Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001002858.3
Sequence Length
1626 nt
GC Content
0.4859
GCUCAGCAUUUGGGGACGCUCUCAGCUCUCGGCGCACGGCCCAGGUAAGCGGGGCGCGCCCUGCCCGCCCGCGAUGGGCCGCCAGCUAGCGGGGUGUGGAGACGCUGGGAAGAAGGCUUCCUUCAAAAUGUCUACUGUUCACGAAAUCCUGUGCAAGCUCAGCUUGGAGGGUGAUCACUCUACACCCCCAAGUGCAUAUGGGUCUGUCAAAGCCUAUACUAACUUUGAUGCUGAGCGGGAUGCUUUGAACAUUGAAACAGCCAUCAAGACCAAAGGUGUGGAUGAGGUCACCAUUGUCAACAUUUUGACCAACCGCAGCAAUGCACAGAGACAGGAUAUUGCCUUCGCCUACCAGAGAAGGACCAAAAAGGAACUUGCAUCAGCACUGAAGUCAGCCUUAUCUGGCCACCUGGAGACGGUGAUUUUGGGCCUAUUGAAGACACCUGCUCAGUAUGACGCUUCUGAGCUAAAAGCUUCCAUGAAGGGGCUGGGAACCGACGAGGACUCUCUCAUUGAGAUCAUCUGCUCCAGAACCAACCAGGAGCUGCAGGAAAUUAACAGAGUCUACAAGGAAAUGUACAAGACUGAUCUGGAGAAGGACAUUAUUUCGGACACAUCUGGUGACUUCCGCAAGCUGAUGGUUGCCCUGGCAAAGGGUAGAAGAGCAGAGGAUGGCUCUGUCAUUGAUUAUGAACUGAUUGACCAAGAUGCUCGGGAUCUCUAUGACGCUGGAGUGAAGAGGAAAGGAACUGAUGUUCCCAAGUGGAUCAGCAUCAUGACCGAGCGGAGCGUGCCCCACCUCCAGAAAGUAUUUGAUAGGUACAAGAGUUACAGCCCUUAUGACAUGUUGGAAAGCAUCAGGAAAGAGGUUAAAGGAGACCUGGAAAAUGCUUUCCUGAACCUGGUUCAGUGCAUUCAGAACAAGCCCCUGUAUUUUGCUGAUCGGCUGUAUGACUCCAUGAAGGGCAAGGGGACGCGAGAUAAGGUCCUGAUCAGAAUCAUGGUCUCCCGCAGUGAAGUGGACAUGUUGAAAAUUAGGUCUGAAUUCAAGAGAAAGUACGGCAAGUCCCUGUACUAUUAUAUCCAGCAAGACACUAAGGGCGACUACCAGAAAGCGCUGCUGUACCUGUGUGGUGGAGAUGACUGAAGCCCGACACGGCCUGAGCGUCCAGAAAUGGUGCUCACCAUGCUUCCAGCUAACAGGUCUAGAAAACCAGCUUGCGAAUAACAGUCCCCGUGGCCAUCCCUGUGAGGGUGACGUUAGCAUUACCCCCAACCUCAUUUUAGUUGCCUAAGCAUUGCCUGGCCUUCCUGUCUAGUCUCUCCUGUAAGCCAAAGAAAUGAACAUUCCAAGGAGUUGGAAGUGAAGUCUAUGAUGUGAAACACUUUGCCUCCUGUGUACUGUGUCAUAAACAGAUGAAUAAACUGAAUUUGUACUUUAGAAACACGUACUUUGUGGCCCUGCUUUCAACUGAAUUGUUUGAAAAUUAAACGUGCUUGGGGUUCAGCUGGUGAGGCUGUCCCUGUAGGAAGAAAGCUCUGGGACUGAGCUGUACAGUAUGGUUGCCCCUAUCCAAGUGUCGCUAUUUAAGUUAAAUUUAAAUGAAAUAAAAUAAAAUAAAAUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-504.40 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -534.51
Frequency: 0.0000
Diversity: 472.29
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
((...(((((((((((((.(((((((((((.((((.(((((((.....(((((.((.((...)).)))))))..)))))))((........)))))).)))).))))))).(((((...)))))....)))))...............(((((((.((((((((((((((((((((.(((((((((....(((...((((((.((.....))))))))...)))(((((((((.....((((.......))))....))).)))))).......)))))))).).)))))))...(((((....))))).....(((....)))((((.(((((.......(((((..........))))).((.....))..(((.(((((((.((((.((((.((((((.(((((((((((((..(((((((((.(((((((.((((......((((((..........))))))......)))).))....))))).))))((.....))..((((.....)))))))))..))))))...((((((..((((((.((((.((..(((((((((((......)))...))))((.(((((((.((....)).)))))))))..))))..)).)))))).))))..))))))((((.....)))).......((((((.....))))))