Sequence Details

BLAST PRIMER
Symbol
NM_001039933.3
Sequence Length
1249 nt
GC Content
0.5981
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Secondary Structure

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Predictions for this specific transcript isoform.
Minimum Free Energy
-519.20 kcal/mol
Ensemble Metrics
Free Energy: -541.50
Frequency: 0.0000
Diversity: 322.58
Structure Visualization
Structure Prediction
MFE Structure Prediction
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Thermodynamic Ensemble Prediction
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