Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001039349.3

Sequence Length

2667 nt

GC Content

0.4184

AGACCCACGGGGCUGCCCUCCCCUGCGCACUCCCCUCGCUGCCCGGGCCCGGAGCGCAGCGCGGCCGCACAGAUUCACAAUGUUGAAAGCCCUUUUCCUAACUAUGCUGACUCUGGCGCUGGUCAAGUCACAGGACACCGAAGAAACCAUCACGUACACGCAAUGCACUGACGGAUAUGAGUGGGAUCCUGUGAGACAGCAAUGCAAAGAUAUUGAUGAAUGUGACAUUGUCCCAGACGCUUGUAAAGGUGGAAUGAAGUGUGUCAACCACUAUGGAGGAUACCUCUGCCUUCCGAAAACAGCCCAGAUUAUUGUCAAUAAUGAACAGCCUCAGCAGGAAACACAACCAGCAGAAGGAACCUCAGGGGCAACCACCGGGGUUGUAGCUGCCAGCAGCAUGGCAACCAGUGGAGUGUUGCCCGGGGGUGGUUUUGUGGCCAGUGCUGCUGCAGUCGCAGGCCCUGAAAUGCAGACUGGCCGAAAUAACUUUGUCAUCCGGCGGAACCCAGCUGACCCUCAGCGCAUUCCCUCCAACCCUUCCCACCGUAUCCAGUGUGCAGCAGGCUACGAGCAAAGUGAACACAACGUGUGCCAAGACAUAGACGAGUGCACUGCAGGGACGCACAACUGUAGAGCAGACCAAGUGUGCAUCAAUUUACGGGGAUCCUUUGCAUGUCAGUGCCCUCCUGGAUAUCAGAAGCGAGGGGAGCAGUGCGUAGACAUAGAUGAAUGUACCAUCCCUCCAUAUUGCCACCAAAGAUGCGUGAAUACACCAGGCUCAUUUUAUUGCCAGUGCAGUCCUGGGUUUCAAUUGGCAGCAAACAACUAUACCUGCGUAGAUAUAAAUGAAUGUGAUGCCAGCAAUCAAUGUGCUCAGCAGUGCUACAACAUUCUUGGUUCAUUCAUCUGUCAGUGCAAUCAAGGAUAUGAGCUAAGCAGUGACAGGCUCAACUGUGAAGACAUUGAUGAAUGCAGAACCUCAAGCUACCUGUGUCAAUAUCAAUGUGUCAAUGAACCUGGGAAAUUCUCAUGUAUGUGCCCCCAGGGAUACCAAGUGGUGAGAAGUAGAACAUGUCAAGAUAUAAAUGAGUGUGAGACCACAAAUGAAUGCCGGGAGGAUGAAAUGUGUUGGAAUUAUCAUGGCGGCUUCCGUUGUUAUCCACGAAAUCCUUGUCAAGAUCCCUACAUUCUAACACCAGAGAACCGAUGUGUUUGCCCAGUCUCAAAUGCCAUGUGCCGAGAACUGCCCCAGUCAAUAGUCUACAAAUACAUGAGCAUCCGAUCUGAUAGGUCUGUGCCAUCAGACAUCUUCCAGAUACAGGCCACAACUAUUUAUGCCAACACCAUCAAUACUUUUCGGAUUAAAUCUGGAAAUGAAAAUGGAGAGUUCUACCUACGACAAACAAGUCCUGUAAGUGCAAUGCUUGUGCUCGUGAAGUCAUUAUCAGGACCAAGAGAACAUAUCGUGGACCUGGAGAUGCUGACAGUCAGCAGUAUAGGGACCUUCCGCACAAGCUCUGUGUUAAGAUUGACAAUAAUAGUGGGGCCAUUUUCAUUUUAGUCUUUUCUAAGAGUCAACCACAGGCAUUUAAGUCAGCCAAAGAAUAUUGUUACCUUAAAGCACUAUUUUAUUUAUAGAUAUAUCUAGUGCAUCUACAUCUCUAUACUGUACACUCACCCAUAAUUCAAACAAUUACACCAUGGUAUAAAGUGGGCAUUUAAUAUGUAAAGAUUCAAAGUUUGUCUUUAUUACUAUAUGUAAAUUAGACAUUAAUCCACUAAACUGGUCUUCUUCAAGAGAGCUAAGUAUACACUAUCUGGUGAAACUUGGAUUCUUUCCUAUAAAAGUGGGACCAAGCAAUGAUGAUCUUCUGUGGUGCUUAAGGAAACUUACUAGAGCUCCACUAACAGUCUCAUAAGGAGGCAGCCAUCAUAACCAUUGAAUAGCAUGCAAGGGUAAGAAUGAGUUUUUAACUGCUUUGUAAGAAAAUGGAAAAGGUCAAUAAAGAUAUAUUUCUUUAGAAAAUGGGGAUCUGCCAUAUUUGUGUUGGUUUUUAUUUUCAUAUCCAGCCUAAAGGUGGUUGUUUAUUAUAUAGUAAUAAAUCAUUGCUGUACAAUAUGCUGGUUUCUGUAGGGUAUUUUUAAUUUUGUCAGAAAUUUUAGAUUGUGAAUAUUUUGUAAAAAACAGUAAGCAAAAUUUUCCAGAAUUCCCAAAAUGAACCAGAUAUCCCCUAGAAAAUUAUACUAUUGAGAAAUCUAUGGGGAGGAUAUGAGAAAAUAAAUUCCUUCUAAACCACAUUGGAACUGACCUGAAGAAGCAAACUCGGAAAAUAUAAUAACAUCCCUGAAUUCAGGACUUCCACAAGAUGCAGAACAAAAUGGAUAAAAGGUAUUUCACUGGAGAAGUUUUAAUUUCUAAGUAAAAUUUAAAUCCUAACACUUCACUAAUUUAUAACUAAAAUUUCUCAUCUUCGUACUUGAUGCUCACAGAGGAAGAAAAUGAUGAUGGUUUUUAUUCCUGGCAUCCAGAGUGACAGUGAACUUAAGCAAAUUACCCUCCUACCCAAUUCUAUGGAAUAUUUUAUACGUCUCCUUGUUUAAAAUGUCACUGCUUUACUUUGAUGUAUCAUAUUUUUAAAUAAAAAUAAAUAUUCCUUUAGAAGAUCA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-705.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -756.40