....((((((((.((((((((((......((((.(.(((((.((.(.(((((((.(........(((((....)))))..(((.((((((((..(((...(.((((((.(((...))))))).((((((((((..(((((.......(((..((((((.....(((((....))))).....))).)))))).....)))))..))))))))))((((((...))))))..............)).)...)))..)))))))).)))...).)))))....)).))).)))))).))))....))))..))))))..))))))))..((((......))))............((((((((.............(((((((.......))))))).............)))).))))(((.((((........(((((((((.((((((..(.((((((((......(((......))).((((((.(((....))))))))).))).).)))).)..)))))).))).....))))..)).......)))))))))))))).....)))))).)))).))))......((((((...(((((((((((...(((((..(((((((........................)))).................(((((...((((((...((........))..))))))..)))))..((((.((((..(((((((((...........))))))...)))...)))))))).....)))..))))).))))))))..((((((...))))))))).))))))....))))))))))))))).))))..........))))))).)))))))))))))...((.....))...)))))))).))(((((((((...))))))))).....................
Thermodynamic Ensemble Prediction
((...((((((((((((({(((((((((((.((((.(((((((.....((((((((.((...)).)))))))..))))))){(.,...,,|)})))).)))).))))))|.({{{{,.,)))||,..,{||||,,,..,{,,...{{{((((((,,(((((((((((,((((({,,..,,{,||||}}}}|||...{(((((|,{.....|))))))}...,)}||||{{{{{.{{{{({{{,{,{,..},||,,..}}},,})))}...,...)}}||||},}.|||||,,..,({{,,,,...))))}..,,|||.,.,||}{(((,({(({.....,,(((((.,,,.,,{|.}||||.((.....)}..,,{((.,,.}}}((({.{{{|,|||{,|,|||{{{{((((((..(((((((((,(((((.{,((((......((((((..........))))))......)))).,,....))))){|||.{(...,,||..||||,,..,))))))))).,))))))...{{((((..((((((.((((.((,.(((((((((((......)))...})))|{.(((((({.{,....)).)))))))}...}))).,)).))))))}})))..))))}|((((.....))))},,,,|.|||{{{..,..))))))}.,,((((((((.((((((((((...,,.((((.(.(((((.((.(.(((((((.{........(((((....)))))..(((.((((((((..(({...{.((((((.(((...))))))).((((((((((..(((((.,.....{{..,((((((.{,..{((((....))))),,...))).)))),,.....)))))..))))))))))((((((...}))))).,...,,.......)).,..,)))..)))))))).)))...}.)))))}...,).))).)))))).)))),,..))))..))))))..))))))))..||||.},,,,)))),,,,.,}},...((((((((..........,,.(((((((.......))))))).,,..........)))).)))){||}|{||.,,,....{||||||{{.((((((..(.((((||{{......(((......))).{(((({.(({....}))}))))|.|||.||}))).)..)))))}.|}}.....}))),,)}......,}|||||}}}}||}}..,..}}|}||{|||}.}}}}..,,,,||,|{,{{,{{,{{((((((,,,(((((,.(({{(({{{{,,,,,,,,{...,,,,,,...},},..,,...,....,,,,.{||||,,}|||{{{,,,{|......,,|}..}})))),,}})}},.((((,(({{,.{{{((((((...........))))))...}}}...)))})))).....)))..}))}},}}}}}}},..(((((|...}))))))}},)))))}..}}))))))))))}})}},}}}},},..,...,)))}))),))))))))}}})),}}}}}.}},),...)))))))).))(((((((((...))))))))).....................
Back