Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001037631.3
Sequence Length
1887 nt
GC Content
0.4224
GCUUUCUAUUCAAGUGCCUUCUGUGUGUGCACAUGUGUAAUACAUAUCUGGGAUCAAAGCUAUCUAUAUAAAGUCCUUGAUUCUGUGUGGGUUCAAACACAUUUCAAAGCUUCAGGAUCCUGAAAGGUUUUGCUCUACUUCCUGAAGACCUGAACACCGCUCCCAUAAAGCCAUGGCUUGCCUUGGAUUUCAGCGGCACAAGGCUCAGCUGAACCUGGCUACCAGGACCUGGCCCUGCACUCUCCUGUUUUUUCUUCUCUUCAUCCCUGUCUUCUGCAAAGCAAUGCACGUGGCCCAGCCUGCUGUGGUACUGGCCAGCAGCCGAGGCAUCGCCAGCUUUGUGUGUGAGUAUGCAUCUCCAGGCAAAGCCACUGAGGUCCGGGUGACAGUGCUUCGGCAGGCUGACAGCCAGGUGACUGAAGUCUGUGCGGCAACCUACAUGAUGGGGAAUGAGUUGACCUUCCUAGAUGAUUCCAUCUGCACGGGCACCUCCAGUGGAAAUCAAGUGAACCUCACUAUCCAAGGACUGAGGGCCAUGGACACGGGACUCUACAUCUGCAAGGUGGAGCUCAUGUACCCACCGCCAUACUACCUGGGCAUAGGCAACGGAACCCAGAUUUAUGUAAUUGCUAAAGAAAAGAAGCCCUCUUACAACAGGGGUCUAUGUGAAAAUGCCCCCAACAGAGCCAGAAUGUGAAAAGCAAUUUCAGCCUUAUUUUAUUCCCAUCAAUUGAGAAACCAUUAUGAAGAAGAGAGUCCAUAUUUCAAUUUCCAAGAGCUGAGGCAAUUCUAACUUUUUUGCUAUCCAGCUAUUUUUAUUUGUUUGUGCAUUUGGGGGGAAUUCAUCUCUCUUUAAUAUAAAGUUGGAUGCGGAACCCAAAUUACGUGUACUACAAUUUAAAGCAAAGGAGUAGAAAGACAGAGCUGGGAUGUUUCUGUCACAUCAGCUCCACUUUCAGUGAAAGCAUCACUUGGGAUUAAUAUGGGGAUGCAGCAUUAUGAUGUGGGUCAAGGAAUUAAGUUAGGGAAUGGCACAGCCCAAAGAAGGAAAAGGCAGGGAGCGAGGGAGAAGACUAUAUUGUACACACCUUAUAUUUACGUAUGAGACGUUUAUAGCCGAAAUGAUCUUUUCAAGUUAAAUUUUAUGCCUUUUAUUUCUUAAACAAAUGUAUGAUUACAUCAAGGCUUCAAAAAUACUCACAUGGCUAUGUUUUAGCCAGUGAUGCUAAAGGUUGUAUUGCAUAUAUACAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUAUUUUAAUUUGAUAGUAUUGUGCAUAGAGCCACGUAUGUUUUUGUGUAUUUGUUAAUGGUUUGAAUAUAAACACUAUAUGGCAGUGUCUUUCCACCUUGGGUCCCAGGGAAGUUUUGUGGAGGAGCUCAGGACACUAAUACACCAGGUAGAACACAAGGUCAUUUGCUAACUAGCUUGGAAACUGGAUGAGGUCAUAGCAGUGCUUGAUUGCGUGGAAUUGUGCUGAGUUGGUGUUGACAUGUGCUUUGGGGCUUUUACACCAGUUCCUUUCAAUGGUUUGCAAGGAAGCCACAGCUGGUGGUAUCUGAGUUGACUUGACAGAACACUGUCUUGAAGACAAUGGCUUACUCCAGGAGACCCACAGGUAUGACCUUCUAGGAAGCUCCAGUUCGAUGGGCCCAAUUCUUACAAACAUGUGGUUAAUGCCAUGGACAGAAGAAGGCAGCAGGUGGCAGAAUGGGGUGCAUGAAGGUUUCUGAAAAUUAACACUGCUUGUGUUUUUAACUCAAUAUUUUCCAUGAAAAUGCAACAACAUGUAUAAUAUUUUUAAUUAAAUAAAAAUCUGUGGUGGUCGUUUUCCGGA

Secondary Structure

Generated by RNAfold
Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-560.60 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -596.59
Frequency: 0.0000
Diversity: 560.99
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
.(((((.......(((((........).))))((((((...))))))..((((((.((((((((((((((.((((...)))).)))))))))...............)))))...))))))))))).............(((.((((((..((.((((((..(((..((((....))))....)))..(((((((((.....)))..))))))(((((...)))))((((.(..((((.....(((((((((((((((.((((((((((((((((....((((((.(((.((((.((((((((((.(((((((.....((.(((.(((.(((...(((((((.((.(((.......))))).)))))))...))).)))))).)).))))))).))))))))))...)))).))).....(((.((.((((............((((..(((((((.(((((..((((((..(((...((..(((((.((((.(((........(((((...)))))........)))))))))).))..))..))).....)))))).)))))..)))))))...)))))))))).)))..(((((....(....)....))))).........)))))).......)))))..........)))))))).....(((((.(((.....(((.........))).....))).))))).............(((((((((((((...(((((((((.(..(....((((((((.....((((((((((((.