Frequency: 0.0000

Diversity: 664.66

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((..(((((((.((...(((((((((((((((((((((((....))).))((((((((((((((.((((((....(((((........((((((......(((((.(((((.(((((((...((((((((..(((......((.(((.((.((.....)).))))).)).......)))..))))))))))).((((((.....(((((....)))))..)))))).......((((....))))((((.(.((.(((((..(((...)))..)))))..)).).)))).....)))))))))...((((((....)).))))..)))))))))))......)))))....))(((((..((((((((.(((.((((((.((((....))))...))))))..))).).))))))).))))).))))))))))).)))))))(((....)))(((.((((.(((((((...((((................))))(((.(((.((.(.(((((((.((((((..((.....(((..((((((.....((((.((....(((...)))....)).)))).))).)))..))).....)).)))))).))).)))).))).....(((((((((.((...)).))).....))))))))).)))))))))).)))).)))...(((.....))).))))))))))...)))))))).....((((.......))))............(((((....)).))).........(((..........))))).))))))))))))).......((((.............)))).......((((.((((((((((((((..((((((((.((..((((((((....((((((((((((((..((((..............)))))))))))))).))))...)))...)))))..))))))))))(((((.(((((((((.....((((((((....(((.((((((..(((.(.((.....(((((((....((((((...))).)))......)))))))......)).)))).))))))..))).((((....))))...........((((((((....((((((((((.(((.((((((.((.(((.(....).))).)).))..)))).)))......))))))))))..((((..(((.....))).....))))..((((((((((...(((((((...))))......))).....)))))).))))....((((((.(((....))))))))))))))))).))))))))((((.....(((((((((.............(((((((((...)))))))))((((.((((.((((......(((((...((((((..(((....)))..))))))..))))).((.((((.(((((.(((.((.......)).))).))))).))))))........((((((((((((......((((..(((((..(..((((((((.(((...((((....))))...)))))))))))..)..)))))........(((..........)))..((((((.((((.......)))).)))))).....((((....)))))))).......))))))))))))..))))..))))..)))).............)))))))))))))((((.....))))..............(((((...((((.....))))...))))).....(((......)))((((((((....(((((((((((....((((((((.....(((((((((.((((((....))))))...(((((((((((((((..((((.((((.((........)).)))).)))).....(((((.....)))))...........(((((.....(((.(((.(..((((((....)))))).))))..))).....)))))..))))))..((((((......))))))(((((((((((((.((((....)).)).))))))))))))).....(((((.......))))).(((((((...))))))))))))))))..(((((.....((((((((((((((.......)))))).))))))))....)))))(((.(((((((............))))))).))).)))))..)))).....))))))))(((((((((...(((......)))....)))).)))))(((.(((((((((((((((..((((((......)))))).....((((..........))))................((((....))))...((((..((((((...................))))))...))))(((((.(((.....(((((...))))).....))).)))))...)))))))........)))))))).))))))))))..))))...))))))))......))).)))))))))))))))))))(((((((((((((........................(((......))).((((((((.(((......))).)))))))))))))..))))))))........(((((((....))))))).)))))).))))........

