...((((.(........).)))).))))))...((((.(((.(((((((((((((.(((..((((((((((..........((((......))))(((((((....((((.....))))(((((...)))))...((((((((..........))))))))(((.((.((.((((((.....(((((((((((((((((((.((.((((.((((((...........))))))((((.....)))).((((.((((((..(((((((.(((((((.((((((((....)))))))))))))((((((((((........)))..))))))).)))))..))))..)))))).))))(((((..........))))).)))))).)))))))))).(((((((..((((((..(((((.((............))..)))))..)))))).(((((...((((((((((((...........((((((......)))))).......(((((((.((((..((....)).)))).)))))))((((((((((.......(((((..(((((((...))))))))))))....((((((((((((((.(((((...))))).)))))))).....)))))))))))))))).(((((...)))))..(((((..(((.((.(((.((((((((.(((((((((((...(((((.(((.......))).)))))..)))))).))))).....((((((....((((.((.((((.(((((((((.......)))))))))...)))).)).)))).........))))))((((((((....))))))))((((((((...))))))))........((((((....))))))............((((((((((..((((.....))))..))))))))))............(.(((((((...(((........))).))))).)).).((((((((((((((.....))).)))))..))))))))))))))))))).)))..))))).......(((((((((((((.((((((((...))).).)))).))))......)))).))))).........((((...(((......))).)))).......((((((((........))))))))((((((.....))))))))))))))))))..)))))((((.(((((((((....((((((((...((((((........)))))).....(((...(((((......((((((........))))))..(((((((...((((....(((........)))...))))..)))))))............)))))...)))((((((((((.(.((((..(((((((((((((....)))).)))))))))...(((((.((((((..((((....))))..))))))....)))))....)))).).))))))))))..........))))))))...................))))))))))))))))))))..........)))))))))..)))))).)).)).))).............((((....((((((((((((((.(((((...((((((((((((((............(((...(((........)))...)))...............(((((((.....)))))))...))))).)))))).)))...............((((.....))))..((((((............)))))).....))))).)))))))..))))))).....))))....((((((..((......)))))))).))))))).((((((..(((...)))))))))....))))...))))))(((........)))(((((((.(((..((.....))..))).))))...)))..((.(((.(((((((((((....(((.........(((.(((....))).)))..........)))...)))))(((......)))..))))))))).)).)))..)))))))))))))...)))))))...(((((...))))))))))))((((...)))).......((((.....))))......)))).)).)).))))))(((((((.(((.....(((((((((.((((...(((((((....(((..((((((((((.((....(((((..((((.......))))..))))).)).)))))))))).)))))).))))(((((....))))).)))).))))))..))).((((((..(((((((.....((((.........)))).......)))))))((((.((((..........)))).))))....))))))...((((.((((((.((...............)).)))))).))))..........))).)))))))...
Thermodynamic Ensemble Prediction
...((((((((.((((((.,,(((((..((((((((.((((.(((((,,..,.)))}..))))..))))).))).(((((((...))).))))...)))))((((.(((((..(((.......((((..((((((((((((((.....))))},).))).))))))))))))..})))),)||}.((((((,.....{(((((...,(..((((.(((..((,....(((((((.,....,.)))))))....))}.)))..)))).)}..)))))))}))))..{((((({||,((((((||.{{{(.{,,,.....}.}))}.}}}}}}...((((.(((.((((((((((((({(((,...,|||||,,.(((((.{.(((.((((..{(((.{.(((((.(((((((.....))),...}))).))))).}.((((((((..........))))))))}))})))).))).})))))..,((....)){(((((((((.((.((((.((((((,........,.)))))|((((.....)))),((((.((((((..(((({((.({(((({{((((((({....)))))))))))))((((((((((........)))..))))))).,}})),.))))..)))))).)))){((({..........))))).}))))).)))))))))}.|||||||,{{{{{,,,{.(((((({((((((,..,{((((.{,...|,}})}}}.,,{{({{{{.{{{{{{{{((((((((((.((({(..,.||}}}||{(((({((...(((((((.((((..{{....}}.)))).)))))))(((((((((({......(((((..(((((((...))))))))))))...,(((({(((((((((.(((((...))))).)))}..}))))}.)))))))))))))))).(((({.((((((..,.(((....))),..)))))).})))).(((((((((((...(((((.{((.......))).)))))..)))))).)))))...{((.{(((.{..(((((..((((,((((((((((((......((((.((((((((.((((({..((((((((..,,{{{.((((((((....))))))))((((((((...)))))))).,,.,{{.((((((....))))))...}}}.,,...((((((((((..((((.....))))..))))))))))..............,.(((((({{,((....,,,(({{{|.(((((((({((((((((((((((.....))).)))},,})))))),(({{{,{{{,(({(.,..((((,.......,{{,,||||,,{,}|||,||{,..,|||{|.||)},)}}|,....,|}}}.}}}}},,.......{{{{...(({......})).}}||,,,,,..,(((((((........)))))))|((((((.....)))})),||},{{.{||{{||||||{,{{{((((((({{(({,{,{({{.{,{{(((({{.,||||..}},}},...,|||||,...,|||},..,{{((((........))))})}}||,,|,}})}}}}}))))}}}..,}}}}))))....|||{{||,,,))}}}}}.,......(((.(((((({....})))))).)))...(((((((((((((....))))))))))})))...{((((.((((((..((((....))))..))))))....)))))...{{{||{((({.((((({{{{{({{{,{{{...,,|,..{(((({...,}}}}}...,...{(((((...))))))))))..}))},|}|||{||,|||||{........}}}.}}}.}}}},,.))},,,,..}|||||}}|}||,|}}}}}}}},}||||||||||,,,,,,,........,,|...{{{,....,,,)),.,})))},}.}}}}})))...(((((((.....)))))))...,||||,|||,,,.))),}))}||,...,,..{{{{..,,.}))),.((((((.{{......,}.))))))......)}))),)))))))).,...........{{{....))).)))))).)))))))).)))).....))))))))))))|.....,|..(((((...)))))......)))))))))..}.))))..))),.))))))),...,,,.))))))))))..,},.,.,,,))))}),))}|||||}}}}},}}}}}},,.,{{,.{{{....})).,,,..,},.,..})))...|||..((({{{...||,.....}},)))))).)))..,))))))))))))...))))))),,,|||||...))},,))))))}((({...}))}...,....,,|,,........,},..)))).)).)).)))))){((((({.{((.....{{,((((((.((((...(((({{,...,(((..((((((((((.((....(((((..((((.......))))..))))).)).)))))))))).)))))}.)))),{||{....,}}}}.)))).))))))..|||.({{{{{.{(((((((,,...((((..,,,,...||||....,..}}}||||{{,{,,,,,...,}}.,,,)))}.,,,,.,,.,,})})||||{|||{{{|{{.,,.}},,..,,,}}),.}|.|}}}}}.||||..........))),)))))))...
Back