Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001023587.3
Sequence Length
1918 nt
GC Content
0.4755
AUGCUCGGGAGCGUGGUUGAGCGGCUGGCGCGGUUGUCCUGGAGCAGGGGCGCAGGAAUUCUGAUGUGAAACUAACAGUCUGUGAGCCCUGGAACCUCCACUCAGAGAAGAUGAAGGAUAUCGACAUAGGAAAAGAGUAUAUCAUCCCCAGUCCUGGGUAUAGAAGUGUGAGGGAGAGAACCAGCACUUCUGGGACGCACAGAGACCGUGAAGAUUCCAAGUUCAGGAGAACUCGACCGUUGGAAUGCCAAGAUGCCUUGGAAACAGCAGCCCGAGCCGAGGGCCUCUCUCUUGAUGCCUCCAUGCAUUCUCAGCUCAGAAUCCUGGAUGAGGAGCAUCCCAAGGGAAAGUACCAUCAUGGCUUGAGUGCUCUGAAGCCCAUCCGGACUACUUCCAAACACCAGCACCCAGUGGACAAUGCUGGGCUUUUUUCCUGUAUGACUUUUUCGUGGCUUUCUUCUCUGGCCCGUGUGGCCCACAAGAAGGGGGAGCUCUCAAUGGAAGACGUGUGGUCUCUGUCCAAGCACGAGUCUUCUGACGUGAACUGCAGAAGACUAGAGAGACUGUGGCAAGAAGAGCUGAAUGAAGUUGGGCCAGACGCUGCUUCCCUGCGAAGGGUUGUGUGGAUCUUCUGCCGCACCAGGCUCAUCCUGUCCAUCGUGUGCCUGAUGAUCACGCAGCUGGCUGGCUUCAGUGGACCAAAUUUUCAGGAUGGCUGUAUUCUGCGGUCAGAAUGAGAGAGUCAAGCUGGGCAGAAUCUCUCGCCAAGAGUUCAGCCUUCCUUUGGAGACUGCUCCAUCAGUGCCGAGGUGUGUGGGAACAGGCUUCACUGCACCGCCAUCUUACUGAGUUGCUUCACGUGAGGAAAAGGGGGCUUUGGCCCUGUGACUCAGUUCCACAUUUUGGAUUGCAUACUGGAAAAGAAGCCAAUCUUCUUGCUAGUAAACCAGCAACCCGGCUGUAUACAGUGGUGACCCAAGCAAUGGAUAUAAACCUAAAAAUCUGAGGGAGGGGAGAGGUGGAAUACAGUAGUUCUUGGAAUCUGAAGUCUCCUAUUUGAUCAGGUUAUUUCCUGGGACUUGGCAAAAAUCUGAUUGGUGGGGAUCUCCUAGGACCUAGUGGACAUCUGGUAUUAAUUUAAUCUCAGGAAAAACAAGAAAUUAACCCAGAGAGAGUCUGGGUUUUGGAAUUCAGCGUAGCUACCUCCAGACCGUGGUGUCUGGCCUCCAUUUUUGUCUGUCAUUCAGCUCUGACUUACAGCUGCAGUCACCUUUGCUAUAAGGCACCUGGGUAGAAGGGUGGAUGGGCUUCACAUCAAUUUUUUUCUUCCUUUAGGGUGGGGGAUUGGUUUGGCUUUCUUUUGUUGUGGUUUUUUGUUUUAUUUUUGUCAAGAUUGAUUUUUAGAUGCAAGGACUUGAAAAGACCCAGAAGGAUGCCACCAGUUUUUCCUUGAGGCCUAGGAUUUUUUAUUCUGUCCCGAGCAGAGGUAAUUCCUCACAACUUAGUGCACCAGUAGCACCAGCCAUUUUGAGCAGAGUACCUCUUUGGGGAGCUUUUCGUUUUGUUUUGUUUUUAAUUCUCUUUCCUUAGCAGCAAGGUCUUUUUUCCUAGAGAAUCUACUCCGUUGCAGAAUCAUUGCAACCUCAGGAGCCCUCACUGAUUGAGUGCUGUCAGCCUGAUAUACUACUUUGGACUCUGGAAACAGAUAUGGGUUCUAUUCUCUAUUUCUACUGUGUGUCGUUAAACAACCGUCGGAGACCAGAUGACCUGUUAGAUGGCUAGUCCUGUAUAACUCGACUCUGUAUGUUUCAAUGUAUGUUACUGCAAUGCUUCACCUGCUGUACAGUGUUUGUGAGAUGCUCUUUGAAGAUGGUACUUUUAUAUUUUUUCAUUUUCAAUAAAAGUACAUUCCUUCCCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-622.90 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -658.28
Frequency: 0.0000
Diversity: 565.56
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.((((((((...(((((((.((.(((((.((((((((.......(((((.((((((....(((.((......)).)))))))))..)))))...(((((((((........(((((((..........((((((((((........((((....))))..(((((((((..((.......)).)))))))))(((.((((.(((.((((((.(((((((((((.((.....)).)))..))))))).(((((....)))))........((((.......))))((.(((((((........((((.((((((..((((....)))).))))))))))..))))))).))...).)))))))))..)))))))((((((((((((.....((((...((.((((..(((((((.....))))))).................(((((((((((((((((.(((((((.....))))....))).)))))))))....))))))))(((((((.......))..)))))(((((((((.((.....))))))))))).....((((((((((((.((((((((((((((..((((((((((((((..((((....))))..((((((........))))))(((((((.((((.(((.(((((.(((((....(((((((.(((((..(((...(((((.((..(((((((((.(((((.(((((..(((......((((((.((..((...)).)).))))))))).))))).))))).)))..)))))).)).))))).)))))).)).)))))))