(((((...........)))))...)))))..(((((.((((..(((((((((((.......(((((..(((((...)))))..))))).....))))).....)))))).))))..)))))....(((((.((..((((((((......).)))))))...)).))))).(((((...))))).....)))))))..))))))))....)..).)))))))(((((((..(((..(((((((.((((.(((((.(((..((((((.((((((((...(((....(((((((.(((.(((((.((..(((((((....)))))))..)).))))).....))).)))))))..)))........)))))))).)))))).(((((((((((((..(((((..(((((..........(((.((((((.....)))))))))((((........))))((((((.((((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))))))))............))))))))))..)))))..).))))..))))))))))))).(((((.(........).)))))..))).))))).)))).((((((...))))))..(((((((.(((.((((((((((.......((((((.(....((((..((((..(((((((((((......((..(((.(((.(((....)))))).)))..))........))).)))))))).)))).))))....((((((........))))))......((((((......)))))).).)))))))).))))))))..))).)))))))..(((((...))))).))))))).)))....)))))))((((...))))....))...)).))))).))))))..................(((((....)))))))).))))))))).))))))..))))..).)))).(((((((((...(((.....(((((.....)))))......)))..))))).))))...(((((......)))))...(((((((......)))))))..)))))).)))))))).)))
Thermodynamic Ensemble Prediction
.........,,,.{,(((({{,,,{,{{{|||,{{|||,,}})))},..((((((((.(((..........})|,.})))))))|||||.,}....,)))},,{{{.,,(((((({{..,,||.,|,,..,,,,,....}||}||||,,.}|},,,,{((,(((((...((({,((((,((({{({..,{{{{{{{{.,,,,)),.,))))},{{{||,..}}))).|||}}}.((((.,.,.{((((((((((((((.((((((((((((((((,,,.((({{{.(((.((((.((((((((((.(((((((.....((.(((.(((.(((...(((((((.((.(((.......))))).)))))))...))).)))))).)).))))))).))))))))))...)))).))).,...{((,((,((((..........,.((((..(((((((.(((((.,,(((((,.(((...({,.{{(((.((({{(((,,,.....(((((...))))).,,,....}))))))))).))..}}.,))).....)))))).))))).})})))))...))))}))}}}.}}}..(((((....(....)....)))))......,,.}))))}..,,...|||,}..,|,,....}}))))}},...,{({{{.(((,{,,.,{{{,{,..,..|||,,...||}.|||||,((({,{,{{({((({{..,{{(({{{......{{{(,.,..,....,{||||||}}},}|{{,,.(((((({{{,,,,{{{..{{{{{|||||...,,,,,...{{,{.((((..(((((({((((,,.....(((((..(((((...)))))..))))).....)))}}.....)))))).))))..,))))})}}))))))))).((({(({(,,,..,)))}})})).}.))}))))...,,,,{((((.....}))))))))).,}},}))))}..,},,},}},}},|(((((((..(((..(((((({,((((.(((((.(((..((((((.((((((((.{(({,....(((((((.{((.(((((.((..(((((((....)))))))..)).))))}...,.})).)))))))..,},...})),.)))))))).)))))).(((((((((((((..(((({..(((((.........((((.((((((.....)))))))))|{((........))},{(((((.((((((((((((((((((((((((((((((....))))))))))))))))))))))))))............))))))))))..)))))..}.))))..))))))))))))).{{{((,(......,,),}}}}}..))).))))).)))).((((((...))))))..(((((((.(((.{(((((({,,.......((((((.{,{,.((((..((((..{(({{((((((,,,,..,{,..(({,{{{({,,{{,||}}}}}))),}))},..}},,)))}}))))))}.)))).)))).}}|{{({{{....,,,,||||||{,.{{,,,,,||}.,}}}))}}},.,,))))))}),))))))))..))).)))))))..(((((...))))).))))))).)))....)))))))){{|||{|||,..{{||{{{{,{{{,.....)))))....)))})},,.....|||||,..,)))))))).))))))))),)))))),})))).))))))}}|||}}}}}}...||||.,..(((((.....))))}..,....,,..,,,,|{{.,||||{(({,,,..,,}|},,..,(((({{,...,,,))}}}}}.,))))))..))))))).))}
Back