Thermodynamic Ensemble Prediction

.{{((...{{((((({{{(((.(((((((((((((((((((((((....))).))((((((((((((((.{{{{(({,..,{{||,....,..{{((({.....{(((({.(((((.(((((((...((((((((..(((......((.(({,((.{{.,,..,),}}))),)).,.....)))..))))))))))).((((((,....{((((....))))),.))))))......,{{{{,...||||(((,.,.{(.(((((..(({...}))..))))),})),},))}}.....)))))))))...{(((({....))}.)),,,|}}}}))),,,......)))))..}}),{((((..((((((((.(((.((((((.((((....))))...))))))..))).).))))))).)))))})})}))))))).)))))))(((....)))(((.((((.(((((((...((((..........,,....))))(((.(((.({.{.(((((((.((((((..({.....(((..((((((.....((((.((....(((...)))....)).)))).))).)))..))).....)}.)))))).))).)))).,||,,..{{{{{{{(((.{{...)).))).....,,,,},))).)))))))))).)))).)))...(((|...,))).)))))))))),..}))))))).....((((.......))))..{{{{..{{..((((,.,((((.(((.((((....(((((.(({,,..((((((..(((((((((((({.{((((((,{,.......{{{,.,{.{{((.,.....(((.,((..{({.,,,,{({(((((.{{,.{((({{{{....((((((((((((((..{{((,,.,.,,...,,,.}))}}))))))))).)))).,.))}...})))),,,,}||||||||.,{|||,.}}.}},..}}}}),))))...,,,,,,}}))))))))))))))))}...{,,(((((,.((((((.,....((((({.,(((((,{,.((((({{.{,{,..{.{(({,{({{{((((.{.{|.,...,(,{({..{((({{{((....(((((((({{.{{{.((((((.,,.{||,|,..,},))).,}.}}..)))).}})..,...)))))})))}.,{{{,.,|{,,||,||||....|}||},,(((((,((((..{((((,,({{{{{|{,,...||||...,{||||,|{||,,...,((((({.(((,,,.}}}}})))))}}))}})}}}}.,,|||}},,..}}}}}}}),}....{{{{......(((((((({...))))))))),,...}))),{.|||||}}.{((((...((((((..(((....)))..))))))..))))).,{,{{{{.(((((.(((.((.......)).))).))))}.}}||||{{..,|}}|||{{{{{{({|...,,,{{{{..|||||}}|}},|||||||}.,....,,||}}}}..))})}.||||||,,,,..)}}))),,....}}}}|||}}},.,}...}}},,|,{{||,||||...,...,|||{||,}}|{{,..,.||}}.,,,)))))).,,,,,.))))}}}}))}}..,}},.....,,,,,.....,,}},)))))))))))...}.)))))).,.}))))...}||,........(((((...((((.....))))...))))).......,))..)))))).......})),)))))..)))).)))))))))))).,},,|||}.....((((((....)))))),,}}}..((((.(((.....((((.((((.((........)).)))).)))).....)))))))..)))))))))).,}....(((((.....(((.(({,(,,((((({....}))))}.})}),,))).....)))))....||||..((((((......)))))).....{((({.(((({{({.{(((((..((..(((((((((((((((((((.......))))...((((.(((((((((.....))))))))).))))..(((((((.....(((.{(((,.((((((,...|||}||,,,,,,{{,{{{.{{{{{{{............))))))),))}}))))}.))).....)))))))...(((((((((...(((......)))....)))).))))))))))))))}},)))))..)){(((({......}))))}.,,,|{(({,..,,.....}}||................((((....)))).....)))))}))))))).......{{{,,..,({({,{(((((((((((((((((.{{..{{(((..........................}))}}.}}.)))))))))))....,,.{{(({((((({.....((((({(((((.,...,.)))))).))))))))))).,}}}}},))))))}...........}},}.},,..}}}}.{{{{{.||{((((((,{.,,,.....,|||{||||||||,,,||,.|||,..,)},))}..,|||||||,,,,)),,}})))))))))..))))}..,..