Forensic RNA Knowledge Base

Sequence Details

Symbol

NM_001039577.5

Sequence Length

1199 nt

GC Content

0.5204

AGAAGCCGAAGGGGAGUCGGCGGCACAAAAUGGCGGCGGCGGCGGCGGCGGCUGGUGCUGCAGGGUCGGCAGCUCCCGCGGCAGCGGCCGGCGCCCCGGGAUCUGGGGGCGCACCCUCAGGGUCGCAGGGGGUGCUGAUCGGGGACAGGCUGUACUCCGGGGUGCUCAUCACCUUGGAGAACUGCCUCCUGCCUGACGACAAGCUCCGUUUCACGCCGUCCAUGUCGAGCGGCCUCGACACCGACACAGAGACCGACCUCCGCGUGGUGGGCUGCGAGCUCAUCCAGGCGGCCGGUAUCCUGCUCCGCCUGCCGCAGGUGGCCAUGGCUACCGGGCAGGUGUUGUUCCAGCGGUUCUUUUAUACCAAGUCCUUCGUGAAGCACUCCAUGGAGCAUGUGUCAAUGGCCUGUGUCCACCUGGCUUCCAAGAUAGAAGAGGCCCCAAGACGCAUACGGGACGUCAUCAAUGUGUUUCACCGCCUUCGACAGCUGAGAGACAAAAAGAAGCCCGUGCCUCUACUACUGGAUCAAGAUUAUGUUAAUUUAAAGAACCAAAUUAUAAAGGCGGAAAGACGAGUUCUCAAAGAGUUGGGUUUCUGCGUCCAUGUGAAGCAUCCUCAUAAGAUAAUCGUUAUGUACCUUCAGGUGUUAGAGUGUGAGCGUAACCAACACCUGGUCCAGACCUCAUGGGUAGCCUCUGAGGGUAAGUGACUAAGACUUCUCCUCUGCUGUCCAAGCGCUUUGGUGCAGGGACAGCGGCAUCUUCAGCCAAUCCAGUGCAGGCUCUCCACCGAAGGCUGGCUCUAGACUGGUGGUACGCACAUAGCAUAGCCAUGGCCGACUCCUGCUGUGGUUCUCUGACGAUUGUGCUUCUUGUUAAUCCUCUGUCGUGCUUUGGUAAUCGUAUUGAUUAGAGUUGGUAACUGUCUUGACUUGAAUUUUGUCCCUUUAAAACUGCUGUACCUGUAUGAUAAAGAUGCAGUACCUUUCUCUUAAAAAAAAAUGCUAUGGAAAGCUGUGAGAAUUGAAGAGACAAAUUGGCUGUGUCAGUGUGGGGUUAUGUCAUGAUUUCUAGAAGCCCUGAAGUUGCUCUUUUGAGCAGCUUUGCAUGACACGCUCUGGUAAAAGGUGUGCAUCUUUAAAUUAUUUCAUGGAUACUUUGAAAAAUAUUGUAUCACUUCAAAUACAGCAAUAAGUUUA

Secondary Structure

Generated by RNAfold

Predictions for this specific transcript isoform.

Minimum Free Energy

-438.60 kcal/mol

Ensemble Metrics

Free Energy: -461.17

Frequency: 0.0000

Diversity: 306.65

Structure Visualization

Structure Prediction

MFE Structure Prediction

.((((((((((((((((((.((.((.....)).)).))))((.((((.((((((.((((((.(((.........))))))))).)))))).))))))(.((((((((((....)))))).)))).).(((((((((...((.((((((((.((.((((((((((.....)))))))))).)).))))...(((((((.(((.(((((((((((((..(((..(((((((....)))))))..))).(((.((...(((.((((.(((((((((...)))))).))).))))..))).)))))....(((((((.(.((((((....))))))))))))))((((...))))(((........)))........)))))))).......))))).)))))))..))).((((((.....((((((..........))))))....))))))((((((.(.((.....(((.(((((..((........))))))).)))....)).)))))))..........(((.((.((((((...))))))...)).)))..........(((((((..(((.((((...)))))))..))))))))))).))...)))))))))(((((((((((((((..((((....))))......((((.(((((.(((.((.((((.((((.((((.((((.(((((..(((((.((((.......)))).))))).(((((((..((((....))))..)))))))(((.......)))..........))))).))))..).)))))))..))))..)).)))))))).))))....(((((((((.(....).)))))))))...)))))))))....))))))...)))))).))).)))))..(((((.....)))))(((((((........)))))))....................(((((((..(((((((((((((((((.((((((((((((..........(((......)))...........))))))......(((.((((((.(((((((((.................))))))((((((((((....)))))))))))))))))))))).......)))))))))))))))).......)))))(((((.............)))))....))..))))))).........

Thermodynamic Ensemble Prediction

.(((((({,((((((,,(({{(((({,..,{(((((((||((.((((.((((((.((((((.(((.,....,..))))))))).)))))).)||||||.((((((((((....))))))}}})).).||||||||{,.(((((,{.((((.((.((((((((((.....)))))))))).)).))))..,.)))}}|..,,.}}|))|||,|.}}}}|,|},|((((((....))))))}..|||.((({{((({,{{.((((.(((((((((...)))))).))).)))).,))).,,,}},,,((((((((.{.((((((....))))))})))))))).{({{{{{,.(((.{{{,...}},........,}})))).}},.,.})))))}))))))...}))},||,|}}.}}}||}|||,,.{,{{{,,|||||,.,,{|||||,((({{(.{.{,,{,,{((({{{(,(,,({...{{{{{|..||,,{|||...{{{{||}||||{,{,,,,...(((,({.{(((({...|}}}}}...}}.}})...,....,,||(((((..(((.{(({...,)),)))..))))))))))}|{}||{||}},..,|{{{{,{,,,{{,|||}}.{{|,,,,}))|{{{{{(((((.((((,{(((.((.((((.((((.((((.((((.(((((,.(((((.((((.......)))).))))).(((((((..((((....))))..)))))))(((.......)))........,.))))).))))..),}))))))..))))..)).)))))))).))))....{((((((((.{....}.))))))))}}}}))))}}}})})))))))))}..)),,))}))).}||,}}}|||,||,},}))),,,||}},}}}.,}}}}))),,,,...,}}}}}}......{{{{(((((((..{{,((((((((((((((.((((((((((((..........(((......)))..,........)))))}......(((.((((((,(((((((((...,,..........,,))))))((((((((((....))))))))))))))))))))))......,)))))))))))))))).....,.}}},|(((((..{,......,..)))))....}}..))))))}...,}}},.