...)))))..)))..((((((......((((((((.((((....))))...(.(((((....))))).)))))))))((((.....)))).....((((((..((((((.....)))))).))))))...((((......))))......))))))..(((.....)))..................)).))).)))).(((((.....((.(((.((((((.....((.((((((...(((((((((((.((.((........)).)).))))))))))).)))))).)))))))).))).))..))))).............((((.((.................)).)))))))))))(((((.(((....(((...)))...))))))))))))))))))))))..........)).))))))))))))..)))...))))))))).((((......))))...)))))).))))..))))))))))))......))))))))))))))))))))))))))((((((..(((.((((((((....((((((((......(((.((((((((.....)))).)))).)))......)))))))))))))))).))))))))).....((((.((..((((((.....)))))).))))))..((((.....))))))))))....)).))))).))..)))))))))))))))(((((((((((((((((((.((((.................(((((((..((((......))))...........))))))).......(((((((.....))))))).((((((((.((((.....)))).))).....))))).....(((...(((((.((((((.(((.((((...))))..))).))))))......((((((.((((..((((........))))...)))).)))))).))))).)))..((..(((.((((((((......((((((....)).)))).......)).)))))).))).)))))).)))))))))))).)))))))...(((((((...........)))))))............
Thermodynamic Ensemble Prediction
.{((((((({..{((((((.((.(((((.((((((((...{{{,(((((.((((((....({(.,,,,...,...}}}))))))..)))))...((((((((({{{{{{((,(((((({.,,......{{{,.,({{....,,.,,{({{.,,,}}}}..{((((((((..((.......)).))))))))){((.((((.(((.((((((.,(((((((((({{(..,,.)).}},..})))))).(((((....))))).....,..((((.......)))){{.{({{{{{{{{|,||{,{{(,(((({{..,{{{....}))),))})))))))|.,}})))).}}...}.)))))))))..))))}}|((((((((((({.{,,.(({(,..((.((((..(((((((.....}))))))...,,,,{{..,,{{,.,,,{||||(((((((((,(((((((.....))))....))).))))))))}....,})))))}({{{{{|.,...,.)),.})))}(((((((((.({.....,)))))))))).,,,.((((((((((((.(((((((((((({{..((((((((((((((..((((....))))..((((((........))))))(((((((.{{.{{((({{.{{(.(((((.,..(((((((.(((((.,(((...(((((.((..{((((((((.(((((.(((((..(((......((((((.((..{{...)).}}.))))))))).))))).))))).)))}.,))))).)).))))).}}}))),|).))))))}...)))))..}}),,..{(((|,||||(((((((({((((.,..}})),..,.(((((....)))))})))))))))((((.....)))),{{,.((((((..((((((.....)))))).))))))...,|||,,.,,.}|||....,,))))}}.,{{|..,..}||,......,,,....,}}},},)}}}}}}}||}||||....{{.{{(,((({((.....({.((({(({{{{{(((((((((.((,((........)).)).)))))))))))))))))).)))})))).}}}}))}}}}{((((..((({{{|..|{|,.|......,.,,)}}))}}.))})},,}}}))))|||{{{(((....(((...))),..))))))))))))))))))))))..,.......,,.))))))))))))..)))...))))))))).{|||{{{{...,)))}.)))))).))))}}))))))))))))}.....,,}))},))))}}))}.))))))))}(((((,.,(((.((((((((....((((((((......(((,{((({{{{......}}}.))}),)))}}....)))))))))))))))).)))))))))...,,(({{.{{,.,{((({.....}}}}}}|}}}}}).,((((....,))}}}))))}...,)).))))).))..))))))))))))))}(((((((((((((((((((.((((,....,..,{{,....,,..........,.,|||||}|||,.......,,,|||||||...,,{,(((((({.....})))))).{(((((((.({({,....}))).))},,,,.}}))),...,,.....||,{({((,...}|||.,,||},.,,}},}))),,,}}},,.|,,,((((((.{(((..((((,,...,,.))))...)))).)))))).||||..||...}}..|||,|{{{{,||..,,..{{{{||..,,))},)))...,,,,))}))}))).}}}.}})))).)))))))))))).))))))),..{,{{{{,...........)))))))............
Back